人身之内，有灵谷焉。太阳出入于其间，神龙隐约乎其下。
吕真人曰：此篇欲详发人心无碍境界，俾修心者，得所印证，合三教而一以贯之，故首揭明心中之藏，以为无碍印心本原，人身内何谓灵谷？盖指心中之窍而言，人心之窍，中空无物，如谷焉。惟其中空如谷，而真灵寓之，谷中既有真灵，故曰灵谷。人所以灵者心，心所以灵者，以其虚而无物，而真灵得寓，儒云至虚至灵，活泼泼地，释云极乐国，道云杳冥之乡，皆此灵谷也。但人同此灵谷而不能保其灵者，缘无形之私，袭入于其中，则空者实，真灵遂无所藏而散，一至真灵散，则此谷成为死谷，邪秽丛集，心遂不能无碍。欲印心于无碍者，不可不先将此关头究明也。何谓太阳出入其间？太阳者，即指人之元神。盖一心本为藏神之区，神为本然之阳火，故谓之太阳。其出也，由此而后应于五官百骸；其入也，则反而归于此。但人多出少入，或出而应于目，则目视无制，乱色摇之；出而应于耳，。则耳听无度，奸声动之；至于百体，莫不皆然。愈出而愈纷，愈纷而愈扰。昼夜不静，久而衰耗，求其长为碍心而不可得，何况无碍？学者欲臻无碍境，当先从入字实实落落用功，不至散失其元神。天地所以能光明普照者，有太阳耳。人亦何莫不然？观此便知收神为修心要紧关头，惟一入字诀赅之，但不发明，人无从着手耳。何谓神龙隐约其下？神龙者，指人之识神而言，凡识是就只非，及一切利害之私见皆是。盖人之识神，顷刻摇掉千里，如龙神焉。识神与太阳之元神，所别者，在阴阳耳。元神有阳无阴，识神则阳少阴多，识神亦藏于心中，但较元神则在底位，故曰隐约其一。此识神亦人人所具，即三彭之统会也。但人皆从此运用，日事虞度，则识神愈觉张侈，遂以为智过万夫，殊不知智为私智，并非光芒普照之慧，实一凡夫耳。且识神妄动，而元神亦易耗散，所以三教圣人，皆物来自照，慧光徧及，此神智异于私智也。人茍知识神不可妄用，于无所著处，养就神光，自能普照无碍。修心之士，切勿认假为真，庶不致终坠于冥冥也。此一节详别人心神明，使人知正途与歧趋，不可不细为辨也。
疏：
心窍贵如空谷，空则灵，实乃死。
无形之私蒙蔽心灵，心不得无碍。
出入决定凡圣，多出则凡，多入则圣。
妙哉！
天地视人如蜉蝣，大道视天地亦泡影。惟元神真性，则超元全而上之。其精气则随天地而败坏矣。然有元神在，即无极也。生天生地皆由此矣。学人但能守护元神，则超生在阴阳之外，不在三界之中，此惟见性方可，所谓本来面目也。凡人投胎时，元神居方寸，而识神则居下心。下面血肉心，形如大桃，有肺以覆翼之，肝佐之，大小肠承之，假如一日不食，心上便大不自在，至闻惊而跳，闻怒而闷，见死亡则悲，见美色则眩，头上天心何尝微微些动也。间天心不能动乎，方寸中之真意，如何能动？到动时便不妙，然亦最妙，凡人死时方动，此为不妙 ； 最妙者，光已凝结为法身，渐渐灵通欲动矣，此千古不传之秘也。下识心，如强藩悍将，欺天君暗弱，便遥执纪纲，久之太阿倒置矣。今凝守元宫，如英明之主在上，二目回光，如左有大臣尽心辅弼，内政既肃，自然一切奸雄，无不倒戈乞命矣。丹道，以精水、神火、意土三者，为无上之诀。精水云何 ？ 乃先天真一之气，神火即光也，意土即中宫天心也。以神火为用，意土为体，精水为基。凡人以意生身，身不止七尺者为身也。盖身中有魄焉，魄附识而用，识依魄而生。魄阴也，识之体也，识不断，则生生世世，魄之变形易质无已也。惟有魂，神之所藏也。魂昼寓于目，夜舍于肝，寓目而视，舍肝而梦，梦者神游也，九天九地，刹那历遍。觉则冥冥焉，渊渊焉，拘于形也，即拘于魄也。故回光所以炼魂，即所以保神，即所以制魄，即所以断识。古人出世法，炼尽阴滓，以返纯乾，不过消魄全魂耳。回光者，消阴制魄之诀也，虽无返乾之功，止有回光之诀，光即乾也，回之即返之也。只守此法，自然精水充足，神火发生，意土凝定，而圣胎可结矣。蜣螂转丸，而丸中生白，神注之纯功也。粪丸中尚可生胎离壳，而吾天心休息处，注神于此，安得不生身乎。一灵真性，既落乾宫，便分魂魄。魂在天心，阳也，轻清之照也，此自太虚得来，与元始同形。魄阴也，沉浊之气也，附于有形之凡心。魂好生，魄望死。一切好色动气皆魄之所为，即识神也。死后享血食，活则大苦，阴返阴也。物以类聚也，学人炼尽阴魄，即为纯阳也。
《云笈七签》云：”三彭者，三尸之姓也，常居人身中，伺人之过，欲令人死。毎以庚申日，条列人罪目，奏于上天。学仙之士，不去三尸，无由得道，徒苦无益也。“宋·张君房撰《云笈七签》卷八十二，《钦定四库全书》子部，道家类。
此言元神、识神之重要概念及二者之区别：元神有阳无阴，识神则阳少阴多。
正途：收神以养元神；歧途：出神妄用识神。
光流万彩，雾縠皆消；气吐千祥，蛇蟒远遁。
吕真人曰：光流万彩者，盖指人心神光而言，神光之流，何以有万彩？人身百体五官，又复统乎万几之照燎，而无非此心一点神光发越所及，正如日丽中天，容光必照，故谓之光流万彩。彩者，有辉光之义，人人同具此神光，苟能养得完成无缺，其光辉之焕发，自觉万彩流布，于其万彩之流，已具无碍本领矣。何谓雾縠者？烟霞之类，即障迷之杂气也。人心念虑之纷纭，及泛情妄意，无端而起，又无端而伏，起伏相为循环，此心之真神彩，多被他障住，无异于雾縠之障迷，使大地不能晴光。然雾縠之障，实由阳光未极灿烂故耳。一心之光既流万彩，举凡邪妄念虑，皆消除净尽，无一毫之障隔，不啻日中辟除雾縠，于上便恍然一心无碍光景也。何谓气吐千祥？气者，即心之真精。盖就其明耀言，则谓之光，自其蔼然充周言，谓之气。人心造到功候完成时，皆蔼然粹然之气蕴积，不发则已，一发自充塞于宇宙，所谓浩然气，即此也。当其发而见于功用，有化及草木鱼鸟之休，故谓之吐千祥。盖卷之则藏于密，放之则弥六合。三教圣人，实不外乎此，惟其千祥可吐，已见无碍本真。何谓蛇蟒远遁？蛇蟒者，凶毒之物。举此以喻人之六识之恶根。人心之真精可吐千祥，则片念圆融，渣滓皆去，又安得有六识之恶根能伏藏耶？人之六欲，足以戕其生，无异蛇蟒之肆毒，故以为喻。六识除而三彭之毒消，亦即此义。惟其邪恶消灭不起，故曰蛇蟒远遁。于其发用处，亦见无碍景象。人心同具此真气，无不可养归。此无碍妙境，但人自弗为耳。此一节极形容心中无碍乐趣，欲人求其径路也。
疏：
无碍神通一心求。
心定神清，神清气爽，气爽而无碍。
大川广漠，咸静寂以纳日魂；庶类群生，亦观欣而承气化。
吕真人曰：何谓大川广漠？盖人身中五脏六腑，自成山河大地规模，正不啻天地包含内之大川广漠，一宫自有一宫之司，无异于州市郡邑，各有主焉，而无不统握于天君。何谓静寂纳日魂？日魂者，即指心中之真宰而言，心中真宰，属阳火之精，故以日魂比之。纳者，有收藏安定之意，然收藏安定，必有待于静寂者。盖人一身之内，木宫藏魂，土宫载意，苟或昼夜不静，妄意乱动，魂与相随，势心连心中真火之精，牵引出去，妄行乱飞，欲求反归本舍，决不可得，所以欲使阳火真神，敛藏安定于心窍中，必先绝其妄意，使之寂然不动，而后真神始觉藏纳，好比宇宙间川谷，必风恬浪静，而日之精气，始能招摄，以为生化也，故曰静纳日魂。此二句乃为印心无碍，正本清源之要功。何谓庶类群生承气化？此举有象，以明身之内景也。就妙用上讲，盖人心之真神，既藏纳而安定，则耳目口鼻众司，自然听命而各归其根，无妄视妄听妄言等类之弊，极其功用之妙，且有不待视而自明，不待听而自聪，合各官而皆成妙外之妙，是五官尽贴然承受一心之真气化。好比天地间日独丽，举凡人兴物，无不赖此以生生，故直喻以庶类群生承气化。此二句承上日魂而申言功用之妙，是无碍所见端也。人欲造到印心无碍境界，离本体而用无从出，用未纯全，亦见本真之有歉。学者可勿细心体认，以图成与。
疏：
肝藏魂，脾藏意，肺藏魂，肾藏志，而统归于心藏神，惟五志皆静寂，才能定养心之元神，一志不定，皆不得定养。先藏而后能定，先定而后能养。
心神能藏能定而后能养，养的纯正即能无碍，无碍心具则神通具。
言功施则周行无碍，溯体段则浑穆难形。心学苟得还元，方斯妙境；道藏以是为至，随意卷舒。
吕真人曰：何谓言功施周行无碍？功施即从发用处见之，上文亦浑言之，此特承上以开下文详论三教之意。盖一心元神发越光辉，其功施实不可限量，大则无处不充，小则无微不入，活泼周流，捷于影响，故谓之周行无碍。何谓体段浑穆难形？体段者，蕴藏之本真，即上文所言未发用之本体也。淬美渊深，有莫可形容之妙，惟此体段浑全，是以能周行无碍，浑穆即幽熔玄远之意也。人特不知反本，至拘于物欲，逐流飘荡，无所归宗耳。果克放下万感之缘，澄心内造，由五气之分途，层层炼到纯熟，返而还归本原之地，无声无臭，蕴藏万有，是谓心学还元。则存之莫窥其朕，发之莫遏其功，自然与吾所论之妙境吻合。有心心相印，不差累黍处，故曰方斯妙境。心苟能印证于无碍境，则心即道，道即心。质之上界，道藏之秘书宝典，更无他妙巧，此乃最上真乘也，故曰道藏以是为至。到此地位，化之又化，不待矜持，并无迹象，只觉真意一动，万化流通，或舒皆随乎真意之动静耳，故曰随意卷舒。此意字非同凡夫之意也，最宜细玩。此一节乃承上以起下，申论三教之词也。
疏：
无碍心以浑穆难形为体，以周行无碍为用。
《医道还元》前三卷是”医学还元“，中三卷是”心学还元“。心还元何处？空虚灵谷处。如何还元？①万缘放下；②炼养五德；③敛藏之；④安定之；⑤纯熟之。
心道无二。
心无碍则气无碍，气无碍则随意卷舒。
莫谓三教分途，同归此中极乐；倘求一心印证，试把其妙详陈。
吕真人曰：自古三教圣人，无非自修心造到无碍。因各把生平所得力之源源委委，敷之为教，论其迹则似有分，究其本源则一，乃自后世粗浅谬妄之待，袭乎道貌，并不知道之所寄安在，致愈趋愈歧，而教遂显分为三。不知人同此心，心同此理，三教圣人当日原不闻舍此心理立教，人果细为致求，便知三教一理非有分途也。学期归宿，皆造到此心圆融无碍，此境乃极乐之境，儒到此，释道亦到此，故曰同归此中极乐。然则人无论其为儒为释为道，亦皆以印心无碍为正宗，特患人甘暴弃，置此心于无用，则道终无可几耳。苟力求所以修心之法，要恒其心力，实无不可印证于无碍也。但此中奥妙，诸说纷纷，即如孔圣演易，非不寓此中奥可引用，然解释者，究未昭雪，所以后之学者，看之不明，遂不复精求。至若释道之书，后世推演者，又多好为矜奇立异，藉端隐喻，甚而藏头匿尾，使人迷目，而心学亦隐。吾所以不辞劳瘁，务必穷形尽相以分晰之，人如不以吾说为迂，此中奥妙，非真不可显直剖晰也。以下乃详陈此无碍之妙，欲印心者，细熟记之。
疏：
可见，三教同源，源于心；三教合一，合于心。
《医道还元》反复论及三教合一，是一本从不同角度、不同层次论述三教合一的典籍。
维彼执中允协，过化存神。灵光所被，民物自然咸庥；德意潜流，云山无从相隔。
吕真人曰：执中允协者，何？盖人受天地之中以生，万理毕具于一中之内，此中以发用言，则无守不及之谓。自其本体蕴含万有言，则寂然粹然，不增不减。执者，持守安贞之义，允，信也，协，合也。古之神圣，由诚一不二，造到至中之本体圆成，则此心寂然粹然之中，常合而不离，谓之执中允协。此中字之奥，千古神圣，历历相传，以为心法，即以为道统。后世口耳之学，只知有中之名，究不知何者为中，亦但粗知日用事为，略合乎中之陈迹，究乎古圣心传之中，实昏然莫达，心传之中，其不明于世，亦已久矣。试考古圣执中，其心法妙用，有可历指，当其本此心至中之纯德，而发其光，言皆天则，而为法为程，事尽天经，而不达不御，凡所施及，自然民物焕然变更，正不待有所驱策，而化自行。或至中之德，寂然存主于一心，则聪明恭重，不待安排，自然各着，神妙何如耶？此就一身功用之神妙言，他如恭已无为，而四方自潜移默夺，何莫非存主此中之神妙乎？妙绪不能毕述，观此亦知过化存神，不外印心于无碍为之。何谓灵光所被？灵光者，即此心存主真一之耀气，皆就发用上见神圣言行经纶，悉本内耀而著。举天下之民，罔不藉以遂生复性，而功用究不待强为，不可谓自然咸庥乎？此无碍之一证也。何谓德意潜流？盖观神圣心体浑全，本此发为真实无妄之意，隐然默念天下生灵，是谓潜流。虽极之千里之遥，有是德意，自有是功施，断无有云山得而隔之者，从可知古圣心传允执，不论所存所发，妙用自觉广大无边，不即可恍然于无碍境界与？此以下数节，皆就儒学心法，而详言无碍之旨也。
疏：
此”中“指人处天地之中，”执中“即天地人三才，以人为本。
此”中“指”心“，即以心为本。可见执中即包含天地”以人为本“，人”以心为本“的甚深寓义。
此言心之纯德至中，即至中之德。
心法是道统，道统即心法。
心法，”中“是精髓。
无碍心即心法之”中“。
无碍心上合天，下合地，中合人事。
千里之遥，神行依然咫尺；百世而下，慧照奚啻目前。
吕真人曰：此承上节申言无碍之妙用，以足其意。凡物有形质者，其用皆不能迅速，若一心之神明，造到圆光无碍，自非时地所能隔。试以地言之，事在千里，可谓远矣。然事虽在千里之遥，而神明完固，神行而理自通，理通而事机悉达，千里实不能隔其烛照。直与事之在咫尺间者，无以异，观孔圣当日，许多关山旷隔之事，目不会覩而竟洞若观火，非千里咫尺乎？何尝有待推测？总不外此心之真神，养得完全自觉，明珠在抱，比日月之光华，无处不照。观此便知儒者，养到此心如镜无瑕，其照燎不隔，亦一印心无碍尽之。又以时言之，事在百世下，更觉渺而难知，然此心既造到慧光灼灼，事纵在百世下，理实从慧而达原，不假术数，推算自能不出所料，但圣人当日，不肯轻笔于书，以骇人听闻耳。百世下既可悉达，正不啻近在目前也。从可知为儒者，养到慧光无碍，自是无上境界。世之冠儒冠，服儒服者，徒以文字之陈迹，炫耀于一时，实鸿毛及朝露耳。何不反而求真实之学，同登上境耶？吾愿为佳士者共勉之。