其二，将“党护门风不通议论”列为第二，也足见其对禅门派别之争持反对意见。故他说：“祖师西来，非为有法可传，以至于此。但直指人心，见性成佛，岂有门风可尚者哉？”又言：“能、秀二师，元同一祖。见解差别，故世谓之南宗、北宗。能既往矣，故有思、让二师绍化。思出迁师，让出马祖。复有江西石头之号，从二枝下。各分派列，皆镇一方。源流滥觞，不可弹纪。”在文益看来，达摩西来“直指人心，见性成佛”是根本，而门风只是枝叶与末端的问题，学禅、悟法不应有门户之见，否则就会出现“护宗党祖，不原真际。竟出多岐，矛盾相攻”，“是非锋起，人我山高”，“缁白不辨”的混乱局面。事实上，派别之争无益于佛法之流布，而所谓的门风，乃是“后代宗师建化有殊”而造成的“各有门庭施设”，但是“大道无方，法流同味”，“虽差别于规仪，且无碍于融会”，故不能因教法（教育方法）相殊而否定了其本可融会贯通的根本处。有道是“参禅是为成佛，佛就是佛，解脱的境界并无不同，不因禅风不同，而所成就之佛有异”。所以，禅门悟道不能丢掉“明心见性”的根本，也不要误入“角争斗为神通”之外道歧途，而招恶果。
其三，文益将“举令提纲不知血脉”列为第三，是在教学方法上指出了禅门弘法时容易出现的病症，并就此提出了新的要求。他说：“夫欲举唱宗乘，提纲法要，若不知于血脉，皆是妄称异端。”其实血脉之词即意指佛法的精神与灵魂，若既未领悟佛法思想之真实义，又未掌握禅宗门宗旨之要领，自然是不能担负起传法之重任的，正如云门文偃禅师所言“尽大唐国内，觅一个举话人也难得”。禅师传授佛法要旨，不仅在于要契理当机，而且也要因人而异，“从苗辨地，因话识人”，不能墨守成规。文益十分重视传法这一过程，他认为：“代佛宣扬，岂同容易”，“况为模范，得不慎欤！”在他看来，传法与勘验不仅需要慎重的态度，而且对禅师也需要一种更高的要求，不然会出现“妄言妄语”，甚至会有诋毁和曲解佛法真义的现象发生，所谓“奴郎不辨，真伪不分。玷渎古人，埋没宗旨”。文益指出：“若会举令提纲，便是十成宗匠。”而将禅师“举令提纲”的能力上升至是否具有法匠身份和地位来看待，足见其对禅师提举宗纲能力的重视与推崇。这也从一个侧面反映了文益重视禅法教授的主观心理与实际操练过程，由此也不难洞见文益禅学思想以实践教学为中心的禅法特点。
其四，文益将“对答不观时节兼无宗眼”列为第四，则进一步说明了在教学环节中禅师的说法与勘验必须当机契机，即是要看对象和讲究因缘、时节，而且在传法与勘验过程中要自始至终地贯穿本门之宗眼。他说：“凡为宗师，先辨邪正。邪正既辨，更要时节分明，又须语带宗眼，机锋酬对，各不相辜。然虽句里无私，亦假言中辨的。”在这里，文益所要阐明的是佛法教学环节与禅师互为勘验的基本原则和具体方法，即是说宗匠如何开展说法和禅师之间如何进行禅之勘验。在文益看来，作为宗师首先要分清是非，而这个是非问题即是“正邪之辨”，即是要分清说法或勘验的对象佛学修为是什么样的一个程度和水平，区分所要说法或勘验的对象是“正知正见”还是“邪知邪见”；其次要讲究因缘时节，所谓“说法要当机”，不仅要考虑对象的理解程度和水平，而且还要考虑对象的认知能力和思想心理，以便于将对象引导向良好的方向思考并激发出其内在的心灵智慧，而使之达到开悟的目的。关于各家宗眼，实质上是可以通过洞察宗风而获得，换言之，即是可以通过审视禅门各派的教学风格来获取宗眼之完整形象与真实意涵。文益对禅门各宗宗风评说云：“曹洞则敲唱为用，临济则互换为机，韶阳则函盖截流，沩仰则方圆默契。”从文益的评说，我们不难获取曹洞、临济、云门、沩仰四家宗风之意趣。不过，这仅仅是教学方法和勘验手段不同的外在形式而已，并非有违于禅宗心法之要旨。而对于禅门各派来说，可以说是宗风殊、要旨同，所谓“虽复千途异唱，会归同致矣”，“万汇虽分，还归一总”。对于举唱宗乘者而言，平凡之辈“不可弹论”，必须深明本宗纲要，有契入禅宗之实境，否则“对答既不辨纲宗，作用又焉知要眼。诳谑群小，欺昧圣贤，诚取笑于傍观”而贻笑大方。
其五，文益将“理事相违不分触净”列为第五，不仅阐释了理事关系，而且又提出了法界平等的思想。在理事关系上，文益认为理与事不可分割，且圆融无二，故他说：“大凡祖佛之宗，具理具事。事依理立，理假事明。理事相资，还同目足。若有事而无理，则滞泥不通。若有理而无事，则汗漫无归。欲其不二，贵在圆融。”从中不难看出，理事相互依存的相即关系。故有学者指出，文益“他特别强调‘理’不能离‘事’和从‘事’入‘理’的道理”。文益对理、事关系的认识，显然受华严宗“理事圆融无碍观”之影响。《大方广佛华严经疏》卷第二云：“理即生空所显，二空所显无性真如等理。事即色心身，方等事。”这即是说理是具有本体性意义的无性真如，而事则为具体之事相。文益统合理事关系，以不二、圆融之思维建构起其形上与形下相互涵摄之佛教“理事观”，并具有了积极的宗教意义。这一圆融不二的“理事观”不仅构成了其禅派的宗眼，而且也成为阐扬和概括其他禅门派别的一大依据。故有学者指出：“文益对于禅学还有自己的看法……他讲的禅完全建立在理事圆融的基础上，这就构成他的宗眼。……以理事圆融及其表现形式成为他概括四派说法的依据。”在文益看来，“理事圆融”是禅门各派皆应具有的思想内核，“各派宗眼都不能出乎这一共同宗旨”，故文益在理解和评介禅宗各派时自然“以理事圆融为中心”。从他所说“临济有主有宾，有体有用。然建化之不类，且血脉而相通”的言中语意，就能明显地感受到其思想的圆融性，这与他受到“理事圆融”的华严思想影响不无关系。文益在谈理事关系时，又引入了法界平等的思想云：“又如法界观具谈理事，断自色空，海性无边，摄在一毫之上。须弥至大，藏归一芥之中。故非圣量使然，真猷合尔。又非神通变现，诞生推称，不着它求，尽由心造，佛及众生，具平等故。”文益关于法界平等的观点也与其所受到的《华严经》影响不无关联，《华严经》云：“说法界际，法界平等而无有尽，一切众生，莫能知者。永离一切有为、无为，舍离一切言语道境界，究竟无碍无尽法界。”显而易见，法界平等无碍，不执著有为与无为，即能证得无碍无尽之法界境，所谓理事法界圆融无碍，“此一切境广大如法界，理事事事皆无障碍”。可见，文益对理事圆融的体认则表达了理事之间相互涵摄的思想内蕴，即所谓“形上涵摄形下，形下内蕴形上”之涵摄关系。
其六，文益将“不经淘汰臆断古今言句”列为第六，是就学禅者的学风问题指出了病根，并提出了化解之道。文益言：“征引先代是非，鞭挞未了公案，如不经淘汰，臆断古今，则何异未学剑而强舞太阿，不习坎而妄凭深涉，得无伤手陷足之患耶？”这即是说，举扬宗乘需要对公案之义理了然于心，且要真正筛选和参悟公案，使自己真实契入禅门之悟境，不能仅作形式上的模仿而不领悟禅宗之要义，否则就会像“邯郸学步”一样简单地模仿而不得佛法之要领。文益的言说话语对于学禅者而言，既是一种警示，又是一项修学要求。不仅如此，文益还指出身入丛林的禅者要善于择友和求师，并对他们寄予了厚望：“夫为参学之人，既入丛林，须择善知识，次亲朋友，知识要其指路，朋友贵其切磋。只欲自了其身，则何以启进后学，振扬宗教，接物利生。”这即是说学人要择良师与交善友，要担当起弘法利生的宗教事业之使命。文益还特别强调学人对于学佛过程中出现的任何疑问都不可忽视，若“有纤瑕之疑事，须凭决择，贵要分明，作亲伪之箴规”，如是才能“为人天之眼目，然后高提宗印，大播真风”。
其七，文益将“记持露布临时不解妙用”列为第七，指出了禅师悟法须有师承，但是又不能墨守成规、拘泥于师法，相反要活学活用。他说：“学般若人，不无师法，既得师法，要在大用现前，方有少分亲切。若但专守师门，记持露布，皆非颖悟。”因为禅是活泼、自然与自由的，所以对其在理解和运用上要随机应变，当用即用。文益认为，学禅者不应专守师门旧法而应推陈出新，要有“青出于蓝而胜于蓝”的思想追求。他说：“见与师齐，减师半德。见超于师，方扬师教。”从文益的言说语意，不难看出他对禅门教法有不断革新的思想意趣与精神诉求。而作为悟法的禅师或传法的禅者，一切境界与言说需“一一从自己胸中流出”，才合乎禅之精神内理。在禅悟之道的实践中，文益仍将其禅学“理事观”思想贯穿于其中，提倡“理事俱修，当用即用”。他针对禅客固守“宗风”和曲解“妙解”的现象，还特别指出“切忌承言滞句，便当宗风。鼓吻摇唇，以为妙解”，澄清了禅客在思想上所存在的误区。在他看来，“智出于广莫之乡，神会于不测之境。龙象蹴踏，非驴所堪”，尤其强调了以禅智慧来领悟佛法的真实义理，这也说明了文益禅法注重智慧与觉悟的思想特征。
其八，文益将“不通教典乱有引证”列为第八，一方面指出了禅门教学或勘验中所存在“不通教典乱有引证”的实际问题，另一方面又提出了禅者对于经、教之现象应采取的正确思想态度。在文益看来，宗门说法“明佛意”、“契祖心”是根本，故云：“凡欲举扬宗乘，援引教法，须是先明佛意，次契祖心，然后可举而行。”这即是说理上通，才能在事上行，可见文益之“理事观”在其禅学思想中是一以贯之的。文益认为，理上不通而援引经教，这不但不能解决学人之困惑，而且也会有损于佛法之形象，他说：“傥或不识义理，只当专守门风，如辄妄有引证，自取讥诮。”而且，“遭他哂笑，有辱宗风”。所以，文益十分反对禅客“不通教典乱有引证”之现象。文益还认为，“假使解得百千三昧沙数法门，只益自劳”，“与我祖宗，全无交涉”，可见他对这一现象有深恶痛绝之态度则跃然于纸上。他在对待教禅的问题上，赞成“凡欲举扬宗乘，援引教法”之观点，足以表明其将宗与教视为一不可分割之关系，“教禅一致”的思想倾向十分明显。故有学者指出，“由文益所指出的这一基本精神，经其门下天台德韶再传永明(寺)延寿，得到更大发扬”，“他讲的禅是会通教义来讲，不是凌空而谈”。但是文益对禅、教仍持有相当严谨之态度，认为宗门援引经教，不仅先要明白佛法之义理，而且还要契合祖心，然后才可举行，可见其良苦之用心。文益虽坚守禅门“乃是教外别传”之立场，但其本人对经教仍是十分重视的，曾专门撰有《因僧看经》一颂表达其见解云：“今人看古教，不免心中闹，欲免心中闹，但知看古教。”而其对于经典“较量疏密”的观点，也反映出文益对经教一贯慎重的态度。
其九，文益将“不关声律不达理道好作歌颂”列为第九，不仅对禅门不明义理而乱作歌颂的现象提出了批评，而且也就歌颂在参禅中的作用做了简明扼要的阐明。对于禅门歌颂的认识，并非想象之简单，歌颂在禅宗传法与勘验的宗教实践过程中有重要的思想意涵，它不仅需要以禅师的个人修为和体悟为根基，而且要求禅师有较高的文学修养为条件。所以，文益认为禅门歌颂并非人人就能轻易而作，亦非每首歌颂就能真实反映禅宗之义理与禅师之悟境，故他云：“苟或乏于天资，当自甘于木讷，胡必强攀英俊，希慕贤明，呈丑拙以乱风，织弊讹而贻戚，无惑妄诞，以滋后羞。”又说：“不见华严万偈、祖颂千篇，俱烂熳而有文，悉精纯而靡杂，岂同猥俗兼糅戏谐！”由此具见文益对歌颂的正确立场，即是在他看来禅师要作歌颂要必合经义且不可草率，因“在后世以作经，在群口而为实”，故“亦须稽古，乃要合宜”。而且文益将乱作歌颂上升到以乱宗风的高度来看待，也表明其对宗门歌颂这一现象的重视程度。文益云：“宗门歌颂，格式多般，或短或长，或今或古。假声色而显用，或托事以伸机，或顺理以谈真，或逆事而矫俗。虽则趣向有异，其奈发兴有殊，总扬一大事之因缘，共赞诸佛之三昧，激昂后学，讽刺先贤。”可见其对宗门歌颂之作用有清醒的认识和见解。然在文益看来，重视歌颂这并不意味要执著于歌颂而被歌颂所转，他认为歌颂在于激昂后学、讽刺先贤，“皆主意在文，焉可妄述？稍睹诸方宗匠、参学上流，以歌颂为等闲，将制作为末事，任情直吐，多类于野谈，率意便成，绝肖于俗语，自谓不拘米廣，匪择秽孱。拟他出俗之辞，标归第一之义，识者览之嗤笑，愚者信之流传，使名理而寖消，累教门之愈薄。”这即是说语言文字是义理的显现，义理不通则不可为文，