有友人私语（姚）琏曰：“张先生之学，有体无用。如某，则地理、兵法、屯田、水利之事，无不考究详明，为治平之具。
此有体有用之学也，子有意否？”琏笑而不答。后述之以告先生，先生曰：“如某，何敢言有体之学？然论道理，亦未有有体而无用者。程子曰‘体用一原，显微无间。’斯言胡不玩也？若仅以考究地理、屯田、兵法为有体有用之学，则固未知体之为体矣。”文中的“友人”是谁我们不得而知，因为上面所说的“有体有用之学”正是黄宗羲在甬上证人书院所倡导的学术风气。至于后来私淑黄宗羲的全祖望更是在《子刘子祠堂配享碑》中排除张履祥，虽然学术上的原因是重要的，但恐还有别的原因。
蕺山学派的分裂和蕺山诸弟子的纷争不无关系。刘宗周去世后，群龙无首，缺少核心，同门之间相互争论甚至诋毁者有之，并没有一个人能够得到话语权。刘宗周的手稿在他唯一的儿子刘汋那里，本来他应该最有解释权，但刘汋并不认同抑或不能理会家学，走向了程朱一系，非但如此，他还将父亲手稿中不合程朱之处加以窜改，使得宗旨大变。这一点，当时的陈确、张履祥、董玚等都已经发现，有的还直接表达了不满，所以刘汋也没有获得蕺山学派的话语权。
据刘汋编写的《刘宗周年谱》记载，刘宗周在去世之前有过一段类似于传灯的话：
张应鳌在侧，先生携其手曰：“学问未成，全赖诸子。”应鳌曰：“敬受教！”先生点头，复厉声曰：“尔曹免之！”应鳌复进曰：“今日先生与高先生丙寅事相类。高先生曰：‘心如太虚，本无生死。’先生印合何如？”先生曰：“微不同！非本无生死，君亲之念重耳。”张应鳌字奠夫，是跟随刘宗周时间最久的弟子。刘宗周的这段话似乎是让以张应鳌为首的弟子继承自己的遗志，振兴蕺山学派。可是在黄宗羲所写的《子刘子行状》中，这段文字却有了变化，根本看不出刘宗周有将学派的未来托付给张应鳌的意思，甚至张应鳌因为谄媚还遭到了刘宗周的训斥：
张应鳌问曰：“今日先生与高先生丙寅事相类。高先生曰：
‘心如太虚，本无生死。’先生印合何如？”先生曰：“微不同！
非本无生死，君亲之念重耳。”先生谓应鳌曰：“频夜梦见朱文公。”应鳌曰：“先生固文公后身。窃谓先生学问精切入微处，当轶文公而上之。至其晚年自焚谏草，号遁翁，先生今日所遭微不同耳。”先生曰：“还让先贤。”应鳌曰：“鳌非阿所好。先生之学，直是去圣不远。”先生勃然曰：“不意汝言狂悖乃尔！”黄宗羲的这段文字很让人觉得可疑。关于刘宗周绝食殉国的经过，《年谱》和《行状》都有很详细的记载，除此处不同之外，其他部分几乎相同，而《年谱》写作在先，说明《行状》的这段文字是以《年谱》为蓝本的。既然如此，为什么单单是这段文字和《年谱》相出入？而此后有的蕺山学派后学邵廷采所撰《明刘子蕺山先生传》及刘汋之子刘士林所撰《蕺山先生行实》皆依《年谱》，未依《行状》。刘士林依父亲所撰《年谱》可以理解，而邵廷采是既见过《行状》又见过《年谱》的，从他的选择上看他相信了《年谱》。最重要的是，刘宗周说这段话的时候，黄宗羲并不在场，因为蕺山绝食期间，黄宗羲只匆忙徒步去绍兴看望了一下，随即便走了，而刘宗周说这段话时在场的一定有他唯一的儿子刘汋。所以，黄宗羲对《年谱》的这段修改恐怕有问题。问题是，黄宗羲为什么要修改？这可能和黄宗羲、张应鳌二人学风不合有关。黄宗羲可能不愿意张应鳌成为蕺山学派的衣钵传人。对于这个判断，我们并没有找到最直接的证据，只能从绍兴证人书院和甬上证人书院的分立及两个书院办学特色之差异看出一些苗头来。康熙六年（１６６７年），即刘汋去世后的第四年，黄宗羲、董玚、张应鳌、姜希辙、徐泽蕴、赵禹功等蕺山学派学者在绍兴蕺山学派的诞生地古小学举办“证人讲会”，恢复了虚席已久的“证人书院”，而证人书院的主持人正是张应鳌。张应鳌所主持的证人书院严守师说，学风古板，这个风气不能为黄宗羲所认同。黄宗羲虽然也算严守师说，但主张创见，要在继承的基础上发展，打开一片新天地。
可能正是这个原因，黄宗羲于次年在宁波创立了甬上“证人书院”。
这个书院与绍兴的风格显著不同，黄宗羲在这里除了宣传蕺山的心性之学，还大开新学风，提倡经世之学，思想非常活跃，风头盖过绍兴本部，梨洲学派也就此形成。由此可见，黄、张二人虽没有什么正面冲突，但黄宗羲对张应鳌应该不是很认同的。两个“证人书院”其实是讲席之争，这关系到谁是蕺山学派薪火的真正传人的问题。黄宗羲在《子刘子行状》中对《年谱》的改动恐与此有关。有趣的是，这篇《子刘子行状》的写作时间正是两书院成立之时，即康熙六年至七年间。如果说黄宗羲和张应鳌的分歧在学风上，那么黄宗羲和恽日初的分歧就在于对先师“诚意”之旨的把握上。黄宗羲说：
岁己酉毗陵恽仲升来越，著《刘子节要》。仲升，先师之高第弟子也。书成，某送之江干，仲升执手丁宁曰：“今日知先生之学者，唯吾与子，两人议论不容不归一，唯于先师言意所在，宜稍为通融。”某曰：“先师所以异于诸儒，宗旨正在于意，宁可不为发明？”仲升欲某叙其《节要》，某终不敢。是则仲升于殊途百虑之学，尚有成局之未化也，况于他人乎。在给恽日初的信中，黄宗羲更直接地表达了他的看法。他说：
夫先师宗旨，在于慎独，其慎独之功，全在“意为心之主宰”一语，此先师一生辛苦体验而得之者……今《节要》所载董、史问答，去其根柢而留其枝叶，使学者观之，茫然不得其归著处。……原老兄之心，总碍于《论语》“毋意”之一言，以从事于意，终不可以为宗旨，故于先师之言意者，一概节去以救之。弟则以为不然。从中可以看出，恽日初虽然很欣赏师学，认为“先师之言道也，微言本于见独，精义出诸觉中”，但并不同意刘宗周的“诚意”说，尤其是不认同于刘宗周对于“意”的理解。他所说的“见独”，见于《庄子》，当然意义会有些不同。并且他不说“意”，而说“觉”，此一“觉”字应该有“明觉”之意，几乎没有“意志”，也更没有“意向”的意味。他对师学的理解似乎是“独觉”，这个“独觉”虽然和佛家“声闻”、“独觉”的意思没有关系，但总有些“悟”的意思在，所以也无怪乎仲升晚年皈依佛门了。而黄宗羲认为恽日初并没有理解刘宗周“诚意”说的深意，他在信中还明确指出恽日初忽视了《人谱》，因此实算不得是理解师学的人，并且他也不同意《节要》的编纂方式，因此婉言拒绝了给《刘子节要》写序。
刘宗周去世后，蕺山学派还发生了一件重要的事，这就是前文提到的刘宗周手稿的被窜改。从这件事中我们可以看出蕺山学派所面临的深刻危机。对刘宗周手稿做改动的是刘宗周的儿子刘汋以及孙子刘士林，做出改动的原因是为了迎合当时朱子学风气。刘汋对父亲手稿的改动，为董玚亲眼所见。后来，在刘汋死后，手稿到了其长子刘茂林的手中，而茂林正是黄宗羲的次女婿，黄宗羲因此便见到了被涂抹的手稿。董玚所重订的《刘子全书》便是恢复了涂抹前的文字。关于《刘子全书》的窜改和恢复的原委，王汎森的《清初思想趋向与〈刘子节要〉———兼论清初蕺山学派的分裂》一文考订甚祥，笔者没有必要再画蛇添足，只打算针对刘汋的改动情况做一下讨论，看看刘宗周的学说在他儿子这一代是怎样被曲解的。
关于原稿和窜改稿的不同，董玚曾写过一篇《刘子全书抄述》。
董玚的学风还是非常严谨的，这篇重要的文章写得很细，可谓原原本本。按照董玚的说法，当初《刘子全书》只有一本，即底本，后来又多了一个录本，是刘汋编订的。刘汋去世后，底本由长子刘茂林保存，录稿由次子刘士林保存。董玚所做的就是依据底本将已刻的录本的改动复原。
根据《抄述》，刘汋等人窜改了刘宗周的手稿，使得刘宗周的学术宗旨受到了伤害，是决无疑义的。不论是因为刘汋不同意父亲的学说，还是不理解父亲的学说，这种窜改显然不当。董玚对此不能容忍，他的愤怒也溢于言表。这其实也是黄宗羲的态度，他在《先师蕺山先生文集序》中就用“不知量”三字对刘汋提出了严厉的批评。从刘汋的修改看，他的思想深度的确不如父亲。刘宗周说话不论是否正确，一看便是多从体贴用功处来，刘汋一改，言语之间欲直捷反成生硬，隔了一层。因此，刘汋对于父亲思想的不认同恐怕是源自不理解。
刘汋对刘宗周手稿的修改，也有对父亲学说不自信的缘故，恐同先贤抵牾太甚，影响刘宗周的地位。其实恰恰相反，正是刘宗周的思想与前人不同，加上黄宗羲等人的大力宣扬，蕺山才在明末清初的思想界占有了重要的地位。不过，从刘汋迎合朱子学的倾向看，蕺山学派当时的确面临深刻的危机，已经不符合当时的风气了，纵有黄、董等人大力表彰师学，也只是回光返照而已，蕺山学派随着心性之学的总体没落而渐趋消亡。