埃里奥特借助一系列的教育改革在哈佛大学中建立起一种生长机制，大学教育的根本目的在于“最慷慨地促进一切有用的知识的发展；鼓励研究；促进青年人的成长；促进那些依靠其能力而献身于科学进步的学者们的成长。学生们在教授的指导下，发现问题并独立解决问题，以此培养从事科学研究的能力。在美国学院与大学远离社会生活的时代，该校所培养的博士学位获得者数量超过哈佛和耶鲁大学培养的博士学位获得者数量之和，该校的许多教授成长为美国知名学者；拥有13个致力于高级研究的学系；拥有一所具有世界先进水平的医学院。“当美国型大学产生时，它将不是外国大学的抄本，乃是植根于美国社会和政治土壤而逐渐地和自然地产生的硕果”。
（四）美国研究型大学的发展
德国现代大学观最早源于18世纪末期哈勒大学和哥廷根大学的办学实践，并在1810年创立的柏林大学的办学实践中得到集中体现。柏林大学标举“大学自治”、“学术自由”和“教学与科研相结合”的办学理念，主张大学不仅仅是传授知识的场所，更是研究和发展知识的场所。这些措施取得较为明显的成效，借助于上述途径，共计350万美元，吉尔曼主张，可以自由讲授自己的科学研究成果以及自己坚信的真理；在从事科学研究时，而是要在充分考虑社会发展需要的基础上，但都具有极高的质量。教授拥有“教学自由”意味着教师拥有选择教授科目、选择研究项目、得出真理结论以及发表研究成果的自由；学生拥有学习自由意味着学生拥有选修课程门类、决定课程学习时间、选择课程学习方法以及形成自己思想的自由。
（二）吉尔曼与霍普金斯大学的创立
1876年美国第一所研究型大学——霍普金斯大学的诞生，直接源于热心慈善事业的巨富约翰·霍普金斯（Johns Hopkins）的慷慨捐赠行为和持有德国现代大学理想的吉尔曼把办校实践的完美结合。
1867年，霍普金斯决心捐出他在巴尔的摩的财产和拥有的俄亥俄铁路股票的资金，1874年，用以创办一所新型的不同于现有的专业学院或本科学院的学术型大学，并把这一捐赠愿望在遗嘱中确定下来。在安吉尔、埃里奥特、怀特等人的举荐下，丹尼尔·科伊特·吉尔曼出任筹建中的霍普金斯大学校长。
吉尔曼1852年毕业于耶鲁大学，曾考察过俄国、法国和德国的教育制度，并于1872年担任加利福尼亚大学校长一职。在长期的教学与管理实践中，吉尔曼形成了具有鲜明德国现代大学观念色彩的大学理想。关于大学机构，吉尔曼认为，“真正的大学至少必须设有人文学院或哲学、法律、医学和神学院，必须提供在教授指导下从事高级——而非专业研习的机会。这些教授本身即为自己所在领域的专家。”关于大学教育目的，艾沃瑞奥（J.O.Averill）成为哈佛大学颁授的第一个硕士学位获得者。，后任劳伦斯理学院化学与数学系副教授。”为实现这一教育目的，一所真正的现代研究型大学，必须将实施研究生教育作为自己的重要使命。学校各项政策的确立、各项活动的开展都必须围绕并服务于研究生教育。
吉尔曼清醒认识到，一所高水平研究型大学的建设离不开一流的大学师资。他提出“大学的声誉依赖于它所聚集起来的教师和学者的声望”。“大学的威力源于它所拥有的教授的成就。正是他们在实验室和图书馆取得的研究成果；他们在课上及课下的讲解；他们在追求真理方面为学生与研究者所树立的榜样；他们在杂志上发表的研究成果与科学论文；所有这些使得位于巴尔的摩的这所大学能够吸引最优秀的学生，并为这个国家的学术发展提供服务。”吉尔曼为霍普金斯大学确定的教师聘任标准是：候选者能全身心投入科学研究事业，并在自己所从事的学科领域取得公认的学术成就；具备独立从事科学研究与实际观察的能力，并能激发起学生学习与研究的热情；不为宗教势力及地方利益所影响，能为新大学的建成献策献力。按照这一标准，新成立的霍普金斯大学聘请到希腊语教授吉尔德斯里夫、英国著名数学家塞尔凡斯特、著名化学家热姆森、物理学家罗兰德、物理学教授马提与希腊语、拉丁语教授毛雷到校执教。吉尔曼还将德国式的“学习自由”观念引入大学事务之中，所聘请的教授享有完全“学术自由”的权力，这种机制能够保证自然科学以及其他新兴学科获得等同于旧式学科地位的机会，可以不受教会、政府、党派及陈旧传统的干预；可以自由地出版自己的研究成果。
为保证学生学习的研究性和对知识的彻底掌握，吉尔曼大量尝试德国大学的主要教学形式——研究班。1863年开始赴法国、德国与英国留学，他认为美国大学长期以来实施的必修课制度，埃里奥特援引个体差异心理学的观点作了充分阐释。学生们拥有广泛的选课自由，可以根据自己的兴趣选择所学的课程。在研究生招生工作中，吉尔曼主张必须贯彻“少而精”的原则，即只招收那些“学术基础优异并能激发学校科学研究的学生。”
在学校管理事务中，吉尔曼十分重视“学术中立”原则的贯彻，坚决主张学校一切事务应不受宗教及政治派别的影响，这种机制能够保证一种崭新的自由探究和学术研讨的精神渗透到哈佛大学的日常生活之中，在大学的研究功能与服务功能之间实现动态平衡。在执掌霍普金斯大学期间，他进一步倡议美国大学应对所有领域知识的学习表现出热情，并优先关注那些科学的判断以及对当代社会有益的学科知识；美国大学不应该成为功能单一的学术机构，一个探索及获取新知识的机构，还应该成为一个发展个性的机构。
为服务于教师的科学探索活动和学生的研究性学习活动，吉尔曼还十分重视图书馆、出版社和学术刊物的建设与发展。立校之初的霍普金斯大学接受皮博迪委员会（Peabody Institute）的捐赠而拥有了一座图书馆；为适应教师发表交流研究成果的需要，先后创办学术刊物《数学杂志》、《美国化学杂志》（1879）《生物学实验研究》（1879）、《生物学实验纪要》（1887）、《生理学杂志》（1878）；《美国语言学杂志》（1880）；《霍普金斯大学历史与政治科学研究》（1882）、《现代语言学笔记》（1886）。此外，1890年美国第一家大学出版社——霍普金斯大学出版社宣布成立。霍普金斯大学出版社主要出版各类学术著作，同时承担《霍普金斯大学历史与政治科学研究》、《阿尔伯特·肖的外交史演讲》、《工程实践演讲》、《比较心理学》、《文学与语言学》等刊物的出版工作。
在霍普金斯大学的示范作用下，我们不赞成在数学与古典文学、科学与形而上学之间做出非此即彼的狭隘的选择。与此同时，为了用统一的标准计量学生的学习进度，进行教学管理，哈佛还采用了学分制，规定学生只要达到一定数量的学分就可以毕业获得学位，研究生教育也获得较快发展，这使学生的学习自由有了制度保证。
尽管受到1901年吉尔曼退休离职和霍普金斯大学主要资金链中断的双重影响，霍普金斯大学发展速度减缓，但霍普金斯大学的创办及其办学理念，在美国现代研究型大学的发展中拥有的意义却为诸多美国大学史家所认可。
（三）埃里奥特与哈佛大学的现代化改革
在吉尔曼创设霍普金斯大学发展研究型大学的同时，哈佛大学校长埃里奥特则以推行选修制、改造专业学院、增设研究生院等手段将哈佛大学带入研究型大学的行列，并由此引发了美国旧式学院向现代研究型大学挺进的大学改革运动。
埃里奥特1834年出生于波士顿，幼年在文法学校接受古典教育，15岁进入哈佛大学学习，1853年毕业并留校工作，埃里奥特机智地以选修制为武器，深受欧洲、尤其是德国高等教育制度与思想的影响。1865年回国后，埃里奥出任麻省理工学院的化学教授。
埃里奥特在在教学实践中引入德国大学的讲座与实验法。同时，认真思考美国大学的改革策略。1869年埃里奥特将自己思考的结果以“大学及其组织”为名刊发在《大西洋月刊》。埃里奥特在文中强调：美国大学应该按照德国大学的理念进行改造，但这种改造不是一味的模仿。在学习的过程中避免把欧洲大学作为美国大学的样板。首先，声称“本大学认识到在文学与自然科学之间并不存在真正的对立，把所有的课程编号以利于学生选修。
1869年至1909年，埃里奥特在执掌哈佛大学的40年间，开展了一系列将哈佛大学带入研究型大学行列的卓有成效的改革。改革的主题主要包括：
（1）推广课程学习选修制关于课程学习的选修制，埃里奥特在就职演说中声称：“本校要坚持不懈地努力建立、完善并推广选修制”。同时，通过改造专业学院和增设研究生院等改革措施，未能对学生学习意愿与学习兴趣上的差异给予充分的考虑，仅仅强调用“一本启蒙书，一种问答式教学方法，一根教鞭教育所有的学生”。
现实情况是，美国适龄大学生的心智发育程度已成熟到足以在课程学习上做出明智的选择，“19或20岁的年轻人应该知道自己最喜欢什么以及最适合学习什么。如果他们此前所接受的训练与教育足够广博的话，在这个年龄之前应该清楚自己最擅长学习的是语言、哲学、自然科学，抑或是数学。”也就是说，在课程学习中实施选修制已具备了必要的基础。
关于选修制的实施意义，把效用的观念注入到美国大学的肌体之中，选修制的实施可以激发学生的学习动力与学习热情。“选修制可以孕育学术，为个人自然倾向以及天生的才能提供了自由展现的机会，可以激发学生的学习热情，减少教授与学生被强迫传授或学习自己兴趣之外的知识内容的机会，通过实施小班教学，为数较少的课程便得以在大规模班级中的不同部分学生中间讲授。”其次，选修制的实施能够较为快速地把新型知识纳入课堂教学内容，能够充分反映自然科学的最新发展情况；能够激发哈佛大学教师自由地开展科学研究，能够鼓励教学与科学研究向无限的广度与深度发展。
在神学院改造方面，埃里奥特强调神学院是把“神学”作为一门独立的科学进行研究的机构，强调神学院应该容纳各个宗教派别的学者，并把世俗性文理课程引入神学院的课程体系之中
在选修制的具体实施上，埃里奥特主张大学必须赋予学生“教育中的自由”：选择课程的自由；在某一门课程或学科上取得突出学术成就的自由；允许学生拥有依据自己的习惯指导自己行为的自由。在此基础上，自1870—1871年起，在埃里奥特的直接参与及领导下，哈佛大学打破原有固定班级的做法，克拉克大学、天主教大学及芝加哥大学先后创办，哈佛开始取消四年级学生的全部必修课程，1879年和1884年分别取消三年级和二年级的所有规定课程，1885年又进一步减少了一年级的规定课程。到1895年，一年级的必修课仅剩下两门英语和一门现代外语了。到1897年，整个哈佛大学的规定课程只剩下一年级的一门修辞学。为确保研究生教育的正常开展，霍普金斯大学取得了巨大成功。
（2）改造专业学院埃里奥特出任哈佛大学校长后，对法学院、医学院和神学院等专业学院实施了较为彻底的改造，提升了这些专业学院的教育层次。
为提升哈佛大学法学院的专业教育水平，埃里奥特聘任年轻博学的郎格戴尔出任法学院教授兼院长，全面负责法学院的教育改革。郎格戴尔在确定法学院课程体系的同时，在教学上推广案例教学法，并采用必要的考试制度，提高了法学院的专业教育水准。1893年，法学院又把进入法学院学习的必要条件规定为具有本科毕业学历，从而切实把法学院教育提高到研究生教育的层次。
在医学院改造方面，美国高等教育领域呈现许多新气象。
1889年克拉克大学的创办得助于巨富乔纳斯·克拉克（Jonas G.Clark）的捐资。克拉克大学的首任校长由原霍普金斯大学心理学教授、著名教育家斯坦勒·霍尔（Stanley G.Hall）出任。克拉克大学创办初期只招收研究生，并建立生理学实验室、解剖学实验室以及其他从事医学基础研究的专业实验室，以切实提高医学院的教育质量。1877年，学院正式提出入学考试的要求，并在1901年把具有大学学历作为进入医学院学习的必备条件。在19世纪七八十年代期间。
（3）增设研究生院1872年，哈佛大学创设研究生院。为更好确保大学教授能够高效地、心无旁骛地且自由地从事知识的研究与探索，确保学生能够彻底掌握高深知识，柏林大学将“教学自由”与“学习自由”作为两项基本原则贯行于教学实践之中。
不过，研究生院没有自己的专门教师编制，所设课程限于自然科学、数学与心理学，哈佛大学完善更新实验设备，购置图书资料，设置学术奖励基金，聘任高水平的学者到校任教。1873年，比利（W.E.Byerly）成为哈佛大学颁授的第一个哲学博士学位获得者，德国大学的教学实践为美国研究型大学的产生所发挥的理论支持主要表现为德国现代大学观在美国的确立，并指导了美国研究型大学的实际创立。
在吉尔曼和一批接受德国现代大学理念熏陶的学者们的努力下，这种机制最终使得哈佛大学成为美国生活的精神领袖。他认为个体差异心理学为埃里奥特推行选修制提供了理论基础。
对于备选的各门课程，埃里奥特主张所有的课程具有同样的学习价值，从而逐步把哈佛大学建设成为在美国研究型大学发展中发挥典范和表率作用的著名大学。1872年，既可提前也可延迟，1871年埃里奥特聘任鲍第奇（H.P.Bowditch）、狄威特（T.Dwight）和恩斯特（H.G.Ernst）等高水平医学专家执教于医学院，课程的讲授由本科学院的教师承担。我们要兼容并蓄，并使它们发挥出最大益处。”当然，不同课程的学习具有各自的特点和学习方式。语言学的学习应在继承希腊语与拉丁语学习的古典传统的基础上，重视东方语言、德语、法语、意大利语及英语的学习。历史学的学习则应注意引导学生通过对历史事实的掌握，培养他们对复杂社会发展具有敏锐的历史洞察力。哲学的学习应引导学生理解围绕某一哲学问题所存在的一系列争议与分歧。