第一次世界大战以后，不少人目睹先进的科学技术之用于战争给人类带来的巨大创伤和灾难，对于科学的功用和发展前景感到困惑、失望。在中国，梁启超等一班人也作出了科学破产的“预言”。所以“五四”时期青年学子中兴起“科学热”的同时，也出现了一股反科学思想的逆流。用科学的方法从事学术研究，尤其是从事社会科学诸学科的研究，更受到守旧派学者的非难。在这样的情况下，傅斯年不仅鼓吹用科学的方法治中国的学问，而且最先树起“科学的东方学”旗帜，建立专门研究机构，组织起大批一流学者，展开了用科学方法研究中国学问的实践活动：发掘古文化遗址，整理档案史料，研究古人类体质，进行各种各样的实地调查，如此等等，从这个角度审视，他的学术思想，他所从事的学术事业，代表着进步的史学潮流，廓清了反科学思想的迷雾，为中国现代新史学的健康发展开辟了道路。
傅斯年注重接受西方史学理论，但不盲从、不照搬；注重继承发扬中国史学的优良传统，也能够摒弃其糟粕。他主张用先进的学术方法改造中国的旧史学，号召史学家们从文献堆里走出来，走向社会，走向民间，广泛搜求新史料，用科学的方法处理新史料，解决新问题，建立中国科学的史料考据学。他在学术理论上是个通人，他提倡考据，但不拘泥于考据，鼓吹以自然科学方法治史，但也不排斥其他方法；否认史事有则有例，但主张把社会发展分作若干时期，认定进化论适用于人类社会，认为文化的演进有阶段性，号召“把发生学引入文学史来”。在新考据学家中，他的才、学、识皆堪称一流。有人称他为“科学派”的领袖，或称他为“史料学派”的旗手兼舵手，是不过分的。
当然我们也应该指出，尽管傅斯年提出“要科学的东方学之正统在中国”的口号，以建立科学的历史学为己任，但是由于他否认社会历史发展具有规律性，因此他所要建立的“东方学”、历史学并不是真正的科学，他所从事的史学工作也没有能够成为科学的事业。退一步说，他提倡的科学的历史学，充其量只能说是使用科学方法从事研究的史料学。而且他所使用的科学方法，并不具有普遍、广泛的意义。他没有广泛地接受和利用当时历史学家们提出和使用的科学的历史研究方法，对于已经广泛传播的马克思主义的史学理论、方法更持反对、排斥的态度，因而傅斯年并没有建立起真正的“科学的东方学”，即便是他一生苦心经营的史料学，也没有能够成为真正科学的事业。
（三）汇集“各种科学的方法”
早在《新潮》社时期，傅斯年就已开始了对于治学方法的探求。从他在《新潮》的“故书新评”专栏里发表的讨论读书入门途径的文字和介绍西方逻辑学著作的三篇书评来看，他明显地受到了胡适重视逻辑、讲求方法的治学风格的影响。有时他甚至直接引述阐释胡适的理论观点，乃至被后人讥为“拾胡氏的牙慧”。但是由于二人学习经历、思想渊源不尽相同，所以他们宣传、使用的史学方法的具体内容也存有较大差异。傅斯年没有追步胡适侈谈“大胆地假设，小心地求证”，而是根据史料学的存真、求实的原则，提出了自己的治史方法。他在1927年写作的《中国古代文学史讲义》、次年发表的《历史语言研究所工作之旨趣》和30年代初任教于北京大学时讲述的《史学方法导沦》中，对史学方法作过专门的讨论，在其他的史学论著中，亦时有论及。归纳起来说，他所提倡和使用的史学方法主要有以下几种：
１.“以科学的比较为手段，去处理不同的记载”
用比较的方法处理史料、研究史事，在我国有着悠久的历史。战国晚期的学问家常用比较的方法说明各学派的优劣异同；司马迁作《史记》，用比较的方法选择史料、考究史事、评论人物；后代的学者在校订文献、评论史事、处理史料时都经常使用历史比较的方法。至清代考据学兴起，这种方法蔚为大观。不过近代以前的学者只是简单地、孤立地对个别历史现象或历史资料进行对比，没有从广泛的、普遍联系的方面认识和使用这种方法，更没有升华到理论的高度。
20世纪初，这种方法在新考据学家手中得到充分的发展，王国维提出“二重证据法”，“将地下纸上，打成一片”。陈寅恪提出用古诗文证史的方法（又称文史互证法），开辟出比较方法的新天地。胡适也曾明确地提出研究古学要“博采参考比较的资料”、“用比较的研究来帮助国学的材料的整理与解释”。他们提出了比较方法的概念并将其提到方法论的高度上来认识，但都没有对这种方法进行系统的阐释和论证。傅斯年继承中国历史比较研究的优良传统，借鉴西方比较文学、比较语言学的理论和方法，对于用比较方法治史料学的理论进行了全面的总结和系统的说明，同时将比较方法应用于其他史学领域，提出了不少有价值的见解。
傅斯年认为，比较的方法是处理史料的最根本的、最重要的方法：“史学的方法是以科学的比较为手段，去处理不同的记载”，“史料学便是比较方法之应用”。他强调说：
假如有人问我处理史料的方法，我们要回答说：第一是比较不同的史料，第二是比较不同的史料，第三还是比较不同的史料。
为什么要使用比较的方法呢？他说：
历史事件虽然只有一次，但一个事件既不尽止有一个记载，所以这个事件在几种情形下，可以比较而得其近真；好几件事情又每每有相关联的地方，更可以比较而得其头绪。
比较同一历史事件的不同记载，可以去伪存真；比较相关联的几件史事，可以理清其相互关系。他将史料学的比较方法归纳为八对性质不同的史料的对勘互证：
（1）直接史料对间接史料。所谓直接史料是指未经中间人修改、省略或转写的史料；而经过中间人修改、省略或转写的材料则是间接史料。直接史料是最可信的，间接史料则往往经过了后人的更改和增删。间接史料的讹误、不足、错乱，要靠直接史料去更正、弥补、整齐。直接史料固然重要，但间接史料的作用也不可忽视，因为直接史料有时是孤立的、零散的，必须靠间接史料“做个预备，做个轮廓，做个界落”。我们如果不先对间接史料下些功夫，有些直接史料的内容和意义就难以把握。傅斯年特别强调搜集运用新史料，但他并不忽视旧史料的学术价值。他说：
必于旧史史料有功夫，然后可以运用新史料；必于新史料有了解，然后可以纠正旧史料。新史料之发现与应用，实是史学进步的重要条件；然而单持新史料，而与遗传者接不上气，亦每每是枉然。
新旧史料各有长短，二者“相互为用”，才能收到好的效果。
（2）官家的记载对民间的记载。大体说来，官书的记载关于年月、官职、地理等，“有簿可查有籍可录者”，常比私家的记载确实；而私家记载对一件事的来龙去脉及其内幕，能披露一些官书不能说或不敢说的东西。“官家的记载时而失之讳”，“私家的记载时而失之诬”，兼取二者之长而补其短，便可得到确实的史料。
（3）本国的记载对外国的记载。外国人之记他国的史事，多有讹传误记，但却“无所用其讳”，“比民间更民间”，能记下“本国每每忽略最习见同时却是最要紧的事”。研究边疆民族史，不可不注意外国的记载，研究中外关系史，不利用别国的史料更无从着手。
（4）近人的记载对远人的记载。除去特殊的情况之外，近人的记载比起远人的记载来，其史料价值总是要大些。
（5）不经意的记载对经意的记载。“记载时特别经意，固可使这记载格外信实，亦可使这记载格外不实。”不经意的记载常是乱七八糟，但有时却可保存些原始的材料。
（6）本事对旁涉。一般说来，本事是最重要的，旁涉似乎没大关系。但有时旁涉能“露马脚”，使我们觉得事实并非如本事所说。他特别强调说：
史学家应该最忌孤证，因为某个孤证若是来源有问题，岂不是全套议论都入了东洋大海呢？所以就旁涉中取孤证每每弄出“亡是公子”、“非有先生”来。然若旁涉中的证据不止一件，或者多了，也有很确切的事实发现了。
历史上的事直接可以证明的较少，这就需要考证。考证是要严肃谨慎的。“聪明的考证”结论未必正确，而“笨伯的考证”更是一无是处。
（7）直说对隐喻。凡事不便直说，但作者又很想说，便常用隐喻以暗示后人。而后人有时“神经过敏”，想得太多；或古人故作“迷阵”、“恶作剧”以欺后人，这是“史学中最危险的地域”。他特别强调对待隐喻要慎之又慎，不可轻易拿来解释历史：
我们生在百千年后，要体会百千年前的曲喻，只可以玩弄聪明，却不可以补苴信史也。
（8）口说的史料对著文的史料。人们历来重视文字的记载，而忽视口说的材料，这是不应该的。其实有些文字的材料如笔记小说等系靠口说的材料写成的，性质与口说实无根本差异。口说的材料自有其缺陷，但也不可视为无用之物。口说的材料往往把年代、世系、地域弄得乱七八糟，但也有一些“精要的史事为之保留”，汉族典籍中所传的蒙古族源流就是一个明显的例证。
与王国维、陈寅恪等人相比，傅斯年的史料比较方法的内容范围广泛很多，理论上也细密完备得多了。他将上述理论贯彻到治史的实践中去，写出了一些颇有价值的学术论著。他将金文、甲骨文与历史文献的记载比勘互证，用以研究先秦史、古代思想史，用私家的记载与官书正史结合研究明朝历史，其成就均为史学界所称许。
虽然傅斯年只是把比较的方法看作是处理史料的方法，但是在一般史事的研究中，他也自觉不自觉地使用这样的方法。他的学术论著中最常见的是中外历史的比较。如把中国古代史学与欧洲同时代的史学相比较，说明中国古代史学的发达及近代史学落后的表现及原因。把司马迁“整齐殊国纪年”、制作诸侯及六国年表，与西方古代史学作比较，指出我们中国人习惯于阅读有详细纪年的史书，所以并不感到纪年是了不起的功劳，如果一查希腊年代学未经近代人整理之前的状态，或眼下印度史书年代之混乱，然后就知道司马迁写表，实乃史学思想极大成熟的表现。他说司马迁创作八书，“睹史学之大全，人文之大体”，在欧洲，直到19世纪才有这样的史学家。又说《通鉴考异》是中国最早的评述别择史料的一部书，从中可以看出史学方法的成熟，“在西洋则这方法的成熟后了好几百年，到十七八世纪，这方法才算有自觉地完成了”。他认为近代欧洲史学家专在搜求新史料上下功夫，所以用力小而成绩大；中国的史学家却只是照着《史记》的旧格式修元史修清史，做官样文章，这只能是“化石的史学”。此外他还对中西社会问题、教育制度、语言学、哲学等作过比较。从这些比较中可以看出，他既反对妄自尊大、“保存国故”、“保存国粹”，排斥西方文化，又反对对所谓“全盘西化”，认为“全盘西化”在理论上站不住脚，从实践上看也是行不通的。另外，他对中国历史上的各种社会现象、人物事件、思想学术也常进行相互比较，如先秦诸子思想的比较，清代学者治学方法的比较，民族学方面的比较等等，其中不乏真知灼见。
他提倡和使用的比较方法有很大缺陷。其一，科学的比较方法不否认微观考察的必要性，但更重视从宏观上考察历史，强调通过重大历史事件、人物、现象的比较，作出一种具有广泛适用性的结论，说明具有普遍意义的社会历史问题。傅斯年的比较方法大体上只限于史料学领域，只是对某些历史资料、具体问题进行比勘互证，作一些孤立的对比，这是微观考察的方法。这种微观考察方法虽然是必要的，但与宏观考察方法相比，还处于较低的层次上。其二，科学的比较方法是历史研究的一种手段、一个环节，通过历史现象、事物之间的对比，找出其相同处、不同处，发现其共同性与特殊性，最终达到认识事物发展的一般规律与特殊规律的目的。傅斯年把比较作为研究的全过程和终极目的，他只是寻求事物之间表面上的同异，不去探求其内部联系，不去寻求规律性的认识。所以他的历史比较，还只是些简单的、表层的比较，基本上停留在传统比较方法的水平上。另外，由于认识能力及所处时代的局限，傅斯年有时忽略比较的条件和范围，对于用来比较的事物作了片面的理解，得出了不恰当的结论。尽管如此，我们仍应肯定，傅斯年的史学比较方法是对我国传统比较方法的继承和发展，是对20世纪初兴起的史料比较方法的系统总结，在史料学方法论方面作出了突出的贡献。对于我国现代比较史学理论的发展具有促进作用。
2.“以语言学之立点，解决哲学史之问题”
在《历史语言研究所工作之旨趣》中，傅斯年对于语言和思想的关系作了一个基本的界定。他说：“本来语言即是思想，一个民族的语言即是这民族精神上的富有，所以语言学总是一个大题目。”在这个时期写成的《中国古代文学史讲义》中，他首先对于“把思想当做内体，把语言当做外用，以为思想是质，语言是具”的观点提出异议。接着提出了语言支配文学的观点：“总而言之，文学是根据语言的，不是根据思想的，至多是牵涉及于思想的。”在稍后写成的《战国子家叙论》中说，古往今来以哲学著名的民族有一共同的特点，就是由于异族的侵入或征服，使某民族的文化忽然极度提高了，但其语言之原形犹在，而“语言又是和思想分不开的”，于是“繁丰的抽象思想，不知不觉的受他的语言的支配，而一经自己感觉到这一层，遂为若干特殊语言的形质作玄学的解释了。”于是他作出结论：“哲学乃语言之副产品。”基于这样的认识，他在《性命古训辨证》中提出了从语言学入手治思想史的观点。他说：
思想不能离语言，故思想必为语言所支配。一思想之来源与演变，固受甚多人文事件之影响，亦甚受语法之影响。思想愈抽象者，此情形愈明显。性命之谈，古代之抽象思想也，吾故以此一题为此方法之试验焉。