还应指出的是，法相唯识宗与天台、华严和禅宗对于理与心的侧重也是不同的。法相唯识宗肯定理佛性，谈真如理性，其目的一是为了会通一切众生都有佛性的说法，二是强调真如理性的规范意义，要求无漏种子顺应真如，与真如契合。实际上，他们重视的是阿赖耶识种子，是行佛性。该宗有的学者就认为，真如作为无为法是不能用来说明有为法的种性的，并明确地反对以真如理性为佛性。天台、华严和禅诸宗则主张以真如理性为佛性，他们只是为了会通佛典上所说的一阐提无佛性的观点而容纳阿赖耶识种子说的。
法相唯识宗提出理佛性与行佛性说，同时在理论上也带来了困难，如理佛性作为众生所依的本体，显然在佛性中占有重要地位。一切众生既有理佛性，为什么一部分众生没有佛性，不能成佛呢？众生由无漏种子的作用而得解脱？这是由有为法生无为法，它又如何与无为法不能生有为法相协调呢，阿赖耶识种子与真如没有内在联系，不能转化，阿赖耶识无漏种子又是怎样具有的呢？这些问题都是难以圆满论述的。大概正是这种理论上的困难，使法相唯识宗内部发生了分化，如上所言，法宝等人就另立异说，以求摆脱和克服在佛性问题上的矛盾，就是一例。
密宗的本不生即心实际说
唐玄宗开元年间（713-741），印度密教大师善无畏（637-735）和金刚智相继来唐，传播密教。随后经中国佛教学者一行（683，一说673-727）和自印度来唐的不空（705-774）的阐发，进而创立了密宗。其中一行在密宗的理论创建上贡献颇为突出。一行广采经论，吸收中观学派和瑜伽行派的基本思想，以及《大乘起信论》的理论，来阐释密教的重要经典《大日经》。他在笔录《大毗卢遮那成佛经疏》（《大日经疏》）中，论述了既与天台、华严等宗派相近似，又有自身特色的心性论，从而为“即身成佛”说提供了理论基础。
一、三界无二无别
一行认为心、众生和佛性三界是无差别的，他说：
界有三种，所谓法界、心界、众生界。离法界无别众生界，众生界即是法界；离心界无别法界，法界即是心界。当知此三种无二无别。［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷3，《大正藏》第39卷，610页下。］
这里所讲的法界，是指“一真法界”，即真如、佛性。心界，即自心。一行认为，心、众生、佛性三者相即不离，没有差异。这与天台、华严两宗所推崇的心、众生和佛三无差别的思想是完全一致的。密宗在此基础上又形成心、众生、佛“三平等观”，以观照心、众生、佛三者无差别，把它作为重要的修持方式。
密宗还宣扬心、虚空、菩提三无差别的思想，一行说：
今复结言虚空无垢即是心，心即是菩提，相本同一相，而有三名耳。即此一法界心，虽因缘毕竟不生，而不坏因缘实相。以不生故，则无能所之异；以不坏故，亦得悲为根本，方便波罗密满足，即是究竟不思议中道义也。［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷1，《大正藏》第39卷，589页上。］
“虚空无垢”，即虚空清净，无所得。心既是虚空无垢，也就是菩提智慧。心、虚空和菩提三者同一相。这心也称为“一法界心”，是不生、不坏的，即是绝对的、永恒的存在。显然，这心是众生成佛的根据，是人类和宇宙的本原、本体。
二、本不生即心实际
一行以心的“本不生”来阐述自性清净心，他说：
观一切染净诸法，乃至少分，犹如邻虚，无不从缘生者。若从缘生，即无自性。若无自性，即是本不生。本不生即是心实际。［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷2，《大正藏》第39卷，604页下。］
本不生际者，即是自性清净心。自性清净心即是“阿字门”。［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷1，《大正藏》第39卷，589页下。］
“本”，是根本、元初的意思。“际”，实际。“本际”，原本实际。“本不生际”，意为不生不灭的本际，不生际是万物之本。这两段话的意思，一是一切事物都从缘而生，从缘而生即无自性。这种无自然性就是“本不生”；二是本不生就是自性清净心，也就是心的实相；三是自性清净心就是“阿字门”。在一行看来，心是本不生的，无自性的，自性清净的，也就是超越生与不生、相与无相、前际与后际的绝对精神性实体。
本不生，也是“阿字门”，又称“阿字本不生”。阿字是梵文字母中最初元音Ａ（a），《大日经》用以象征元初、原始、本原的意义，并视作宇宙人生的根本。一行发挥说：“阿字是一切法教之本，凡最初开口之音皆有阿声，若离阿声则无一切言说，故为众生之母。”［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷7，《大正藏》第39卷，651页下。］阿字作为众生之母、众字之母，一切法都由它所生，从而含有非同寻常的涵义。一行说：“阿字自有三义，谓不生义、空义、有义。如梵本阿字有本初声，若有本初则是因缘之法，故名为有。又阿者是无生义，若法揽因缘成，则自无有性，是故为空。又不生者，即是一实境界，即是中道。”［注释：同上书，649页中。］
这是运用中观学派的假（有）、空、中的三谛来阐述阿字的意义，从而把阿字本不生说归结为一种中道境界。在阿字的多重意义中，最根本、最具体表性的意义是本不生。阿字是万物的本原、万物体性的本初，而阿字自体本不生，是为万物实相的根本原理。所谓阿字门，是在“观察时则知本不生际是万法之本，犹如闻一切语言时即是闻阿声。如是见一切法生时，即是见本不生际。”［注释：同上书，651页下。］。“若见本不生者际者，即是如实知自心；如实知自心，即是一切智智。”［注释：同上书，651页下。］“一切智智”，指一切智慧中的最高智慧，即佛智。这是说，事物从众缘生，而能生的缘又从众缘生，如此辗转从缘，则可懂得本不生际是万物之本，犹如阿声是一切语言之本一样。由此见一切事物时，若能体悟阿字本不生之理，也就悟见本不生际。如此众生也就能了知自心的本原，得佛的智慧，而自身也与佛无二无别。这个作为万物之本的本不生也就是众生的自性清净心，就是中道境界。也就是说，在密宗看来，众生的清净本性与万物的本原以及理想的境界是统一的。
三、心自觉心
众生心的实相是本不生，是自性清净，也是菩提智慧。一行说：“心实相者，即是无相菩提，亦名一切智智。”［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷1，《大正藏》第39卷，588页上。］“无相”是指心虚空相，虚实是离一切分别，无固定相状，是普遍存在，毕竟清净。“无相菩提”即心具有虚空相的智慧。心的实相既然是菩提，那么，成佛的关键就在于觉证自心。一行说：
所谓众生自心，即是一切智智，如实了知，名为一切智者。是故此教诸菩萨，真语为门，自心发菩提，即心具万行，见心正等觉，证心大涅盘，发起心方便，严净心佛国，从因至果，皆以无所住而住其心。［注释：同上书，579页中。］
意思是说，众生自心即是佛的最高智慧，因此，密教主张真言门，强调自发菩提心，至严净心佛国，都要不住于各种杂心，而住于菩提心。住于菩提心，返心自证、自觉，就能得悟。这也就是“心自证心，心自觉心”［注释：同上书，587页下。］
宗密认为，成佛的关键是觉证自心，而“菩萨初发心时即名佛”［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷1，《大正藏》第39卷，591页上。］，“初发心时便成正觉”［注释：同上书，587页中。］。“初发心”指发菩提心，众生、菩萨当发菩提心时即成为佛。由此密宗又提出“即身成佛”说。即身成佛又作现身成佛、现生成佛。它强调发菩提心后，无须经过长时期的修行历程即可成佛，亦即以现在由父母所生的肉身，就可登上佛究极的果位。密宗特别强调即身成佛，与即心作佛不同，它是在人的色身（肉身）上论定当体即是佛。一行说：“若行者能了达如是不动之轮，而布诸明。……即同毗卢遮那。”［注释：《大毗卢遮那成佛经疏》卷14，《大正藏》第39卷，725页上。］“不动”，指阿字菩提心。“轮”，是转生的意思，此指字轮，意为从一梵语文字而轮转生出多字，故称。“不动之轮”，是指阿字菩提心。以本不生之故而无动无退。能生一切字轮而轮转不穷。毗卢遮那又作大日如来，为密宗供奉的本尊与最上根本佛。这是说，众生如能彻底了达不动之轮，即阿字菩提心，通过特定的修行，自身即与毗卢遮那佛融为一体，而成为佛。
此外，密宗还认为，众生乃至草木国土，都是毗卢遮那佛即大日如来的法身。又认为地、水、火、风、空、识“六大”是一切事物的体性，佛、众生及其所住的环境都由六大所造，互不妨碍，相融相渗；六大是佛性，众生和草木国土的自体即是本来佛，因此，从这个意义上说，有情与无情都能发心成佛。