在郑介民任军统局局长期间，军统局改组为国防部保密局，事实上，国防部保密局只是军统局的秘密核心部分，在1946年6月，军统的公开武装特务部就与国民党军委会军令部第二厅合并成了国防部第二厅，由郑介民任厅长；然后军统的秘密核心部分改组为国防部保密局，保密局于1946年7月1日正式成立，由郑介民任局长，毛人凤任副局长。
这里，对于国防部保密局的内部组织做一详细介绍，当然其主要人员还是之前军统的骨干，而其主要领导也是军统的旧班底。
国防部保密局本部的组织结构如下：
保密局外勤省站的编制：
1948年春，毛人凤把各外勤省站的站长约三十人，请到南京参加了站长讲习班，由他自己亲自主持，训练了一个月。
保密局成立时，办公地点设在南京马台街22号，1947年上半年，迁入洪公祠新建的大厦。
军统局改组保密局后，军统的工作重心，迅速从抗战结束前的抗日除奸反共，转变为单纯地以打击破坏共产党为工作重心，在内战期间，由原军统改组而成的保密局对中国共产党痛下杀手。
五、军统频造血案破坏建国大业