大陆会议不合理地提升将帅职务，在大陆军中引起了不小的争议。斯宾塞由于不满帕特南的军阶在自己之上，而愤然离开军队，后来又在众人的劝说之下回到了军营；托马斯将军也对普罗伊的职位在自己之上的事情耿耿于怀。在平息这些不满中，华盛顿的无私和公正派上了大用场，最终大家对这一既定的事实也都没什么意见了。马萨诸塞州对司令部的生活做了周密的安排，尽量照顾到华盛顿生活的每个细节。然而勤俭节约习惯了的华盛顿，并不喜欢奢华的生活。他的人脉很广泛，因此每天都有很多的朋友来探访他。他们在一起用餐，并谈论时事。华盛顿的脑海里每天都在思考着有关军队和国家的大事，对这些繁琐的社交生活有些应接不暇。实在忙得抽不开身的时候，他会在餐桌上礼貌地坐上几分钟，然后就让他的副官米弗林上校或者康涅狄格省督的儿子约翰·杜姆切尔去代替他招待客人。约翰是个充满热情的年轻人，对稳重低调的华盛顿非常崇拜。他本人实际上并不太喜欢社交生活，尽管代替华盛顿去应酬可以结识很多的社会名流，但他很快就发现自己并不适应这种生活。于是，没干多久，他就向华盛顿提出同一位少将调换了工作，离开了司令部。
华盛顿的秘书叫里德，费城人，在促成费城人和波士顿人之间的合作事宜上发挥了重要的作用。他很敬佩华盛顿的为人，也非常乐意能够到华盛顿身边做事。华盛顿一向给人以冷漠和保守的印象，但是同里德谈话的时候，却表现得相当的随和。没过多久，他就成了华盛顿身边得力的一名军事顾问。他这个人理智而又正直，在处理政务方面从不意气用事，这一点刚好同华盛顿的另外一名军事顾问李将军的性格形成了互补，也正是华盛顿特别注重的品质。另外一名顾问盖茨先生的到来也受到了华盛顿的热烈欢迎，早在弗农山庄的时候，盖茨先生就是华盛顿庄园里的座上宾。这个人见识广博，人际关系也极为广泛，华盛顿经常跟他在一起讨论时政，并就军事方面的问题请教他。然而到了华盛顿司令部不久，盖茨先生就渐渐同华盛顿疏远了。一种说法是，盖茨没有如自己所愿当上民兵指挥官而有些埋怨华盛顿，在他看来，以他们之间的交情，华盛顿只需在大陆会议为他美言几句，给他捞个指挥官的职位是轻而易举的，然而华盛顿却并没有这么做。还有一种说法是，华盛顿身边又有了亲近的人，所以跟盖茨日渐疏远了。
由于美军的战线拉得过长不利于防守，华盛顿便召开军事会议讨论如何加强驻防的战略。他把自己的部队分成三个部分，分别把守在不同的地方。一部分作为右翼，驻守洛克斯波利高地，由沃德少将指挥；一部分作为左翼，由李将军率领，驻扎在冬山河前沿山一带；至于中间部位，则有帕特南和海斯准将负责，驻扎在剑桥。在华盛顿的推荐下，康涅狄格省督的长子约瑟夫·杜姆布尔在7月24日被任命为兵站总督，以前在康涅狄格的时候，他就担任过类似的职务。经过一番的整顿，军队发生了翻天覆地的变化，不仅官兵的界限和职责分清楚了，连操练也变得正规起来。在整顿军纪的过程中，李将军发挥了重要的作用。他要求每个人都必须恪尽职守，如若违反军令，就要被杖罚。欧洲战役中的经验和见闻，给他制定相应的措施提供了借鉴。但是他太看重军事权威，有时候显得有些粗暴，他常说的一句话是“上帝青睐最强大的军队”。在这点上，华盛顿则显得更加的人文，他主张以军令来执行决议，如果不是执行特别紧急的军务，他均要求全体官兵在周日的时候参加宗教活动。
平日里有很多人来参观军营，最让他们感到震惊的就是从全国各地选拔上来的来福枪手。这支来福枪队大概有1400名士兵，许多人的身高都在6英尺以上，擅长丛林作战，精力充沛。他们穿着来福衬衫，头戴圆帽子，他们精湛的枪法很快就吸引了官兵们的注意力。来自新泽西的丹尼尔·摩根上尉指挥的一支来福枪队擅长急行军，据说他们为了及时赶到华盛顿的营地，在三周之内走了600英里的路程。正当华盛顿调遣所有的部队去围攻波士顿的时候，他收到马萨诸塞州议会和康涅狄格州省督的来信，要求他派兵去保护沿海的几个地方，在省督杜姆布尔的信中，他特别提到自己对新伦敦地区安全形势的担忧。华盛顿读完信，立刻同身边的将帅们进行了讨论。很快华盛顿就对这些请求给予了答复，他委婉地拒绝了这些请求，他在信中说道：“我对您的担忧深感同情，但是遗憾的是我此时却不能调集兵力去沿海，因为这样做的结果非但不能长久保证您的安全，反倒给了敌军偷袭我军的可乘之机，希望您能够体谅我的难处。”尽管他的措辞很谦虚，但是他拒绝增援的决定多少引起了省督对他的不满。对于华盛顿来说，这是攸关全局的大事，绝不能因为人情而导致整个战争的失败。这种决定体现了华盛顿的高瞻远瞩和深思熟虑。
华盛顿现在最主要的目标就是要把敌军从波士顿城里面赶出去。美军已经切断了波士顿城和乡下的交通，让英军无法有新鲜蔬菜的供应，华盛顿还命令将这个地区的牲畜赶离海岸，不让敌人有补给食物。这样一来，英国士兵们由于长期吃不到新鲜蔬菜，多数人开始生病。华盛顿用尽一切的办法来挫败英军的士气，然而英军却没有表现出一丁点要投降的迹象。在这个紧要的关头，一个严峻的问题摆在了华盛顿的面前。随着士兵人数的增加，可供使用的火药越来越少，按照现有的数量，每个士兵只能配备9发子弹。为了解决这个问题，华盛顿立即写信给罗德岛的指挥官请求增援。他在信中写道：“据我所知，百慕大岛上有充足的弹药储备，尽管要冒很大的风险，可是在这个紧要关头，不冒险就不能赢得这场战争的胜利。”然而时间一天天过去，华盛顿却没有得到任何的补给。与此同时，英军也得知了美军缺少军需物资的消息。这也难怪，英军驻扎在班克山的要塞俯瞰着美军驻扎的冬山和瞭望山，敌军的情报是不难收集的。就这样，为了等待军需补给，美军又拖了两周的时间。像这种情况在华盛顿整个军事生涯中都是很少见的。部队已经吹响了攻打敌军的号角，却因为缺少子弹而停止进攻，这对华盛顿来说是多么荒谬却又无可奈何的事情，最后来自新泽西的弹药解决了华盛顿的燃眉之急。
英军很快得到了美军得到军需补给的情报，然而英军指挥官却不相信这个情报是真的，他认为又是华盛顿唱的空城计。尽管新泽西的弹药大大缓解了华盛顿面临的困难，但是弹药的数量毕竟有限，所以在发起总攻之前绝对不能有丁点的浪费。但是伴随着战争序幕的拉开，另外一个令人痛心的事实又摆在了华盛顿面前：那些为了同一理想而战的部队此时却出现了严重的分歧。李将军在西班牙的时候，曾经是伯格因将军的部下，两个人在战场上结下了深厚的友谊，战争结束之后虽然分处不同的地方，但依然保持着通信来往。当他得知伯格因将军来到波士顿的消息，就写了一封信给将军，向他陈述殖民地与英国政府之间的矛盾，痛斥英国政府对待殖民地的各种不当行为，并主动提出跟将军见面的请求。他将这封信发给将军之前，先通过了大陆会议的审议。伯格因将军收到信之后，同意跟他在指定的英军哨卡见面，并承诺保证彼此的安全。马萨诸塞议会虽然同意他前去见伯格因将军，但是却担心外界会将这份友谊误会成他的通敌行为。为了保证他的安全，议会建议由格里上校陪同前往。对于二人见面的会谈内容，也要做一个必要的记录。得到议会的建议之后，李将军马上意识到这个问题的严重性，他同伯格因虽然是好朋友，但现在各为其主，有些方面还是必须要避讳的。考虑到这一层，他就给将军写了一封回信，委婉拒绝了本次的会面。
另外，在处理战俘的方式上，华盛顿同英军总司令盖奇将军产生了严重的分歧。尽管他们曾经是英法战争中同生共死的战友，但是在盖奇看来，华盛顿现在虽然当上了美军总司令，总免不了“叛军总司令”的罪名。他痛恨美军背叛英国政府的行为，因此他下令所有参与这次战争的美军俘虏均要受到英军严厉的处罚。华盛顿就这一问题同盖奇将军进行了交涉。他在信中说道：“我得知美军俘虏被英军关押在一级战犯的监狱，被定为叛国罪并受到了最严酷的刑罚。可是从我们的角度来看他们并没有犯叛国罪，他们是出于为美洲争取自由和独立而战，对于美洲人民来说，他们是爱国的英雄，因此你们对待美军俘虏的方式显得过于残忍了些。我写这封信的目的就是要求您以更加人性的方式对待俘虏，如果我的请求并不能够打动您，那我这封信就是正式通知您，我一定会以其人之道还治其人之身。我们手上的英军俘虏也会得到相应的处罚。”华盛顿的最后一句话被盖奇将军认为是对他的威胁，因此他在回复中是这样说的：“对于一个人性化管理的部队而言，仁慈地对待俘虏是我们一贯的宗旨，也是大英帝国一向坚持的。你在心中一再标榜美军的动机是为了美洲的自由和独立而战，可何为自由？何为独立？就是因为美洲反叛才会让双方反目成仇燃起战火。你我都知道，有因必有果，你们必须为自己的行为承担后果。”盖奇将军的回信显然是很不友善的，于是华盛顿下令将所有的英国战俘关到北汉普顿监狱，并明确这么做的原因就是缘于盖奇将军的蛮横不讲理。