从法眼宗传承的系谱来看，法眼一脉先后涌现出文益、德韶、延寿三位具有代表性意义的禅门祖师，他们长期活跃在江南地区，是学修并进、工夫与见地卓越且思想富于开创性的一代高僧大德。他们在思想文化转型时代，提出了新的禅宗教育方法，并建立了一套适宜于禅学发展的思想理论体系，对推动禅宗的发展起到了重要作用。故有学者说：“法眼宗理论成为承前启后、镕铸后世佛教乃至中国文化的宝贵材质。”法眼宗思想理论的形成不仅是禅宗思想发展内在逻辑的必然性结果，而且也与法眼宗三代祖师的共同努力密不可分，同时也是区域之间思想文化互动交融下的历史性必然产物。
法眼宗继承和发展了禅宗的“心性论”思想，它在禅学传播的宗教实践中以心性论为基础而融贯唯识宗之“万法唯识”思想，在主张“理事不二”思想的同时又引入了华严宗的“理事圆融”思想，并顺应“禅教一致”的发展趋势和迎合“禅净合流”的思想潮流，以海纳百川的开阔胸怀来沟通禅、净、教之间的关系，且提倡“唯心净土”的修学方法，从而推动和扩大了法眼宗思想及其宗派之发展。法眼宗最为重要或最具有明显特征的禅学思想即是“三界唯心”、“一切现成”、“理事不二”、“法界无边”、“禅教一致”和“禅净合流”。
$第一节 “三界唯心”与“一切现成”
“三界唯心”是佛教中最为重要的思想之一。佛教各宗派对于“三界唯心”均有不同的认识和阐释。法眼宗将“三界唯心”作为自己思想内容之重要组成部分，则与文益禅师的悟道因缘有不可分割之关系，也与延寿以一心为宗而去统合各家佛教思想的行为密切关联。“三界唯心”体现了禅宗“万法尽在自心”的心学立场，而一向为法眼宗所重视。然“三界唯心”思想乃佛法正理，揭示了万法所生之规律，并非一派所独有，故其也为华严宗、法相宗(唯识宗)等其他佛教宗派所推崇。因此，“三界唯心”有客观的理论条件成为禅宗与其他诸宗沟通关系的一块理论基石。“一切现成”是由罗汉桂琛所提出，文益禅师因在罗汉桂琛处深受其一句“若论佛法，一切现成”之启示而豁然开朗和悟道的，因而具有重要的悟法之符号性标志和意义。“一切现成”思想一经文益、德韶的继承和发扬，而自然成为能够代表法眼宗一派思想的象征性符号。“一切现成”反映了“法尔如然”、自性本具，乃为本来面目一切具足的自性如如状态，既是自性、真心和万法的真实显现，也是佛法真实境界的自然证得和如来境地的自然呈现，故在法眼宗思想中具有独特的魅力。法眼宗的“三界唯心”与“一切现成”体现了禅宗开佛知见、明心见性、顿悟成佛的思想立场和悟法境界，不仅是构成法眼宗理论体系的重要内容或组成部分，也是具体指导法眼宗学人进行禅宗修学的具体方法、思想要求和理论原则。
一、“三界唯心”
所谓“三界唯心”，是指三界之法，乃是唯心所变现，而离开心之外，便没有一物、一法之存在。换言之，即是说三界一切有情、一切果报，随心所作，唯心所造，随心而灭，心遍周宇宙、贯通十方。故《十地经》云：“三界虚妄，唯是一心。”《华严经》云：“三界虚妄，但是一心作”，又云：“菩萨摩诃萨知三界唯心、三世唯心，而了知其心无量无边，是为第八无等住。”《入楞伽经》云：“心见于自心，见外种种相，实无可见法……三界唯是心。”又云：“菩萨摩诃萨观察三界，但是一心作故。”《楞伽经》亦云：“云何菩萨摩诃萨善分别自心现？谓：如是观三界唯心分齐，离我我所，无动摇、离去来，无始虚伪习气所熏，三界种种色行系缚，身财建立，妄想随入现，是名菩萨摩诃萨善分别自心现。”可见，佛经在言说“三界唯心”时都强调心意识之作用，认为三界存于一心之中，三界皆由一心妄想而引起，而妄想又不离于自心(本体心)。诚如太虚言，“三界世间境也，此境即是心之所现，不离心体，故云唯心”。不过，佛教说“三界唯心”之“心”则有两层涵义：一是指本体之心，具有佛教的形上之解脱意义，代表了佛陀所证悟的佛法真实境域；二是指心识，即心识是有情生命之灵、情力之源，由本体心(因)与外尘(缘)和合而成，而三界皆为心识认知而有。故“三界唯心”，实为三界同体，三界无非都是真如的动态而现。在佛教中，“三界唯心”思想所要表达的佛法大意是说，世界一切现象由心所造，是本心所现，为心识认知而有，而一切众生本具清净如来法身和自性清净性，因无始之虚伪恶习所熏染，为客尘所染，所以解脱成佛就需要除灭客尘、舍伪归真，恢复本来真性。换言之，即是要除去妄心回归真心。然而，真心、妄心也是巧立之名相，而一旦证悟佛法之真实域境，真心、妄心俱融、俱空，它们也是应该被破除掉，并对其不能有所执著。由于“三界唯心”思想演说了佛法之至理，故为禅宗、华严宗、法相宗(唯识宗)等宗派所推重，有学者也认为，“‘三界惟心，万法唯识’则为佛教一切宗派，尤为法相宗之纲宗”。这也说明“三界唯心”为佛教各宗所推崇已是佛教内部的一普遍性现象。
“三界唯心”是法眼宗理论体系中最具有特色的思想之一。《五家宗旨篡要》直接将“三界唯心”视为法眼宗的宗旨云：“法眼家风则闻声悟道，见色明心，句里藏锋，言中有响，三界惟心为宗，拂子明之。”虽然此处将“三界唯心”作为法眼家风来看待也未必妥当，但是至少也表明了“三界唯心”是法眼宗思想的一大特色则毋庸置疑。法眼文益禅师十分重视“三界唯心”，这与其受石头希迁的思想影响则有一定的联系。石头希迁云：
吾之法门，先佛传授，不论禅定精进，唯达佛之知见。即心即佛，心、佛、众生、菩提、烦恼，名异体一。汝等当知自己心灵体离断常，性非垢净，湛然圆满，凡圣齐同。应用无方，离心意识。三界六道唯自心现，水月镜像岂有生灭？汝能知之，无所不备。
在上述所引的一段话中，石头希迁说“不论禅定精进，唯达佛之知见”，其意在于强调其法门是直下顿悟的禅门心法，按照禅宗的说法，即是要直下顿悟本来清净之心，即所谓“一闻言下便顿，顿见真如本性”，“若识自心见性，皆成佛道”。故道悟也云：“见则直下便见，拟思即差。”在石头希迁看来，“即心即佛”，心、佛、众生、菩提和烦恼是名异体一的，而“自己心灵体离断常”，即能识心见性，顿悟成佛；“三界六道唯自心现”，即是说三界是自心所现，而一旦断灭心意识，本性自现，一切圆满，圣凡等一。可见，希迁主张“三界唯心”的用意十分明显，而且在这里希迁所言的心不仅有本体心之意涵，而且此心还具有心识的作用。因此，作为希迁嗣下法派门徒且又是石头希迁思想信奉者的文益禅师自然免不了要受其“三界是自心所现”之观点影响，故文益的“三界唯心”之“心”意义自然也有两层含义。所以文益提倡“三界唯心”不仅有其思想上的渊源关系可以寻觅，而且也可以从中窥见其对“三界唯心”思想理解之偏好。然而，文益禅师未契入禅宗悟境之前，虽常言“三界唯心，万法唯识”，但是流于表象，却未能参悟透其中之真实义理，这一点即可从他初次参学罗汉桂琛时的情形看出。当时文益在慧稜处参学十余年而未开悟，于是欲出岭南前往湖湘再寻明师，因天气原因受阻于地藏院而与罗汉桂琛相遇，于是有了互相之间的禅宗勘验之机缘，由是而促使他对“三界唯心”不得不做出深思，从而使其在理解上获得了思想上的升华。据载，地藏院罗汉桂琛曾问文益：“上座寻常说三界唯心，万法唯识”，乃指庭下片石云：“且道，此石在心内在心外？”师云：“在心内。”地藏桂琛云：“行脚人，着甚么来由安片石在心头？”师窘无以对，即放包依席下，求抉择。在对答互机中，地藏桂琛以文益常言之“三界唯心，万法唯识”作为诘问之由头，而使文益在关键处哑口无言、露了马脚，这也说明文益对经文义理的理解仍然存在较大的知见，其在语言上常言三界唯心也仅是一种浅陋理解，而与对佛法的真悟实解还存在有一定的差距，且这一点在文益未开悟前表现尤为明显。故《清凉文益禅师赞》云：“三界唯心唯片石，才分内外堕狐疑。”则直言不讳地指出了文益存在有内外分别之心，故心有内外分别之相。文益在桂琛面前的失语表现，也反映出他仍执著于经文义理的知识性理解而未能契入无分别的禅宗无相之境界。不过，这是文益在学禅之路上的一段难得经历，为其进一步深研唯心之旨而推波助澜，加速了他在佛法认识上的早日开悟。其后，文益留在桂琛处，“近一月余，日呈见解说道理”，但是桂琛对其知解上的见识仍颇不以为然云：“佛法不恁么”，“若论佛法一切现成”，于是文益言下大悟，心胸廓然明朗，洞见和领悟到了禅宗心门之要旨，从此而开悟。桂琛的教学方法体现了“法则以心传心，皆令自悟自解”的原则。由此，文益禅师深深地领悟到了道由心悟岂在说解上的道理，故他以“三界唯心”为其思想的一贯主张，则有其悟道上的思想因缘关系。