陈陶遗首先知道，派人到上海来，教我到南京劝说孙传芳，因为……我没有做他手下的官，……还有说话的地位。我……拉了丁在君同车往南京，先访陶遗，陶遗电话通知孙传芳之后，我与在君同去见他。但在君始终不开口，只是旁听。我先问孙到天津见到张作霖了吗，……他回答说：“我一到天津就见了大元帅，大元帅见了我，很高兴，开口就说：‘老弟，你来了好极了！以前咱们的事撩在一边，永远不提。以后咱们是一家人了，有难同当，有福同享。我已打电报叫效坤（张宗昌）来天津大家商量办法。’”我……轻轻的问孙传芳：“看见了杨宇霆没有？”这句话直刺他的心，他只说：“那小子！”以下就没有声音了。那以后就是我说话了。
我说：“我在上海听说联帅到天津求救于张作霖，所以特地跑来表明表明我们江苏人的一点意见。第一、我们江苏人普遍的怕胡子，恨胡子。……无论是张作霖、杨宇霆，我们江苏人决不欢迎的。第二、我为联帅设想，本为驱逐奉军而来，结果反迎请奉军来江苏，岂不是“为德不卒”，前后两歧？请你务必再四考量。第三、张作霖说他要派张宗昌来援助你打国民党。请你想想，张宗昌的军队纪律很坏，不会有什么战斗力，而奉天嫡系的杨宇霆却在冷眼旁观，将来的情形也就可想而知了。”
孙传芳听了，约摸有两三分钟不说话，忽然开口说：“刘先生，你有什么高见？”我说：“联帅本是应我们江苏人的请求而来。胜败兵家常事，我们决不埋怨你。但是联帅要向那一方面低头合作，似乎应该问问江苏老百姓的意见。现在我老实说，江苏老百姓宁可受国民党的统治，决不愿再受胡子的骚扰。请你考虑。”
孙传芳听了我的一席话，当然很不痛快。他很坚决的回答我：“刘先生所谈，不能说是没有道理。但是我孙传芳脾气不好。我宁可啃窝窝头，不愿吃大米饭。我与国民党是不能合作的。我可以告诉刘先生：蒋介石曾叫张群来找过我两次，我已拒绝他。我对不起刘先生，也对不起江苏人，我抱歉得很！”
我听了这话，就站起来，说：“联帅千万珍重！”我同他一握手，就同丁在君一同辞别出来了。大门外就是火车站，站上还停着我和在君来时坐的专车。我们就坐了原车回上海。
冬天夜长，到了上海时，天尚未明。淞沪商埠督办公署的汽车到车站来接，在君叫汽车夫先送我回到法租界葆仁里我家中。谁知汽车夫睡眼矇眬，把汽车撞在马路中间一个水泥柱子上！蓬的一声，车子震动的很厉害，汽车碰坏了，走不动了，我与在君都受了伤。幸喜有一个西洋人坐汽车经过，见我们的车撞坏了，连忙下车把我和在君扶下来，用他的汽车送我们到医院。我的伤不重，略为包扎，先回家了。在君口鼻流血不止，只得住在医院。
隔了一天，我到医院去看他，他的鼻伤还没有好，医生说，还得用手术。我不免安慰他。在君笑了一笑，他说：“碰车的事，于你是无妄之灾。我却正可利用。我已有电报去南京，说明伤情，请准辞职，并请即派人接替。官场照例总得挽留一两次。但我决不再到衙门了。已经有手谕：所有人员一概照常办公，整理档案簿册，准备交代。”
一二日后，孙传芳果然派人挽留在君。后来他知道在君受伤的实情，才令上海交涉使许沅代理总办之职。在君不久就离开上海了。
刘厚生先生叙述在君受伤的情形，没有记明日子。我那年12月31夜离开伦敦，坐轮船渡大西洋到纽约。1927年1月24日，我收到在君来信，说他12月31日辞职了。
那年五月，我从国外回到上海，在君已在大连乡间休息了。在君历年的积蓄是很细微的，在那个革命大动荡的时期，他还得筹款帮助他的大家庭避难的避难，上学的上学，所以他在大连的生活是相当困难的。
就在这困难的时期，他忽然得到了意外的救济。这是一个很有传奇性质的报德故事，值得特别记载在他的传记里。
翁咏霓记此事如下：
在君先生在民国十六年淞沪商埠总办辞职后，生计极为困难，幸赖杨聚诚君赠送五千元，得以度日。
在君的大哥文涛先生记此事最详细：
有杨金者，尝从美国人某习钻矿术。美人回国，杨落魄不能自存活，或怂恿之，使至北京谒亡弟在君于地质调查所。弟叩以钻矿术，知其有所长，为介绍于某矿场。不数年，颇有余资，杨乃来北京，以二千金献弟，……弟却之，杨固请，弟方为地质调查所募款筹设图书馆，乃请杨以一千金捐为建筑之资。
又数年，杨已致富，不从事钻矿矣，方营面粉厂于徐州。……亡弟在大连时，一日得函，署名杨树诚，启封则五千元汇票也，附以书曰：“公于我，不啻生死人而肉白骨。今我已富，闻公弃官后多债负。我不报公，无以为人。公若见却，是以我为不义矣。”弟始知树诚即杨金也，感其诚意，勉受之。（以上均见《独立》第一八八号）
杨先生的名字，咏霓误作“聚诚”，当依文涛作“树诚”。
在君死后，这个很美的故事才由咏霓、文涛两君的文字传播出去。《独立评论》第一九三号又发表了蚌埠的胡振兴先生寄来的一篇《谁送给丁文江先生五千元？》。这篇文字里有几点可以补充翁、丁两君的叙述。第一、胡君说，这五千元之中，有两千元是从前地质调查所的一个学生赵鉴衡君凑送的。赵君知道了杨树诚君的计划，他坚决的要求杨君许他搭赠二千元，名义上仍推杨君单独赠送，因为赵君怕在君不肯收受他的学生的赠金。胡振兴君在蚌埠的一个银行里服务，所以他知道此事。但在君始终不知道赵鉴衡君的义举。第二、胡君说：“杨树诚君本来不识字，他平生只能够很费力的写一个杨字”，所以他请在君的另一个学生刘季辰先生写给他，说明杨君的诚意，并且苦劝他暂行收用，等待将来经济宽裕时再归还他。同时刘君又代杨君写了一封措词很委婉的信给在君，请他不要拒绝他的一点诚心。
胡振兴君文中还略述杨树诚君的历史，他说：
杨树诚君的为人，……确实也有些怪特之处。他自己在大庭广众之中，自陈他幼小的时候，父母都死了，他曾讨过饭。幸由美国教士留养，带到美国，习成工艺。他对于矿业打钻及机器技艺，的确经验丰富。在某矿场打钻，他曾借重过丁先生。他从打钻弄得两万元，在徐州经营小规模的面粉厂，刻苦经营，由此起家。……他在这两年运用他自己的经验和智力，在本厂造成了九架面粉机的磨子，连建筑机房，添置机件，耗费了数十万元。……在开机那一天，他的面粉厂经理才捏了一把汗对人说：“你佬！现在放心了，好危险啊！只有我们三爷才会这样蛮干到底！”杨君行三，人称他“三爷”。
文涛大哥用古文叙述杨君事，其中有些事实可以根据胡君此文修正。他引的杨君给在君的信，当然也是他代拟的古文，不是学地质的刘季辰君代杨君写的原信。大概当日徐州、蚌埠之间，有这几个好人，平日佩服在君的为人，当日更佩服他在上海的成绩，他们知道了他的生活困难，决定要设法救济他，于是出钱的出钱，写信的写信，让这一位“曾讨过饭”的杨树诚先生单独出名，赠送他五千元，使他不便推却。正如胡振兴君说的，“仅仅致送钱财，也不见得有什么可以赞扬。不过……这五千元……却显示出几个人极可钦佩的高尚风谊。……〔其中那位〕并不很富有的赵鉴衡君慨赠巨款，还要把姓名隐了，连丁先生始终不知道有这么一回事，也可说是奇之又奇了。”
十四 回到地质学来：广西的地质调查（1928）——西南地质调查队（1929—1930）——北大地质学教授（1931—1934）
在君在大连休息的时期，大概就是他整理《徐霞客游记》，完成“徐霞客年谱”，并制成“游记地图”的时期。这部最新的《徐霞客游记》，附年谱，附地图，是民国十七年（1928）商务印书馆出版的。宋应星的《天工开物》是前一年已由陶湘先生印行了。
《徐霞客游记》出版的时候，在君本人又在西南作矿产地质的调查了。翁咏霓、黄汲清两先生都曾略记在君广西之行，汲清记的稍详细，他说：
在君先生于民国十七年赴广西考查，所到各处均曾作地质研究。而于广西中部及北部，如南丹、河池、马平、迁江诸县，调查尤为详细。利用军用地形图，填绘地质，同时采集标本化石甚多。其工作性质，除查考南丹、河池锡矿及迁江一带煤田外，特注重地层系统及地质构造。而于马平石灰岩研究尤详。马平石灰岩之驰名，全赖先生之力。（《独立》第一八八期）
五年之后，在君和葛利普先生在第十六届国际地质学会提出论文，题为“中国之二叠纪及其在二叠纪地层分类上的意义”（The Permian of China and its Bearing on Permian Classification）。在君在此文中“讨论中国各部二叠纪地层之彼此关系，及其分类。结论谓中国南部二叠纪可分三系：下部二叠纪为马平系，中部为阳新系及乐平系，上部为夜郎系。”（此是用黄汲清先生的提要。）汲清所谓“马平石灰岩之驰名”即是指这种论文。
十七年十月五日，在君从广西写长信给我，信中有一段说：
广西的情形，一言难尽。……他们第一有建设的决心和诚意，第二有建设的能力。所可惜的缺乏真正技术人才给他们帮忙。我到南宁的时候，本无意工作。因为他们的诚意所感动，才“再为冯妇”。现在我仍旧敬信他们，但是广西天产太不丰富了，大发展至难。这不是广西政府的过失。
又有一段说：
……我九月以来，又做了很多的工作，东到富川、贺县，西北到贵州边界的南丹。本来我还想勾留几时，解决一个煤矿的价值。因为两个月前被广西建设厅的一位职员骑的马踢伤左腿，到了桂林似乎完全好了，而近来跑路太多，忽然又肿了起来，行动不方便，故决意不日东归。大约我三四日后由柳州动身，〔十月〕十一二可到梧州——坐民船沿途稍可研究——十五、十六可到香港。再去广州三两天，就预备回到上海。
这信说的很明白，他到广西，本没有做地质调查工作的计划，只因为被广西的几个领袖的诚意感动，才决定旅行全省，做矿产地质的调查工作。他后来因为左腿受伤，行动不方便，才决定回来。他临行时，采集的标本化石几十箱，到梧州上汽船时，梧州的关吏不肯放行。幸亏凌鸿勋先生那时在梧州，正赶到船上送他行，那时离开船只有半小时了，凌先生“为驰赴梧关解释放行。嗣与先生晤及，辄道其当日遑遽之情状！”（《独立》一八八号，页三八）
凌先生又说：
在君先生之赴西南也，铁道部曾托以踏勘川黔出海之路。先生主张由重庆经黔桂以出广州湾，曾著有《川广铁道路线初勘报告》（民国二十年十一月《地质专报》乙种第四号），言其山川里程与国防经济之旨甚详。自后余远处关中，从事于陇海铁路之西展，偶与先生晤及，辄纵谈铁路建设之事，以筑路成本甚重，而国家经济枯竭，必须以最小之资本，先筑经济能力最大之路。先生固地质专家，而因足迹所经，于山川形势，民生情状，了如指掌，自无怪其于铁路经营深感兴趣也。（同上）
在君给我的信里，还谈起他北归后的工作问题，他说：
我这个人完全是一个impulsive的人。兴致勃起则可以一切不顾。兴致过去，又觉得索然无味。学问事业都不容易大有成就，皆是这个原故。所以我的前途，我现在也说不定，且看北归以后兴致何在。如可以安安稳稳住在北京，而且地质调查所这个机关依然存在，可以利用，我或者可以专心研究几年。否则没有法子的了。你要知道，我的研究，非有相当的设备，和相当的技术人员帮忙，是不能做的。要是离开了图书馆和试验室，再没有葛利普同他的学生来帮我鉴定化石，绘图员给我绘图，我绝对无法子可以着手。上海的地质研究所，同两广地质调查所都太幼稚，没法子可以利用的。
十一月初，他果然回到了上海，不久他回到北平去，继续他的地质学研究工作。他这个时期很注意中国的“造山运动”的问题。中国地质学会举他做会长，他的“会长论文”就是《中国造山运动》（英文原题是Orogenic Movements in China，载在《中国地质学会会志》第八卷）。黄汲清先生说：“此文搜集中国各地所得有关造山运动之事实，而作不偏之讨论。”
民国十八年（1929）一月十九日，我回到北平——这是我民国十五年出国远游以后第一次回到北平。我在任叔永家住了三星期，在在君家住了两星期。我那时在上海住家，这一次北去是因为北平协和医学校改组董事会，举了我做董事，我是赴会去的。最主要的一个私人动机，当然是想看看许多位多年没看见的老朋友。当时我听说梁任公先生病重，我很想能见他一面。不料我一月十九夜九点多钟到北平，任公先生已死了八个钟头了！
一月二十日，任公的遗体在广慧寺大殓。在君、叔永、陈寅恪先生、周诒春先生和我都去送他入殓。看见许多任公先生的老友，如蹇季常先生等，都是两眼噙着眼泪，我也忍不住堕泪了。
二月初，任公的追悼会上，有在君的挽联：
生我者父母，知我者鲍子。
在地为河岳，在天为日星。
这几句最可以写出在君对于任公先生的崇敬和友谊。他和任公从没有政治的关系，完全是友谊的关系。民国八年，任公到欧洲去考察战后情形和巴黎和会情形，在君也在同行的专家顾问团之内。任公很敬重在君，故在君有“知我者鲍子”的话。在君对朋友最热心，任公先生也是他看作应该特别操心照管的一位忘年老朋友。任公病中，他特别调护。世界最新最完备的一个医院竟无法延长这一位平日体格很强，生龙活虎一般的大人物的寿命——中间还引起了医生错误诊断和错误治疗的各种传说——这是在君很伤心的事。任公先生自己始终信任协和医院，始终没有一句埋怨医生或医院的话，这也是在君很佩服他的一点。
在君在北平不久，又得放下他的研究工作，又得往西南作大规模的地质调查了。民国十八年，地质调查所发起作一个调查西南全部地质的大计划，分作几段进行。由在君做总指挥。翁咏霓曾叙述这个西南全部地质调查的大略如下：
起身最早的是赵亚曾、黄汲清二君，越秦岭，经四川西部，又分为二组：赵君由叙州南行入滇，行至云南昭通县，被土匪打死了。黄君由叙永入黔，担任贵州中部及西部的工作。
在君先生偕同曾世英、王曰伦二君由重庆入黔，所经之地，北起桐梓，西抵毕节，东包都匀，南尽桂边。虽有许多牲口驼运行李，但调查人员长途步行，看石绘图，手足并用，一路都用极严格的科学方法，努力工作。
差不多同时起程的，又有谭锡畴、李春昱二君，特别注重川边及西康区域，西抵甘孜、巴安。
在这样大规模工作之中，虽然赵亚曾之死使在君先生在途中非常伤心，但他还是竭尽心力，勇猛前进，做出很好的成绩，也给几位后学的人一种最可效法的模范。
黄汲清也曾叙述这个大规模的西南调查，他记在君的路线特别详细：