和“一”字相比，它显得有些杂驳，而“一”字既浑厚包容，又很纯粹。可以说，“独”字如孤峰，“一”字如天地。不难体会到，刘宗周和“独”字在潜意识里是有印合的，可以说是一种互相选择。刘宗周有时就表现出“独”字的坚执、孤傲并给人以压迫感。
虽然朱熹以及其他的思想家也都强调“慎独”，但他们所理解的“独”意义比较简单清晰，只有“独居”或者“专一”的意思，不用刻意体味消化，他们似乎更着重于具有工夫意味、导致谨微内敛的“慎”字，所以不会受“独”字其他杂驳意向的影响。但刘宗周则不同，“独”能成为刘宗周学术的宗旨，并被认定为本体，一定是被刘宗周不断反刍、细细体味过了的，所以他对此字消化之细，自然非其他学者可比。这一点尤需指出。
结合后文就会发现，刘宗周所说的“独体”之所以可以被他亲切地体察到，就是因为此独体的确存在于他的心理结构中，并且在他的人格结构中扮演主导意识的角色，但它跟《大学》中说的“独”没有关系。刘宗周之所以提出这个别具一格的“独体”概念，一方面是因为他从经验出发，体察到一个内在的主宰，并名之为“独”；另一方面是因为他想要建立一种既主动又可靠的理论和修养方法，通过这种方法使得人的道德行为更加自发，且不会因这种自发而流于狂肆。他通过将自己体认的“独”这个道德本体意识化、心理化，并呈现为“意”，实现工夫和本体的融合，以解决工夫是工夫，本体是本体，重工夫者不悟本体，重本体者轻视工夫的问题。刘宗周的思路应该说是非常好的。可是如果我们从其具体的修养方法和实际效果看就会比较失望，因为具体的方法其实与以往没有太大的不同，只是对这些方法有了不同的解释；并且实际效果也不理想，因为实际上刘宗周本人的问题恐也并未因此得到彻底解决。其原因主要有两个：一是，刘宗周并未真正了解他体验到的“独体”的本质；二是，他制造了一个在逻辑上可以解决一切问题的本体，并将这个本体和他所体验到的“独体”混而为一，而实际上这两者却不是一回事。
二、诚意
如前文所述，在蕺山的学术思想里，有慎独便有诚意。他说：
“古人慎独之学，固向意根上讨分晓”；“慎独之功，只向本心呈露时随处体认去，便得全体荧然，与天地合德”。所以，意根便是本心呈露之机，体认到意便是认得了本心，认识了独体。独体（天命之性）的至善，保证了意的至善。因为“意本是善的，但不诚，则流失之病有无所不至者，然初意原不如是”，所以凡有不善便是人伪，便是障蔽，便是自欺。刘宗周慎独诚意说的确立，其实是一种清理源头的工作，只有保证善始，善终才有可能。
刘宗周确立这种学说有其针对性，即针对当时阳明学末流以良知为借口，以情识为初念，导致行为恣肆的现象。在刘宗周看来，这些人没有真正认识自己的初心，其原因之一，就是对《大学》中的诚意说理解得过于粗浅。刘宗周理解的意为“心之所存”而非“心之所发”，是意志之意而非意念之意。意是心之主宰。他说：
意者，心之所以为心也。止言心，则心只是径寸虚体耳。
著个意字，方见下了定盘针，有子午可指。然定盘针与盘子，终是两物。意之于心，只是虚体中一点精神，仍只是一个心，本非滞于有也，安得而云无？心之所向曰意，正如盘针之必向南也。只向南，非起身至南也……凡言向者，皆指定向而言，离定字，便无向字可下，可知意为心之主宰矣。意，志也。心所之曰志，如云志道、志学，皆言必为圣贤的心，乃以主宰言也。
所以，在刘宗周看来意是一种至善的指向，“只向南（善），非起身至南（善）也”，所以是无起无灭的。从反面看，起善念便是“起身向南（善）”，是有起灭的，因此即便念是善的，也还是有问题。要真正解决问题，就必须着眼于无起无灭的意。在他看来，意是心的存主，乃是心之所以为心者，而不是心发出的一种念。他对朱熹等人将意理解为“心之所发”提出了质疑：
意者，心之所存，非所发也。朱子以所发训意，非是。
《传》曰：“如恶恶臭，如好好色”，言自中之好恶一于善而不二于恶。一于善而不二于恶，正见此心之存主有善而无恶也，恶得以所发言乎？如意为心之所发，将孰为所存乎？如心为所存，意为所发，是所发先于所存，岂《大学》知本之旨乎？意为心之所发，古来已有是疏，仆何为独不然？第思人心之体，必有所存而后有所发，如意为心之所发，则孰为心之所存乎？如心以所存言，而意以所发言，则心与意是对偶之物矣，而恶乎可？总之，存发总是一几，故可以所存该所发，而终不可以所发遗所存，则《大学》“诚正”一关，终是千古不了公案，未可便以朱、程之言为定本也。阳明先生曰：“有善有恶者意之动”，仆则曰：“好善恶恶者意之动”，此诚意章本文语也。
如以善恶属意，则好之恶之者谁乎？如云心去好之，心去恶之，则又与无善无恶之旨相戾。今据本文，果好恶是意，则意以所存言，而不专以所发言，明矣。好恶云者，好必于善，恶必于恶，正言此心体之有善而无恶也。做好恶两在而一机，所以谓之“独”。如曰有善有恶，则二三甚矣。独即意也，知独之谓意，则意以所存言，而不专以所发言，明矣。总之，一心耳，以其存主而言谓之意，以其存主之精明而言谓之知，以其精明之地有善无恶归之至善谓之物。识得此，方见心学一原之妙，不然未有不堕于支离者。但此等分解，亦只是训诂伎俩……吾辈能切己反观于生身立命之原，时时有把柄，不复堕落影响，则此心此理，自有不言而相喻于同然者矣。从这两段议论中我们可以看到，刘宗周的思辨和体察的能力的确非一般理学家可比，从中也反映出他相当程度的自信。刘宗周从“如恶恶臭，如好好色”的话里体会到了心有存主，并且这个存主是一种好恶，因为毕竟“恶臭”和“好色”之类是对象，是变动不居的，只有一个不变的好恶在那里应这些对象。那么这个存主是什么呢？
刘宗周认为是“意”。因为按照《大学》八条目的次第，诚意在正心之前，则意必不为心之所发，而应为心之所存。刘宗周认为，朱熹等人错就错在以意为心之所发，如果心为所存，意为所发，则心与意就成为对待之物，流于支离；而阳明等人以善恶属意，使意成了被判别的对象，失去了主宰的地位，同时又使得好善恶恶的主宰（裁判者）茫然不知所归。在刘宗周看来，《大学》中心、意、知、物是一贯的。他以自上而下的方式阐述这种“一贯”：“一心耳，以其存主而言谓之意，以其存主之精明而言谓之知，以其精明之地有善无恶归之至善谓之物。”只是这种解说次序说到了“物”（即“独”）这里就比较吃力。其实刘宗周本有“独知”之说，有时甚至认为有“独”字“知”就不必说，因为独中就有知；他还说之所以谓之“独”，是因为“好恶两在而一机”，说明此“一机”之独有“好恶”之意。因此“独”可以收摄“知”与“意”。如果刘宗周这段话从独体之物而不是从心开始说就比较顺畅了：至善的本体之物便是独，此独物之精明灵觉为知，此独物之好恶之机为意，其总名为心。独之好恶之意便是心之主宰，故意为心之所存。那么接下去的问题就是独和心的关系是怎样的呢？刘宗周在《学言》（上）中说： “独者，心极也。”可见在刘宗周这里独是心之心。那心是什么？“心即气也”，如此独则为中气、太和元始之气。那独和意的关系又是怎样的呢？“独即意也”，二者是一隐一显的关系。
刘宗周的话不可谓全无道理，只是有些道理更多的是他自己的发明，成为另一套理论则可，但却未必真正是《大学》的本旨。刘宗周反对情识分解、训诂伎俩，说明他注重反观体察，他也确乎体察到了心中的某个存在为心之主宰，但他并不知道这个主宰的来历。他如何能断定此“独体”便是《大学》中“慎独”之“独”？
抛开《大学》直接面对刘宗周的哲学文本，刘宗周的哲学还是条理分明的，但如果掺入《大学》，则他的思想和《大学》的思想就一并混乱了。所以，刘宗周哲学从阐述方式上看，最主要的问题就是硬要将自己的理论附会于《大学》。从《大学》“物有本末，事有终始，知所先后，则近道矣”的话里我们可以看出， 《大学》格、致、诚、正、修、齐、治、平八条目一定是一种本末终始的关系，所谓的八条目明显是八个次第。而刘宗周的理论虽然强调了心、意、知、物的一贯，但它们的关系是浑然的，并不是一种本末终始的次第，而刘宗周自己所说“《大学》八条目如常山之蛇，击其首则尾应，击其尾则首应，击其中则首尾皆应”的比喻，则更加体现不出这种本末终始的次第了。如果刘宗周的理解成立，那么《大学》中的概念就会显得非常混乱，他以“独”为“物之本”时，这个“物”是指万物；而在说“格物”之“物”时，此物又是“有善无恶归之至善”之物，也就是“独”，其实是将“格物”之“物”等同于“独”了。我们很难认同《大学》会用一个毫无特指意味的“物”字去特指某一事物。《大学》中本有慎独之说，何必不在八条目中直接用“慎独”却又用了个“格物”呢？“物”和“独”既然是同一事物，《大学》何必用两个不同的概念呢？ 所以刘宗周对《大学》的理解不会是《大学》的本意，他的理解自成一说则可，但将这层意思混入《大学》则不可。牟宗三就曾批评刘宗周的一些议论：“看似幽深曲折，而实缴绕隐晦；其所以然之故即在混杂也。”产生这种“缴绕隐晦”的原因就是用自己的观点强解《大学》，结果越解越乱。
对于刘宗周所说的“意”，还要从现实层面进行考察，即这个“意”在现实层面否是真实存在。刘宗周从“如恶恶臭，如好好色”
的话里体会到了心有存主，这固然不错，但这里怎么能体现出这种好恶之意是“一于善而不二于恶”呢？刘宗周自然认为这种意是心本固有，为“心之所存”，是先验存在的，而人的恶只不过是后天习染之故。但这一点并不能在初生的婴儿那里得到证明，因为婴儿虽能表现出好恶，但这种好恶绝对是出于私意而不是善恶，因为对于他们来说生存和舒适是第一位的。婴儿不可能去做道德判断，更不要说去好善恶恶了。但这并不是说人没有好善恶恶的潜能，只是这种潜能需要后天的启发，因为它不会自然呈现。刘宗周有一个错误，那就是他设定了一个先验之意的至善指向，而且还假定了这种意会自然并且首先呈现。正因为如此，他更加认为人的初念是善的（虽然在潜意识里他对此有深深的怀疑），所以才有两次转念以合初念的观点。我们再看《大学》。《大学》在“如恶恶臭，如好好色”之前的那句“所谓诚其意者，毋自欺也”，是要说明好恶如同生理反应一样直接，作不得假。此中有亏，便算不得诚意，而是“自欺”。“如恶恶臭，如好好色”的“如”字说明“恶恶臭”、“好好色”只是举一个例子以示直接，“好色”和“恶臭”有什么善恶可言？所以“诚意”只是“毋自欺”并不是去“好善恶恶”。所以，刘宗周所说的“诚意”已与《大学》不同。《大学》的“诚意”之后，可以正其不正以归于正，是后天工夫；刘宗周的“诚意”，按照他自己的设定，其本身就是正的，是先天工夫。作为“心之所存”的这个“意”，对刘宗周来说是现实存在的，他个人的修养工夫对此完全可以察觉，但对此“意”的先验性，刘宗周却不能提供有效的证明，初念为善本身就是可疑的。
至于意到底属所存还是所发，则完全是由于对意的规定不同决定的。即便如刘宗周所规定的那样，意为心之所存，那还有这种存是先天的存在还是后天的引入的问题。这个问题和“独体”的先天、后天问题相关，在后文会有专门讨论。其实，从本质上说刘宗周对意的解释并没有新意，他设定的“独意”，其实就是“性善”，此性为心之所存，有至善的指向。值得注意的是，意在未被体察到以前，只是一种潜在的意向性（这种感觉类似于刘宗周所说“觉得此中隐隐一物有以出乎其上，或潜或露，时有时无”），而它一经被体察到，从潜意识（或前意识）变为意识，便会被注入大量的心理能量，体现为一种不可逆的指令，一变而为意志。因此，从心理动力学的角度看，他的“意”要比“性善”的说法更强调了一种内在的推动机制。
刘宗周的哲学固然缺少实质性的突破，但其哲学思想的意图却是十分鲜明的。如果说前面讨论的他对朱熹等人的质疑只是义理上的，那么他通过自己的诚意说对阳明“有善有恶意之动”的说法的质疑，则更倾向于具体操作上所引发的问题。他说：