此时陈果夫插了一句话：“我觉得一个特务机构，也不能像那些常规机构那样有公开的编制、任务、人员……毕竟特务工作是隐秘的嘛，不能太‘光明正大’！你的想法倒是不错，但是想要堂而皇之挂着明晃晃的牌子，恐怕很难！就特务本质而言，就需要掩护！所以老弟，你还要再斟酌斟酌。”
陈果夫说的有一定道理，这一点徐恩曾早就想到了。于是他进一步解释：“其实这个部门完全可以是一个‘FREE’机构！”
“FREE？”陈立夫瞪着眼睛看着徐恩曾。
“我觉得自由一点好，这样既能够从需求的角度出发，人员、部门、组织也可以任意加！只不过还需要声明一下：要有自己的独立制度和体制！”言外之意，徐恩曾对这个“部门”早就有了新的认识和看法。
“特工总部”的“新”在于三不沾、三无。所谓“三不沾”指的是：体制上不沾国民党党部的边儿，行动上不沾党务调查科的边儿，编制上不沾国民党组织部的边儿。所谓“三无”指的是：无挂靠单位，无公开门牌，无固定编制。这样一来，特工总部的名头不但响亮，而且又不拘泥于形式（一部分是为了向戴笠炫耀），非常适合“特务”工作。当徐恩曾把这个“想法”摆到桌面上，二陈听得有点蒙。
徐恩曾进一步解释道：“本着蒋公的精神和旨意，我们就是要把它做大，而且还要做出声势。况且现在刚刚起了一个好头儿！再者说，手里没有一定的特权就无法处理事情，而且这个特权一定要秘密使用。其次，这个部门还是调查科的下属部门，一切旨意还要听上面传达！只有你们授权，我们才去做！没有授权，我们绝不动手！”
“这样可以，但绝不能越权行事！”陈立夫补充道。
徐恩曾点点头。
几天后，徐恩曾出具的方案得到了蒋介石的批准，当然这个特工总部的主任官衔还是由徐恩曾担任，对外仍称“党务调查科”。特工总部是对内称号，对外称号则用“华统”、“鲁犁”等化名代替。此时的徐恩曾不再是“徐科长”了，而摇身一变，成了“徐老板”！
徐恩曾真是一个会享受的人，他竟然把特工总部设在了南京道署街132号的瞻园里。瞻园是著名的古典园林群宅，名字是乾隆皇帝根据欧阳修这句“瞻望玉堂，如在天上”的诗而题的，此园与苏州的拙政园、留园以及无锡的寄畅园俗称江南四大名园。这样一个风景幽雅、郁郁葱葱的风水宝地，即便是停留片刻，也是一种享受，更何况是在这样的地方办公了。但具讽刺意味的是，入驻瞻园的部门并不是一个园林绿化的公益部门，而是一个冷血、见不得人的特务组织。
特工总部成立以后，许多特工组织的“点”如雨后春笋般陆陆续续在全国各地发展起来，后来还在南京、上海等“红区”专门设立了行动区。其中上海行动区的负责人是濮孟九（此人是特工总部的二号人物），南京行动区的负责人是徐恩曾。特工总部虽然没有固定编制，但是却有自己的一套管理制度（毕竟没有规矩不成方圆）。况且一个特务机构，如果没有明文规定，不安分的特务们便更加难以管理了。
特工总部按照职能划分：首先设立书记室，书记室又下分组织、指导、审理、行动四个科。此外还单独设立了训练、情报、总务三个科室。后来特工总部部门越分越细，慢慢又有了设计委员会、电讯总台、总督察、行动队以及密电研究室等。在红区，特工总部还设有特务室和策反专科，主要目的是策反那些意志薄弱的共产党员，从而破坏共产党的地下网络。
一、书记室
所谓书记室就是特工总部的“大脑”，所有的命令、指令都是从书记室里发出去的。书记室下设书记和副书记各一名，职位略高于特工总部的其他科室。其中书记室的书记是濮孟九（江苏松江人，留德学生），副书记王思诚（正元实业社仅次于钱壮飞的2号人物）。书记室下设四个科：指导科，科长是田昆生；行动科，科长马啸天；审理科，科长吴若萍；组织科，科长（无从查实）……
书记室主要负责特工总部的人事调动及工作安排，指导破坏共产党的情报机构，逮捕、暗杀共产党人士，并对被捕的共产党员进行洗脑、劝降、策反等工作。
二、情报科
情报科是特工总部的关键部门，主要负责侦破、搜集密电，并且将密电整理成文字，传达给上级。情报科设正负科长各一名，科长刘馥斋，副科长张国栋。情报科分别下设三个股一个室：指导股、编审股、译电股、密电研究室。科下还分别设立了三个情报站：北平站、上海站、天津站。而各站点都配有先进的电台设备，以便与南京总部联络。
指导股：股长王广来，干事有项本善、陈文昭（中共叛徒）、张庆容、何允逸、刘求知、牛伯男、王荣生等。全国上下根据人员划分了六个片区（类似于大区域），而这些干事们就像大区域经理一般各自负责一个区域。指导股的主要职能是指导各地区的特务室搜集、审查、分析情报，并且每日编辑情报一份，分别送徐恩曾、陈果夫、陈立夫、叶秀峰、何应钦、陈布雷等人参考。如情报特别重要，则由徐恩曾批审后直接交蒋介石过目。
编审股：股长杜品山，该股的主要任务是将收集的情报分门别类进行整理、审查，每个月编辑一本名叫《月报》的刊物。偶尔也会针对一些特殊问题整理出版一本名叫《专报》的刊物。这些刊物也是供党内一些高参参考之用。
译电股：股长薛敦平。译电股主要负责译电和编制密码两方面的工作。虽然这个科室负责译电，但是却不负责接收电报。接收电报的任务则由另外一个名叫“电讯总台”的科室负责。也就是说，负责译电的只负责译电，负责发电报的只负责发电报。这一点也是老奸巨猾的徐恩曾想出来的，目的在于保守秘密，防止两个部门勾结泄密。进入译电股的成员通常要经过半年左右的培训，主要是熟悉并牢记明密码，然后再把明密码转换成为密电码。编制密电码的人都是徐恩曾亲手挑选的，非常可靠。在编译密码方面，译电股讲究“同字不同码，同码不同字”的说法，而且每年都会重新变换几次。
密电研究室：科室主任张华茂。张华茂被调走之后，由马懋文担任主任，副主任是陈文彬。该室共有职员三十余人，算是特工总部里比较大的一个科室，其主要负责搜集和破译情报。在搜集和侦破情报方面，以桂系白崇禧、李宗仁居多，其次是四川的刘湘、云南的龙云，而山西阎锡山较少。至于共产党方面，密电研究室的收获微乎其微，也说明共产党在译电发送和保护方面做得非常到位。1937年，陕西省党部书记长郭紫峻又向徐恩曾推荐了李担任和武子明等十名精英，从而又组建了第二密电研究室。
至于三个情报站，也仅仅只是收集情报而已。其中上海站站长是邓达谧，北平站站长是后大椿，天津站站长是张庆恩。
三、训练科
训练科设有科长、副科长各一名，干事若干。其中科长王云亭，副科长薛秋泉，干事有王济汉、朱秋白、徐政等，助理干事是李士群（后来成为汪伪76号主要头目）。
训练科的主要任务有三个方面：第一，编制训练小组，开展特务技能培训。除了培训之外，还组织经验交流会。每次开会，除重拾口号外，着重解释、处理一些训练中出现的问题，并加以纠正。第二，编辑《动力》和《群力》两本手册，均为半月刊。《动力》供特工人员阅读参考，《群力》则供特工之外的普通人员阅读参考。第三，负责研究撰写《特工用书》，其中就包括顾顺章编写的六本技能书。这些技能书几乎涵盖所有的特工技能，供党内特务学习使用。
训练科一共组织开展了三期特务训练班，每期时间为三个月。其中一期教练是顾顺章，二期、三期教练是大特务王杰夫。三期特训班，一共培养了60名特务，后来这些特务成为中统中的骨干力量，可见其训练水平之高，不亚于苏联克格勃。其中二、三期的训练班教练王杰夫就是特务丛中的一朵奇葩。
王杰夫作为一名特务训练专家，对“杀人放火”之事非常精通。他最大的“贡献”在于枪毙共产党人瞿秋白一事。1935年2月，瞿秋白在转移途中，在福建长汀县翟田镇水口村被地方反动保安钟绍葵抓获。后遭叛徒指认，瞿秋白的身份被识破，从而被关进长汀监狱。为了劝降瞿秋白，徐恩曾专门派了这个特务专家王杰夫审理。王杰夫同顾顺章一样，也是一个自大狂。刚刚来到长汀，便拍着胸脯向那些小特务们炫耀：“你们没有办法不要紧，我的办法有得是，不信他不开口！”信誓旦旦的王杰夫来到瞿秋白面前，软硬兼施，企图让瞿秋白开口。结果费尽九牛二虎之力也没有撬开瞿秋白的嘴，样子十分狼狈。后来王杰夫无奈之下打报告给上级，上级则通知李默庵和宋希濂杀害瞿秋白。也就是1935年的6月18日，瞿秋白喊完“打倒国民党！中国共产党万岁！共产主义万岁”后被一枪打死，年仅36岁。