中共中央在经过深思熟虑之后，由还在病休中的毛泽东在12月28日起草了给东北局的指示，这就是著名的《建立巩固的东北根据地》。指示说：我党现时在东北的任务，是建立根据地，是在东满、北满、西满建立巩固的军事政治的根据地。建立这种根据地必须艰苦奋斗。在国民党已占或将占东北的大城市和交通干线的情况下，这种根据地应建立在“距离国民党占领中心较远的城市和广大乡村”，而在靠近国民党占领区的游击区内，“应当做充分的工作，在军事上建立第一道防线，决不可轻易放弃”。指示强调，适应东北的实际情况，必须在工作上有一个大的转变，“必须人人下决心，从事最艰苦的工作，迅速发动群众，建立根据地”，“将正规军的相当一部分，分散到各军分区去，从事发动群众，消灭土匪，建立政权，组织游击队、民兵和自卫军，以便稳固地方，配合野战军，粉碎国民党军的进攻”。
根据中共中央的指示，我东北地区的工作全面转入了建立和巩固根据地的斗争。
这仍然是一场斗争，不亚于作战的艰苦，也不亚于作战的重要。正是通过这一场斗争，使我党在东北转危为安，站稳了脚跟，而且很快走上了胜利之途。
四、建立根据地
为了适应新的形势，根据中央关于“迅速在西满、东满、北满划分军区和军分区，将军队划分为野战军和地方军”的指示，为了便于“分散安家”，也为了对各部队进关以来编制、番号较为混乱的局面加以整编，东北局首先将部队做了重新编制。
1946年1月4日，经中央军委批准，东北人民自治军改称为东北民主联军。总司令林彪，副总司令吕正操、周保中、萧劲光，第一政委彭真，第二政委罗荣桓，第一参谋长萧劲光（兼），第二参谋长伍修权，政治部主任陈正人，总后勤部部长叶季壮、政委杨至诚。这时候，东北民主联军的总兵力已有27万人。为了作战的需要，东北民主联军总部又分设前方总部（简称前总）和后方总部（简称后总），这时后总设于本溪，前总则随林彪赴辽西前线。
在东北民主联军总部之下，成立四大军区：
北满军区（也称吉黑军区）司令员高岗，政委陈云，参谋长李天佑。北满军区之下又设五个军区，即合江、牡丹江、松江、嫩江、龙江军区。军区直属部队是第七师（由山东来的第七、八两师和冀热辽来的第十九旅合编），师长杨国夫，政委刘其人。
西满军区（也称辽热军区）司令员吕正操，政委李富春、黄克诚（不久改任司令员）。西满军区之下又设两个军区，即辽西、嫩南军区。军区直属部队是第三师（原新四军第三师），师长兼政委黄克诚（兼），副师长刘震、洪学智。
南满军区（也称辽东军区）司令程世才，政委萧华、江华，副司令员罗舜初、曾克林，副政委莫文骅、唐凯，参谋长罗舜初（兼）。南满军区之下又设安东军区。军区直属部队是三纵和四纵，三纵（以山东来的第三师和另外三个旅组成）司令员程世才（兼），政委罗舜初（兼）；四纵（由山东来的第六师和第五师组成，初期称为二纵和三纵，不久合编为四纵）司令员吴克华，政委彭嘉应，副司令员胡奇才、韩先楚。
东满军区（也称吉辽军区）司令员周保中、政委林枫，副司令员陈光，副政委张启龙，参谋长陈光（兼）。东满军区之下又设三个军区，即通化、吉东、辽北军区。军区直属部队是七纵和吉黑纵队，七纵（由山东来的东北挺进纵队改编）司令员万毅，政委周赤萍；吉黑纵队司令员曹里怀，政委郭峰。
东北民主联军总部直属部队是由山东过来的梁兴初任司令员、梁必业任政委的第一师，是林彪很熟悉的当年八路军一一五师的老部队。此外总部之下还有贾陶任旅长的炮兵旅、三个军事学校（军政大学、航空学校、炮兵学校）。
各部队在东北局各分局和各军区的安排下，都避开了与敌人的正面作战，分散到乡村去发动群众，消灭土匪，惩办汉奸，开展清算斗争（清算汉奸和伪军的罪行，收回被他们霸占的土地和粮食，分给贫苦农民），减租减息，建立政权，组织游击队和民兵。
在清算斗争的基础上，各地逐步开始分配开拓地和满拓地（即日本拓务省和伪满拓政司组织的各种开拓团所夺占的土地，这在东北农村数量不少，很多县都在三分之一以上，最高的在80％左右）给农民。1946年3月20日，东北局发出《关于处理日伪土地的指示》，决定“所有东北境内一切日伪地产、开拓地、满拓地，以及日本人和大汉奸所有地产，应立即无代价地分配给无地和少地的农民、贫民所有”。于是东北全境开展了分田运动。1946年5月，中共中央下达《关于清算减租及土地问题的指示》。不久，东北局“七七决议”传达到整个东北，凡是我党控制的地区都掀起了大规模的土地改革运动，截至1947年2月，东北地区（南满除外）共有400万农民分得土地3160万亩，平均每个农民分得8亩左右。
东北局在不断总结各地经验教训的基础上，随着解放区的扩大，不断把土地改革运动推向深入。1947年秋天，彭真专门回西柏坡村参加了中共中央召开的全国土地会议，将《中国土地法大纲》带回东北，进一步检查了各地在土地改革中的不良倾向，纠正了一些地方出现的“左”
倾错误，并在土地改革的基础上开展生产运动。东北各解放区的土地改革一直到1948年春天基本结束，所有贫苦农民人均都分到了7～12亩土地（当时东北还处在地广人稀的时期，老百姓还习惯于广种薄收，有的地方还是轮作式的耕作，所以占有的土地都比较多），每40～70亩土地有一头耕地的牲畜。东北农村这一场暴风骤雨式的运动，保证了东北解放战争的胜利。正如后来陈云同志所说：
由于东北进行了土地改革，贫苦农民翻了身，我们党才能在东北站住脚，扎下根，我们的部队才可能有那么充足的兵源，那么充足的粮草来和美式装备的国民党军队较量。
剿匪是东北农村中另一个重要任务。东北历来就以土匪多而名闻全国，过去的土匪是以占山为王、打家劫舍的“胡子”为主，现在的土匪则是以国民党派遣人员联系的伪满军警、地主恶霸和胡子合流的政治土匪为主。据统计，当时东北的土匪分为16个系统，都属于政治土匪，其中有国民党以各种名义所委任的正副“总司令”、“总指挥”32名，“军长”33名，“师长”158名。他们趁日军投降、苏军只在大城市、我军初到东北不熟悉环境的机会，大肆发展，为所欲为，不仅杀害我军和我党干部，竟连一个整排的苏军也敢杀害。我东北局成员、中央政治局委员张闻天和我党新委任的合江军区司令方强于1945年12月在苏军的护送下，乘汽车从牡丹江到佳木斯途中，就曾被土匪伏击，差点牺牲。
我东北部队以三分之一的兵力投入剿匪，用追剿、堵剿、驻剿相结合的办法穷追猛打，力求斩草除根。1946年6月，东北局又专门下达了《剿匪工作指示》，进行了新的部署，全东北的剿匪工作由民主联军总部统一指挥进行，重点是在北满。著名的侦察英雄杨子荣活捉“座山雕”的事迹，就是在北满发生的。
从1945年底开始，一直到1947年春，我军与各路土匪作战1300多次，共歼灭匪徒7.9万多人，缴获各种枪支5万多支，使我军在东北农村中解除了后顾之忧。
五、东北局改组和《七七决议》
在建设和巩固根据地的过程中，这一时期的东北势态中，还有两件大事，就是东北局的改组和《七七决议》。
自从我10万大军进东北以来，处境一直比较困难，面对着国民党军队不断进入东北，苏军退出后国民党政府对东北各地的接收，中共中央密切关注着东北势态的发展。中央在与东北各位领导干部的电报往来中，感到东北领导干部内部意见不够统一，权威性不强，这对迅速改变东北面貌、准备和国民党军队打大仗的设想是不利的。中共中央在经过慎重考虑后，做出了调整东北领导干部的重要决定。1946年6月16日，中共中央下达了如下决定：
东北局：目前东北形势严重，为了统一领导，决定以林彪为东北局书记、东北民主联军总司令兼政治委员；以彭真、罗荣桓、高岗、陈云四同志为东北局副书记兼副政委，并以林、彭、罗、高、陈五人组成东北局常委。中央认为这种分工在目前情况下，不但有必要而且有可能，中央相信诸同志必能和衷共济，在重新分工下团结一致，为克服困难、争取胜利而奋斗。
中共中央的这个决定，一直执行到东北解放战争结束，东北局的领导班子一直是如此，期间未再有变动。
这个时候，东北局刚从长春搬到哈尔滨（东北局机关撤出沈阳之后，先在本溪，后到抚顺，再到长春，5月21日才迁到哈尔滨），而林彪还在前线部队中。得到中共中央指示后，东北局委托高岗和谭政到黑龙江南部的五常县，把林彪接回哈尔滨。从此，林彪全面主持了东北地区的党政军工作。
为了贯彻执行中央的指示精神，东北局在7月初在哈尔滨召开了东北局扩大会议，这是我军进东北以来领导干部到得最多的一次重要会议。东北地区的中共中央委员林彪、彭真、罗荣桓、陈云、高岗、李富春、李立三、张闻天、蔡畅、林枫，候补中央委员黄克诚、王首道、谭政、陈郁、云泽（乌兰夫）、萧劲光、万毅、吕正操、古大存等参加了会议。
会议经过充分讨论之后，在统一认识的基础上，由陈云起草，反复讨论，并报中央由毛泽东修改，最后形成了《关于东北形势及任务的决议》。因为是在7月7日的会上通过的，所以又简称为《七七决议》。决议明确了必须树立长期艰苦奋斗的思想准备，必须承认目前自己的弱点，必须依靠群众、自力更生，建立巩固的根据地。决议强调，能否真正把农民发动起来，是我党在东北成败的关键。因此，凡是可能下乡的共产党员，不分文武，不分男女，不分资格，统统都应当到农村去。
罗荣桓曾就《七七决议》说过这样的话：“这一决定对东北有很大意义，也可以说是转变的关键。”
根据《七七决议》的要求，大量的工作队下到了农村。据统计，当时东北共有12万名干部下农村，包括从张闻天这样的老革命到刚参加革命的青年学生。这样就在东北掀起了一个深刻的农村革命新高潮，前面所介绍的土改、剿匪等热潮，就是在这种方针之下逐步形成的。
在东北局扩大会议前后，东北民主联军总部对东北所有部队的编制陆续作了一些调整。调整的主要原因是由于去年10万大军进东北时，各部队都还使用原来的番号，对于统一指挥不大方便。一年来根据形势不断变化而建立的若干军区，与现在的实际情况也出现了不少差距。统一调整并重新编制之后的东北民主联军系列如下：
总司令兼政治委员林彪。
副总司令周保中、吕正操、萧劲光。
副政治委员彭真、罗荣桓、高岗、陈云。
第一参谋长萧劲光（兼）。
第二参谋长伍修权。
政治部主任谭政。
政治部副主任周桓。
后勤部部长叶季壮。
后勤部政委杨至诚。
总部直辖四个军区（原北满军区撤销）：
松江军区司令员李天佑，政委张秀山。
合江军区司令员方强，政委洛甫（张闻天）。
牡丹江军区（不久并入合江军区）司令员李荆璞，政委李大章。
内蒙古人民自卫军兴安军区司令员阿思根，政委哈丰何。
整个东北地区除原北满地区由东北局直接领导外，在东北各地设立以下三个军区：
西满军区司令员黄克诚、政委李富春，副司令员洪学智。西满军区下辖三个军区：
嫩江军区司令员倪志亮，政委刘锡五。
辽吉军区司令员邓华，政委陶铸。
龙江军区司令员叶长庚，政委王鹤寿。
辽东（南满）军区司令员兼政委萧华，副司令员吴克华、曾克林，副政委江华、莫文骅。辽东军区下辖两个军区：
辽宁军区司令员张学思，政委白坚。
辽南军区司令员吴瑞林，政委林一山。
吉林军区司令员周保中、政委陈正人，副司令员陈光、副政委张启龙。
东北民主联军所属部队编制如下：
一纵司令员万毅，副司令员李作鹏、梁兴初，副政委周赤萍。
二纵司令员刘震，政委吴法宪。
三纵司令员程世才，政委罗舜初。
四纵司令员吴克华，政委彭嘉应。
六纵司令员陈光、政委赖传珠，副司令员杨国夫、副政委刘其人。
炮兵司令部司令员朱瑞，政委邱创成。
骑兵司令部司令员贺晋年，政委张荣。
护路军司令员苏进，副司令员王光文。
此外，在北满还有七个独立师，南满还有三个独立师。在总部之下还有军政大学、炮兵学校、工兵学校、航空学校。
1946年9月，中央军委决定将晋察冀军区的热辽纵队和冀东纵队划归东北民主联军建制。热辽纵队司令员黄永胜，政委朱其文；冀东纵队司令员詹才芳，政委李楚离（1947年4月20日，中共中央进一步决定，将晋察冀军区下属的冀察热辽军区划归东北民主联军建制，由程子华任代司令员兼政委，李运昌、陈奇涵、黄永胜任副司令员，黄火青任副政委。其下又辖三个军区：热河军区、冀东军区、冀热察军区）。
据1946年10月整编之后的统计，东北民主联军总人数为32.4万人。