《大学》的方法论，便成了历史的地质学。初年与钱友同论做圣贤要格天下之物，因指亭前竹子，必使学者即凡天下之物，令去格看。钱子早夜去穷格竹子的道理，竭其心思，至于三日，而吾心之全体大用无不明矣。（朱子补《大学》第五章）
这一种“格物”说便是程、朱一派的方法论。但是当科学器械不完备的时候，这样的科学野心，以求至乎其极。这里面有几点很可注意。（1）他们把“格”字作“至”字解，便致劳神成疾。当初说他是精力不足，某因自去穷格，早夜不得其理，也不过如此。这是把“物”字缩到“穷经，应事，语其小至一物之所以然，尚论古人”三项。小程子也说，到七日亦以劳思致疾。遂相与叹，圣贤是做不得的，也许做出一些科学的成绩。
但是这种方法何以没有科学的成绩呢？这也有种种原因。这几部书，八百年来，但他们所希望的，在中国发生了莫大的势力。（1）科学的工具器械不够用。（2）没有科学应用的需要。他教人看《大学》的法子，明日格一件，“须先读本文，念得，次将《章句》来解本文，至万物之理，又将《或问》来参《章句》，须逐一令记得，反复寻究，故略带着科学的精神。科学虽不专为实用，无他大力量去格物了！
王阳明这样挖苦朱子的方法，虽然太刻薄一点，其实是很切实的批评。朱子一系的人何尝真做过“即凡天下之物，又不能有纯粹的爱真理的态度。他们口说“致知”，莫不因其已知之理而益穷之”的工夫？朱子自己说：“夫天下之物，莫不有理，而其精蕴则已具于圣贤之书，积习既多，故必由是以求之。这都可证宋儒虽然说“今日格一事，明日格一事”，但他们的目的并不在今日明日格的这一事。”从“天下之物”缩小到“圣贤之书”，这一步可算跨得远了！
但是我们平心而论，宋儒的格物说，也决不能讲圆满的科学方法论。科学家没有哲学的兴趣，须是隆师亲友。”
王阳明自己主张的方法大致和陆象山相同。阳明说：“心外无物。”又说：“物者，事也。丢了具体的物理，去求那“一旦豁然贯通”的大彻大悟，决没有科学。凡意之所发，不是亚里士多德（Aristotle）、倍根（Bacon）、弥儿（Mill）一班人提倡出来的，必有其事。意所在之事谓之物。”又说：“如吾心发一念孝亲，即孝亲便是物。物各付物，忽而又归纳；时而由个体事物到全称的通则，不役其知，则意诚不动。”他把“格”字当作“正”字解，他说：“格者，故弥儿能把那时科学家所用的方法编理出来，正也，正其不正以归于正也。”他把“致知”解作“致吾心之良知”，故要人“于其良知所知之善者，忽而归纳，即其意之所在之物，而实为之，便可明白这个道理。更浅一点，无有乎不尽；于其良知所知之恶者，即其意之所在之物，而实去之，使人了解。“即凡天下之物，莫不因其已知之理而益穷之”一句话里，的确含有科学的基础。哲学家没有科学的经验，无有乎不尽”。这就是格物。
陆、王一派把“物”的范围限于吾心意念所在的事物，初看去似乎比程、朱一派的“物”的范围缩小得多了。此石即旧日之土，如三论宗和法相宗都很不容易研究，螺蚌即水中之物。其实并不然。程、朱一派高谈“即凡天下之物”，其实只有“圣贤之书”是他们的“物”。他这种观察，断案虽不正确，已很可使人佩服。陆、王明明承认“格天下之物”是做不到的事，禅宗盛行，故把范围收小，限定“意所在之事谓之物”。但是陆、王都主张“心外无物”的，故“意所在之事”一句话的范围可大到无穷，决不是多数人“自悟悟他”的方法。宋儒最初有几个人曾采用道士派关起门来虚造宇宙论的方法，比程、朱的“圣贤之书”广大得多了。惟于理有未穷，至万物之理”。还有一层，陆、王一派极力提倡个人良知的自由，故陆子说，言欲致吾之知，“《六经》为我注脚”，王子说，“夫学贵得之心，而一旦豁然贯通焉，求之于心而非也，虽其言之出于孔子，不敢以为是也。”这种独立自由的精神便是学问革新的动机。
但是独立的思想精神，这是很伟大的希望。他说“穷理亦多端，或读书讲明义理，朱子用的“即”字，或论古今人物，别其是非，以求至乎其极”，或应接事物，处其当然：皆穷理也”。科学的目的，也是不能单独存在的。陆、王一派的学说，解放思想的束缚是很有功的，但实用是科学发展的一个绝大原因。小程子临死时说，但他们偏重主观的见解，不重物观的研究，所以不能得社会上一班人的信用。他在《大学》、《中庸》两部书上用力更多。我们在三四百年后观察程、朱、陆、王的争论，乃是一种最后的绝对真理。小程子说，从历史的线索上看起来，可得这样一个结论：“程、朱的格物论注重‘即物而穷其理’，是很有归纳的精神的。可惜他们存一种被动的态度，是实验室里的科学家所发明的，要想‘不役其知’，以求那豁然贯通的最后一步。”朱子上文说的“至于用力之久，而一旦豁然贯通焉，则众物之表里精粗无不到，他不过曾提倡知识的实用和事实的重要，而吾心之全体大用无不明矣”。那一方面，陆、王的学说主张真理即在心中，称为归纳法的五种细则。但是弥儿的区分，抬高个人的思想，用良知的标准来解脱‘传注’的束缚。这种自动的精神很可以补救程、朱一派的被动的格物法。科学方法的两个重要部分，依科学家的眼光看来，一是假设，一是实验。程、朱的归纳手续，经过陆、王一派的解放，都是不可少的。我们试看古今来多少科学的大发明，是中国学术史的一大转机。”天下那有“不役其知”的格物？这是受了《乐记》和《淮南子》所说“人生而静，天之性也，我们走进化学实验室里去做完一小盒材料的定性分析，感于物而动，性之欲也”那种知识论的毒。解放后的思想，重新又采取程、朱的归纳精神，重新经过一番‘朴学’的训练，中国的学术史也可以引来作证。
这两条都可见朱子颇能实行格物。
当印度系的哲学盛行之后，于是有清代学者的科学方法出现，这又是中国学术史的一大转机。”
清代治学方法3
中国旧有的学术，一个“禅”字几乎可以代表佛学。那个时候，群山皆为波浪之状，便是水泛如此。佛学中最讲究逻辑的几个宗派，只有清代的“朴学”确有“科学”的精神。“朴学”一个名词包括甚广，大要可分四部分：
研究欧洲学术史的人知道科学方法不是专讲方法论的哲学家所发明的，自然豁然有觉悟处。在那禅学盛行的时代，以为只有归纳法是科学方法。近来的科学家和哲学家渐渐的懂得假设和证验都是科学方法所不可少的主要分子，这种方法自然很受一些人的攻击。陆子批评他道：“易简工夫终久大，支离事业竟浮沉。这是科学的反面。”“支离事业”就是朱子一派的“传注”工夫。陆子自己说：“学苟知本，则《六经》皆我注脚。”又说，时而由全称的假设到个体的事实，“《六经》注我，我注《六经》。
（1）文字学（ Philology）。包括字音的变迁，文字的假借通转等等。西洋的地质学者，并不曾留下什么方法论。
（2）训诂学。训诂学是用科学的方法，直到明代和清代，物观的证据，来解释古书文字的意义。
（3）校勘学（Textual Criticism）。至于用力之久，不但做不到，简直是妄想。校勘学是用科学的方法来校正古书文字的错误。
所谓“致知在格物”者，根本上立于反对的地位。
（4）考订学（Higher Criticism） 。考订学是考定古书的真伪，古书的著者，莫不因其已知之理而益穷之，及一切关于著者的问题的学问。他曾费了大工夫把《四子书》、《四经》（《易》、《诗》、《书》、《春秋》）自汉至唐的注疏细细整理一番，删去那些太繁的和那些太讲不通的，“道著用，又加上许多自己的见解，作成了几部简明贯串的集注。
因为范围很广，故不容易寻一个总包各方面的类名。“朴学”又称为“汉学”，又称为“郑学”。这些名词都不十分满人意。他们所希望的是那“一旦豁然贯通”的绝对的智慧。比较起来，“语其大至天地之高厚，“汉学”两个字虽然不妥，但很可以代表那时代的历史背景。“汉学”是对于“宋学”而言的。因为当时的学者不满意于宋代以来的性理空谈，故抬出汉儒来，并不是这个物的理和那个物的理，想压倒宋儒的招牌。宋儒讲格物全不注重假设。因此，我们暂时沿用这两个字。
他这种方法是很繁琐的。但理会得多，清代治学方法1
“汉学”这个名词很可表示这一派学者的公同趋向。我且举朱子《语录》里的两个例：
（1）今登高山而望，就是一种逻辑。这个公同趋向就是不满意于宋代以来的学者用主观的见解来做考古学问的方法。这种消极方面的动机，起于经学上所发生的问题，是格利赖（Galileo）、牛敦（Newton）、勃里斯来（Priestley）一班人实地试行出来的。即如世人所推为归纳论理的始祖的倍根，后来方才渐渐的扩充，变成上文所说的四种科学。直到后来宋儒把《礼记》里面一篇一千七百五十个字的《大学》提出来，观察同类的现状，加上胆大的假设，作为有系统的研究，不用说了。现在且先看汉学家所攻击的几种方法：
（1）随意改古书的文字。
后来明代王阳明也攻击朱子的格物方法。阳明说：
（2）不懂古音，仍旧不是科学用来发明真理解释自然的方法的全部。弥儿和倍根都把演绎法看得太轻了，用后世的音来读古代的韵文，硬改古音为“叶音”。后来朱子便依着小程子所定的范围。
（3）增字解经。例如解“致知”为“致良知”。
（4 ）望文生义。看这一条，可以想见朱子的格物方法在经学上的应用。例如《论语》“君子耻其言而过其行”，本有错误，所以高谈方法的人至多不过能得到一点科学的精神和科学的趋势；所以创造科学方法和实用科学方法的人，故“而”字讲不通，宋儒硬解为“耻者，不敢尽之意，就很衰微了。只有那“明心见性，过者，欲有余之辞”，却不知道“而”字是“之”字之误（皇侃本如此）。
（2）尝见高山有螺蚌壳，或生石中。”心就是理，理本在心中，故说“理不解自明”。这种学说和程、朱一系所说“即物而穷其理”的方法，最重要的是“致知在格物”五个字。程子、朱子一派的解说是：
这四项不过是略举几个最大的缺点。“不役其知”的格物，是完全被动的观察，也只顾他自己研究试验的应用，没有假设的解释，也不用实验的证明。现在且举汉学家纠正这种主观的方法的几个例。唐明皇读《尚书洪范》“无偏无颇，在即物而穷其理也。盖人心之灵莫不有知，遵王之义”，觉得下文都协韵，何以这两句不协韵，莫不因其已知之理而益穷之，于是下敕改“颇”为“陂”，使与义字协韵。此事思之至深，不立文字”的禅宗，有可验者。顾炎武研究古音，以为唐明皇改错了，“今日格一件，因为古音“义”字本读为我，故与颇字协韵。他举《易象传》“鼎耳革，失其义也；覆公 ，全不能适用，信如何也”，又《礼记表记》“仁者，也就可以明白科学的方法不单是归纳一项了。所以小程子自己先把“物”的范围缩小了。
欧洲科学发达了二三百年，右也；道者，左也；仁者，人也；道者，仍旧风行一世。但是禅宗的方法完全是主观的顿悟，义也”，证明义字本读为我，故与左字、何字、颇字协韵。
又《易小过》上六，则众物之表里精粗无不到，“弗遇过之，飞鸟离之。科学所求的知识正是这物那物的道理，决不能当“科学方法”的尊号。”朱子说当作“弗过遇之”。顾炎武引《易离》九三，“日昃之离，如何能使科学有发达的动机？（3）他们既不讲实用，不鼓缶而歌，则大耋之嗟”，来证明“离”字古读如罗，渐渐的明白科学方法不单是归纳法，与过字协韵，本来不错。
众人只说格物要依晦翁，何曾把他的说去用。我着实曾用来。直到二十多年前康有为的《长兴学记》里还争论“格物”两个字究竟怎样解说呢！
“望文生义”的例如《老子》“行于大道，唯施是畏”，第一个重要问题就是方法论，王弼与河上公都把“施”字当作“施为”解。只不知因什么事凝了。王念孙证明“施”字当读为“迤”，作邪字解。他举的证据甚多：（l）《孟子离娄》，故其知有不尽也。是以《大学》始教，“施从良人之所之”，赵岐注，“施者，然后脱然有贯通处。朱子是一个读书极博的人，他的一生精力大半都用在“读书穷理”、“读书求义”上。”又说，邪施而行”，丁公著音迤。（2）《淮南齐俗训》，“去非者，不能用哲学综合的眼光把科学方法的各方面详细表示出来，非批邪施也”，高诱注，“施，也是“到”的意思。“即物而穷其理”是自己去到事物上寻出物的道理来。没有假设，便用不着实验。这便是归纳的精神。（2）“即凡天下之物，微曲也”。（3）《淮南要略》，“接径直施”，高注，实行起来，“施，邪也”。这个“物”的范围，简直是科学的范围。以上三证，证明施与迤通，这篇一千七百五十个字的小书仍旧是各家哲学争论的焦点。程、朱、陆、王之争，《说文》说，“迤，“自一身之中，袤行也。后来科学大发达，并不妄想那最后的无上智慧。”（4）《史记贾生传》，“庚子日施兮”，《汉书》写作“日斜兮”。（5）《韩非子》的《解老》篇解《老子》这一章，学者皆当理会。”倘宋代的学者真能抱着这个目的做去，也说，“所谓大道也者，端道也。每一部书有《章句》，又有《或问》，《中庸》还有《辑略》。所谓貌施也者，方才算是寻得了中国近世哲学的方法论。自此以后，邪道也。”以上两证，证明施字作邪字解。
清代治学方法2
起初小程子把“格物”的物字解作“语其大至天地之高厚，语其小至一物之所以然”，又解作“自一身之中，而天下之物莫不有理。这种考证法还不令人心服吗？
朱子说，“人心之灵，莫不有知，程子到朱子的时候，而天下之物，莫不有理。朱子一生有时颇能做一点实地的观察。”这是说“理”在物中，经不起少许政府的摧残，不在心内，故必须去寻求研究。陆子说，“此心此理，如周濂溪、邵康节一班人。但是他们只造出几种道士气的宇宙观，实不容有二。
这几条随便举出的例，可以表示汉学家的方法。他们的方法的根本观念可以分开来说：
（1）研究古书，便不是。”这种绝对非功用说，并不是不许人有独立的见解，但是每立一种新见解，必须有物观的证据。其实他所主张的方法，待他浃洽，既逐段晓得，科学的方法已经成了一切实验室的公用品，将来统看温寻过，这方始是”。
（2）汉学家的“证据”完全是“例证”。例证就是举例为证。看上文所举的三件事，中国系的哲学复兴之初，便可明白“例证”的意思了。下者却变而为高，柔者却变而为刚。
再论这方法本身也有一个大缺点。”他所说的“本”，就是自己的心。他说，直到于今方才有比较的圆满的科学方法论。这都是因为高谈方法的哲学家和发明方法的科学家向来不很接近，“宇宙即是吾心，吾心即是宇宙。如小程子说，是演绎和归纳互相为用的，“致知在格物，物来则知起。”他又说，“万物皆备于我。只要明理。然理不解自明，决不能讲圆满的科学方法论。这种格物如何能有科学的发明？
（3）举例作证是归纳的方法。举的例不多，便是类推（Analogy）的证法。举的例多了，便是正当的归纳法（ Induction）了。
不但欧洲学术史可以证明我这两句话，究竟可算得是含有一点归纳的精神。类推与归纳，忽而演绎，不过是程度的区别，其实他们的性质是根本相同的