由于统一进程的加快，德国高等教育改革自然走上了第三条选择之路，即东德按照西德的模式进行改革，改革任务包括：改革高校管理体制，高校改为联邦制管理，属各州管辖；恢复科研与教学相结合的传统，保证科研与教学自由；建立高等专科学校；砍掉一些与马克思主义有关的专业等。
经过调整，到19921993学年，东部产生了10所综合性大学、4所工业大学、3所高等技术学校、3所医学院以及21所国立高等专科学校和3所私立高等专科学校，初步完成了高等教育一体化进程。
2.强化教育与研究，促进英才教育
1991年11月，联邦和各州达成了一项为期五年的《高等院校及科学研究革新计划》。由联邦出资75%、各州出资25%、总金额达17.6亿马克的经费主要用于：为综合性大学和高等专科学校聘任300名新设专业的教授；聘任客座科学家；资助科学后续人才。该计划在各方积极支持下，取得了预期的效果。
1992年7月，大学校长联席会议通过了《德国高等院校发展纲要》，概括地介绍了德国高等院校的现状以及加强高等教育的措施，如关于教学改革，关于保障综合性大学的科研，关于加强专业学院以及关于高等院校的基本建设等。1996年9月初，联邦总理科尔签署了一项面向未来的文件，即“高等教育特别项目Ⅲ”。这一新的特别项目融合了用于促进科学后续人才的“高等教育特别项目Ⅱ”以及用于支持东部新州高等院校近年来的基本建设的高等院校革新项目。项目的主要目的是要改善学习条件，支持高等院校开展国际间的合作与交流，赞助科学后续人才，为科学和研究所中的女性提供支持。到2000年，“高等教育特别项目Ⅲ”为高等院校提供36亿马克，其中20亿马克由联邦政府提供，其余的由各州政府提供。
建立研究生院也是强化科学后续人才培养的重要措施，其目的是“对传统的培养博士研究生和攻读教授资格者的体制进行补充，改进对科学后续人才的资助”，到1996年，德国已有262所研究生院。联邦政府为研究生院项目提供了65%的经费。
进入新世纪后，德国大学又开始了新的改革浪潮。2004年，联邦政府推出“精英大学”计划，力图通过重点资助的形式建设若干所世界一流大学，2006年，卡尔斯鲁厄大学、慕尼黑大学和慕尼黑工业大学首批入选。可以预见，“精英大学”计划对提升德国的科研实力及德国大学的国际地位必将产生重要的影响。
3.引入市场机制，不断增强大学竞争力
20世纪90年代中期以来，德国大学一直承受着改革的压力，这种改革以引入市场机制，从而增加联邦、各州及学术机构之间的竞争力为目的。1997年11月，联邦总统Roman Herzog要求对德国教育体系的未来展开全国性的讨论，要求高等教育机构应使它们的学生更好地为就业市场做准备，改进学生咨询体系，使终身学习制度化，废除在薪金结构方面对大学毕业生和高等专科学校毕业生的区别对待。而且，他倾向于引入更多的竞争和等级制度，以便为新生提供更多的透明度。
1998年，新的《联邦高等教育总纲法修正案》引入了对德国高等教育体系的改革，它要求增加竞争，对规则进行区分，引入业绩导向以及设立业绩奖励。希望通过这些措施，使德国高等教育在21世纪具有国际竞争力。
今后，高等教育机构公共财政拨款应根据业绩指标进行分配，大学和各院系资源分配也应根据业绩实施。各州的立法机构有权选择资源分配的业绩标准。
大学的研究和教学活动将被定期评估。学生参加教学质量的评估。其结果将会被发布并作为基本信息提供给新生，以有助于教学改革中教学内容和形式的进一步改进，及教学质量的进一步提高，并有助于根据产品导向标准实施新的财务公开机制和内部资源分配。评估规程由各州制定。
作为规定，在高等专科学校，传统的获得文凭课程的标准学习时间将不得超过四年，而在大学此期限降为四年半。各州和各高等教育机构正在计划研制详尽的课程规划并引入学分制。各系的学分制必须协调一致，这样学分就可能被转到德国其他大学或欧盟其他国家或欧洲高等教育圈中的大学，而没有必要让转学学生参加额外考试。学分制将促进学习课程模块化以及考试系统的基础重构。
加强行政管理也是德国各州高等教育改革的明确目标。大学的决策能力和责任将会更为明确地分配。校长（及负责预算的校长）办公室将履行行政职能，而学术评议会将具有控制职能。将来，预算资源只能由校长办公室分配。而在学院则由院长分配。这种新管理模式就如同一种“经理会和理事会”模式，理事会的职能由两种机构履行，其一是学术评议会，它是学术上自我管理的机构；其二是高等教育理事会（Hochschulrat），它是为某一特定州或州内的所有高等教育机构或各个高等教育机构分别设立的。高等教育理事会由一些政治家、产业界代表、工会以及独立的、非附属的个人组成，他们将确定高等教育机构的发展计划，并就预算资源分配等基本问题向校长提出建议。
4.高等教育机构私有化成分不断增加
联邦德国高等学校绝大多数是由州政府举办的公立高等学校，私立高校数量极少，据1992年的统计，联邦德国的大学中，私立大学有5所，在私立大学就读的学生仅占全部大学在校生的1%。在高等专科学校中，私立高等专科学校共有31所，占高等专科学校总数的近13，在私立专科学校就读的学生数只占专科学校在校生总数的7%。
90年代以来，将“私有成分”引入高等教育成为德国高等教育增强竞争力的手段。高等教育私有化意味着教师和辅助人员不再由各州当局雇佣，并失去公务员身份和终身任职保证。高等教育机构将在私有经济条件下作为企业来管理。其好处在于它们能更容易适应不断变化着的环境的需要。
近年，创设小型私立机构在德国蔚然成风。巴登—符腾堡州在首府创设了两所新的私立大学：斯图加特管理学院和技术学院。学院由私人企业如Bosch公司提供财政资助。2003年，有114名学生注册攻读为期两年的工商管理硕士学位。
位于该州北部的布鲁赫扎尔市于1998年9月创办了德国国际大学，在广告攻略中，该大学保证毕业生在劳动力市场能获得工作。这所大学由软件制造商SAP与卡尔斯鲁厄工业与商务部联合创立。学校采用英语授课以吸引外国学生，学生主要来自美国和东南亚，学期2—3年，年均学费10，000欧元。
在汉堡，创办了三个私立机构，即北方科技学院，为汉堡科技大学的一个私立分院；国际研究生学习中心，由汉堡大学创办；由《时代周刊》基金会效仿美国模式而创办的Bucerius法学院。
在与不来梅大学和赖斯大学（德克萨斯州的休斯顿）的密切合作中，不来梅州创办了一所私立学术机构——不来梅国际大学，该机构为多国公司培养初级员工，教学用语为英语，学费约为每年15，000欧元。
据最新数据，德国2004年336家高等教育机构中有104家是非国有机构，这些机构大多属小型专业机构，招生仅占总体的2%。
私立机构的主要问题是经费得不到安全保证。如在巴登—符腾堡州，州政府为每个新机构提供500万到750万欧元，其他费用须由学生学费和捐赠资金提供。由于许多机构学生较少，加之捐赠资金不稳定，资金问题并不乐观。
然而，我们应充分看到私立机构的积极意义。正如K.Hüfner所言：“我们不应忽视私有机构的创新能力。它们在高等教育中的创新在很多方面与公共教育机构有所不同。完全中学毕业考试——中学毕业证书，不能作为录取的保证。另外，为得到最有活力的考生，额外的测试很有必要。教师没有终身制。而且，那些在同事和学生眼里表现糟糕的教师，面临被解聘的风险。机构内部与州当局相比，官僚主义更少，也是一个新特点。”
5.加快高等教育国际化的进程
德国高等教育的国际化可以从两方面考虑：外国学生在德国的相对比例和德国学生在国外的相对比例。统一以来，受经济全球化和欧盟扩大化进程的影响，国际化正成为德国高校发展的必然趋势。
1998年7月3日，联邦教科部长吕特格尔斯和外交部长金克尔（K·Kinkel）就德国高校的国际化问题发表联合新闻公报，重申：“对于联邦政府来说，一个中心的政治任务，就是要使高等学校更具国际性”，“要增强在德国从事科学和学习的吸引力。”为此，政府采取的措施包括：进行建立与国际接轨的学士和硕士相关的学位文凭制度的试验；于1997年在里斯本签署了欧洲相互承认高校学历文凭的协议，从法律上排除外国留学生居留许可方面的障碍。
有关数据表明，从1975—2000年的25年中，外国留学生的绝对数量从47，300人增到约187，000人。1998年，11，000名外国学生在德国被授予学位。然而，那些在德国的外国学生约13出生在德国或在德国接受教育，如土耳其移民工人的子女，也有的来自意大利和西班牙。如果减去这些人的数量，外国学生在德国所占比例几乎是恒定的，维持在约5.5%的较低水平。联邦政府和工业界担忧，如果德国高等教育体系不能吸引更多的国外学生，德国也许会在经济全球化过程中丧失国际竞争力。同样的情况也存在于德国在国外学习的学生数量的增长上，这愈来愈被认为是毕业生成功转入劳动力市场的一个重要资格。
1990年，柏林墙的倒塌掀开了德国历史新的一页，德国社会由此开始了一场全面而深入的变革，而曾负盛名的德国大学也不可避免地介入到这场影响德国未来发展的变革之中，并在建立一体化的高等教育体系、培养高素质精英人才、提高大学自身的竞争力和国际化水平以及吸引社会资金等方面取得了令人瞩目的成就，较为成功地实现了改革的预期目标。时至今日，德国大学的改革仍在继续，尽管改革进程中屡有困难与挫折，但整体方向是值得肯定的。
德国的统一基本上是“将西德的东西移植到东德的过程”，高等教育亦不例外。由于统一的进程大大快于人们的预想，重建一个全新的高等教育体系的设想并未实现，这就意味着前西德的大学机构中存在的危机和缺点也被引进到东德，走了一段本可以避免的弯路，也影响了大学改革的整体效果。
高等教育改革的成功与否同政府的支持是分不开的。上世纪90年代以来，德国经济不景气导致政府对高等教育的拨款连年减少，引起大学教学和研究条件的恶化，影响了改革的进程。可以肯定，没有可靠的财力保障，大学改革是不可能取得预期效果的。
进入21世纪，世界各国的高等教育均面临新的发展机遇，同时也必须认真应对来自各方的诸多挑战，对于我国高等教育而言尤是如此。在新的历史条件下，如何进一步推进我国的高等教育改革，建立起更为科学、合理的现代高等教育制度，提高高等教育的内在竞争力和国际化水平，使高等教育真正成为促进我国社会健康发展的核心推动力，诸如此类问题的解决不仅赖于对我国高等教育现实基础的正确把握，也同样需要对世界其他国家的高等教育改革历程加以认真总结和深入分析，就此而言，两德统一后十余年来德国大学改革的经验尤其是值得我国学习和借鉴的。