但是，终明之世，内阁从制度意义上讲，仍然不是宰相。它在编制上一直是临时的，成员严格上讲也都有自己的本职，人阁只是一种兼差。而且，六部作为执行机关，在体制上并不隶属内阁，内阁领导它们，事实上没有法理上的依据，所以内阁和六部经常会出现摩擦。这个制度跟宰相体制最关键的区别是，天下的奏章不是先通过他们，而是由通政司首先送达皇帝那里，再由皇帝批交他们处理，处理完之后，再返回皇帝定夺，用朱笔按阁臣拟的意见批下去。这里，伺候皇帝笔墨的司礼监的太监（宦官），在皇帝比较懒惰的时候，往往会做些文章。所以，内阁的作用往往受皇帝个人性格与气质的影响，取决于皇帝对司礼监太监的依赖程度，更取决于皇帝对内阁成员个人的信任程度。当皇帝比较开明，或者说比较懦弱，同时对阁臣又比较信任，对司礼监尚能控制的时候，对公务处理往往大撒手，所有奏章到他这里只是过过手，例行公事，既没有多少“留中不发”的事情，也不会对票拟有更多的挑剔。在这种情况下阁臣就有点像宰相了，权势几乎跟宰相没有什么区别。比如像几朝元老的“三杨”（杨士奇、杨荣、杨溥），世宗时的严嵩，神宗前期的张居正等都可以说是没有宰相之称的宰相，拥有类似宰相的权势，可以部分地按自己的意志行事。但是，反过来，如果上述条件不具备，那么内阁的日子就不那么好过，上面要受皇帝的气，或者将重要的奏章留中不发，或者对票拟百般挑剔；中间要受司礼监的气，怕他们在皇帝面前说坏话。司礼监在实际掌握了批朱权之后，事实上变成了“立皇帝”（皇帝身边站着的皇帝），一举一动举足轻重，内阁往往得看他们的脸色行事；下面还要受六部等执行机关的气，只要内阁所受的“恩宠”稍衰，权力颇大的六部就有可能乘机刁难，不听招呼。
所以，内阁是宰相，也不是宰相，本质上依然是由于皇帝制度外的信任而私授权力的秘书班子。
2．司礼监的权势消长与明代的宦官专权
所谓司礼监，原本是宫廷宦官的一个机构，负责宫廷的礼仪宴飨等事宜，在朝廷举行重大仪式的时候，负责跟礼部和光禄、鸿胪寺等部门的协调。在司礼监的下面，设有秉笔太监，伺候皇帝的笔墨和茶水，原本只是皇帝的书童。正是这个秉笔太监，最后成为宦官专权的一个关键环节。
明朝负责内宫事宜的机构叫内侍省，是管理宦官的衙门。由于下设机构主要是监、司和局，监的地位最高，每个监的主管称为太监，所以自明朝以后，宦官在习惯上被称为太监。朱元璋做了皇帝以后，对于历代宦官专权原本是深恶痛绝的，曾经在宫中立下铜牌，上书宦官不许干政的禁条，而且为了防微杜渐，他还不许太监读书识字，并在实际的宫廷事务中，将太监严格限制在伺候人的范围之内，严格限制太监的数量。但是，朱元璋皇帝做得久了，对太监的依赖逐渐增多，太监的人数逐渐增加，机构也就愈发完善。建文帝继位后，一反其祖所为，对太监严加限制。但是永乐篡位以后，由于在战争中相当多的太监站在了他的一边，为他提供了很多有用的情报，所以，自他起，太监的地位大幅度上升，原来的种种限制逐渐化于无形，连那个铜牌也被偷偷扔掉了。
尽管如此，这仍然不足以说明明代宦官专权的原因。明代的宦官专权，是历朝历代之最，开创了宦官制度上的奇迹。这种专权，跟历代的宦官专权有所不同，由于皇帝个人的信任和亲昵，导致宦官权力溢出，明代的宦官专权是制度性的。其中的关键在于明代废相以后，皇帝独揽全部行政权力，但又无法完全应付。在这种格局下，下面来的奏章是通过通政使司首先送到皇帝那里，再由皇帝亲自处理或者交给阁臣提出处理意见，最后再由皇帝用朱笔形式上誊写一遍，算是他亲自处理了。这种政务处理方式，一头一尾的关键环节。都要经过皇帝本人，皇帝一天不办公，整个政务就要停滞。如果皇帝本人懒惰，又不信任别人，那么身边伺候笔墨的宦官秉笔太监就有机可乘了。
明神宗朱翊钧是在老师张居正卵翼下，一个永远长不大的孩子。张居正在世的时候，事事都由张师傅摆布，朝政很有起色。张居正死后，反张的人们对张的诋毁和对皇帝的吹捧，唤起了神宗的“事业心”，他一面对死去的张居正追加贬斥，一面准备自己大展身手。可是，当他真的“乾纲独断”的时候，却发现自己什么都不明白，什么事情也处理不好。他薄嫩的面子，使他不肯认输，同时也不甘心像前任一样，听任宦官做立皇帝，结果是采取了缩头乌龟的策略，干脆称病躲到后宫里不出来，导致全国政务二十几年停滞，所有朝廷重大事务没人理会，刑部大狱里装满了待决的犯人，朝廷各个部门和各地官员，缺员不补，六部堂官仅剩四五人，原来五十余名的给事中，只余四人，原来百员的御史，只剩五员，连内阁也只剩下一个人。大员遭逢丁忧（父母死亡），不敢不去职，奏报数十，也没有人理会，只好自己走人。
跟有宰相的皇帝不同，即使仅仅誊写一遍，皇帝的工作量也相当的大，因为这么大一个国家，日常的公务很多，遇有突发事件，公文更是堆积如山，加上朱家的后代往往比较懒，所以，免不了要让在旁伺候笔墨的太监代劳，让他们替自己誊写御批。开始的时候，太监代笔，皇帝还在边上看着，久而久之，就听任太监自己干了。开始是票拟偶尔出现错漏字，批朱的时候可以改动，后来则随意添改，发下来都是皇帝的旨意，谁敢怀疑。刘瑾做秉笔太监时，居然经常把奏折拿回家去，找几个狐朋狗党一起商量后再批答。（《明史》卷304《刘瑾传》）就这样，司礼监（主要是秉笔太监）就获得了批朱权，与内阁的票拟权遥遥相对，但是，批朱权显然要压过一头，因为批朱后的奏折，就是法律，具有决定性意义。这其中，秉笔太监的作用举足轻重。明朝的大权宦，如王振、刘瑾、魏忠贤都是秉笔太监出身。时间长了，由于秉笔太监的地位突出，司礼监的实际负责人就改为秉笔太监，而且机构也逐渐扩大，权力越来越大。这个机构逐渐发展为收发奏章、传宣谕旨、掌管东厂，以及干预司法、后妃选择、监控地方和军队、留都守卫、管理皇室收支（包括包揽地方工商税收），几乎无所不管。
明朝皇帝有一个特别之处，就是普遍地不愿意见大臣。宣德以后，甚至连内阁成员都很难“一睹天颜”，于是，司礼监太监又得了一项特权，就是传达皇帝旨意，有的时候是笔谕，有的时候是口谕，而越到后来口谕越多。往往是太监们口衔天宪，随意添改。开始还是秉笔太监亲自到内阁或者六部传旨，后来干脆派个小太监到内阁知会一声就完了。
明宪宗成化年间，一次彗星出现，大臣们纷纷借机上奏说是因为君主阻隔，大臣们见不到皇帝缘故。宪宗不得已安排见了一次内阁成员，但相见时皇帝一言不发，待大臣三呼万岁后即离去。周围太监们说，时常不闻召见，好容易见了只听到呼万岁。后来，人们称内阁为“万岁阁老”。（陈登原：《国史旧闻》第三分册）
由于长年累月见不到大臣，皇帝的猜忌心只能越来越重，于是开始依赖特务机关锦衣卫、东厂（有时还设西厂），对朝臣加以控制。东厂和锦衣卫事实上已经合流，统归司礼监掌握。它们一方面刺探朝臣的所谓不轨言行，一方面可以自行对朝臣逮捕关押。凭借这个特殊镇压渠道，司礼监的权力往往可以达到令天下战栗的地步。
同样由于猜忌，皇帝往往派太监去监视地方和军队，最后发展为矿监、税监、盐监和珠监（对采珠地方派出的太监），这些人干脆直接搜刮工商，为自己敛财。更加危险的是，派出的太监居然可以在仪式排位上压过官员一头，这事实上使宦官地位得到了立体化上升，可以公开地主宰朝政。
在这种情形下，中枢决策中心的内阁与司礼监这双轨机构，权力的不平衡是决定性的。即使在内阁尚能比较正常地发挥作用的时候，阁臣也需主动与司礼监搞好关系，比如张居正就与秉笔太监冯保，保持着密切关系。在皇帝比较昏庸，特别依赖太监的时候，内阁则完全被司礼监所压倒。前面提到的刘瑾，不但将奏章随便拿回家批答，而且写完了之后拿回来让阁臣焦芳为他润色，而首辅李东阳对此也无可奈何。在这种情况下，内阁已经变成了司礼监的附庸和工具。内阁与司礼监，此消彼长的势头是一边倒的。据说嘉靖年间，有个太监说过，“昔日张先生（璁）进朝，我们要打恭，后夏先生（言）我们平眼看他，今严先生（嵩）与我们拱手始进去”（赵翼著、王树民校证：《廿二史札记校证》，808页。）。这番话很生动地说明了太监与内阁势力的消长。到了熹宗年间，朝臣全都沦为司礼监的奴才，稍有自尊者不是被迫害死，就是弃官归田，赋闲回家。满朝文武，争相当魏忠贤的干儿干孙，连王公贵族，见了内监都要回避。依附魏忠贤的大臣，文则有所谓的“五虎”，武则有“五彪”，再下则有“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等党羽，“自内阁六部至四方督抚，无非逆党，骎骎乎可成篡弑之祸矣”（同上书，809页。）。当然，赵翼说得似乎有点耸人听闻，明代的宦官专权，虽说非常可怕，但魏忠贤即使号称九千岁，遍地都是他的生祠，但以一个残缺之躯想要做皇帝，可能还是有点超乎他和他的党羽的想象。明代宦官虽然权重势大，但经过理学多年浸润和皇权的神秘化熏陶，朝中人无论士大夫还是宦官，要想篡位都有巨大的心理障碍。宦官的权势，说到底，都是皇帝给他们的，他们只是附在皇权大树上的藤，很难有意识去对抗皇权。这就是为什么在朝野布满魏忠贤党羽的情况下，一个以藩王入继大统的崇祯帝，才几个月，就能把魏忠贤扳倒的原因。