抗战的时候粮食非常紧张。每次在国家危难的关头，蒋介石就很看得起卢作孚。让卢作孚当了交通部的次长，还当了全国粮食局的局长。因为当时粮食紧张，张伯苓校长为了学校粮食的配置操了很多的心。有一次，国民党想到，卢作孚是粮食局长，张伯苓是南开的校长，他们的私交非常好，是不是在粮食的配置上有私？一天，特务头子戴笠就带了帮人到南开来查粮食情况。结果发现卢作孚和张伯苓都是非常廉洁的，没有以权谋私。有一次卢作孚病了，他的家人想买只鸡给他吃，却连买鸡的钱都没有。他家里的家具多半都是旧的，有两件还是借用民生公司的家具，直到去世，在遗嘱里面他还叮嘱儿子一定要把借公司的家具还回去。
晏阳初和卢作孚是20世纪享誉中国乃至世界的杰出人物，一个是毛泽东1938年在延安评价的“以宗教家的精神努力平教运动，深致敬佩”的平民教育家，一个是毛泽东在50年代初将其与张之洞、张謇、范旭东并列，誉为发展我国民族工业不能忘记的四位实业家之一，搞交通运输的“中国船王”。他们在民国时期的乡村建设运动中与梁漱溟一道并称为“乡建三杰”。思想上的相通，人格上的相敬，作风上的相似，使晏阳初和卢作孚不仅成为事业上相互支持和帮助的同志，而且成为终生不渝的挚友。
卢作孚和晏阳初的第一次见面应在1935年10月。那时，晏阳初去江苏无锡参加第三届全国乡村工作讨论会，会后参观了浙江县政建设实验县兰溪，然后到了南京，巧遇也在南京的卢作孚。晏阳初见卢短服布衣，一点没有大老板的奢华，他第一眼就对卢产生好感，两人谈得非常投机。对于此次会面晏阳初十分高兴，返回定县后他在给平教会同仁作《关于出席乡建学会会议等经过情形的报告》时说，“在南京还遇到了卢作孚先生。他是四川的一个实业家。我们彼此相知已久，却从未会过面。这次在南京会面之后，一见如故。大家谈谈奋斗的经过，不禁引为同志。因为他在四川的努力，不仅是为四川而四川，目光也是注于全国，对于救亡图存的问题，非常注意的。他最近从广西回来，他认为广西的前途很有希望。他也希望我们派人到四川去帮他们的忙。”从此，他们开始了长达20余年的密切交往，结下了终生不渝的友谊。
晏阳初曾说，卢作孚“是没有进过大学而靠自己努力成功的人”。在乡村建设方面，他们更是志同道合，相互砥砺。鲜为人知的是，晏阳初还曾担任过卢作孚创办的民生公司的董事会监察人和常务董事。
晏阳初像对待亲人一样对待朋友，他家的大门总是对所有的朋友开放，大人小孩都是他最欢迎的客人。对卢作孚颇有研究的赵晓玲女士说：“卢作孚先生的朋友非常多，但可称为‘通家之好’的，也就是晏阳初。”“卢作孚先生从不肯麻烦别人，但可以让他的孩子在假期里住在晏阳初先生家里，晏先生也像教育自己的孩子一样亲切而严格地教育他们。”平教会南迁后，晏阳初一家先暂居成都，乡村建设学院建成后，又举家移居北碚，晏卢两家便多了往来。
卢作孚非常钦佩晏阳初坚持不懈献身平民教育的精神。有一次他在中国乡村建设学院演讲时说：“人都以为在美国很享福，你们的院长在美国募捐，住一个小店。有一次我去看他，他正在洗袜子。捐款是天下最苦的事，其苦一言难尽。”这件事后来有人告诉了晏阳初，使他非常感动。
1939年初寒假和1941年暑假期间，卢作孚的长子卢国维、次子卢国纪到成都旅行，两个孩子住在晏阳初家里。卢国纪多年后深情地回忆到：“晏伯母是一个美国人，性格很开朗。知道我们要到成都去，他们全家人早已在盼望着我们的到来。我们住在他们家，受到了异常亲切的款待，使我们觉得犹如住在自己的家里一般。”“父亲的许多亲密朋友中，唯有晏阳初家的孩子与我们家的孩子相互之间最为亲切。他们家的男孩子成了我哥哥和我最好的朋友，他们家的女孩子成了我姐姐和妹妹最好的朋友。”
1944年3月，卢作孚次子卢国纪为准备参加大学考试，卢作孚特地将他送到晏阳初家，与晏的两个儿子一起跟晏夫人学习英语，一住就是一个多月。晏夫人严格要求，规定在家只准讲英语，不准讲汉语，使其英语提高很快。
不仅如此，晏夫人还当过卢作孚的英语老师。抗战期间，卢作孚即开始思考战后建设和航运业发展问题，深感对外交流之必要，便利用养病的机会和工作之余学习英语。他虚心学习，不耻下问，向乡村建设学院教授孙恩三和晏阳初夫人许雅丽请教。晏阳初晚年还能回忆起当年卢作孚学习英语的情景：“抗战期间，因为得跟美国商人打交道，他跟我妻雅丽读英文，晚上有空时来读一点。半年之后，就能看懂英文报。那时他大概50岁左右，英语说得不算流利，简单的可以应付。”两年之后，卢作孚英语水平大有提高，“能轻易地阅读英文报纸和英、美刊物”，能熟练地用英语与外国人打交道。
1949年5月，卢作孚带着刚满三岁的孙女卢晓蓉与晏阳初、蒋梦麟等友人同机从重庆到广州。机上很多人都因颠簸而呕吐，卢作孚也一样。晓蓉因为年龄小没事儿，照样玩得很开心，卢作孚见状轻松地笑了起来，晏阳初便跟他开玩笑说：“以后坐飞机，你都把晓蓉带上，精神就好了。”后来在香港，卢晓蓉又多次随祖父参加他和晏阳初的聚会。他们全家还和晏阳初先生同游香港太平山公园。卢晓蓉当时很小，记忆已很模糊，但因父母常常提起，所以仿佛历历在目。有一次，大家到太平山顶散步，走着走着，卢晓蓉就脱离“队伍”跑到前面去了。抬头一看，前面有个人的背影很像她的祖父，她以为自己走丢了，就边哭边往前追赶。在她身后的祖父和同行人士见状都大笑起来，晓蓉回头一看，也破涕为笑。
晏阳初与卢作孚的最后相聚是在1949年11月。19日晏阳初和卢作孚同机从重庆飞往香港。晏阳初是去台湾参加农复会工作会议，卢作孚是为了保护滞留在香港等地的民生公司20余艘主力船返回祖国大陆。在港期间，国共两党都在争取卢作孚，国民党多次派要员劝说卢作孚去台湾，都被卢婉言谢绝。因此，卢作孚的处境已经十分危险。为卢作孚安危担心的晏阳初劝说卢作孚到美国暂避一时，再做打算。卢作孚非常感谢晏的好意，但是他说：“去美国环境比香港单纯，作为短时间安排不失为一个方案。但我对事业负有责任，怎能丢下就走。其实，只要船不受损失，我什么也不怕。”他们可能谁也没有想到这次香港一别，竟成永别。
当晏阳初得到卢作孚的死讯时，不禁悲从中来，满怀深情地写下了《敬怀至友作孚兄》：
“我一生奔走东西，相交者可谓不少，但唯有作孚兄是我最敬佩的至友。他是位完人。长处太多了。”
“作孚有理想，有大志，他深知要使中国富强。必须发展交通。长江是交通重道，需要轮船，所以他组织民生轮船公司，以应时代的需要。”
“他极富创造力，具有实现理想的才干和毅力。他组织公司的资本，是向朋友和外国借款。他自己并不想赚钱，忘我忘家，绝对无私。抗战时，他有一次病了，家里人想给他买一只鸡吃，连这钱都没有。由此可见他人格的高尚。所以，知他的人都敬佩他。”
“他不说闲话，言必有物。用字精当，从容不迫，有条有理，就像他做事一样：很沉着，有组织，有思想。”
“像作孚这样一位正人君子、爱国志士、了不起的实业家，国人应当敬重，然而，他的结局竟是如此悲惨。我为国家伤心，我为至友哀痛。”
卢作孚女儿卢国懿与晏阳初的女儿晏群英是金陵大学园艺系的同窗好友，她们后来都去美国留学，并在加州定居。她们老来还经常相互探望、一起玩耍，在卢国懿的信中经常可以见到晏群英的名字。
中国社科院近代史所研究员、晏阳初研究专家徐秀丽女士曾发现了美国哥伦比亚大学收藏的一批晏阳初和卢作孚在1950至1951年的来往信件，一共有25封（其中卢作孚致晏阳初14封，晏阳初致卢作孚11封）。那时晏阳初在美国，卢作孚主要在香港。在这些隔洋通信中，两人念念不忘的，还是他们毕生所从事的教育事业和乡村建设事业；所倾心关注的，还是如何尽快结束战争，实现海峡两岸的和平，让饱经战乱和贫困的同胞过上文明幸福的生活。在这些通信的字里行间，也提到了儿女家事。
晏阳初在1950年8月17日致卢作孚的信中写道：“国懿后天在纽约中国使馆结婚，弟已嘱平会驻美办事处帮同办理一切，弟今晚赶赴纽约……代兄主持并照拂一切。婚礼举行后再当向兄报告。”在此之前，卢作孚曾去信请他代为“考察”、“考虑”这位未来的女婿。此时的卢作孚已经回到国内，如果能收到这封信，该是何等的欣慰。1951年1月10日晏阳初给卢作孚寄出了最后一封信，信中写道：“不通音讯，将近半年矣！国懿结婚，弟代表吾兄在简朴而隆重的空气下主婚，一切皆顺利地快乐地完成。尔俊（即何尔俊，卢国懿之夫）笃实，是一个好青年，祈释念。”
卢作孚的二女儿卢国仪当时准备去美国留学，报考了康乃尔大学，正在等候学校通知。卢作孚为她的留学费用发愁，于1950年3月22日给晏阳初写信说：“彼仅有留学费用二千元，将来仍盼有学校或学术团体奖学金机会，乃能完成学业，否则仅能留美一年，似无必要也。”晏阳初3月30日即回信详述了他周到的安排，并请卢作孚放心：“国仪读书，兄只备来美旅费，以后读书用费，弟绝对负责去办，祈释念。”卢国仪后来被康乃尔大学录取，但因故没有前往就读。
20世纪80年代中期，卢国维曾带卢晓蓉去看望过晏阳初夫人的妹妹、武汉大学英语系许海兰教授。许海兰很亲切地接待了他们。到了90年代，卢晓蓉在北大一家企业工作，卢国维也住在北京，他多次去晏阳初的儿子晏振东家看望，晏振东和他的长女晏玲也来过卢国维在北大中关园的家。
爱国？？1932年左右，卢作孚时任川江航务管理处处长，为维护内河航运主权和保护民族航运事业，明令凡外商轮船抵达重庆港口，必须先由航管处检查，然后才能卸货，装货。日帝“日清丸”商轮首抵重庆，停泊嘉陵码头。航管处当即派出武装官兵上船检查。船长认为在上海、南京、武汉等口岸都是任停任驶，小小的重庆港竟要检查，有损大日本帝国的体面。遂拒绝我执勤官兵上船。卢作孚听了汇报后说：“那好吧，他总要来请求我们上船检查的。”他指示管理处人员到码头向装卸、搬运工和坐商、走贩说，“日清丸”在我内河行驶，不遵守我政府法令，拒绝港口检查。要大家团结，发扬爱国主义，维护内河主权，对日轮不给搬运装卸，这一决定得到沿江一带各行业的拥护支持。
“日清丸”轮停在江里已四天，都没人去接洽卸载，也无人向他们出售给养、物资。船长、船员开始着慌了，赶快上岸联系。他们找搬运工卸货，工人们转身就走。他们找店铺、商贩购买补给品，商人们拒不供应。日本人又耍花招，用加倍付款相引诱。但得到的回答是：“你们不准中国人上船检查，为什么又找中国人呢？”
到了第六天，“日清丸”轮的船长只好派出代表，到航务管理处向卢作孚处长表示愿意遵守中国港口的规定，欢迎派员上船检查。卢作孚问：“你们船长认识错误了吗？”来的代表满脸堆笑，连说：“大大地认识、大大地认识了。”于是，北碚峡防团务局的武装人员登上“日清丸”轮，在船长陪同下，按章履行了港口检查手续。然后，工人才给他们卸货，商人才供应他们给养。
死因
半个多世纪以来，围绕卢作孚逝世的原因、经过，以及卢作孚所留下的遗嘱，无论报刊书籍或是民间口传，都有着各种不同的版本和评说，然而多与事实严重不符。在陆续出版的各类文献中，关于卢作孚的逝世，或是有意隐讳、只字不提，或是以“病逝”二字一笔带过，还有个别书刊引用不实传说，以讹传讹。某些不负责任的作者甚至就卢作孚的逝世编造所谓“史实”和“卢作孚遗嘱”，以致谬说流传，误导世人。