刘宗周初名宪章，字宗周，生于明神宗万历六年戊寅春正月二十六日（公元１５７８年３月４日）卯时，卒于清顺治二年闰六月初八（公元１６４５年７月３０日），浙江山阴（今浙江绍兴）水澄里人。
因１８岁应童子试时纳卷者误以字为名，此后他便以宗周为名，以起东（一作启东）为字了。和当时的许多文人一样，刘宗周也有比较多的名号。因他后来迁居至蕺山之下，遂自称蕺山长、蕺山长者、蕺山长病夫宗周等等，其弟子也因此尊称他为蕺山夫子，后学则尊称他为蕺山刘子、子刘子，“蕺山学派”的得名亦本于此。
人的名号常透漏出一些信息。刘宗周的一些名号就是他思想倾向的反映。比如，刘宗周有一个别号“读易小子”，说明他对易学有偏爱，他的很多哲学思想便是根植于易学的；他还有个别号“克念子”，这是他晚年的一个名号，从中可以看到晚年刘宗周“慎独”、“诚意”说确立后对待“念”的态度，以及他的日用工夫。刘宗周的名号同样反映着他的情绪。刘宗周是一个遗腹子，其父刘秦台以痢疾卒于其出生前五个月，为了怀念父亲并表达没有见到父亲的哀痛，他给自己起了一个别号———念台，所以也有学者称他念台先生，一些友人也因此称他为念台子。而他的另外几个名号则反映着他的心境，比如秦望、望中山人、还山主人、山阴废士等。这些名号在幽雅自足中夹杂着些许无奈，泛着淡淡的隐忧。
从刘宗周的儿子刘汋给他编的《年谱》以及刘宗周为自己的家族人士撰写的行状和墓志铭看，刘宗周的童年经历是很艰苦的。他出生时其父刘秦台已经去世五个月，祖父兼峰公不善经营，以至“家计寝落，室空如洗”，“炊烟屡绝”。母亲章氏只好时常带着刘宗周就食于外祖父家。后来，刘家干脆连庐舍也卖给了族人。母子二人无处栖身，章氏只好带着襁褓中的刘宗周永归母家，靠纺织自给，清贫度日。
万历十二年，７岁的刘宗周开始读书，１０岁时师从外公南洲公。
南洲公自己虽屡试不中，很不得志，但却是一个善于启发的老师，督教也甚严，在当地很有些名气，周宁宇、陶石篑等皆出其门下。
“（南洲公）性刚毅，善启发。而豪于饮酒，每旦授书毕，辄扃学舍，出饮里中，诸生皆乘机逸去，先生独留，坐读自若。及公归考课，诸生并受箠篣，而于先生一无所施。公居恒称曰：‘甥必有成。’晚膳时每琅琅谈古人忠孝节义不倦，先生倾耳而听，心窃慕之，以是少成而庄，卓荦有圣贤志度，耻为干禄之学。夜则傍太夫人读，机杼之间，篝灯相向，咿唔声与组织声恒相错也。”看来刘宗周早年虽穷苦，却有很好的读书条件。可是自万历十七年之后的五年，刘宗周的求学经历却充满了艰辛。《年谱》记载：
时南洲公以仲子萃台公司教寿昌，业与偕行矣，恐先生废学，命往读书，太夫人欣然遣行。从者匿资斧，酷暑中徒步九十里。甫达，困甚，挛一足，昼夜楚者五阅月。公不得已，携先生归。明年春小愈，复遣先生往寿昌。顷之，患目眚，经年而愈，复随公归。又明年，侍公之寿昌，仍病目，小间，受公《易》。又明年，萃台公以迁官去任，先生离寿昌，年已十六矣。
先是，萃台公试先生以文，阅之喜，谓室人宋曰：“刘甥令器也，乃父为不死矣。”南洲公以年幼迟之，及归自寿，始课以文。五年中凡三至寿昌，道千里而险，又屡撄奇疾，即旁观者翘舌，而太夫人不加姑息，冀先生终于学。顾先生以疾故，仅得之口吟卧听之余。这段艰难的日子可以说是对刘宗周意志的一种磨练。师长们的严于督教，加上自身的努力和天赋，使得他学业大进，并为他后来的学术发展打下了很好的基础。
刘宗周１９岁时娶表妹为妻，次年春，补绍兴府学生，秋八月即中浙江乡试第４２名，为举子，声名渐隆于乡里。万历二十九年，２４岁的刘宗周入京师应礼部会试，中第１２９名，殿试三甲五名，赐同进士出身。然而最可哀悯的是刘宗周的母亲章氏已于当年二月病卒于家，并没有听到儿子中进士的喜讯。刘宗周于放榜的第二天得闻讣讯，恸哭几绝，星夜南奔，回家之后守制了三年。
万历三十一年，尚在家守制的刘宗周经人介绍拜谒了德清大儒许孚远，并北面称弟子。许孚远字孟仲，是唐枢（一庵）的弟子，其学以“克己为要”，他克己工夫之清苦会让人想起薛瑄（文清）。
从学脉上看，许孚远虽受阳明学影响，却非阳明后学，也对阳明部分后学认良知为现成的观点很不满，并曾和周汝登有过一次有名的辩论。师事许孚远对刘宗周的学术发展产生了重大影响，使他能够更加深入到当时的学者群内部。虽然刘宗周并不完全墨守许氏家法，但其学问的确是在许孚远“克己”之学处立定脚跟的，此一路数也深合刘宗周的秉性。其孙刘士林谓“（先生）生平以学业推服者，许恭简公一人而已”，就已经表达了这个意思。
万历三十二年，刘宗周守制已满，诣吏部谒选，除授行人司行人。他在北上途中路过德清，再次拜见了老师许孚远。“孚远论为学不在虚知，要归实践。因追溯平生酒色财气分数消长，以自考功力之进退。先生为之猛省。”蕺山之学重践履的特色或与此次拜谒有关。刘宗周没有想到，此次见面竟成了师生间的永诀。是年七月，许孚远病逝。也是在这一年，顾宪成于无锡创建东林书院，大会四方之士，天下渐起波澜。
初入官场的刘宗周并不深谙此间世故，常以龙逢、比干自期的他不久便开始卷入政治旋涡，也冒着风险上书弹劾当国者沈一贯和给事钱梦“朋党乱政”。他当时的一个友人曾以老亲之故劝他不要冒此风险，刘宗周遂上疏请告归，并获得了批准。不久，刘宗周便连遭大故。先此，老师许孚远病逝，次年外祖父南洲公章颖病逝，又次年，祖父兼峰公病逝。自是以后的几年，暂时远离了官场的刘宗周在老家过着平静逍遥的乡村教师生活，直至万历三十九年，３４岁的刘宗周才起复原官。
万历四十年，起程北上复职的刘宗周路过梁溪，拜见了当时名满天下的学者高攀龙，开始了和东林人士的深入接触。高攀龙长宗周十六岁，和刘宗周是亦师亦友的关系。他和此前与刘宗周过从甚密的东林人士刘永澄一样，也是刘宗周认为和自己关系最为密切的五个道友之一。虽然关于此次会见的《问学》三书由于时局动荡散佚不传，但毫无疑问的是，从此刘宗周的学术思想和政治主张都更进一步地受到了东林人士的影响。《年谱》谓自是以后，刘宗周“益发反躬近里，从事治心之功”。
刘宗周治世之心颇切，到京城不久即上疏指陈时弊，但因官微言轻而没有得到回应。是时，东林书院的再造者顾宪成已经病逝，但是朝堂之上所谓东林党和昆、宣两党的斗争日趋白热化，一片肃杀气象。刘宗周此时入仕不久，尚未卷入党争，只因与高攀龙、刘永澄等人的交往及对他们的了解，使他的言论更倾向于东林党。但他的持论还比较公允，在为东林人士辩护的同时，他也指出了部分东林人士借清议行惨刻不情之事，主张调和各派之间的争执。但是党争的产生自有其深层次的复杂原因，并且其间各党派人物自有其不能自已的处境，即便后来官位和声望日起的刘宗周本人也常被别人指为结党（不论其本人是否这么认为），所以党争远非这样简单的调和所能解决。但刘宗周的言辞毕竟还是倾向于东林人士的，因此免不了得罪了一些官员而遭弹劾。次年，更有江西巡按韩浚上疏请诛刘宗周，将他比作少正卯，“行伪言坚，足以乱天下而有余，乞赐尚方加诛”。刘宗周看到党祸将兴，遂申文吏部，请假回乡。
回家之后的刘宗周又一次远离了朝堂之上的争吵，终日闭门读书，“久之，悟天下无心外之理，无心外之学”，并著《心论》一篇。所谓刘宗周的３７岁悟心即是指此。
恢复了学者身份的刘宗周终日于家乡读书讲学，七年未入朝。
期间，他在自己４０岁和４２岁时分别完成了两部比较重要的著作《论语学案》和《曾子章句》的撰写。《论语学案》是由刘宗周给诸生讲《论语》时的讲稿整理而成，展现了刘宗周壮年时期的学风。
按刘汋的说法：“读《论语学案》而知（先生）当时进修之敦笃，居身之谨严，有宁卑毋高，宁峻勿夷之意，居然孔子下学法门。”公元１６２１年，明熹宗天启皇帝登极，录用旧学，赵南星、邹元标、冯从吾、高攀龙等相继被起用。刘宗周也在邹元标的举荐下起升礼部仪制司添注主事。他受事的第九天即上疏参劾宦官魏进忠（即后来的大阉魏忠贤）和保姆客氏，指责他们“日调狗马鹰犬以荡陛下之心，日进声色货利以蛊陛下之志，凡可以结人主之欢者无所不至”等等。是时，天启年间以东林士人为代表的士权与宦官为代表的皇权之间的惨烈争斗刚刚开始，刘宗周的上疏自然得到了朝堂上不少士大夫的支持和夸赞，但皇帝和魏进忠则指责他是在“沽名渎扰”。刘宗周为此险遭廷杖。天启三年，刘宗周升太仆寺添注少卿，但他眼见妇寺专权日甚，已预感到衣冠之祸将作，托病故辞，遂得以领新衔回籍调养。
果然，在刘宗周告归的第二年，东林人士左副都御史杨涟上疏劾权阉魏忠贤二十四大罪，发起了对阉党的强大攻势，一时间朝堂上硝烟四起。东林领袖吏部尚书赵南星力邀刘宗周入朝，升他为通政司右通政。在照会中他称赞刘宗周“千秋间气，一代完人。世曰麒麟凤凰，学者泰山北斗”。同时他还遗书刘宗周，告诉他是时众正盈朝，刘宗周“来则真君子之气胜，天下事尚可为。愿勿遂忘世而辜天所以生我之意”。刘宗周答以世道衰微，自己欲守节而退，如果此次应召，别人会以为前日之退是为了今日之进，所以决意不出。与此同时，他也上疏参劾魏忠贤误国之罪，但有司只进了他辞职之疏。尽管如此，刘宗周还是于次年以“藐视朝廷，矫性厌世”的罪名被革职为民，并追夺了诰命。不久党祸大起，杨涟、左光斗等六位东林领袖死难，牵连者无数。刘宗周遗书高攀龙，从高攀龙的答书来看，刘宗周的这封信表达了自己欲和高攀龙一起同权阉以死相拼的意思。高攀龙认为这无异于公子无忌约宾客入秦军，不是“尽道而死”，“大抵道理极平常；有一毫逃死之心故害道，有一毫求死之心亦害道”，“杜门谢客，此为正当道理”。于是，刘宗周便“辍讲遁迹，一意韬晦”。高攀龙于次年三月十七日自沉止水从容而死，而刘宗周开始读书于韩山草堂，并集成《孔孟合璧》。
天启六年，阉党缇骑至绍兴府。因时有所谓“诡行颇僻之刘宗周，狠心辣手之黄尊素”的话，刘宗周以为将要被捕，结果被捕的却是黄尊素。刘宗周为黄尊素饯行，黄尊素命长子黄宗羲从学于刘宗周。回来后，刘宗周对门人说：“吾平生自谓于生死关打得过，今利害当前，此中怦怦欲动，始知事心之功未可以依傍承当也”，“静时不得力，动时如何用工夫？”于是深信濂溪主静立极之说，专操慎独之功。
此后，刘宗周终日在韩山草堂半日静坐，半日读书。刘宗周对这一段工夫颇有受用，《年谱》谓其“渐见浩然天地气象。平生严毅之意，一旦消融”， “自是专归涵养一路”。此时刘宗周的学术思想发生了一次重大转变，开始深受王阳明的良知之学的影响。他认为王阳明是“命世人豪”，后人对他的思想“强做玄妙观，故近禅，殊非先生本旨”。同时，他认为王艮“言悟虽超旷，不离师门宗旨”，但他对阳明的大弟子王畿提出了批评，甚至有些怀疑天泉证道非真，因为“四无说”和“致良知”说矛盾，说：“龙溪直把良知作佛性看，悬空期个悟，终成玩弄光景。”天启七年八月，天启皇帝驾崩，崇祯皇帝即位。第二年，即崇祯元年，阉党覆灭，党禁解除。崇祯皇帝大有奋发之意，似乎要贞下起元了。崇祯二年，５２岁的刘宗周也起升顺天府府尹。崇祯一朝的十七年，是蕺山学派思想从确立走向成熟的阶段，也是刘宗周政治抱负展示机会最多的一个时期。顺天府府尹一职所辖虽是京师重地，但却历来是优游养尊的闲职，而刘宗周莅任不久便施展出了一些雷霆手段镇压豪强，展现了一定的作为。当时对京师威胁最大的是关外的满洲兵。他们时常侵扰掠夺北京的周边地区，如入无人之境，致使大量难民涌入京师，给京师的管理带来了沉重的压力。刘宗周一面设粥惠民，一面立保甲法，努力稳定京师形势。在刘宗周看来，解决时局混乱的关键在于“安人心”。他在给崇祯皇帝的上疏中提出了“安人心”的五个纲目，即安民心、安军心、安士心、安大小臣工之心、安远近地方之心，更于最后提出“其本尤在皇上自安其心”。这里可以看出他试图用内圣之方开出外王之路的努力，这种努力具有典型的心学特色。
可是当时明王朝的衰微已是积重难返，腐败和党争使得国家元气大伤，无人无财，内忧外患频繁，崇祯皇帝哪里有安心的资本呢？何况人心的浮动已非一时，也更有其深层次的必然性，并不是一个“安”字可以了得的。明朝中后期的思想界已发生了深刻的变化，静极思动，传统的程朱理学受到了前所未有的挑战，出现了思想解放的苗头，一时成为风尚。这种风向的转变其实是制度变革的一个信号。这一点，无论是当朝的崇祯皇帝还是作为思想家兼大臣的刘宗周都是不可能意识到的。崇祯整日为内忧外患所困扰，所考虑的问题大多比较现实急迫，比如用兵和敛财；而刘宗周等大臣所学非此道，所提出的具体办法有时缺乏可操作性，他们的上疏总是要皇帝取法尧舜，正心诚意。在他们看来，只要皇帝正心诚意，一切问题都可以解决了。但皇帝要求解决燃眉之急，需要具体而立见成效的办法，而刘宗周认为崇祯“求治太急”，皇帝则认为他们的言论“不无迂阔”。是时，大厦将倾，崇祯颇不自安，至使疑心深重，于是上下否离，明朝的处境越也来越遭了。刘宗周治理京师一年有余，躬勤守职，但终因和皇帝政见不合，托病辞归乡里。