据卜宪群先生研究，三公、九卿体制的出现，跟中国哲学中，三和九这两个数字具有特殊的意义有关，三、九体现着天数，是万物滋生转化的关键环节。（卜宪群：《秦汉官僚制度》，第四章，北京，社会科学文献出版社，2002。）
秦朝将境内分为36郡（后扩大为40郡），开驿道、设驿站沟通连接。地方官制分为两级：郡与县。京师地方主官为内史，其他郡则设郡守为主管，郡丞为副，郡尉掌武事。另设监御史监督郡县各官。县一级，设县令（小县为县长）、县丞和县尉。在县以下，还设有乡官和亭长，乡有三老、啬夫、游徼。三老掌教化，啬夫听讼和收税，游徼巡查贼盗。严格讲来，乡官不是官僚体系中的正式官吏，只是这个体系的补充和延伸，乡官虽然也有俸禄，但十分微薄，主要还是靠在乡间的产业为生。刘邦在秦朝曾为亭长，但自家谋生尚有困难，需靠兄长接济，因此他父亲怪他不会“治生”。
与官僚系统相配套的是文牍主义的盛行。官僚系统的运转，在很大程度上要依靠公文的传递，沟通各部门的信息，使政令上传下达。诸如上计（各地定期汇报情况）、司法审批、一般行政事务、军情奏报、监察等，无一不需要借助文牍来实现。皇帝实际上也是凭借文牍来掌握政局，了解国家运行的过程，秦始皇规定自己每天要看奏章120斤（简牍），相当辛苦。实际上，在春秋战国时期，随着官僚系统的日益扩大，文牍已经流行，秦统一以后，取消封建制，皇帝与官吏共治天下，“书同文”成为一个首要的为政举措。文字统一之后，显然有利于政务信息的沟通，上行下达不存在文字上的障碍，但文牍主义也水涨船高，发展到了一个新的高度，从此以后，愈演愈烈。
四、“以吏为师”的政治文化
以商鞅变法为起点，秦国在社会基本层面已经开始实行什伍编制、相互连坐、鼓励告发的治理方式。随着“法治化”的进程，相互监视、互相告讦的风尚在君主政治的导向下，开始在官场和社会上流行。在“大一统”的帝国格局内，所有人都是相互猜忌、互相敌视的，政治操作基本的指导思想是法家的“性恶说”。将人的本性定为恶，虽然看起来是对人和社会观察得比较透彻，往往能看穿人行为动机的原发点，从而在操作中以恶制恶，但是这种露骨的政治操作，往往不仅将人行为中的善因子扫除干净，而且刺激了人与人之间的争斗，使人变成了狼，甚至比狼还要凶残无情。从某种意义上说，这种情形对治理的危害更大，如夏曾佑所说：“夫性既恶矣，则君臣、父子、夫妇、兄弟、朋友之间，其天性本无所谓忠、孝、慈、爱者，而弑夺杀害，乃为情理之常，于此而欲保全秩序，舍威刑劫制末由矣。”（夏曾佑：《中国古代史》，254页，石家庄，河北教育出版社，2000。）虽然这种严刑峻法的治理方式在某一时间段内可以实现绝对的秩序，达到路不拾遗、夜不闭户的境界，但强力手段稍有松懈，在争斗频仍的状况下，往往会因为一点火星，就引发冲天大火，导致空前的无序和混乱。
显然，秦朝统治者对此是有所认识的，他们防范的办法是彻底的愚民和思想禁锢政策，以期从根本上泯灭人们的反抗意识和反抗能力。统一后不久，秦始皇就采纳李斯的建议，推行文化禁锢政策，以吏为师，尽焚民间书籍，以严刑禁止民间接触任何除了医药、卜筮、种树之类纯技术性的书籍（偶语诗书者弃市），如果民众要想知道点除了种田以外的事情，只能以吏为师。以吏为师的意义是，基本上除了文吏以外，整个社会没有有文字能力的人，所有的人，包括文吏在内，要学只能学习朝廷的法令，人们看到的文字，也只有朝廷的法令。意思就是说，法令要你做什么你就做什么，官吏要你怎么做你就怎么做，只许刻板地遵行，不许有任何的违拗。反过来，对于文吏而言，掌握熟悉法令也是他们的最大政治资源，20世纪70年代发掘的云梦秦墓，作为县级文吏的墓主人喜，竟然将记载当时的法律条文的竹简大量陪葬，除此之外，其他的书籍基本没有。由此观之，秦朝真是一个“法治”社会和“法治”的国度。
秦朝的法令，规定得非常严格，一点弹性也没有。陈胜吴广造反，在很大程度上是因为秦朝法令的刻板而且严酷。明明是因为大雨连天的缘故，陈胜吴广等戍卒根本无法按期到达指定地点，但法令却没有一点可以变通的地方。明摆着到地方就要杀头，但押送的军官却只能严格执法，坚持要将戍卒送往死地，结果激出了覆灭秦朝的第一颗火星。
禁锢政策从焚书走向坑儒是非常自然的事情。原本，秦始皇对儒生还是颇为重视的，博士官基本上就是为他们而设置的。秦始皇在泰山封禅，开始还招了几十个鲁地的儒生议礼。一来，秦朝的禁锢政策并不涉及朝廷。道理很简单，愚民不能愚皇帝，而儒生是为皇帝服务的。二来，作为一个王朝，仪式和排场是免不了的，而且也是统治者所喜欢的。秦始皇开始也希望儒生们为朝廷制礼仪，但是在一系列重大活动中，比如封禅、朝仪，儒生七嘴八舌，莫衷一是，惹得喜欢专断干脆的秦始皇特别不高兴。随后又发生了卢生议论朝廷的事情，这种事情，就当时而论，也许是李斯辈故意兴狱，但只要有这些“知识分子”存在，议论朝政的事情是免不了的。由卢生事件导致了对儒生的大规模迫害。严刑之下，儒生们相互告讦，越牵越多，最后有460余人被活埋。460个儒生当然不是当时儒生的全部，更不是有知识者的全部，但从此以后，思想的禁锢就在全社会推开了。写在竹简上的，只剩下了枯燥的法令条文。有材科说，所坑之人中，也有方士。当时的方士欺骗秦始皇之事，非止一端，被坑也有可能。
然而，严厉的禁锢政策并没有使王朝的统治固若金汤，愚民的结果，也恶化了人性。我们前面说过，性恶论基础上的治理术，无视伦理道德的作用，将人们的行为规范全绑在繁复而苛刻的法令上，所有的人不存在一丁点的人情，结果是使人变成了食肉动物，一旦作乱，往往毫无顾忌。而且，秦朝比较彻底地打破了权势地位的世袭传统，也自然地让人们产生了“王侯将相，宁有种乎”的思想，更容易导致觊觎之心。繁复而刻板的法令，没有丝毫的弹性，对于治理也是一个非常不利的因素，往往不是导致滥杀，就是激起民变。后人讥讽秦政道，“坑灰未冷山东乱，原来刘项不读书”。越是彻底的思想禁锢，往往越是不能防止动乱，因为真正乐意作乱的人，更多的并不是读书人。只是不读书的刘项（还包括陈胜吴广）乱起来以后，往往伴随着空前的杀戮，秦统一经历百战，中国的人口损失和生产破坏却远没有秦末大乱那么厉害，这里，秦政是要对秦末大乱负相当责任的。
从官僚体系的角度来看，皇帝和官僚之间没有任何道德依附，也没有人类起码的情感联系，官吏服从皇帝服从上级，仅仅是由于服从对象具有强力和手腕，具有高超的权力技术，不服从要付出太多的成本。不仅在一般人中间，充斥着告密和猜忌，而且在官僚集团内部，这种互不信任、互相拆台的风气更盛。在一个深不可测、高高在上的君主面前，所有人的命运都是不可确定的，随时都有可能人头落地，人人都有强烈的不安全感和失落感。君主以权术待下，群臣也以权术待上。一旦君主不再具有雄才大略，不再明察秋毫，那么被玩弄和愚弄的对象就变成了皇帝。到了这个时候，因害怕而导致的服从链条就会锈蚀，一有风吹草动，大厦就会崩塌。如此强大的秦朝，居然会因“戍卒一叫”而雪崩式倒塌，充分说明了这个道理。
秦始皇将咸阳之旁二百里内的二百七十多座宫观以复道和甬道相连，自己的办公地点随时迁移，有泄露皇帝所在的，马上处死。一次在山上发现丞相李斯的随从车马甚多，稍微有点不快，结果身边的人将这个情况告诉了李斯，等到秦始皇再见李斯的行踪时，发现他已经将随从和仪仗大大削减了。秦始皇马上明白了是怎么回事，于是将那天在身边的人都杀了。由此可见，秦始皇虽然贵为天下主，但不信任任何人，即使在比较受秦始皇信任的李斯和皇帝之间，也充满了权术和阴谋。李斯收买皇帝身边的人为自己做耳目，而皇帝则不惜采取非常手段防止这种情况的发生。
秦二世上台后，权臣赵高为了操控他，先是将能与之抗衡的官员统统除掉，然后居然演出了指鹿为马的闹剧，牵一只鹿来，告诉秦二世说这是马，左右的人都说这是马，凡是说实话的人，统统杀掉，几次三番，最后皇帝也就相信他看到的是马了。
也许董仲舒说得有道理，他说，秦朝的百官“外有事君之礼，内有背上之心，造伪饰诈，趋利无耻，是以刑者众，死者相望，而奸不息，俗化使之然也”（《资治通鉴》卷17《汉纪九》）。秦国自商鞅变法以来实行的实利主义的国策，虽然迅速地使国家强大，但其孕育的政治文化，也埋下了日后迅速败亡的种子，“俗化使然也”。