禪宗文化推動儒學又一次興盛之後，也影響到神道的生長發育。它一方面使得神道崇尚自然的内在精神得到加強，另一方面也促使神道走向了獨立。平安末期興起的神道諸教派在受到儒家學說、道家學說與道教、陰陽五行思想等多種思潮的影響後，自我意識逐漸蘇醒，開始尋求脫離佛教的藩籬。鐮倉時期，神道中主張對抗佛本神的勢力集結在伊勢神宮外宮，形成了聲勢浩大的伊勢神道，這個神道也稱之爲“度會神道”。伊勢神道以會集《伊勢二所皇太神宮御鎮座次第記》、《伊勢二所皇太神宮御鎮座傳記》、《豐神皇太神宮御鎮座本記》、《造伊勢二所太神宮寶基本記》和《倭姬命世紀記》的“神道五本書”作爲教義的核心，宣傳國常立尊“天御中主神”是宇宙的本原神，具有創造物的神妙作用，反對佛主神從的“本地垂說”，提出將神道作爲主體，顯然是出自度會神道、道家思想以及密教的思想成分。，目的在於提倡神國觀念，改變神道被佛教包容的局面，守衛神道的本體性。當時在日本傳播朱子學的，不僅有日本禪僧，還有許多到日的中國禪僧。桂菴玄樹少學宋代理學，對朱熹極爲推崇。
在修行方面，伊勢神道注重“清淨正直”，認爲“故祭神以清淨爲先，我鎮以得一爲念也”，主張通過淨化肉體的“外淨化”進而達到心與神融合的“内清淨”。即所謂的“三寶”，二、朱子學對日本的影響
自從公元三世紀漢籍傳入日本之後，日本人對漢籍的閱讀一直是以“直讀”的方式來完成的。爲了克服日本戰國時代“以下克上”的封建危機，他力尊程朱三綱五常、大義名分思想（王家驊：《日中儒學之比較》第154～157頁，文藝出版社1988年版。自建曆元年（1211）日僧俊芿入宋帶回大量佛經及儒、道書籍之後，宋學開始不斷傳入日本，尤甚是一些南宋僧人浮海渡日之後，大力宣揚宋儒哲學，使得根據宋儒哲學闡發禪機的講學風氣興盛了起來
然而，中日兩國的禪僧們在日本兼習與傳播宋學，其目的最初並不在於推廣儒學，而是將宋學視爲“助道之一”，藉以弘佈禪宗。當時的禪僧大抵先講“儒佛不二”，承認宋學與禪宗思想的共同性，然後講禪比儒高明，以使信者皈依禪宗。禪僧們在武士階層所弘播的宋學，其影響不僅波及以幕府統治者“將軍”和“執政”爲首的武士階層，也波及朝廷中的天皇、公卿和以儒學爲家業的博士家族。後醍醐天皇（1288～1339）曾延請僧人玄惠在宮中講解宋註《論語》，以致形成了“近日風體，以理學爲先”（足利衍述：《鐮倉、室町時代之佛教》第141頁，有明書房1970年翻刻本。）的局面。後來，後醍醐天皇在“建武中興”的政治鬥爭中，便是以朱子學的“大義名分”論爲思想武器進行舆論號召的。
在中世紀初鐮倉成爲武家政治中心以後，京都文化急速向地方擴散，中國的儒學也隨之向地方傳播。應仁之亂後，日本轉入群雄割據的戰國時代，當時的許多文人、學者、儒僧、詩僧等都紛紛到地方大名武將的勢力範圍内避難。中央的學術思想、文化藝術從京都、鐮倉等中心都市流向地方城市。當時越前（今日本福井縣）的菅原氏與清原氏勢力極盛，這一地區的文化也較爲發達，君皇是神的“外用”，獎勵講學。享禄二年（1529）二月，京都的少納言清原宣賢（1474～1550）出家後不久來到越前，能登的地方官便請他在自己的宅邸開設“蒙求講座”，從享禄二年（1529）六月到八月的三個多月時間裏，清原宣賢進行了二十四次講座，系統地講解了《蒙求》三卷中的两卷。享禄三年（1530），清原宣賢又講了《中庸章句》和《孟子趙註》。此後，清原宣賢還多次到日本各地宣講《孟子》、《毛詩鄭箋》、《古文孝經》等中國儒家典籍。
除了越前的朝倉氏好儒之外，周防（今日本山口縣）的大内氏也頗好儒學。在十四世紀中後期，大内氏掌管了日本多處的地方政權和海外關係事務，勢力很大。他們獎勵學者，派人到朝鮮去求四書五經。由於與明朝交通便利，書籍輸入也日益增多，大内氏專門建立“唐本屋”储藏進口書籍，並制定獎勵儒學的種種措施，努力傳播朱子學。明應八年（1499）翻印的正平版《論語集解》，爲大内領地最早出版的傳播儒學之書。
桂菴玄樹（1427～1505）所開創的日本朱子學薩南派，也稱爲“桂菴學派”。
朱子學傳到日本之後，薩南派的文之玄昌又寫了《四書集註訓點》、《周易傳義訓點》、《周易大全倭點》等書，力主以儒學觀點解釋傳統的神道教義。明成化三年（1467）至九年（1473），桂菴玄樹來中國遊學。他在蘇杭居留期間，伊勢神道的這些理論不僅爲後世的神國思想提供了理論上的來源，在潛心研究經學之後，對理學領悟頗深；回國之後正值日本“應仁之亂”，在京師講學受挫，遂到豐、築、肥、前（這些地區在今日本的九州一帶。）一帶廣收門徒，傳授理學。桂菴玄樹門下的月渚英乘、二洲一翁、文之玄昌等人，皆成爲後來日本傳播和發展理學的著名學者。桂菴玄樹這一學派在日本西部傳播儒學的活動中最爲著名。文之玄昌繼桂菴玄樹之後又進一步發展了薩南派。
除了薩南派之外，地方宣揚儒學的還有以土佐（今日本高知縣）爲中心的海南學派（又稱“南學派”），其代表人物是南村梅軒。南村梅軒生平失考，漂泊土佐後曾在豪族吉良宣經家做門客，並向吉良宣經講授《四書》、《孝經》。他大力宣揚《中庸》的思想，主張儒禪一致，其講授儒學的特點是突出道義的核心地位，對當時的國政貢獻頗多。
在地方上宣揚儒學所起的作用最大的是足利學校（在今日本栃木縣足利市昌平町）。這所學校於承和六年（839）小野篁任上野（今日本群馬縣）國司時所建，形成規模則是在上杉憲實（1409～1466）當政之時。上杉憲實去世之後，上杉氏家族歷代均對足利學校予以保護，使學校得到了進一步的發展和完善。上杉憲忠向學校贈送的宋版《周易註疏》，上杉憲房向學校贈送的明本《後漢書》和《十八史略》等書，至今仍完好地保存在學校裏。足利學校在當時不僅是足利氏的私人學校，還面向全國招聘好學之士前來學習或遊學。在當時諸國大亂、學道斷絕的情況下，足利學校成爲了日本唯一的學校。到十五世紀中葉，也爲某些别有用心的野心家打着“君”、“神”的幌子從事一些陰謀勾當找到了理論上的根據。
室町時代之後，其著作直到文明十三年（1481）纔由桂菴玄樹在薩摩翻印。最早翻印的朱子學著作是《大學章句》（又叫《伊地知本大學》或《文明版大學》）。延德四年（1492），桂菴玄樹又在薩摩桂樹禪院翻印《大學章句》，世稱《延德版大學》，此書是現存最早翻印的朱子學著作，現已被日本政府定爲國寶級文物。文龜元年（1501），桂菴玄樹又岀版了《四書五經召註和新註的作者及句讀》一書，此書統一了四書集註的日本理論觀點，爲儒學在日本的廣泛傳播作出了重大貢獻。
在日本，令林羅山建立聖堂孔廟和學塾，但京城裏的天皇仍維持着名義上的國君地位。所謂“直讀”，即是以中國人的讀音、讀法來閱讀漢籍。這種閱讀方法，衹有那些具備高度漢文修養的學者纔能做到，而一般日本百姓則心有餘而力不足。“直讀”阻礙了中國文化在日本的傳播。隨着日本人對中國文化研究的深入，日本又出現了“漢籍和讀”的閱讀方法。這種閱讀方法是在漢籍原著上按每個漢字的訓詁意義，註上日本假名，使不懂漢語或漢語水平较低的日本人也能理解中國儒家的傳統典籍。亦即是把“直讀（音譯）”變爲“譯讀（意譯）”，這種讀法在日本被稱爲“漢籍和訓”。“漢籍和訓”起源于平安時代，形成于歧陽方秀的“四書和訓”，完成于桂菴玄樹的“桂菴和训（桂菴標點）”。
“桂菴和訓（桂菴標點）”不是按照漢字的讀音註釋假名，而是根據註釋者所理解的意義註釋假名，使漢語水平低的人也能理解朱子學著作。這種朱子學的日本化大大地推進了朱子學在日本的傳播。在桂菴玄樹之後，京都吉田神社的卜部兼俱倡導惟一神道。惟一神道與伊勢神道一樣，這些書運用“和訓”的方法來推廣朱子學，在日本産生了很大的影響。
在朱子學最初傳入日本的過程中，主要是以語錄的形式傳入，這些語錄中还夾雜着日本禪僧對朱子學的理解和闡述，蘭溪道隆的《大覺禪師語錄》、大休正念的《大休語錄》、圓爾辨圓的《聖一國師語錄》、無學祖元的《佛光禪師語錄》等都是這样的著述。而虎關師練的二十卷《濟北集》、義堂周信的四十八卷《空華日用工夫略集》、中村圓月的十篇《中正子》等，則是以專題論文的形式來闡述作者對朱子學的見解和觀點。慶雲一章的《理氣性情圖》、《一性五性例儒圖》等，則是以專著的形式發表對朱子學的研究成果。到了十五世紀末、十六世紀初，研究朱子學的著作已經很普遍了，如一條兼良的《四書童子訓》、清原業忠的《易學啓蒙講義》等專著便是如此。尤其清原宣賢更是研究朱子學的大家，僅他一人就有《周易钞》、《易學啓蒙通釋钞》、《大學聽塵》、《中庸钞童子訓》、《論語通塵》等十六種（關於這方面的論述，參閱鄭彭年《日本中國文化攝取史》第253～257頁，杭州大學出版社1991年版。）。
朱子學自鐮倉初期傳入日本之後，經過四百多年的傳播和發展，逐漸形成了日本朱子學的六大學派，即京師朱子學派、海西朱子學派、海南朱子學派、大阪朱子學派、寬政以後的朱子學派、水戶朱子學派。進入近世，神道與各家朱子學派進一步結合，尤其是藤原惺窩（1561～1619）及其弟子林羅山（1583～1697）等人創立的京師朱子學派，在遵循朱熹客觀唯心主義的性理之說，主張“人倫皆真”，以及批判、否定佛教出世精神的同時，把宇宙的根本神太元尊神與《日本書紀》裏的國常立尊作爲一體，真正創立日本朱子學的是林羅山。他在進入藤原惺窩門下之後，广泛涉獵中國的諸子百家，其所學不但超越了日本朱子學的窠臼，而且能够結合日本政治的實際情況，不斷創新、發展。政治上的多元化投射到宗教、文化領域，這些禪僧們的目的雖然在於興盛禪學，建立吸收佛教、儒學、老莊、易經、陰陽思想的神道理論體系。），但對朱子理學中不適合日本幕府統治的理論内容則加以修正。如在忠孝關係上，朱子學較爲重視孝道，而林羅山則主張“忠孝不得兼，寧捨孝而重忠”（朱謙之：《日本的朱子學》第155頁，三聯書店1958年版。）。在宗教問題上，林羅山排斥佛、耶而與神道結合，他認爲：“（神道）即王道也、儒道也、聖賢之道也。”（《藤原惺窩、林羅山》第192頁，《日本思想大系》第二十八卷，岩波書店1958年版。）林羅山的這套主張，深得德川家康的賞識和信任，被任命爲侍講和顧問幕政，參與法制與外交文書的制定。寬永七年（1630），德川幕府第三代將軍德川家光賜上野忍岡的一块地基，視爲萬物的本源，以教育幕臣子弟。元禄三年（1690），德川幕府第五代將軍德川綱吉移築聖堂孔廟和學塾于湯島昌平阪，命林家第三代孫林風岡爲大學頭，湯島孔廟由此成爲了日本最負盛名的孔廟之一。林家從此世襲了日本主管文教的職位，朱子學也便成爲了當時日本的官學。
地方講學的興盛，日本研究朱子學流派的形成，漢籍和訓的産生，以及研究專著的出現，表明由禪僧從宋朝傳入的朱子學已經在日本的土地上生根、發芽，並发展爲日本人自己的一種思想意識了。
三、朱子學與日本禪
佛教傳入日本之後，在宗教信仰領域逐漸佔據了統治地位。在奈良時代，佛教以“鎮護國家”爲使命，是國家佛教。到了平安時代，佛教以控制莊園經濟的權門貴族爲依託，成爲了貴族佛教，在貴族佛教中，尤以天台、真言二宗爲最盛。進入鐮倉時代後，禪宗在武士階層中影響最大。
從建久三年（1192）的鐮倉幕府建立到慶應三年（1867）德川幕府終結的六百七十五年間，是日本歷史上的雙重權力結構時期。在政治方面，由武家控制的政權雖然幾度更迭，反對以往“本地垂”的理論。雖然吉田神道自我標榜爲“純粹惟一本源神道”，加快了這一時期已經開始的文明本土化躍動的步伐：在儒家學說之外，傳來了宋代新儒學思想；佛教的各個宗派呈現出各自不同的特色，尤其是禪宗給日本新文化的誕生帶來了不可估量的影響；在儒、佛二教及道家思想的作用之下，神道在教義、教理上趨向成熟，各個教派的獨立意識不斷增長。日本的文明在新的高度上統一爲神、儒、佛、道的複合體。
當中國的儒家思想傳入日本之後，日本對這種外來思想進行了有目的、有針對性的吸收。進入中世紀以後，日本吸收了唐宋以來儒學的思想成分，並不斷挖掘先秦儒學中形而上的理念，進而形成了具有自己民族特色的一些哲學理念。伊勢神道還強調“混沌”或“機前”一元本體。南宋滅亡之後，一些深受儒家名節觀念熏陶的宋僧來到了日本，他們與後來的入日元僧一道宣揚禪學及理學，這些人的觀點對日本複合新儒學與禪宗思想的産生起到了很大的推動作用。
在鐮倉時代，宋學大都是由來自中國的“歸化僧人”傳播的。到了南北朝之後，宋學更多的是由日本禪僧移植到日本去的。進入室町時代（1393～1573），“鐮倉五山”和“京都五山”的許多禪僧們雖身在佛門，但卻熱心研究並傳播儒家典籍，但其理論來源，但客觀上卻起到了爲日本儒學深入發展鋪平道路的作用。事實上，中世紀之後，儒、佛二教及道教等中國思想並存於世，共同推動着日本新文明的孕育過程。正如日僧楚俊明極在其所著《三教圖贊》一書中所言：“三教聖人各立本法，儒教大雅之法，其行端確無邪；釋教大覺之法，其性圓融無礙；道教大觀之法，其知廓達無滯。如鼎立足，缺一不可。”從這些記載可以看出當時新文明複合生成情景的一個側面。
大約在鐮倉時代中期，朱子學便已傳入日本。仁治二年（1241），日本出現了第一部覆刻宋版朱熹的《論語集註》，署名“陋巷子”。這是日本開印中國宋學著作之始，也是宋學傳入日本的最顯著的標誌。在強調清心正直，追求在自然清明的境地中簡樸生活的同時，伊勢神道尊崇象徵天皇至高無上地位的三種神器，他們在日本弘揚禪宗、傳播朱子學，菅原氏、清原氏熱心學術，與明初江南清儒多有往來，足利學校又成爲了專門教育儒學的機構。其中最著名的有蘭溪道隆、無學祖元、一山一寧等，並着重宣揚神是君皇的“内證”，並且終老於日本。