在这国难当头，人民觉悟空前提高的时候，8月上旬，“清室善后委员会”在报纸上公布了一些复辟文件。这是该委员会在清理故宫文物时发现的，其中有清室总管内务府大臣金梁向废帝溥仪上的条陈。金建议溥仪要自养自保：自养，即以理财为主，当从裁减人员入手；至于自保，要以得人为主，从延揽人才入手。接着他向溥仪推荐了30余位著名人物，希望他定期陆续延见，或是派员先与接洽，以文化、古物、慈善、教育为名进行讨论，不涉政治。他还举例说：“蔡元培，异说惊人似有魔力，实则化之以德，未尝不可援墨归儒，胡适即其例也。”进而又说：“皇上以德服人，昔胡适既见后为皇上所化。”诸如此类；这些文件披露后舆论大哗。有人认为胡适与复辟有牵连，不然他怎么会反对国民军驱逐溥仪出宫呢？而且还接受过溥仪的召见。当时尽管胡适说过：“我并不主张王室存在，也并不赞成复辟的活动，我只要求一点自由说话的权利。”但群众还是不能原谅他。8月26日上海学生联合会写信警告胡适说：“比年以来，先生浮沉于灰沙窟中，舍指导青年之责而为无聊卑污之举，拥护复辟余孽，尝试善后会议，诸如此类，彰彰皎著。近更倒行逆施，与摧残全国教育、蔑视学生人格之章贼士钊合作，清室复辟函中文隐然有先生之名……长此以往，先生将永为全国青年所深恶痛绝。为先生人格计，为先生令名计，为全国教育界人格计，敝会谨代表上海学生郑重致辞于先生之前，希先生痛改前非。”之前，在北京则有“反清大同盟”向警厅提出“将胡适驱逐出北京”的要求。可见形势对胡适很不利。他的学生顾颉刚在报上看到“反清大同盟”欲驱逐胡适出京的消息后甚为着急，很快写信劝他，以后要慎言谨行。“不必与任何方面合作，要说话就单独说话，不要说话就尽守沉默。”那时，在这多事之秋的北京，他已无法继续工作下去了，因此写信与其好友丁文江商量想离开北京。丁回信希望他出国，最好到日本，因为那里有中国书，可继续写他的《中国哲学史》，并说“这一年来你好像是一只不生奶的瘦牛，所以我要给你找一块新的草地，希望你挤出一点奶来，并无旁的恶意。”在朋友们的开导下，他南下讲学去了。胡适晚年回忆说：“那年李石曾（当时北大教授，并任清室善后委员会委员长）们和我闹，所以出来讲演了，这年底我在上海看痔漏，医生说要100天管好。那时我正生气就向北大请假几个月留在上海看病了。”其实当时反对他的不只李石曾，还有其他一些教授如顾孟余、鲁迅等人。原因是当时的教育总长章士钊下令解散北京“女师大”，因而引起北大的不满，为了支持学生与抗议教育当局，北大部分教师提出北大独立，脱离教部。后来在北大评议会讨论时，以李石曾为首的评议员表示赞成，而胡适等则反对；表决结果：赞否各半。代理校长蒋梦麟当时对章也不满，最后表态投赞成票，于是以7票对6票通过独立案。当时主张北大独立者有李石曾、顾孟余、朱家骅、朱希祖、沈尹默、沈兼士、李书华、周树人、周作人、马裕藻等30余教授；而持反对者，有胡适、颜任光、丁燮林、高一涵、陶孟和、王世杰、王星拱、陈翰笙、陈源等17教授。他们的观点是反对章士钊固然应该，但“本校不应滚到政治漩涡里去”、“本校应该脱离一般政潮与学潮”、“努力向学问的路上走，为国家留一个学术的团体”。总的来说一边是强调政治；而一边则强调学术，结果反对派失败了。因为他们在反动政府高压政策下委曲求全，不仅不能带领青年学生前进，反而站到他们的对立面去了。所以胡适在青年学生中成了众矢之的。
上述两派之争，就其实质而言，那是当时政治思想上两条路线斗争的反映。这个争论是从有《现代评论》后就开始了。该刊创刊于1924年底，主编为北大法律系主任王世杰，其代表人物及主要撰稿人为陈源（西滢）、周鲠生、徐志摩、郁达夫、高一涵、唐有壬等人。胡适写的文章不多，但他是这派的精神领袖。这年陈源代他任北大英文系主任，而且同住一个院子（陟山门大街6号），往来较密切。该刊启事宣称精神是独立的，不主附和；内容包括政治、经济、法律、文学、科学各种文字。可见其政治性是很强的。所以人们称它为“现代评论派”代表右翼资产阶级。在1925年“五卅”惨案及次年的“三一八”惨案等学生运动中，他们所持的论点大都是与胡适的论调一致，站在学生运动的对立面，胡适的《爱国运动与求学》一文就是在这个刊物上发表的。因此，他们理所当然地要受到革命派的批评。当时鲁迅是这方面的代表，在其主编的《语丝》上对“现代评论派”展开了攻击。双方笔战延续很长时间，其中免不了要把胡适扯进去，这是很自然的。但胡适并没有记在心里，后来他给鲁迅、周作人及陈源写了一封和解的信，他说：“你们三位都是我很敬爱的朋友；所以我感觉你们三位这八九个月的深仇似的笔战是朋友中最可惋惜的事。……我现在很诚恳地对于我的三位好朋友提出停战的请求……亲爱的朋友们，让我们从今以后，都向上走，都朝前走，不要回头睬那伤不了人的小石子，更不要回头来自相践踏。我们的公敌是在我们的前面；我们进步的方面是朝上走。我写这信时，怀抱着无限的友谊的好意，无限的希望。”这封信是1926年5月，胡适即将出国前所写的。据他说是看了鲁迅《热风》33页里的一段话，使他一夜不能好好的睡觉而忍不住才写这封信的。鲁迅说：愿中国青年都摆脱冷气，只是向上走，不必自暴自弃者流的话。他又引尼采的话说：“真的，人是一个浊流。应该是海了，能容忍这浊流使他干净。”胡适被鲁迅的文章打动了，于是蠲弃前嫌，出来调解这旷日持久的斗争。从这里可看出胡适对事对人的一个侧面，总是采取调和容忍的态度，从困扰中找出一条路来走。由于胡适出面讲和，再加上形势变化，鲁迅后来离开北京南下，这次笔墨官司也随之结束了。
同年9月，胡适应武昌大学校长石蘅青之邀到武汉去讲学。有一天，在该校讲演讲到学生运动时，他说：“五卅沪案，闹得全国纷扰，你们应该走的一条路，就是闭门读书，不管闲事。沪案打死的是少数人，你们反省一下，看看直奉战争，打死十几万人。你们对于直奉不说话，为什么对于沪案要说话呢？”胡适这番议论，当场就有人听不下去，想起来质问他，但因是校外来客，暂时强忍下去了。后来，该校刚从美国回来任职的李翊东给他写了一封公开信，严厉地批评了他的上述言论。李首先质问胡适说：“闭门读书、不管闲事”用意何在？现既是民国，又值多事之时，国家兴亡、匹夫有责。“五卅”惨案，是何等的重大，你叫学生不管，试问你来是不是运动复辟呢？接着又说：听说你早被宣统勾结去了，所以我想你此次恐怕不是来讲学的，而是想利用这个机会尝试运动复辟的。至于，直奉战争打死十几万人不说话，为什么沪案打死少数人要说话的问题，李说，直奉之战是彼此敌对，且都有枪械；沪案是有枪的打死徒手的。就国界说，奉直战争好比兄弟阋于墙；沪案是以强凌弱，以宾欺主。依你说，奉直战死没有说话，难道说为沪案说了话就有罪不成吗？最后他问胡适，“你未必是受了英人金钱的运动吗？你未必是想买好于英人，将来或者由复辟小臣而做驻英大使，免得英人反对。”从这封信里，可看出当时社会舆论对胡适是何等的不满。有一次，他在北京中国少年卫国团讲演，当谈到“沪案”时又重复了分两步走的办法，并称要按法律程序进行。讲演完后，当晚他就收到一位姓陈的来信，说要“处先生以极刑”。胡适看了仍不觉悟，反而说：“我只希望国人平心静气的想想我的主张，如果我个人身受‘极刑’而我的主张能因此更惹起国人的注意，我决不悔恨的。”可见其思想之顽固。他在日记里写道：“我这回来，挨了不少骂。湖北一班共产派的学生出的《武汉评论》出了一个‘欢迎’专辑，其实全是谩骂……但最妙的还是一位‘从美国回来’的李翊东先生，现在武大做一个职员，他有一封信给我，我看了就撕了，后来颇悔不曾保存此信给湖北朋友们看看；幸《晨报》登出来，我很高兴。”以上说明胡适对群众的批评与质问是耿耿于怀而持以敌意的。
这年“五卅”运动发生后，全国革命浪潮不断高涨，学校青年尤为活跃。段祺瑞为要镇压学生运动，7月调章士钊出任教育总长，要他对“学风”进行所谓的“整顿”。章到任后，8月1日便派武装警察护送杨荫榆强行到女师大任校长职。学生反对，遭到殴打。后来竟演变到下令解散“女师大”，以武力镇压学生运动。这时公教人员长期拿不到薪水，生活十分困难。据《晨报》1925年11月28日报道，“教部欠薪已达20余月，致使教师困顿不堪，实到了饥寒交迫之境”。这事，社会各界甚表同情；加之军阀连年混战，民不聊生，所以广大民众一致起来反对北洋政府，要求召开“国民代表大会”解决国事。同年11月28日，北京5万余市民游行示威，要求段祺瑞下台，并声讨章士钊、朱深（北京警察总监）等镇压学生的反动官僚。第二天，数千名民众在天安门举行国民革命示威运动大会。会后有部分民众游行到宣武门外。因不满《晨报》过去的反动宣传，在愤怒之下，一气烧毁了该报馆。此事发生后引起社会的轰动。这时胡适在上海。一天与陈独秀谈起北京群众火烧《晨报》馆的事，胡谈了自己的看法。陈便问他，“你以为《晨报》不该烧吗？”胡当时没有回答。但这个问题一直使他感到困扰。几天后，他写了一封长信给陈独秀，答复他说：“五六天以来，这一句话常常来往于我脑中。我们做了10年的朋友，同做过不少的事，而见解主张上常有不同的地方。但最大的不同莫过于这一点了。”接着谈自己的认识，他说，《晨报》近年的主张无论在你我眼睛里为是为非，决没有‘该’被自命争自由的民众烧毁的罪状；因为争自由的唯一原理是：“异乎我者未必即非，而同乎我者未必即是；今日众人之所是未必即是，而众人之所非未必真非。争自由的唯一理由，换句话说，就是期望大家能容忍异己的意见与信仰。”进而谈彼此立场，他说：“我们两个老朋友，政治主张上尽管不同，事业上尽管不同，所以仍不失其为老朋友者，正因为你我脑子背后多少总还有一点容忍异己的态度。至少我可以说，我的根本信仰是承认别人有尝试的自由。如果连这一点最低限度的相同点都扫除了，我们不但不能做朋友，简直要做仇敌了。你说是吗？”最后他很有感触地说：“我实在有点悲观。我怕的是这种不容忍的风气造成之后，这个社会要变成一个更残忍更惨酷的社会，我们爱自由、争自由的人，怕没有立足容身之地了。”从上所述，可见如何正确对待革命的群众运动，胡适与陈独秀在认识上是有很大差距的。他俩由于立场、观点、方法不同，所得的结论自然是不同的。胡代表资产阶级，陈代表无产阶级，当然谈不到一起。事实上，他们在政治思想上早已是敌人了。
这次胡适来上海在“亚东”常与陈独秀见面畅谈，有时非常高兴坐谈很久，约定明天再谈。但有一次彼此争论得很厉害。据当时在场的汪原放回忆说，他们“谈着、谈着，仲翁（指陈）道：‘适之，你连帝国主义都不承认吗？’适之兄生气了，说，‘仲甫，哪有帝国主义！哪有帝国主义！’拿起司的克，在地板上连连的笃了几下，说，‘仲甫，你坐罢，我要出去有事哩。’一面只管下楼出去了。仲翁坐了一会，一句话没有说，脸上也有几分气恼。后来说：‘我再来。’也去了。”之后，他们真的走开了，在历史发展的大道上各奔前程。然而，胡对陈的苦干精神还是十分佩服的。他在日记检讨自己说：“在这两个大分化里，一方面不能有独秀那样狠干，一方面又没有（梁）漱溟那样蛮干，所以我是很惭愧的。”可见胡虽反对陈与梁的主张，但对他们的精神是崇敬的，相形之下胡适显得软弱多了。