上都是一座草原城市，它的建立和繁荣主要出于元朝统治者的政治需要，并没有牢固的经济基础。而对于一座城市的长期存在来说，经济条件较之政治条件是更为重要的。正因为这样，一旦元朝崩溃，作为夏都的上都城也就无法维持下去了。
元朝最后一位皇帝———元顺帝妥懽贴睦尔，是在1333年登上帝位的。这时曾经辉煌显赫的大元皇朝，已经处处呈现出分崩离析的迹象。贫者愈贫，富者愈富，社会矛盾日趋尖锐，民变不时发生。统治机构腐朽，官吏贪污成风，统治集团内部不断为争权夺利而发生流血事件。
元顺帝即位以后，连年天灾，南北百姓流离失所。至正六年（1346年）黄河决口，中下游数省遭灾，影响更烈。草原上也接连发生灾荒。民不聊生，只好铤而走险，小规模的民变逐渐发展成为规模较大的起义，几乎年年有之。
与此同时，在统治集团内部，为了争权夺利，仍然不时爆发残酷的斗争。元顺帝初即位时，燕铁木儿家族的势力还很大。其女为皇后，其子唐其势嗣为太平王，先后任御史大夫、中书左丞相。元顺帝重用另一权臣伯颜，用以压抑燕铁木儿家族的势力。唐其势为此愤愤不平，他说：“天下本我家天下也，伯颜何人而位居吾上。”于是图谋废立元顺帝。后至元元年（1335年）五月，元顺帝巡幸上都。六月三十日，唐其势“伏兵东郊，身率勇士突入宫阙”，伯颜早有准备，很快便将唐其势击败。唐其势及其弟被杀。伯颜将皇后迁出宫城，幽禁在民舍，接着将她毒死。有的蒙古宗王起兵响应唐其势，也被击败。延续了半个世纪之久的燕铁木儿家族的势力自此被彻底铲除。①（参见《元史》卷一三八，《燕铁木儿传》权衡：《庚申外史》卷上）
燕铁木儿家族势力被铲除后，伯颜的势力越来越大。“势焰薰灼，天下之人惟知有伯颜而已”②（《元史》卷一三八，《伯颜传》）。元顺帝又提拔伯颜的侄子脱脱，倚为心腹。后至元六年（1340年）二月，乘伯颜外出打猎的机会，宣布伯颜的罪状，将他放逐到边远地区。这样，大权开始掌握在元顺帝自己手里。同年五月，元顺帝巡幸上都。六月，下诏指责元文宗“稔恶不悛”，“谋为不轨”，自己与之“不共戴天”③（《元史》卷四〇，《顺帝纪三》权衡：《庚申外史》卷上）。并从宗庙中将元文宗神主撤去，将元文宗后不答失里放逐到东安州，元文宗子燕帖古思放逐高丽。不答失里与燕帖古思很快便相继死去。从14世纪初开始的皇位之争，经历了三十余年，至此才告一段落。
接连不断的宫廷斗争，不能不严重影响政权的稳定。社会矛盾因为天灾人祸日趋尖锐，而国家机器的力量却不断削弱，无法照旧统治下去。于是，在至正十一年（1351年）五月，便爆发了全国规模的农民战争。
活跃于长江以北的农民起义军，由韩林儿、刘福通领导。几经曲折之后，于至正十五年（1355年）建立政权，国号宋，年号龙凤，韩林儿号小明王。宋政权建立后，分三个方向对元朝发起进攻。东路由淮东进入山东，挺进大都。西路攻入关中，转战甘肃。中路由关先生、破头潘、沙刘二等率领，攻入山西，“烽火数千里”④（《元史》卷一四一，《察罕帖木儿传》）。元朝从其他地区调兵来援，起义军受阻，转攻保定（今河北保定），不克，便攻取完州（今河北完县，保定西），“掠大同、兴和（路治今河北张北）塞外诸郡”。这是至正十八年（1358年）九月间的事。十二月，关先生、破头潘、沙刘二等由大同直趋上都，“焚宫阙，留七日，转略往辽阳，遂至高丽”⑤（《元史》卷四五，《顺帝纪八》。权衡：《庚申外史》卷下）。积百年之力陆续建成的上都宫殿，便在农民战争的烈火中化为灰烬了。
元末农民战争爆发后，元顺帝仍然年年巡幸上都，避暑作乐，没有丝毫改变。待到农民军攻陷上都以后，“因上都宫阙尽废，大驾不复时巡”⑥（《元史》卷四五，《顺帝纪八》）。这次打击对元朝统治者来说是十分沉重的。上都是忽必烈建立的，正是从这里开始了他统一全国的基业。上都又是元朝统治者与漠北诸部联系的枢纽。上都的陷落和宫阙的残废，实际上宣告了元朝的没落。
至正二十年（1360年）三月，元朝政府命孛罗帖木儿“讨上都程思忠，兵次兴和，思忠奔溃”①（《元史》卷二〇七，《逆臣传》）。程思忠是当时活跃于辽东的起义军领袖之一②（参见《元史》卷一四二，《也速传》），由这条记载可知在此以前他曾活动于上都一带。这一年九月，“贼复犯上都，右丞忙哥帖木儿引兵击之”③（《元史》卷四五，《顺帝纪八》）。起义军在上都地区的活动，直到至正二十三年（1363年）春天关先生余部自高丽败退回来投降元军之后，才逐渐平息了下来。
激烈的阶级斗争也正使统治集团内部矛盾尖锐化。至正二十年（1360年），元宗室阳翟王阿鲁辉帖木儿起兵争夺皇位，“骚动北边，势逼上都”④（《元史》卷一四〇，《太平传》），但很快便被击溃。元军将领孛罗帖木儿拥兵自重，专横跋扈，在京师掌握大权。至正二十四年（1364年），他派军队到上都，“以守御为名”⑤（《元史》卷一四五，《达礼麻识理传》），实欲霸占，后被当地镇守官员赶走。至正二十五年（1365年），孛罗帖木儿又派军队前来，要用武力强行夺取。双方在上都发生激烈的战斗。这一年七月，孛罗帖木儿在大都被杀，上都的战斗才停息了下来。
尽管战争连年不断，元顺帝仍想修复上都宫阙。参议中书省事陈祖仁上疏反对。他指出：“今四海未靖，疮痍未瘳，仓库告虚，财用将竭，乃欲驱疲民以供大役，废其耕耨，而荒其田亩，何异扼其吭而夺之食，以速其毙乎！”⑥（《元史》卷一八六，《陈祖仁传》。按，传中将上疏系于至正二十年（1360年）五月。《元史》卷四六《顺帝纪九》则系于至正二十二年（1362年）五月）事实上，在不断发生战争的情况下，修复宫阙是完全不可能的，但从此事也可看出元顺帝如何不顾人民死活了。
至正二十八年（1368年）闰七月二十八日，明朝军队逼近大都，元顺帝仓皇北逃，八月十五日到达上都。“上都经红贼（指农起义军———引者）焚掠，公私扫地，宫殿官署皆焚毁，民居间有存者。”①（刘佶：《北巡私记》）元顺帝在上都居住的是“行殿”，显然是营帐。元朝军队不时入塞，进攻通州等地，企图夺回大都。第二年四月，明军在常遇春、李文忠等指挥下，大败元军，直指开平。六月十七日，开平下，元顺帝逃往应昌②（参见《明太祖实录》卷四三），从此，上都结束了作为元朝都城的历史。
传说元顺帝北逃后，曾经作歌，怀念失去的两都（大都和上都），歌词中说：
以诸色珍宝建造的纯朴优美的大都，
先可汗们夏营之所我的上都沙拉塔拉③（《北巡私记》。黄色的平野，即金莲川），
凉爽宜人的开平上都，
温暖美丽的我的大都，
……
夏季避暑我的开平上都，
我的美丽的沙拉塔拉，
未纳拉哈、伊巴呼二人之言，乃我应受的报应。
把神明所建的行宫，
把忽必烈薛禅可汗避暑的开平上都，
统通失陷于汉家之众：
……
把巧营妙建的宝玉大都，
把巡幸过夏的开平上都，
遗误而失陷于汉家之众：
流亡之恶名，加诸于乌哈噶图可汗了。④（《汉译蒙古黄金史纲》，朱风、贾敬颜译本，43、44页。按，这首歌词亦见《蒙古源流》。乌哈噶图可汗即元顺帝）
这首诗也许不一定是元顺帝本人所作，但它比较确切地表现了元朝统治者失去上都以后的悲哀。而它的长期流传，又使得上都开平长期存在于蒙古人的记忆里。
明军攻克开平后，并未置军防守。洪武三年（1370年）二月，李文忠率领明军取兴和，进兵察罕脑儿。五月，“进次开平，元平章上都罕等降”①（《明太祖实录》卷五二），然后师趋应昌。可知上一年攻占开平的明军撤走后，北元（元顺帝北走后仍以元为国号，史称北元）军队又曾进占开平。在此后一段时间内，这一带是明军与北元军角逐之地。到洪武二十九年（1396年），明朝正式在开平立开平卫指挥使司，下立五千户所，屯田驻防。洪武三十年（1397年）正月，“城开平卫”②（《明太祖实录》卷二四九）。在战乱中遭到破坏的开平城垣，这时得到重新修建。但是，重建的开平城，性质已发生了根本的改变，它是一个单纯的军事据点，不再有昔日的繁荣了。
明朝把开平看做“极边”之地，也就是与蒙古相邻的最前线，除卫所驻军之外，还常在这里派驻大批军队。朱元璋第四子燕王朱棣巡边时曾屯驻开平。③（参见《明太祖实录》卷二五七）他登上帝位后，多次指挥大军出塞，与蒙古军作战，常到开平屯驻。永乐八年（1410年），金幼孜随明成祖朱棣到开平，据他记载，“（七月）初二日，晚次开平。营于斡耳朵，华言所谓宫殿也，盖元时宫殿。故址犹存，荒台断础，零落于荒烟野草之间，可为一慨。”④（金幼孜：《北征录》）显然，明朝在重修城垣时，对已经荒废的宫殿并未加以整修。金幼孜还随军到过西凉亭，发现“四面石墙未废，殿基树木已成抱，殿前柏两行仍在，俱萧条寂寞，不能无感也”。
明成祖死于1424年。在他死后，蒙古势力逐渐强大，明朝逐渐由主动进攻改为被动防守。开平“孤城荒远，薪刍并难，猝遇寇至，别无应援”，于是，便将开平卫移到相隔二百里的独石，选取精壮官军分作二班，每班一千人，“更代于开平旧城哨备”⑤（《明宣宗实录》卷二八）。每年为供应开平旧城哨备官军所需的粮食总数为四万石⑥（参见《明宣宗实录》卷六五），大致需花费二石七斗粮食才能运去一石。⑦（参见《明宣宗实录》卷一〇八）明英宗正统十四年（1449年），发生“土木堡之变”，明军大败，蒙古瓦剌部直逼北京。自此之后，明朝在对待蒙古的方针上完全采取守势，而开平一带也就成为蒙古族游牧的场所了。
清代，开平一带是蒙古察哈尔部正蓝旗游牧的地方。清高宗乾隆五年（1740年），直隶总督孙嘉淦到这一带视察。他说：“（开平）城广十六里有奇，龙冈秀发，滦水回环，实属形胜之区。……开平城外，陇亩犹存，碾碓尚在。若非种植，何以有此。”他建议设置军屯，“开平城可驻满兵二千”①（《孙文定公奏疏》卷四，《口外驻兵疏》），这一带可开垦土地数万顷。但是，随后皇帝派去勘查的官员回报说“其地苦寒难居”，这一计划就此作罢。上都城的遗址，除牧民驱赶牲畜往来其中外，几乎被人们忘却了。
到了近代，不少外国的探险家和考古学家重新对它发生了兴趣。其中著名的如俄国的阿·马·波兹德涅耶夫，他在1893年曾在我国内蒙古地区旅行考察。他的名著《蒙古及蒙古人》第2卷中，详细记述了他的考察收获，其中包括对上都遗址的调查。20世纪30年代，日本东亚考古学会组成元上都遗址探险队，对上都作了比较细致的考察，出版了正式报告《上都》。但是对上都遗址的全面保护和研究，只有在社会主义的今天，才能真正实现。