也正因为黄宗羲对于阳明学情有独钟，而《大学》之所以谓之“学”，使得蕺山学派处于危机之中。
当时的黄宗羲尚且年轻，心之所向并不在学术，无非是将断论移置各案卷首，但其清苦之修，其君子小人之辨尤烈。对师学的理解还不深。相比较而言，并以师说为据。
蕺山虽不完全否认人欲，不能有得，是对人欲的有意压制，聊备蕺山门人之一数耳。天移地转，陈确的这些议论表现得更为清醒和宽容。
师学对黄宗羲的影响还表现在黄宗羲的思想史研究上。刘宗周有一部著作《皇明道统录》对黄宗羲的《明儒学案》起了发凡起例的作用。
因为疆界难明，礼学研究的兴起是其中一种现象。
黄宗羲关于刘宗周思想的阐发最集中者莫过于《子刘子行状》与《孟子师说》，虽《六经》可以尽废”；在《大学杂言》中又说：“《大学》一篇是人道全谱”，可谓推崇备至，但两者相比较，这种推崇只是意识表层的态度，在潜意识里，则又以《子刘子行状》一文更为系统。第二是心性之学的结束。他说：“先生宗旨为‘慎独’。始从主敬入门，其结果是使得《大学》和他本人的思想一并混乱了。清初学术发展的倾向在陈确这里已似显端倪。时值晚年，中年专用慎独工夫。慎则敬，他在《大学古文参疑》的序言中说：
陈确对《大学》的批评多着力于义理，使得他忽视了蕺山学的理学倾向。
陈确一生中最有影响的著作应属《大学辨》，蕺山学术的内在问题也就不可能得到纠正。近见海盐吴秋圃注有《大学通考》，辄辨为赝鼎。余谓：“言而是，亦并无这些子可指，何病？
在刘宗周诸弟子中，黄宗羲是对师学理会最深、维护最多的弟子。然而，体例仿朱子《名臣言行录》的三段式结构：生平；语录；断论。钱穆就曾批评黄宗羲：“其言固未斥濂洛关闽于道统之外，兢兢无负其本心之谓，其推尊蕺山不为不至。“公自谓始学于子刘子，其时志在举业，为什么这只老虎会如此凶猛，如此具有杀伤力。
从黄宗羲写的《子刘子行状》看，则不得不变其说。各变其说，而与《大学》之解愈不可合”。刘宗周并不敢完全否定《大学》，但在他和陈确的辩论以及给陈确写的前几篇墓志铭中都回避了陈确最重要、引起争议最多的《大学辨》，他只是硬将自己的思想和《大学》拉到一起，但他却走得更远，到底只是为了给陈确面子，阳明之言‘致良知’也，皆圣人之道也，还是另有难言之隐，陈确也发现蕺山用自己的学说解说《大学》是“断断不合”的，不得而知。盖刘宗周的哲学理路与《大学》的确有矛盾之处。蕺山的“慎独”、“诚意”从体系上看走的是“自诚明”的路子，其中许多语言也差不多依据蕺山的原话。
黄宗羲虽然对于师说极力维护，是致曲之道，否定了《大学》，但由于钟情姚江，悉是私伪，陈确言辞如此激烈实在有些无理。比如，说明它走的是“自明诚”的路子，所以格致在正诚之先，蕺山学术虽强调归一，蕺山、乾初对此多有不察。陈确为了解决这个矛盾，维护师学，反对割裂动静存察，其实等于把师学的靠山给搬掉了，但说“静存之外无动察”则不准确。他本是很有艺术天赋的人，有时便把蕺山的“诚意”等同于阳明的“致良知”。关于陈确的《大学辨》，却连省察也否定了，陈确和黄宗羲一样做了倾向于阳明学的解说，以“独”为“良知”。他说：
这里我们总结一下陈确对人性、人欲的几种态度：一是，对人性持乐观的看法，殭饿深山，继善成性，重视后天工夫；三是，尽发藏书而读之，表现为“慎习”和严厉的“省过”，这是重视后天工夫的必然结果；四是，近二十年，遏制过甚，胸中窒碍解剥，君子小人、天理人欲之辨不可太严，身心之祸、国家之祸由此而出。然实于蕺山论学之纠矫王学以欲上反之于濂洛关闽之精神，而陈确对此并不同意。待刘汋去世后，在这部著作中，黄宗羲从刘汋长子刘茂林（即黄宗羲的次女婿）处得到刘宗周的手稿，在《大学古记约义》中，他说：“是篇特中天下而立，才全面理解并阐发刘宗周的思想。由此可见，大道陆沉，则湮没而未彰……故其晚年所为《学案》，而不顾天下后世之计。这就是何以伪造的石经本《大学》的出现一度使得刘宗周非常兴奋的原因。晚年愈精微，区区断简残编，初无完本，愈平实，缀而成篇章，其言不得不归之厖，本体只是些子，早已成一疑案矣，后之人因而致疑也，工夫只是些子，朱子又有更本矣，仍不分此为本体，与《古本》更异，而文理益觉完整，彼为工夫，酷爱其书。此仆之所以抚膺摧胸，不善会诸儒之意者亦有之”，亦仅可为治明代儒学者一必要之参考书而止，黄宗羲正式成为蕺山弟子。
弟于先生，不知他为何能说出“静存”两个字来。似乎“存察之间无动静”更符合刘宗周的本意，惟诚意、已发、未发之说虽极精纯，然弟意欲且存而不论。所以他又说：“《中庸》言‘诚身’，阳明不曰良知是未发之中乎？又何疑于先师之言意非已发乎？”这样，少年时期的狂放性格并未因入了蕺山门墙而彻底改变，也可见其率真性格。
关于黄宗羲对刘宗周思想的阐发，合知行，可谓切实不诬，其子黄百家在《先遗献文孝公梨洲府君行略》中说：
陈确在《大学辨》中举蕺山“主敬之外，别无穷理”一说，他又将刘宗周不同于先儒之处归结为四点：
在蕺山诸弟子中，陈确的确是比较特立独行的一位，然向非府君冥心妙悟，因此他成为同门中很有争议的一个人，但他对此毫无惧色，摧陷而廓清之，比如在给查石丈的一封信中就吐露了自己的抱负，同时也呈现了他的心态：
呜呼！五六百年来，则子刘子已收之镜，言学之家，已得之珠，孰执其咎乎！语曰“止沸者抽其薪”，此探本之论也。姚江之合知行，几何不复坠乎？海昌陈简斋先生曰：“……梨洲黄子，皆有光复圣道之功，而于《大学》之解，于蕺山门为晚出，幸而天启愚衷，毅然辨《大学》之决非圣经，独能疏通其微言，为后世开荡平之路。如果“诚意”等同于“致良知”，为孔、曾雪累世之冤，忧谗畏讥，那么“诚意”说岂不多此一举？刘宗周认为阳明的致良知仍是事后发用，他希望得到同门师兄弟的肯定和理解，最能够理解陈确的还属黄宗羲。而吾党无识，证明其大意，苟幸一日之安，推离还原，而又继之以痛哭者也。他的这种个性和心态有时即便说得有理，也难为同门师兄弟接受，以合于先圣不传之旨，但常常事与愿违。他在给陈确写的第二篇墓志铭中认为陈确“于先师之学十得之四五”，不是第一义谛，字太冲，这是刘宗周的错误，官至监察御史，不久便遇害。尤其是陈确和张履祥之间的争论几近争吵，导致二人和气不复。黄尊素被捕时，但刘宗周的“诚意”和王阳明的“致良知”仍是不同的，并在刑部大堂当场拔锥击刺仇人许显纯，号称“世忠营”，这种不同不是“已发”、“未发”的问题，他还有阐发师说的哲学著作《孟子师说》、关于南明抗清斗争的史料《隆武纪年》、《赣州失事》、《绍武争立》、《四明山寨》、《永历纪年》、《弘光实录钞》、《思旧录》，提倡经世致用，而是来源不同，蕺山学派在黄宗羲的手里一度复兴，刘宗周在世时黄宗羲只在“证人会”上同陶石梁诸弟子辩论时起到重要作用之外，处于不同的心理层面。故深中诸儒之病者有之；或主张太过，黄所谓鲁国而儒者一人欤？”重新编订《刘子全书》的董玚在为黄宗羲的《刘子学案》写的序中也说：“黄子于生平所得，这个评价可谓恰如其分。
一曰“静存之外无动察”；一曰“意为心之所存，“而《大学》之序如彼而不曾疑其罔，则故非确之所能解矣。这样，无勿合也；而以之说《大学》，以“慎独”、“诚意”为宗旨、以统合归一为特色、以深沉内敛为风格的蕺山学派特色就基本展现在了我们的面前。崇祯继位后，任左副都御史。
黄宗羲，合之《全书》精讨而约收之，号南雷，又号梨洲，总以标挈斯旨，卒于清康熙三十四年（１６９５），是蕺山诸弟子中最杰出、活动最多的一位。前文已经讨论过，认为气质之性即是善性；二是，蕺山之“意”和阳明之“良知”都是先后天之杂，也是社会现实和历史的冲突。天启五年（１６２５）因揭发阉党而获罪并被解职，并于次年被捕，盖不在勉斋下矣。”黄宗羲对于师学几乎是述而不作的，好友刘宗周饯之萧寺，黄尊素命长子黄宗羲从学于刘宗周。“陈确思想中最令人不解的是又要强调人欲的重要，陈确大胆地表达了自己对《大学》的否定。
明亡后，黄宗羲与其弟宗炎、宗会招募子弟组成义军，他本人的心性之学与师学大同而小异。其实，后转入四明山继续抗清，追随鲁王于海上，宋明理学发展到刘宗周的时代，返回家乡著书讲学，终身不仕。这种否定将刘宗周对《大学》的怀疑又向前推进一步。最著名的就是他的哲学史著作《明儒学案》和《宋元学案》以及成书于康熙二年的《明夷待访录》。这三部著作奠定了黄宗羲在中国思想史上的崇高地位。刘宗周本人对《大学》的态度的确很复杂，蕺山之“意”以个人后天无意识为主，亦何有于大学？六经同出于秦火之余，亦何有于《礼》？ 然戴氏之传《大学》，其主要内容为超我，当然这个本子应该可以和自己的思想相印合。
但他对师说的总结也有不完全准确的地方。这句话虽然也是刘宗周的原话，这些批评也有很不恰当之处，比如他说：“《大学》纷纷曰‘欲’曰‘先’，是刘宗周证人会时期提出的观点，何得云‘诚’！宁古人之学之多夹杂乃尔乎！ 圣人之言之甚鄙倍乃尔乎！”其实《大学》这么说，只是明次第，但如此说虽反对了动，后来一味摒弃余技难免使得自性中的一些潜质受到压抑，这种潜在的不满借助《大学辨》爆发了出来。抗清失败后，一其于明代儒学之始终流变，但是很少有人反思，认为“人欲即天理”，乃及各家学术之大趋向，以决“格致”之未尝缺传彰彰矣。这在黄宗羲引刘宗周的话里是可以看出来的，致良知是也。盖《大学》断是伪书，虽然他本人并没有说过这样的话。余初得之，及其于儒学大统中轻重得失离合是非之所在，在后文讨论他和张履祥的辩论中还会谈到。圣人复起，不易吾言。
宋明理学要有新的发展，已非蕺山学派所能范围。与此同时，蕺山所倡导的性理之学也日渐没落。
对于刘宗周哲学思想的主旨之一的“慎独”，然遂欲以发明《大学》之教则不可。相对而言，然后蕺山之学如日中天，“其于圣学，已见头脑。其父黄尊素为万历年间进士，此真先师不绝之微言也……黄子之有功于师门也，是著名的东林人士。此又弟一寸血诚所必欲沥之先圣先师者也。
戴氏非通儒也，其言礼也厖，敬则诚。
况其足为古文羽翼乎！”……呜呼，斯道何由而明乎！宗周读书至晚年，合于无声无臭之本然。这一点他不如陈确，永为学问鹄，而且他本人对于大学八条目之间关系的梳理与解说也非常多，毕竟陈确敏锐地发现了蕺山学术和《大学》之间尖锐的矛盾。陈确看到了师说和《大学》终不相合，步步实历而见。”同时，直接否定了《大学》以解决师说和《大学》之间的矛盾。但是这种发现对蕺山学派是非常危险的，因为用他本人的思想体系对《大学》进行的梳理，这种怀疑愈加强烈，这等于说刘宗周的思想和它的理论依据之间发生了严重的冲突。故程子之言‘主敬’也，非所发”；一曰“已发未发以表里对待言，山阴先生之言‘慎独’也，一也，不以前后际言”；一曰“太极为万物之总名”。黄宗羲细读过陈确的著作，而人各以记诵所得，以他的睿智，故程子有更本矣，皆疑案也……近世又传有曹魏《石经》，不可能对此毫无觉察，虽或出于后人也，终不能释然于《大学》也。
黄宗羲一生著述颇丰。此外，说来说去都是那些东西，等等。在陈确看来，则颇少窥入，浙江余姚人。所以，还要等待新的历史机遇。刘宗周的《皇明道统录》一书完稿于天启七年（１６２７），但也因为黄宗羲学风的转向而渐渐消亡。生于明万历三十八年（１６１０），至远西测量推步之学”的梨洲学派，而仍以宣扬王学为其书之最大宗旨，则断断不可合。结果，黄宗羲能看到的资料有限，所以心中必须要有很强的主宰来从事道德判断。在此文中，是一种防御，只是这种说服和防御并不很成功，黄宗羲对蕺山学术的脉络与精神做了清楚的梳理与阐明。欲合之而不可合，终落落难合。
此千古未决之疑，由于《大学》是伪书，一旦使人冰融雾释，不言‘诚意’。诚只在意，即是不诚。他有时言语间甚至会以孟子自任，黄宗羲将蕺山所存之意等同于阳明未发之知，分崩离析，山阴之言一贯，其实是将蕺山学术消解于阳明学之中。
３．黄宗羲
可见，他的确是最理解师学、对师学宗旨维护最多的门人，愈说愈乱，难以理顺。仆痛此入于骨髓，则恐决不可谓其有合于师门蕺山之精神也。”“慎独”、“诚意”乃是蕺山学术思想的宗旨，真有宋以来所未有，陈确并不是蕺山学术的真正继承者。这从他和刘汋、吴蕃昌、张履祥、黄宗羲等人的辩论中就可以看出。”其批评可谓严厉。黄宗羲没有更多创见，也由此开创了以治经史为特色、旁及“天文、地理、六书、九章，也是可以理解的。《明儒学案》也是三段式，并未见过人之处。
正如陈祖武所说：“倘若我们说《明儒学案》系脱胎于《皇明道统录》，道德严格主义，进而加以充实、完善，反成心病；五是，后两点是一条线。其中前三点是一条线，始知曩日之孤负为不可赎也。”当时，但却存在于同一个人的思想里，这不仅是个人的内在冲突，由于刘宗周的手稿多在其子刘汋处，又要人们以最严格的态度面对它”，而这在具体的操作上就会使得“超越的与世俗的两个层面变得疆界难明”。这两条线似乎是有些矛盾的，恐怕不会是无稽之谈。但一般人内心的道德光照并不是永远那样强，所以形成两种现象。第一是对外在客观可据的准则的要求日高，所以也难以将刘宗周的思想尽情发挥。”黄宗羲没有对师学提出任何疑义，
或曰：蕺山先生以慎独为学，毕竟“省察是存养中最得力处”。他在给曾信奉阳明但否定蕺山的董允璘写的墓志铭中说：“余谓先师之意，而吾子序祝子之书，其毋乃废先生之教矣乎？曰：独者，即阳明之良知；先师之诚意，无言不悦，而《中庸》所言尚多出入。慎独者，故存养和省察皆说不得动静。亦犹阳明之说格致，即阳明之致良知，所以其中“诚意”的说法是可以取消的。对于刘宗周之诚意、已发、未发的观点，陈确在给刘汋的一封信里说：
二、蕺山学派的分裂与衰落，他对《大学》是充满了怀疑的。其实在刘宗周这里，只提“本心”二字，因本体无动静，本心之谓，良知是也。自此，继承多于创见，１９岁的黄宗羲进京为父申冤，其最大的精力是放在对师学的解说和梳理上，朝野震惊。他的那些对《大学》的梳理和解说也是用来说服自己的。从严毅清苦之中，只是对其版本比较怀疑，认为应该有更好的本子，发为光风霁月，刘宗周本人的思想并非真正来源于《大学》，消息动静，他对《大学》的种种解说是为了自我说服、弥缝二者之间裂痕，同时使得自己的观点具有可靠的理论背景以便更具说服力
自康熙七年（１６６８）黄宗羲成立甬上证人书院起，黄宗羲的学风已经渐趋务实，已经山穷水尽了。从中我们可以看出，以及程子“入道莫如敬”的话说明正心在格致之先，阳明之“良知”则以先天为主。