按照计划，此次修城是在旧有颓废土城的基础上修筑砖城。尽管无法亲自参与修筑，顾鼎臣却一直紧密关注着此事，无论是城池的选址、规模，还是依据地势不同所需要的不同材料，他都一一叮咛，可谓无微不至。现有材料体现了他用心之切：
愚意欲将旧城台两边恢拓，将水次官仓围之，城内所增城垣不过二里许耳。伏惟高明裁之，其修筑之务，所最切要者上下台墙，具用胶粘黄土，若用潮沙，不三四年遂崩坏矣。二城脚须用白沙坚石甃石块，要扁而阔，四面方正，凿平则缝细而石稳，潮汐遑来不能啮，石中之土不至下空而上崩塌矣。砖用胶土灰，用坚石必得山柴烧者为妙，芦柴虽贱，所烧砖灰具不坚尔。城垣须高一丈五尺，女墙五尺，庶奸人不能逾越，城基厚与高等乃可，城楼水关之费亦不赀，俱望经理令工直有余剩，庶可为永久之图也。
上文是顾鼎臣对于昆山城修筑的大体构想，周到且专业。仅从用沙一事来说，顾鼎臣嘱咐不得用潮沙，潮沙即为海沙，受海水的浸泡冲刷，海水中的盐分渗透至沙中，具有一定腐蚀性，同时，盐分会吸收空气中的水，使沙的黏性降低，用潮沙修葺的建筑物，在潮湿的天气，甚至会出现墙体渗水现象。所以顾鼎臣说用潮沙修台墙，不出三四年就会崩坏。从中我们看到，与一般“两耳不闻窗外事，一心只读圣贤书”，仅会纸上谈兵的士大夫不同，顾鼎臣显然是个实干主义者，他深知具体的实施方式，了解其中的各种细节。不仅如此，我们还能从文字中感受到他对昆山城防的关切之心。这种一一道来所体现出的熟悉程度，更加证实关于筑城一事，顾鼎臣已经思虑良久。由于做了周全的计划与充分的准备，修城指挥有节、调度有序，各方面进展相当顺利，以至于出现了“万夫争先，四面齐发人木”的盛状。从嘉靖十八年（1539）二月开始动工修建，仅仅耗时一年零三个月，至次年五月即宣告完成。
筑成后的昆山城，共长二千三百八十七丈（近八千米），覆盖了昆山方圆十二里的面积，高二丈八尺（九米多），共有雉堞（女墙）四千五百八十七个。可谓“复建城楼，重浚濠池，规模大整”。关于筑成后昆山城的描述，在昆山各志中，以万历《重修昆山县志》最为详细：
旧基甃以砖石（下半用砂石，上半用火砖），经始于嘉靖十八年二月，完工于嘉靖十九年五月，周围二千三百八十七丈，凡一十二里有奇，高二丈八尺，比之邻邑诸城特为坚固。各门扁额俱仍其旧，外池二千三百五十九丈，深五尺，广六丈有奇，每门各置水关，以便舟楫，朝阳门故无水门，因缺马城。
可以看出，与原先颓毁的旧城相比，新城最突出的特点有二：其一即是由土城改为砖城，其二则较之原先城墙高出整整一丈。不仅看上去更加宏伟美观，而且在坚固性、防御功能上都得到了很大提高，大大增加了昆山士民的安全性。正如方鹏所说：“于土累石，于是封砖于表，大异前观矣。其为旱门有六，其为水门有五，而楼橹之峻，扃钥之严，亦罔不备。……于是公私底宁，内外咸靖。”
总之，在得不到更多支持的情况下，顾鼎臣力排众议，以自己的远见卓识，为昆山筑造了坚实的保护。事实很快证明，顾鼎臣对于城防的忧虑并非多此一举，嘉靖三十三年（1554），倭寇大举进犯，幸而有此城，昆山百姓才避免了倭寇的进一步残害，而这距离嘉靖十九年（1540）昆山城的筑成，仅仅只有十四年。
另外，关于此城，在抄本《嘉靖甲寅倭变纪略》中还有一则记载：
贼攻太仓，浃日不下，由奣(音晃)子浦径趋昆山城，巩长围。祝令某命丁男守，妇女运砖石击贼，贼置云梯百枚撞城，复升大树上架楼船与堞井，城中兵手长枪拒之，石如雨，贼不能克。会大旱，城中井泥不可饮，饮辄病，令先吏民祈祷，雨立澍，壕洫盈尺。又告薪尽，析廨中梁掾付守者，相拒四十七日，民力疲谻，箭镞垂尽，令执以死守。贼渠帅二大王名骁悍，最先以大船复城下，避矢石，部其众穿隧道入，昼夜更番。几破矣，令率城中人艟天临，城中妇女至有雉经者，忽一老卒者从旁出，语令：“闻此城土下有板，官无以卒骤语，速出之，投以炽火，贼且尽，城可完。”尉史怪未信，卒擐臂诟曰：“此百万生灵呼吸生死事，痴人何所须邪，乃公当使诸君立见。”就腰下出钝刃掘城土二尺许，横一大木，木尽贼见，众俯枪刺贼，随以遛苣、竹木燞（同然）火投穴中，贼半焚死，不得脱，二大王者亦毙，余贼恸，挟之出，城上万蠘齐发，贼多扶伤去，适侦援兵大至围始撤。瞑矣，令然烛呼卒前，谓卒：“此城获全汝力也。诘朝有殊赏，行申报军门，汝功不次，吾平日恨不知汝，汝名为谁？”卒以唐胜对，且曰：“公无召胜，达曙敬谒公。”令翌日具酒脯镪币，谕城中人选名马，鼓吹迎胜入。抵漏尽，胜不来，令曰：“此卒介冑虱矣，劳苦五十日，不获沐，今获去归家作一两日鼾卧，呼妻子补衣绽，洗头上泥土了，然后庭谒耳。”迟之七曰，竟杳然。守城卒千人尽呼入，按籍求之无名唐胜者。令啧然叹息曰：“胜古义侠君子也，存国而不矜，悬赇而不赴，树奇而遁名，得十许人立朝何忧不治，天下真有鲁连生哉！即百令何足较胜，胜不来吾立解印绶然亦不敢归，俟得胜谢城中人，使侠土不当吾世而湮没，吾归耳！”
作者张遐周曾述其撰述缘起云：“偶从旧书中得钞本十许纸，记前甲寅倭入吴杂事，不著撰人名，其语似吴越间人，词多野，不可读。第尔时目击其难，语当无妄者，辄取数事，删润之。”张遐周，《嘉靖甲寅倭变纪略》，清抄本残卷。虽然张遐周认为语当无妄，但这个故事在其他史料中无闻，城下预先埋木板事也不见任何记载，可能是民间流传夸张，也可能是附会，并不能据此认为修城时有此装置。在此记录，聊备一说。
第三节 昆山城在抗倭斗争中的作用
一、倭寇侵袭昆山始末
自从明朝开国之日起，倭乱就一直没有停息过，但一直没有酿成大乱，也并未引起朝廷重视，直到嘉靖中期倭乱的大爆发，遭受了重创的江南地区才重新正视抗倭问题。
嘉靖三十二年（1553）闰三月，汪直纠集倭寇侵犯濒海诸郡，使“滨海数千里，同时告警”，包括太仓、海盐、嘉定、金山、青山、钱仓、上海县昌国卫、南汇、吴淞江、乍浦、崇明、华亭、青浦、嘉兴、平湖、海盐等州县卫所，都遭倭寇扫荡、焚掠。嘉靖三十三年（1554），江南地区倭乱愈演愈烈，五月，倭寇入侵苏州，昆山城遭受了前所未有的压力，被七千多倭寇围攻达四十五天之久。尽管朝廷派出南京兵部尚书张经总督军务讨倭，但由于用人不力，在昆山被围中，并未有所帮助。
当时，奉命来守昆山城的为都司梁凤，接到军令后，便统领士兵八百人来到昆山。然而梁凤是一个怯懦贪婪之徒，在倭寇到来之前，不仅没有做相应的防备，甚至纵容士兵掠夺百姓，扰乱民心，当时在城内筹备守御的归有光描述道：
讵意其贪懦无状，坐受宴犒。托言屯扎该境，遥为声援，竟尔招摇远去。分兵四逸，半从盐铁，半从周市，沿途剽掠，吾民惊窜，自是要害无守。
在倭寇到达后，梁凤“若不与闻者”，甚至乘人之危，索要军需，在要求没有达到的情况下，竟然又退回屯所，继续置若罔闻。更加过分的是，他还欺下瞒上，谎报军情，使上司对昆山的危急局势没有足够认识，进一步加重了昆山的困境。归有光同样有所描述：
当夜，乡士大夫蜡书，募敢死士缒城而下，自间道往，请救于代巡孙公。十九日，即蒙复委梁凤提兵应援。而梁凤又复迁延六日，方至昆山县西九里桥。索取军需，声言每名要银五两，乃始进兵。奈此时民穷敛急，本县素乏羡余，不能一时卒办。意不相惬，复退屯兵真义地方。偶与贼遇，勉强一战。贪其辎重，反致大败。火药铳炮，半被卤去。而遗落田野，为村民俞辟等所埋藏者，又不可胜数。设使天不佑民，尽以藉寇，其声势又何如也？是日又复遁入郡城，诳言吾军一至，贼徒尽散，民不被杀，屋不被烧，麦尽刈而苗尽栽矣。一时上官咸谓信然，遂不复以昆山为意。
在官兵不可靠的情况下，抗倭的重担只好压在城内的士民身上，对于从没有抗敌经验的江南民众来说，守城是最佳的战略，而此时的昆山城防，如同坚实的长城，保障了昆山万千生灵。
十三日午时，贼船五十余只，贼徒三千余人，径泊新洋江口。直犯东门，肆力攻围，烟焰烛天，哭声动地。其接踵而至者，又无虑二三四倍。夜则桅灯如列星，旦则吹螺举号，蜂附云集。较之他处，猖獗尤甚。
关于此次倭寇侵袭，顾鼎臣孙辈后人顾梦圭在《甲寅时事记》中有详细描述，其战事之惨烈，至今看来仍惊心动魄，据他记载，当时倭寇在城外其他市县，杀人以万计，在攻城时，城外避难的人也遭到杀害，更可见此城对抵抗此次倭患的重要性。
二、昆山士民守城得完
嘉靖三十三年（1554）四月初七日至五月二十五日，昆山城被围攻四十五日，经历了大小三十余战。在攻城中，倭寇使用了所能使用的各种武器，归有光对此有详细的记录，本文仍先引用如下，再作分析。
十七、十八等日，贼遂造云梯二十余乘，攻击东北二城，势极危迫。赖官民悉力拒守，幸以不破。
贼觇知援绝势孤。二十四日，复以云梯三十余乘，攻东南、东北二门。是时不独燕尾剑棱劲镞，加以佛郎铅锡大铳，一时合发。城中辟易，危急十倍于前，不得不再行请救。
贼乘此间，又于初八日聚众四千余人，云梯无数，布列东西城下，百计冲突，伤害甚多。而官民拒守益力，杀死贼徒，数亦相当。
次蚤，皆负门扇接造飞梁，碾驾冲车，直逼城中，发掘甃石，铁椎扣门，声如雷震。百万生灵，命在顷刻。
从引文中可以看出，倭寇所使用的攻城方法有毁城型和直接进攻型两种，武器共计有云梯、箭镞、弗朗炮、大铳、飞梁、冲车、铁锥等。其中，毁城的方式有常见的发掘甃石、铁椎扣门、冲车攻城等，另外，还有收缴梁凤部队的佛郎铅锡大统（大铳），这些毁城性攻击对昆山城的坚固程度进行了最大限度的考验；而直接进攻的云梯、箭镞、门扇接造的飞梁，其实则检验的是城的高度。事实上，各种方式齐攻而上，整座所受的冲击将是巨大而持久的。
在倭寇退去后，归有光回想这次苦守，他甚至仍不能相信区区昆山能抵御得了如此强敌。
以不教之民，当日滋之寇，内无张巡、许远之略，外无蚍蜉蚁子之援，城之不陷，皆天也。
尽管归有光将城不被攻破归结为上天的保佑，但毫无疑问，如无顾鼎臣以苦心孤诣修筑此城，昆山百姓必置于无险可守的境地。
小结
倭寇退后，从侵害中渐渐复苏的昆山县，人们开始感念顾鼎臣筑城的功德。巡抚都御史张景贤将“耋艾欢呼以公能更造其父子夫妇，争言建祠，以报公功”的情况上疏朝廷，得到嘉靖“宜慰答民心”的批奏。
顾鼎臣从孙顾梦圭考虑到昆山地区“寇乱新戟，势难损财动众”，上请朝廷按照“御史萧端蒙请给大学士杨士奇祠额祭文故事”，批准其春秋祭祀，而祠堂的选址营建则由其家族独立完成。嘉靖帝此时仍对这位故臣怀有思念之心，亲出内帑为其建祠，命名为“崇功祠”：
上以公台辅旧臣，事属公举，即下有司出王家钱，营建公祠于本邑马鞍山阳慧聚寺之旧地，仍赐额曰崇功，并撰文春秋致祭。巡抚都御史赵忻、郡守王道行、邑令陈子佐，咸承命以行，总制浙闽都御史胡宗宪，助厥成事。
嘉靖三十六年（1557），“崇功祠”开始动工，经过两年，在嘉靖三十八年（1558）修成。祠堂“上下有度，纵横惟序，设仪象以妥先灵，置重屋以藏宸翰，斋庖庭垣，各底于式”，至今，还有碑记留存。
事实上，顾鼎臣所修筑的昆山城，是昆山城防的一个里程碑。由于此城修筑的坚固与高大，从筑成后至清末，虽经过数十次修葺，但却都是在原有城池基础上进行补修，在规模和形制上，一直延续着顾鼎臣旧制，正如顾锡畴所说“虽时修葺，不过奉行故事”而已。
另外，顾鼎臣在修城经费上所采用的成功利用公帑的做法，不仅一改修城多采用摊派募捐的做法，减轻了当时人民修城的负担，更给其他地区城池的修建树立了良好的榜样。在嘉靖三十年后，由于倭乱，江南各县掀起了一个修城的小高潮，在其中，多县的修筑经费来源即为公帑。可以说，顾鼎臣的成功做法，为各地修城提供了一个有效的摹本，使得各地在后续修城中，有经验可循，对于整个江南的筑城活动具有先导性的意义。
在如今的昆山地区，“顾鼎臣修筑昆山城”这一故事至今流传，“功存桑梓”四字，包涵了昆山地区群众对顾鼎臣的感谢与敬爱，表达了昆山人对顾鼎臣最隆重的纪念。