尽管国王手握兵权，但是教会是最后的胜利者。一方面它把持着教育，一方面国王之间经常互相残杀，但这都不是主要原因，最主要的是国王与人民都相信教会决定着一个人是上天堂还是下地狱。教会把人们原本效忠国王的责任解除了，改变为效忠上帝，这也鼓励了人们去反抗国王的统治。教会自己的体系已经足以代替政府，使得政府的存亡无关紧要。最愿意看到这一点的是商人。这一点在意大利得到了充分的体现，并影响深远。
条顿人不仅在政治上想从教会那里争取一点自主的权利，艺术上、战争上，还有骑士道方面，他们也在争取。但是他们没有在知识方面争取自主，因为教会把持着教育。中古时期的哲学是片面的，它们反映的不是那个时代的特征，而不过是一家一派的思想罢了。教会内部也存在着分歧，许多教士为了种种原因都对教皇不满。将文化普及到大众中，在这一方面意大利要比阿尔卑斯以北地区领先好几百年。腓特烈二世曾经尝试着建立一种自己的宗教，这是反教会最极端的做法；托马斯·阿奎那诞生于那不勒斯王国，他是教廷哲学的典型代表，影响至今；但丁在大约五十年之后将中古世纪的哲学作了一个综合，这也是中古世纪文化的一个综合。
但丁建立起来的这种综合很快就垮塌了，中古哲学也很快就垮塌了。当时教会内出现了分裂，加上之后的宗教大会运动与文艺复兴，宗教改革势在必行。宗教改革将基督教建立起来的统一世界摧毁，也打破了以教皇为中心的领导体系。文艺复兴解放了人们的天性，人们开始热衷于新的知识，厌烦烦琐、迂腐的旧体系；这些旧体系过去一直束缚着人们的心灵。哥白尼重新定位了地球和人类在宇宙中的地位，这种地位远比托勒密当时定位的要渺小。知识分子从新事物中体会到了乐趣。艺术方面也是如此，尽管还保持着过去的那种整齐，但是在细节上开始变得烦琐和无序。蒙田是这一方面的典型代表。
政治伦理方面的体系也被摧毁。中世纪的社会虽然动荡不宁，但是思想方面却是非常严谨和有序的。在当时，世间的全部权利都是来自上帝，其中神圣的权利归教皇，世间俗事的权利归国王。但是在十五世纪，教皇与国王的地位不再神圣。教皇变作了意大利贵族中的一员，并且同这些贵族干着同样卑鄙的勾当。英国、法国、西班牙等地区新兴的民族国家在其领地开始实行极权统治，教皇与国王成为权利的旁观者。罗马时期遗留下来的社会体系就此被打破。
马基雅维利在《君主论》中表现了当时的那种政治上的混乱。这本书告诉我们，当时的政治已经完全失去了指导原则，一切都只是为了争夺更多的权利。书中还提出了一些怎样争夺权利的建议。接下来的发展如同当年希腊一样，传统道德消失，解脱束缚的人们释放出天性，想象力和创造力不断涌现出来；但是弊端也体现出来，缺乏道德使得国家处于无政府状态，结果被远不如自己文明，但是远比自己团结的落后民族击败。
十六世纪之后，宗教改革就占据着欧洲的思想史。这场复杂的改革可以看做是北方民族对于罗马帝国可能卷土重来的一种反抗。当年征服欧洲北部的宗教如今衰落了，教廷不再享有权利，只是一个单纯的机构。虽然这个机构依旧从英国和德国敛取大量财富，但是它已经彻底地失去了信任。民族上的原因、经济上的原因，再加上道德上的原因，这一切都增加了人们对罗马的反叛。君主们逐渐发现，如果自己领地上的教会不归罗马教廷，而是归自己民族所有，那样自己将从教皇手中抢回更多的权利。这就是为什么路德的神学改革在欧洲北部受到国王和民众的一致推崇。
天主教教会的发展融入了三个方面：天主教起源自犹太，神学继承于希腊，合法的教会统治体系建成于罗马。宗教改革中犹太的部分得到了加强，罗马与希腊部分被摒弃。这种明显的民族主义将罗马帝国与后期教会统治建立起来的团结社会瓦解。传统的教会学说认为，上帝对于个人的启示需要教会这个媒介，因此个人必须服从于教会。而宗教改革中的新教徒否认这种说法，他们认为上帝的启示存在于圣经中，无须教会来做媒介，教会也不是解决上帝启示的权威机构。他们还认为个人的灵魂可以直接与上帝对话，根本不需要教会做中间人。
真理不需要权威机构确认，只需要内心肯定。这种思想很快发展成了一种趋势，并影响到社会的各个方面。政治上无政府主义得到了人们的青睐，宗教上人们趋向于神秘主义。各种教派纷纷建立，每一个哲学家都自成一派，几乎每一个国王都成了异端。主观主义在各个方面得到了加强，人们原本是想挣脱思想的束缚，没想到最后朝着一种不健康的个人主义方向发展而去。
笛卡尔是近代哲学的第一位哲学家，他能肯定的只有自己和自己的思想，并认为整个世界都是由此推导而来的。这不过是个开端罢了，后来贝克莱、康德、费希特的成就都是基于此发展而来的。费希特甚至认为世间万物都是自我的流溢。这是一种错误的观点，后来的哲学发展一直在试图摆脱这种观点。
无政府主义与主观主义、个人主义一起发展。路德在世的时候，再洗礼教派就开始发展，它们曾经一度控制了闵斯特城。它们主张废除法律，认为引导人们心灵的圣灵不应该被束缚。这个教派不受欢迎也不被承认，并最终被消灭。但是这种学说并没有被消灭，后来流传到荷兰、英国和美国，并催生出了贵格会这一教派。十九世纪又掀起了一股无政府主义运动，并在一些地区取得了成功。这次运动更激烈，但是已经与宗教无关；这种运动形式看似是反宗教，其实本身有许多新教的精神；只不过当时路德用这种精神来反对教皇，而现在人们将这种精神用来反对政府。
人一旦摆脱缰绳，形成主观主义，就不甘心再被束缚。新教徒一面强调道德的重要性，骨子里却是崇拜无政府主义。但是，几千年形成的风俗习惯使得人们依旧按照过去的道德方式生活，这是非常矛盾的。十八世纪兴起的“感性”崇拜将这种矛盾体现了出来：受到赞美的行为不一定是可以带来好结果或者符合道德标准的，只要它能激发人们去追求这些就行了。后来卡莱尔与尼采的那种英雄崇拜，以及拜伦对于激情的崇拜都受其影响。
浪漫主义运动在各个方面的体现都与主观主义有关，也就是把个人从集体中分离出来，并欣赏这种对比带来的感受。个人与集体对比的那种感受就好比是一只老虎与一群羊对比，浪漫主义派欣赏老虎扑向羊群的那一刹那的景象，完全不顾及后果。
主观主义的形式是错误的，相对应的解决方式也一直在发展。最开始是自由主义学说，这是一种折衷的解决途径，是想给政府与个人划定各自的领域，并都在各自领域内活动。洛克是这种学说的代表人物，他既反对个人主义，又反对对政府的权威崇拜。还有一种反主观主义的学说，它们认为应该将原先属于教会甚至上帝的权利交给国家，这就是国家崇拜理论。这种理论在理论发展上的不同分支分别产生了霍布斯、卢梭和黑格尔，而在实际中的体现则是克伦威尔、拿破仑和近代的德国。这种学说在理论上与共产主义离得很远，但是实际上体现出了相似的国家崇拜。
公元前600年至今的哲学发展史上，可以将哲学家大体划为两类：一类是希望加强社会约束的，一类是希望放松社会约束的。其中希望加强社会约束的人推崇纪律，推崇教条体系，仇恨科学与进步；而希望放松社会约束的人是自由主义分子，他们大都崇尚理性、科学、进步，反对不理智的激情，反对一切深刻形式的宗教。这两种观念早在古希腊时代就存在了，只不过后来发展成为了不同的形式，一直发展到今天，并且肯定会持续到未来。
经过了这么长时间的发展与争论，今天每一方都有各自正确与错误的地方。这样的对立是每一个社会都要面对的问题：过分讲究纪律和遵循传统会导致社会僵化；而过分倡导自由主义与个人主义又会导致社会不团结，容易内部解体，或者被外族消灭。人类文明的发展似乎都符合一个规律，刚开始遵循一种非常严格的、带有迷信色彩的体系，随着社会的发展，这种体系越来越松弛，并在一个时期达到辉煌；此时，旧体系中美好的东西得到了发展，而坏东西还没有得到发展。随着坏东西开始发展，自私、个人主义、主观主义、无政府主义得到了释放，这时的旧体系不可避免沦落为暴虐的政府，政府则会制定出新的体系来维护自己的统治。
自由主义学说想打破这种恶劣的循环，它的本质是想建立一种新的社会秩序，摒除非理性的旧教条体系，并保证成功后只对必要领域进行社会约束，以保证社会安定。除此之外，不再多做社会约束。这种想法能否实现，还要看将来。