（三）城市居民战乱中多逃往乡下，城市人口大量减少，许多城市成为空城
战争中惊慌失措的人们认为乡村比城市更易避难，"大乱归乡，此不易之论。如大清兵破松，在城者悉遭屠戮，而乡居者不及矣"。
战争中拥有城池的城市往往成为重要战场，而且城市不能产粮，一旦城市在战争中遭遇围城，居民最先罹祸。如在福建漳州城，因郑成功在顺治九年，对驻守漳州城的清守军进行了长达七个月之久围困，全城死亡七十余万人此数字或许有误，疑为七万人。
在残酷、频繁的战乱摧残之下，有能力逃亡的富家大户大多举家出城，如清军攻占松江之前，"江南郡县，闻清兵厉害，皆弃城而逃"。在战争中城市因"士民惊避，城中几空"，多成废墟，到处都是人烟厥无的空城。而没有人口居住的城市很快就荒芜了。城市萧条，无人居住，房屋塌陷，公共建筑年久失修。战乱使广西南宁城"城内外无人烟，白骨盈野"。
山东一带，"城市青草蔓衍，寥寥数椽，凄然兴灶冷寒烟之慨"，"民裹足不入城"顺治三年十一月初九日，《吴达启本》。宁国府所辖六县，城市市民"因闻剃发之令，各自逃回地方"，"乡绅人民自五月间已挈家陆续出城逃避，见在城不过零丁小户"。
广德州州府闵以栋申称："因建平值剿之余邑中无官，人民逃窜，城廓空存。......见城外战骸山积，城中影灭迹绝，阒其无人，惨伤萧条之状，十倍建平。"顺治二年十一月，《毛九华揭帖》。
顺治二年（1645），安徽巡案毛九华在战后巡视了刚刚罹遭战火的池州府、太平府、徽州府、芜湖等城市的情形，由于战争中士兵"到处攻焚掳掠"，到处是"在在空城"。城市居民"逃亡殆尽，遗胔塞道，室有青草"。有些城市在战争中破坏不甚严重，但由于地处交通要道，大兵频繁经过，役重累多，百务烦苦，地方负担太重，城中百姓也只有陆续出逃。如芜湖等城被劫掠后，"繁昌虽未残破，然大兵经过地方，百务烦苦，区处艰难"。百姓纷纷逃离城市。
（四）战争后，官府对城市失去控制，社会秩序陷入混乱，乱兵暴徒洗劫城市
战争中，城市处于无政府状态中，游民或散兵肆意破坏城市。"江南郡县，闻清兵厉害，皆弃城而逃"，"在城之恶少，及村野之强徒，趁彼匆忙，混入党而掳劫。又将富厚家人，锁厅拷打，逼献金宝"，"村间豪恶结党插盟，或烧或杀，或劫或抢，或报仇雪怨，或倚强凌弱，青天白日放炮杀人，竟无忌惮。有力者各已其地而树兵马，大者千人，小者亦数百人，扬威耀武，名曰乡兵，实为防守"。往往大兵刚过，匪兵又起，城市不得安宁。
京畿一带，"畿辅盗贼，肆行劫掠，民生惶惶，靡有宁宇"，"诸贼党羽已盛，千百成群，胆横气粗，蓄谋日狡，我以抚收贼，贼反以抚愚我"，虽战事已毕，但"四野之劫掠如故也，民无宁宇如故也"顺治元年七月二十七日，《孙承泽启本》。
保定地区，地处交通要道，"自闯贼蹂躏以后，遍地乘乱，啸聚迫胁，良民尽为盗贼，境内几无净土"顺治元年八月二十二日，《柳寅东启本。
直隶一带，"烽烟甫息，人心未宁，奸宄顽凶，乘机啸聚。始而打劫村舍，满厌腰缠，渐则呼百召千，妄窥城市。如大名之开州、内黄，保宁之束鹿、唐县，有径被攻破者，有围困饱掠而去者"顺治元年九月，《王文奎揭帖》。
山东一带与四川一样，"有名臣寇，动号万数贼众者，不下五十余营，次而招聚数百，各雄峙一方者，不知凡几矣。然当未抚之前，犹且躲避隐藏，尚为私贼，至今受抚之后，日每杀掳行劫，反成官贼矣"。
苏州附近城市被清军占领后，"兵丁践踏屋宇，拆毁千万户"。暴民伺机也寻机焚屋，"维城大厅一所，约值千余金，为仇人黄履受焚其半，其余尽拆"。
除了游民暴徒伺机而起外，战后驻扎城市的军队也对城市影响很大，如松江城，尽管战争结束，"地方渐渐安堵。而兵强民弱，其受悍之害者，又不可言矣"。战后的驻军也成为城市强盗。
三、明末清初四川的城市受到严重破坏
四川城市受损之严重，甚于他省。许多繁华的城市几十年间杳无人烟，城池倾塌，成为野兽出没之地，如昔之繁华产盐之地富顺城直到康熙二十年间仍是"数千里内城郭无烟，荆棘之所丛，狐狸豺虎之所游，富顺之学宫其鞠为茂草者盖数十年矣"。许多县城因无人烟，虎患猖獗。荣昌县知县张懋赏主仆8人到县城赴任，"方入城，蒿草满地，不见一人，日未暮，群虎拦至，攫食5人"。
许多城市因没有城池，官署堙灭，官员不得不露天而居，或暂居寺庙，或暂居他县。顺治十年(1654)"诸州县始仍设正佐官，然城郭不可入，但得其界内有民之所，官就居之"。由于无民可治，康熙十九年，安县与乐至两县共置知县一员，"知县往来无定所，皆以道林寺为衙舍，除春秋两祭外，无事则假馆遂宁"。康熙二、三年，安岳始有土著回籍；康熙三十年，方营建衙署；三十一年，城中始有铺肆。永川县到顺治十八年(1661)才始委首任知县，但县城已毁，知县侨居县南90里的松子溉，直到康熙四年(1665)，才迁回原县治办公视事。
由于城市在战争期间易遭洗劫，瘟疫流行，清初许多年后，城市也很难聚集人口。康熙七年(1667)，"王舟知太平(今万源)，其地无城，无署，无民，无赋"。彭水县城在顺治十二年(1656)，"始有人城居"。苍溪县，在顺治十年（1654）"城不满百家，风鹤之警所在堪虞"。顺治十八年（1661）的永川，"寇盗甫尽，城郭榛莽，孑遗无几"。忠州县城直到乾隆初年，"市廛之民，布散田野"，从而导致"城市萧疏，仅如村落，其十字街一带均属人民住房，南门外河街，米粮而外，惟有布店三间"。
川西成都周边的县城破坏也十分严重。简阳在明代时"烟火百余里，庐舍数万家，鱼盐市舶之饶不可胜算"，经过战争，在清初，则"榛莽千里，野火转□于阛匮，生灵百不余一，萃一邑之户口不敌繁治一望族。官斯土者，父老子弟皆可目睹而心识也"。康熙十一年(1672)汉州(广汉)"城堞室庐，鞠为茂草"，双流县城入城"即颓墉废堑，虎迹纵横"，康熙三年，温江县城"亦鞠为焦土"，县署亦"于蔓草荒烟中"。康熙二十二年（1683）的新都县城"中衢茅屋数十家，余皆茂草，虎迹纵横"。经过明末清初的动乱，四川的城市大多都受到了严重的破坏，清代这些城市都面临着城市重建的严峻任务。