这一批广东天地会起义军，据认为就是太平天国队伍中的"花旗"。1864年春当侍王李世贤分股入赣时，清两广总督毛鸿宾奏报太平军动向并回溯前事说：
探报金陵逆贼伪侍王分大股上窜，其前队广东花旗股匪已由浙绕越江西之广丰、玉山，渐及抚州、建昌地界，获贼供称该逆有回窜粤东之意。查咸丰六年广东红匪大股数十万人窜扰吉安等处，会石达开至临江勾结其众，另编花旗股匪，肆扰多年。（《剿平粤匪方略》卷三百六十九，甲子年三月二十八日。）毛鸿宾指明"广东红匪"即广东天地会起义军进入江西后，加入了太平天国，由石达开另编为"花旗"。他所说的年份不准确，咸丰六年应为咸丰五年冬。
这些"花旗"当石达开脱离天京进入湖南、广西之时，多未随行而自行活动于江西、广东等地。太平天国辛酉十一年（1861）李秀成进军江西、湖北，他们又多加入李秀成部。左宗棠于同治二年（1863）二月报告皖南军情说，皖南太平军有三股，"一为花旗贼，此股系广东无赖匪徒，前年由广东、湖南、江西入浙皖者也"（ 《左文襄公奏疏》初编卷八，《奏报富阳皖南两路获胜情形折》。）。应即指此。
"花旗"究竟是怎样的旗帜？咸丰八年（1858）八月二十三日刘长佑报告与石达开部作战情况说：
据生！贼供，石姓伪大小国宗及余姓伪经略由浦城、崇安会合邵武之贼约数万人，一出黄土关，一窜泰宁、建宁，意将再图抚、建等语。查此股贼目系李、林、周、谭各姓，均属广匪。连日！斩各贼，广匪亦居大半，旗帜多花色，即贼中所谓花贼子，其为抚、建窜贼无疑。（《刘武慎公遗书》卷十九，《禀牍二·禀耆中丞迎剿广贼获胜》。）
所谓"旗帜多花色"，应是指他们的每面旗帜中有多种颜色，而不是指他们有多种颜色的旗帜。同治三年（1864）二月十二日沈葆桢奏称，太平军由遂安入玉山，"第一股多花旗，系黄逆部，第二股多黄旗，系侍逆部"（ 《剿平粤匪方略》卷三百六十三。）。另一些历史资料如陈坤《粤东剿匪纪略》、朱用孚《摩盾余谈》也屡称江西、福建、广东的太平军分黄旗、花旗两股。这都表明，"花旗"是一种花色的旗，而不是红白青黄黑各色旗的总称；不然，花旗和黄旗就不成为可以互相区别的两个名词、两种旗色了。
可以更确切地证明这一点是曾国藩的一份奏报。曾国藩报告咸丰十一年（1861）正月初八日在他的祁门老营附近同太平军交战情况说：
初八日辰刻……我军行至距祁二十里之石门桥，贼已距桥不远，白旗之匪拥至桥外田垄……桥外山岗黄旗、黑旗、花旗诸逆分三大股……白旗之贼径由田垄猛扑而前。（《曾文正公全集·奏稿》卷十三，《逆匪分犯大赤大洪二岭迎剿获胜折》（一年正月二四日）。）这一段话不但证明太平天国军队中有各种旗色，而且也证明花旗是与白旗、黄旗、黑旗相区别的一种单独的旗色。
了解花旗是在红黄青白黑各色旗以外的一种花色旗，对于探明花旗的来由也有帮助。
前引用毛鸿宾的奏报说，石达开在临江"勾结"广东天地会起义军，"另编花旗股匪"。或以为毛鸿宾这一说法是错的：花旗是广东天地会原来用的旗帜，并非石达开所给；石达开没有把加入的广东天地会起义军改编，使他们得以保存原来的旗帜，产生了很大的恶果。但这种论断是值得商榷的，因为它与事实不符。
广东天地会起义军原来用的旗帜并不是花旗。他们主要用红旗，间用黄旗等，但从未用花旗。
参与镇压起义的赵沅英《红兵纪事》说："匪即□□□□树红旗……红旗既树，四面土妖皆应。……乡亦树红旗矣。"（《近代史资料》，1955（3），95页。）又光绪《四会县志》称："咸丰四年甲寅之岁，自六月二十日陈开倡乱于佛山，烽烟四起，遍竖红旗相响应。"（光绪《四会县志》卷十，《杂事志·前事》。）
起义初期，清广州协外委冯国光报告交战情况说，闰七月初五日，由坭城进攻横江桥，"夺得大红旗、小红旗十七枝"（ ［日］佐佐木正哉编：《清末秘密结社资料》，36页。）
太平天国甲寅四年（1854）八月十四日，新会解围，"各堡之树红旗者，尽转而白"；太平天国乙荣五年（1855）正月初五日，清军攻破官窑，"获红旗、军械无算"（ 光绪《广州府志》卷八十二，《前事略八》。）。
太平天国甲寅四年十月十一日，清方团练与惠州天地会首领翟火姑战于河源县半坑，"夺其赤帜、辎重、良马"（ 同治《河源县志》卷十二，《纪事》。）。
太平天国甲寅四年十月，"粤东贼洪英堂等寇（蓝山）县城"；十二日，"贼哨至城西，竖大红旗于社稷坛"（ 民国《蓝山县图志》卷七，《事纪中》。）。
太平天国甲寅四年八月，广东天地会起义军由乐昌、乳源入湖南宜章，被宜章团练夺获大红旗一面、小红旗四十余面；其由连州星子市进攻湖南临武县者，被夺获"黄伞黄旗数十件"，又大黄旗四十余面，洪胜堂印一颗。
乙卯年（1855）秋，进入湖南的广东天地会起义军在郴州、桂阳、茶陵、兴宁、安仁等地活动，联合了许多本地的起义者。他们在战斗中被清军夺获的旗帜，据骆秉章报告，有红旗、黄旗和"各色旗帜"。（ 参见《骆文忠公奏稿》卷三，《永兴、茶陵失守分路剿办情形折》、《南路胜同日克复茶陵、桂阳两州折》。）
这样看来，广东天地会起义军在江西加入太平天国以前，原用旗帜并非花旗，是可以肯定的。因而，他们加入太平天国后之成为"花旗"，也只能是太平天国所授予的旗色。
太平天国把这一批新来者另编为花旗，是可以理解的。这一批新加入者人数相当多，有称十余万者，至少也有二三万。他们的加入，增强了太平军的力量，这是太平天国所欢迎和需要的。他们自湖南茶陵而入江西永新而安福而分宜而万载，与从湖北通城进入江西的石达开在新昌县相遇。同治《分宜县志》称："咸丰五年十月十七日，粤东贼葛、卢、陈、周、王五头目自安福窜分，号为洪兵。越二日，窜万载、新昌，与发逆合。"（同治《分宜县志》卷五，《武备》。）据《粤匪起手根由》，双方系在江西"望宅"（万载）会合，广东天地会头目有周春、李鸿藻、陈寿、陈容、翟元帅、刘元帅，俱被石达开封为指挥之职（参见《太平天国史料》，461页。）。但据同治《新昌县志》，广东天地会之加入是小有曲折的。"时翼众十余万，与广匪十余万相持不下，欲相击，上高人严守和说广匪降翼，二威大振，随分陷袁、临、吉诸郡，全省震动。"（同治《新昌县志》卷八，《团练》。）无论怎样，这是两批素质、训练、作风互有差异的队伍。这样的队伍成批地加入太平天国，不同于随时吸收的小股人员，确有其特殊性。太平天国原有五种旗色，对一批有特殊性的新来者，在原有五种旗色之外另立一种旗色，是可以理解的。另编为花旗，并不是说花旗是自行其是、无所统属的，在江西就统辖于胡以晃。编为花旗，也不会只是石达开个人的决定，这从石达开脱离天京以后由天京统率的队伍中仍有花旗存在就可以了解。花旗之与原有的太平天国部队有一定的矛盾，不是由于旗色之不同，而是由于素质、思想、作风之不同，这种矛盾从开始就存在并已有暴露了。（曾国藩在丙辰六年（1856）就以这一点向林启容进行挑拨："江西各府，附之贼居多，外虽归顺，心实猜忌。如周、邓、洪、卢诸人甚不愿受尔等之约束。"正公全集·杂著》卷二，《谕贼目林启容》。）
"太平天国的"旗制"
五、后期军中多色旗举例
了解花旗是太平天国另立的一种旗色，是指一种花色旗，考察太平天国丙辰六年（1856）以后太平军旗色的问题也就不致引起歧解。
总的来看，从历史资料中所见到的后期太平军旗色情况，与前期大略相同，即以记黄色者为大多数，但记其他旗色者也颇不少。最突出的，除上文已经引述的太平天国辛酉十一年（1861）正月太平军白旗、黄旗、黑旗、花旗四队在祁门与清军的战斗外，更有咸丰六年（1856）八月初一日江西瑞州城外的一次交战，与战的太平军六色旗俱全。曾国藩报告这次战斗说：
八月初一日，伪指挥黄姓纠集临江、奉新、安义、武宁、义宁各处逆党，并合（瑞州）城内大股，号称四万，四路拥至。旗分五色，排列山岗。黄旗一股对我湘营，红旗一股对我宝营，白旗、蓝旗二股对我省兵五营，青旗及杂色镶旗一股伏在树林之间。……另有青旗一股，从东北数里外风驰雨骤而来，截我军之后路。……我军一齐冲击，而贼势浩大，前者已歼，后者不退，黄旗已却，红旗又至，青旗一股更为凶悍。……讯据生擒贼供，号称四万，实二万余人，广贼数千，极为骁悍，本日被杀约计千余。（①《曾文正公全集·奏稿》卷八，《围攻瑞州收复靖安安义二县折》。）
在这一战中，太平军"旗分五色"：黄红白蓝青；此外的"杂色镶旗"，大概是"广贼数千"的旗帜，也就是"花旗"。
其他一些有关太平军中存在多色旗的记载都没有这样完整典型。为节省篇幅，下面只予简单列表举例。资料来源是曾国藩、胡林翼、左宗棠、骆秉章、刘长佑、刘坤一、王#等人的奏疏、禀报和其他人的纪事、笔记，不复一一注明。
年月 旗色事实摘要咸丰六年二月清军占萍乡，"毙红旗贼目一名"，夺获"护天豫胡大黄旗、伪将军杨大黄旗及总制、旅帅、军帅、师帅等黄旗红旗白旗共八十余件"。
续前表年月 旗色事实摘要
咸丰六年四月太平军由江西入湖南浏阳界，被夺获大红旗一、大黄旗二，小黄旗二。
咸丰六年五月 清军进攻袁州，"毙一执青旗贼目"，获黄旗九面。
咸丰六年五月清军与天京派援江西万载的援军战，获大黄旗、红旗二十七面。
咸丰六年五月 清军在攸县界获大小黄、红旗五十四面。
咸丰六年七月石达开上援武昌，鲁家巷之战被清军夺获"各色大旗二百余面"。
咸丰六年十月清军与援袁州之瑞、临、吉太平军战，夺获大小红、黄旗帜三百十一面。
咸丰六年十月 清军进攻建昌，"毙红旗贼目一人"。
咸丰七年 石达开部殿右四检点刘远达攻汀州，"黑白旗帜塞满道路"。
咸丰七年二月临江之战，太平军"列阵二十余里，五色旗帜遍布四野"，清军夺获大黄旗二十一面，中黄旗十七面，大红旗三十四面。
咸丰七年三月临江又战，清军得大绸白旗五面，大绸蓝旗九面，大绸黄旗三面，中黄旗九面，中白旗十三面，中蓝旗七面，小黄旗二十一面。又，龙虎大旗九面，大黄旗三十一面，大白旗二十七面，大蓝旗三十五面，中黄旗六十七面，先锋旗二十九面。
咸丰七年五月新淦之战，"广贼七八百人多执五色方旗前来接应"，清军获大小黄旗五面，白旗三面。
咸丰七年五月
九江围城中太平军出战，清军夺获"黄、红、杂色旗二百五
十余面"。
咸丰七年五月 吉安水东之战，清军夺获"各色旗帜无数"。
咸丰七年闰五月藤田之战，太平军"各色旗帜漫山遍野"，战后清军"收焚各色大旗四千余面"。
咸丰八年三月抚州太平军"五色旗帜纷披"，清军获"大小旗帜八十五面，内红绸旗更多"。咸丰八年十二月
清军进攻景德镇，太平军"白旗飘漾，数十骑出站河岸"。
咸丰九年二月 清军进攻信丰，万余太平军"各执五色旗前来抄截"。
咸丰九年三月清军在新宁与石达开部余宰制战，夺获大小黄、蓝旗三十一面。
咸丰九年四月清军在宝庆、娘山与石达开部傅检点等战，获大小黄、蓝旗九十七面，又"大小各色旗帜"三百面和四百七十面。又在新宁、武冈等处夺获"大小各色旗帜"五百七十、二百七十余、四百余面。
咸丰九年五月石达开进攻宝庆，"五色旗帜遍布林间"，"执红旗二贼为劈山炮轰毙"。
咸丰九年七月 石达开解宝庆围到东安，清军获先锋大红旗一面。
咸丰十年正月清军进攻太湖，太平军"黄盖红旗，弥山漫谷"，清军"击毙黄旗花旗悍贼数十名"。
咸丰十年四月 在无锡，太平军"五色旗帜，风驰而来"。
咸丰十年四月在吴江，太平军"自北而南，旌旗五色灿烂"，"闻黑旗贼过吴江"。
咸丰十年五月 "长发一队，手执红旗利刃"，到吴江同里。
咸丰十年八月太平军进入常熟，"旗帜五色，红者居多"。到王市，"红旗长枪，一片通红"。
咸丰十一年六月太平军在江西德兴交战，"所余红旗一股，仍向浙江开化华埠窜逸"。
咸丰十一月六月
清军攻随州，夺各色旗帜十三面。