佛典的翻译也附会道术和玄学。佛典翻译形成安世高系（多译小乘，较少理论，接近神仙家言）和支篓加谶系（多译大乘，宣传空般若学理论，接近玄学）。安世高译经三十余部，主要有《安般守意》、《阴持入》等，他把《安般守意》归结为“清静无为”。“安为清，般为意，守为无，意名为，是清静无为也。”（《安般守意经》。）道学的清静无为是从自然天道观出发，安世高的小乘禅学则认为“清静无为”是心的本然，并非效法自然的结果，这种解释是为攀附道家学说以便佛教流传。支篓加谶译经四十余部，有《般若道行经》、《般舟三味经》、《大乘般若经》等，介绍般若学。般若意为智慧，基本思想是否认全部客观世界和主观世界的真神性，论证“一切皆本无，亦复无本无”，即不论“三界”、“五蕴”，佛与众生，基于“因缘和合”，一切皆虚妄。一切俱非实有。般若所讲的“无”，根本否定对应的有无概念。一切事物都看做“无本原、亦无去迹”、“无过去、当来、现世”的超时空的形而上学的绝对的“无”，与老子的“有无相生”、“有生于无”的“无”完全不同，却也附会老子，以求发展。魏晋玄学的发展，佛学者用玄学观点解释《般若学》，形成直接用老庄哲学的名词比附，解释佛教的经文名相，借以量度经文正义的“格义”，使佛学玄学化，形成六家七宗，六家即心无、本无、即色、识贪、幻化、缘会六派，其中本无又分出无异一派，故称七宗。就其哲学倾向，归为本无、心无、即色三派。尽管各派对“空”的解释产生种种异义，但都以玄学为出发点，这使玄学各派的分歧也反映到般若学的研究中。
佛教初传时对其遇到的儒家思想，采取迎合儒家伦理道德的态度。在翻译关于伦理道德的佛经如《善生子经》、《善生经》等经典中，对社会的人际关系通过选择、删节、增加等手法，作了与儒家伦理纲常名教相适应的调整。如关于男女关系：以敦煌写本《诸经杂缘喻因由记》第一篇为例，叙述莲花色尼的出家因缘，但缺乏莲花色尼为何出家的关键一节，其原因是莲花色尼屡次出嫁，屡嫁而与所生子女彼此不相识，以致后来把自己的亲生女儿嫁与自己的儿子，莲花色尼发现后，极度羞恶而出家。这种论述因与中国伦理观念不容（好女不嫁二夫、出家不孝）而被略去（陈寅恪：《莲花色尼出家因缘跋》。）。关于夫妻关系：印度佛典《辛加拉的教导》中例举了作为妻子的五项美德：“善于处理工作”、“好好地对待眷属”、“不可走入歧途”、“保持搜集的财产”、“对应做之事，要巧妙勤奋地去做”。而在汉译《六方礼经》中，五项美德被译为：“一者夫从外来，当起迎之；二者夫出不在，当炊蒸扫除待之；三者不得有淫心于外夫，骂言不得还骂作色；四者当用夫教诫，所以什物不得藏匿；五者夫休息盖藏及得卧。”（《大正藏》第1卷P251。）充分体现了“夫为妻纲”的理论。关于父子关系：《辛加拉的教导》中，子女随母性，母亲的地位高于父亲，强调子女对双亲的义务，“双亲养大我们，我们养双亲”、“为了他们（双亲），我们要做应做的事”，等等，在译本中，则添加了原本中所没有的句子，如《善生经》添入“凡有所为，先自父母”、“父母所为，恭顺不逆”、“父母正令不改违背”（《大正藏》第1卷P71。），充分体现父为子纲的精神。总之，早期汉译佛典为使初入的佛教得以生存和发展，不得不向儒家伦理观念作协妥、调和，一开始就和佛教伦理思想相背离，形成与儒学相应的佛教伦理观念。
继东晋十六国，南北朝分裂160年，并未影响佛教的流传。由于南北朝统治者的倡佛，佛教理论、译经均有发展。
鸠摩罗什的学生僧肇发挥般若空宗，批判地总结了魏晋以来玄学与般若学的各派理论，以独创的风格建立了中国般若空闲哲学体系，结束了佛教对玄学的依附，转而发展玄学。他对东晋三家般若学理论作了批判：“本无者，情尚于无多，触言以宾无。故非有，有即无；非无，无即无。”“心无者，无心于万物，万物皆未偿无，此得有于神静，实在于物虚。”“即色者，明色不自包，故虽色而非色也……此真语色不自包，未领色之非色。”（《不真空论》。）三家把“有”、“无”对立，实际是以“无”解“空”，这便不能如实把握般若空观“空”的含义。他认为“空观”是指一切事物“非有，非真有，非无，非真无耳”。并非简单地否认客观事物“有”或“无”的现象存在，而是非有非无，有无双遣，亦有亦无，有无并重。僧肇的唯心主义理论，提出了对唯心主义的双向思辨方式，因而不仅是对中国般若学的批判总结，也是对魏晋玄学的批判总结，扬弃了玄学化的佛教的“本无”说而以“性空”说代之，标志着佛教由依附玄学到进一步发展玄学。
各类佛典的翻译增加。南北朝时佛典近700部，1450卷，涉及印度佛教的各个流派。译典的增加，形成了对不同经论的讲解而形成不同观点的学派。如以讲“我空”为主要内容的成实师；宣扬“泥洹不灭，佛有真我；一切从生，皆有佛性”的涅槃师；主张人我是空，三世是实有，万物由于因缘和合生成而有永恒不灭的实体的毘昙师和俱舍师等。南朝佛教受东晋佛教影响，偏尚玄谈义理，流行“涅槃”、“成实”、“三论”说。北朝禅学、律学、净土信仰较为发达，以禅宗尤为突出，偏重于行业，这种风气的突出表现是重视凿窟雕像。这些经师、律师、论师是继承了魏晋的佛教思想而发展起来的，在哲学思想上，摆脱了对玄学的依附而形成自己的观点，表明佛教得以发展。
二、佛教宗派的发展
中土佛教经过500年的流传，隋唐时进入宗派的形成和发展时期。隋唐统治者对佛教大力推崇，阐发宗教本体论、认识论、心性论、修养论方面的问题，形成了天台宗、法相宗、华严宗、禅宗、三阶教、三论宗、密宗、律宗和净土宗等各大宗派，其中在中国史上影响较大的是天台、华严、法相、净土和禅宗。
天台宗是佛教各派中第一个中国化色彩较浓厚的宗教思想体系。因创始人智在天台山（今浙江天台县），故称天台宗，又因以《法华经》为经典，也称法华宗。天台宗把南北朝时北方教徒偏重禅定戒律和汉代经学传统相结合的学风与南方佛徒以理论钻研和魏晋玄学相结合的学风统一，形成“定慧双修”、“止观并重”的教义，并构成了以唯心主义的“一念三千”、“一心三观”、“三谛圆融”的中心内容。对于止观，智说：“泥洹之法，入乃多途，论其急要，不出止观二法。所以然者，止乃伏结这初门，观是断惑这政要；止观爱养心识之善资，观则策发神解之妙术；止是禅定之胜因，观是智慧之由借。”（《修习止观坐禅法要》。）“止”便是最好的禅定，“观”可达到最大的智慧，止观并重，定慧双修，以克服烦恼是进入涅槃，解脱境界的必要途径。
法相宗，又称唯识或慈恩宗，唐初玄奘创。它宣扬主观意识是万物之本源，一切现象都是识的变观；主张“三性说”，认为一切现象都有三种不同的相状，认识三种相状，即认识了一切现实的实象。“三性”即“遍计所执性”、“依他起性”、“圆成实性”，众生从遍计所执性而达圆成实性，即可获得佛教智慧。承大乘有宗的“万法唯识”原则，建立八识学说（眼、耳、鼻、舌、身、意、末那、阿赖耶），重点阐述“阿赖耶识”种子识的性质与功能，用以沟通杂染世间与真如法界之间的联系，从唯识角度提供转凡成圣的理论依据。因理论繁琐及不合潮流，仅三世转衰。
华严宗以尊奉《华严经》为经典而得名，创始人是唐代法藏，得到武则天支持，华严宗创立了“五教十宗”的判教方法，其主要教理是阐述法界缘起的道理和观行的方法，更以“四法界”（事法界、理法界、理事无碍尘界、事事无碍尘界）、六相（总相、别相、同相、异相、成相、坏相）、十玄门等理论来阐述佛教法界缘起的哲理。对中国宋明理学哲学体系的建立，产生了很大的影响。
净土宗，依据《无量寿经》等，提倡观佛、念佛以术生西方阿弥陀佛极乐净土为宗旨而形成的宗派，故名五世纪的慧远是其创始者。修此学者只要信愿具足，一心称念“南无阿弥陀佛”，始终不怠，就可往生净土。由于简便易行，实受民众欢迎。
三、中国佛教——禅宗
禅宗，中国隋唐派之一，创于中唐而成于晚唐、五代，是中国化的佛教。
禅，梵语禅那，意为坐禅或静虑，包括修定和智慧两个方面。原是印度各种宗教的共同修持方法，不仅限于达摩所传的“如来禅”（心宗），还有天台的止观，也是禅的一种，相传最初是以释迦牟尼在录山法会，拈花示众，大迦叶破颜微笑，遂曰：“我有正法眼藏，涅槃妙心，实相无相，微妙法门，不立文字，教外别传，付嘱摩诃迦叶”的“拈花宗旨”为依据的，自此，直指人心，见性成佛；一花五叶，心心相印的新提法，渐为人们所接受。约五世纪刘宋时，传人达摩西来，为东土初祖，面壁九年，号称“壁观婆罗门”，以“二入”（理入、行入）、“四行”（报怨行、随缘行、无所求行、称法行）之法和四卷《楞严纪》传以二祖慧可，之后的三祖僧璨、四祖道信、五祖弘忍、至六祖慧能，均内以密付为印，外以依钵为信。五祖弘忍开东山法门，常令弟子信众持诵《金刚经》，弟子中以慧能、神秀最为著名。弘忍去世后，神秀弘法于北方，慧能则得法南归。也称“南能北秀”、“南顿北渐”。慧能正传弘忍衣法，被尊为禅宗六祖。住持曹溪宝林寺，大倡“直指人心”顿教法门，传授“无相戒”。弟子集其言行作《六祖坛经》，这是中国本土佛教论著中惟一被称作“经”的著作。慧能弟子中，南岳怀让和青原行思两大法系，至唐末繁衍昌盛，分别演变出五大派系，应了达摩祖师“一花开五叶”之语。南岳怀让分为伪仰、临济二宗，青原行思一系分出曹洞、玄门、法眼三宗，合称禅宗五家。法脉延至今的只有临济、曹洞两宗。
禅宗自达摩祖师传入中土，经数会场至慧能方始蔚为大观，慧能佛教思想的中心是其佛性说。这从慧能始见弘忍时，双方的一段对话中可看出。“弘忍和尚问慧能曰：‘汝何方人？来此山礼拜吾，汝今向吾边复求何物？’慧能答曰：‘弟子是岭南人，新州百姓，今故这来礼拜和尚，不求余物，惟求作佛。’大师遂责慧能曰：‘汝是岭南人，又是獦獠，若为堪作佛！’慧能答曰：‘人即有南北，佛性即无南北，獦獠身与和尚不同，佛性有何差别。’”（《坛经》法海本。）佛性人人皆有，而且无论地区与民族，佛性人人平等俱有，其法偈就说：“菩提本无树，明镜亦非台。佛性常清静，何处有尘埃。”（《坛经》法海本。）有人堕于恶道不能成佛，是由于人心所生的妄念覆盖其真如本性，使其不能认识自有的佛性，“人性本静，为妄念故，盖覆真如，离妄念，性本净。”（同上。）因此提出识心见性成佛说，“自识本心，自见本性”，“佛是自性作，莫向身外求，自信迷，佛即众生，自性悟，众生即佛”（同上。）。求佛向自心中求，即“自性自度”。