陈立夫见盛世才撤了毛泽民的职务，心中大喜，便回重庆向蒋介石邀功去了。
蒋介石见陈立夫归来，十分关切地问道：“盛世才有无反共之心？”
“总裁放心，此人已经开始反共了，他已经撤了毛泽民的职！”
随即，陈立夫递给蒋介石一份文件：“总裁，这是在新疆任职的主要共党分子的名录，请您过目！”
蒋介石接过名单，毛泽民、陈潭秋等人的名字赫然在目。
蒋介石迅速指示陈立夫：“密切监视盛世才以及毛泽民等共党分子的活动情况，如有变化及时汇报！”
1941年，苏德战争爆发。苏联在欧洲战场上节节败退，日本人开始了侵华大扫荡！内忧外患之下，盛世才急需一个靠山。但在陈立夫的屡次挑拨下，他已经不再信任中国共产党。盛世才最后决定，投靠蒋介石。蒋介石觉得时机已经成熟，便派遣中统局副局长徐恩曾到新疆与盛世才谈判。
1942年春，蒋介石为了招安盛世才，致电青海省主席马步芳，请他力劝盛世才投靠国民党。马步芳接到命令后，立即去了新疆，而且他还命令“西北王”胡宗南的部队封锁了新疆的各个出口，向盛世才施压，在多重压力下，盛世才最终投靠了蒋介石。
1942年7月30日，新疆政府撤下区旗，挂上了青天白日旗，宣布“改旗易帜”！随后，盛世才下令，要求在新疆各地工作的共产党员统统返回迪化，随后，盛世才将入驻新疆的共产党员集中监视了起来。蒋介石听闻此讯，高兴不已，迅速任命盛世才为国民党中央监察委员、国民党新疆政府主席。
1942年8月17日，盛世才第一次去重庆参加国民党党内会议，会议中，盛世才会见了蒋介石，并向蒋介石汇报了新疆的情况。蒋介石高度赞扬盛世才，说新疆当下的和平稳定，全靠他新疆王盛世才！
最后，蒋介石还暗示盛世才：“新疆有些问题必须解决，如果有人企图分裂新疆，必须迅速逮捕！”
1942年9月17日，盛世才终于和共产党撕破了脸皮，将毛泽民、陈潭秋等人软禁在刘公馆。
紧接着，盛世才又将林基路等20余名共产党囚禁在三角洲招待所内。
随后，国民党当局致电盛世才，指使其将入驻新疆的所有共产党员及其家属统统抓起来，总计逮捕了140余人。
在将共产党人逮捕殆尽之后，盛世才致电陈立夫：“陈老弟，新疆境内的共党要人已经统统抓起来了，该如何处置他们？”
陈立夫恶狠狠地说：“这些共党分子都是死硬分子，只能严厉处置！”言外之意，陈立夫要求盛世才对共产党人施以极刑。
1943年3月，盛世才上报重庆当局，请蒋介石开会讨论如何处理新疆的共党人员。蒋介石就此组织了一个“新疆审判团”，专门审理盛世才编造的所谓“四一二阴谋暴动案”、“杜重远阴谋暴动案”、“阿山案”。这个审判团的头号成员，就是中统大特务季源溥。
时任中统局局长徐恩曾，派季源溥带领审判团深入新疆，并派陈建中、李宏基等大特务到新疆进行监督工作。
季源溥等人到达新疆后，马上成立了审判委员会，季源溥为审判长，李溥霖、李英奇、彭吉元、郑大纶、盛世骥为审判委员，郑大纶和裘朝永负责审判记录。而盛世才又将审理委员会分为三个审判组：季源溥等5人专审“共党四一二阴谋暴动案”；王德溥等3人专审“杜重远阴谋暴动案”；朱树声等3人专审“阿山案”。
第一次审讯的时间是1943年的3月份，季源溥等人刚刚抵达新疆迪化，便开始对毛泽民等人进行审讯。
季源溥知道毛泽民是毛泽东的弟弟，所以第一次审讯时，季源溥还是妄图说服毛泽民离开新疆，并且妄图让毛泽民去说服毛泽东不要再和国民党作对，然而毛泽民根本不买季源溥的账，把这个大特务臭骂了一顿。
季源溥恼羞成怒，他严厉问毛泽民：“你们为什么要来新疆？”
毛泽民不屑一顾，冷笑道：“你不应该问我，而是应该问问盛督办，是他请我们来的。没有他的盛情相邀，我们怎会来新疆？”
“胡搅蛮缠！你们来新疆明明是来谋反！”
“我们为什么要谋反？我们所做之事，盛督办最清楚！”
此时，陈潭秋高呼起来：“我们来新疆的目的是抗日，难道抗日也有错吗？委员长不是动员全国人民抗日吗？”
季源溥无话可说，气急败坏，黔驴技穷，只能对毛泽民、陈潭秋施以重刑。特务们将两人押至大牢，先是鞭刑，而后是压竹杠、坐老虎凳……经过一系列的酷刑，毛泽民、陈潭秋等人不胜暴打，昏厥过去。
然而，季源溥却不肯罢休，命令特务们继续拷打毛泽民等人，对毛泽民、陈潭秋等人施以坐飞机、打手掌、挂炸弹等种种惨无人道的刑罚。
在经历了几天几夜的毒打后，毛泽民等人依然咬紧牙关，不屈如初。
4月24日，季源溥又来到审讯室，再一次审讯奄奄一息的毛泽民：“你们在新疆到底有没有组织？”
“这里没有组织，只有六大政策！”毛泽民说。
“什么六大政策？”
“这个你要问盛世才，政策是他制定的，我只是执行政策！”
季源溥继续问：“那么‘阿山事件’是不是受到第三国际的指示？”
毛泽民回答：“第三国际没有指示，我们认为阿山案子很离奇，口供不符实。”
季源溥又恶狠狠地问毛泽民：“如果你们的组织在新疆搞阴谋暴动怎么办？”
“我们共产党绝对不会做这种事！”
季源溥见毛泽民不招，再次命令打手对奄奄一息的毛泽民施刑。
5月5、6日，季源溥再次对毛泽民进行了第五次、第六次审讯。这一次审讯，季源溥吩咐打手继续对毛泽民施刑逼供，并采取“车轮”方式，轮流对毛泽民进行“坐飞机”、“压竹杠”、“挂炸弹”，打昏之后，再用阿姆尼亚药品刺激毛泽民醒来……这一次非人性的折磨是漫长的，前后历经七天七夜……与此同时，陈潭秋也被打成了一个血人。
季源溥最终终于明白了，想要从毛泽民、陈潭秋嘴里得到点什么，根本是徒劳的！所以他决定伪造“证据”，直接定罪。
5月底，季源溥伪造了一份“四一二阴谋暴动案”的判决书，与此同时，王德溥、朱树声也在炮制“杜重远案”和“阿山案”的判决书。他们琢磨了半天，最终引用《刑法》中的有关条文，写下了如下判罚：
在徐杰（陈潭秋）、周彬（毛泽民）的指挥下，李一欧召集和主持秘密会议数次，决议于民国三十二年四月十二日在广场召开群众大会时，实行武装暴动。
首先由自卫队上台将盛世才卫队缴下枪支。
推定李一欧刺杀督办盛世才，孟一鸣刺杀参谋长汪鸿藻，潘柏南刺杀民政厅厅长李溥霖，刘西屏刺杀财政厅厅长彭吉元，李啸平刺杀教育厅厅长程东白。
同时航空队派飞机在大会上空示威，散发传单。
另派人率领武装分别占领督办公署、省政府及邮电、银行、仓库等各机关。暴动成功，即组织新疆新政府，推徐杰、周彬为负责人。
核其所为，被告徐杰、周彬等20余人，触犯《刑法》第二章“内乱罪”，应依法判决。
判处徐杰、周彬、林基路死刑，李一欧、孟一鸣、潘柏南、刘西屏、李啸平无期徒刑，其余被告3年以上15年以下徒刑。
宣判结束后，毛泽民、陈潭秋、林基路等人被关押到新疆第四监狱。
季源溥带着判决书高高兴兴地回了重庆。
季源溥一回到重庆，就来到陈立夫的办公室，向陈立夫汇报：
“案子审判时有些曲折，但他们‘预谋叛变’一事却是铁板钉钉，所以以《刑法》第二章‘内乱罪，判他们死刑！”
“共党方面有什么反应没有？”陈立夫问。
“这个案子没有公开审判，共党方面还不知道此事！”
陈立夫迅疾提醒季源溥，“一定要保守秘密，千万不要声张！你马上致电盛世才，让他做好保密工作！”
季源溥离开陈立夫办公室后，又向徐恩曾汇报了工作。
毛泽民、陈潭秋等人在监狱里，并没有坐以待毙，而是展开了生命中最后的一场斗争。
青年共产党人、曾时任库车县、乌什县县长的林基路在得知自己被判死刑后，在第四监狱的五号牢房里，对同住一个牢房的共产党员高登榜、陈谷音、曹建培等说：“我们不能坐以待毙，要想办法组织起来，反抗到底！”
“对啊，难道抗日还有错吗？凭什么判我们有罪？”
“就是！”
大家纷纷痛斥国民党当局的无耻行为，林基路号召大家继续抗争，不能这样轻而易举地将生命交付出去！林基路还自编了《囚徒歌》，由同一个牢房的共产党员、毕业于上海音乐学院的陈谷音配曲，大家一起在监狱里高唱《囚徒歌》！
囚徒，新的囚徒，坚定信念，贞守立场；
砍头枪毙，告老还乡，严刑拷打，便饭家常。
掷我们的头颅，奠筑自由的金字塔；
洒我们的鲜血，染成红旗，万载飘扬！