但此后，北京的反动统治却更加猖狂，党的活动更加困难。执政府用嫁祸卸责的手法，反诬徐谦等人假借“共产学说”谋乱，下令通缉徐谦、李大钊、李煜瀛、顾兆雄、易培基等５人。朱家骅、蒋梦麟等几十人也上了黑名单。张作霖派奉军闯进北大、女师大、中俄大学及报馆等，大肆查禁进步书刊，搜捕进步人士。
惨案发生后，北京各学校停课，为死难烈士举行追悼会。20日，中共中央发表《为段祺瑞屠杀人民告全国民众书》，号召“全国商人、学生、工人、农民、兵士，应急起联合起来，不分党派，一致奋斗，发动一个比五卅运动更伟大的运动，以雪最后通牒之耻”。23日，北京各界人士、各社会团体、各学校齐聚北京大学三院大操场，在陈毅的主持下，为亡灵们举行“三·一八死难烈士追悼大会”。由刘半农作词、赵元任谱曲的《哀歌》唱遍京城。
鲁迅题写挽联：“死了倒也罢了，活着又怎么做。”后又就此惨案连续写了《纪念刘和珍君》、《无花的蔷薇之二》等7篇檄文，把3月18日称作“民国以来最黑暗的一天”。
强大的民意压力迫使国会召集非常会议，通过了屠杀首犯“应听候国民处分”的决议；京师地方检察厅对惨案进行了调查取证并正式认定：“此次集会请愿宗旨尚属正当，又无不正侵害之行为，而卫队官兵遽行枪毙死伤多人，实有触犯刑律第311条之重大嫌疑。”迫使段祺瑞颁布对死难者家属“抚恤令”，国务院“阁员总辞职”。但段祺瑞军阀政权的合法性资源已丧失殆尽，4月，段祺瑞执政府倒台。
英国《泰晤士报》称这次事件是“兽性”的“惊人惨案”。中国知识分子和媒体表现出前所未有的社会良知。除了鲁迅，周作人、林语堂、朱自清、蒋梦麟、王世杰、闻一多、梁启超、许士廉、高一涵、杨振声、凌叔华等人也纷纷谴责段祺瑞政府。《语丝》、《国民新报》、《世界日报》、《清华周刊》、《晨报》、《现代评论》等加入谴责暴行的行列。邵飘萍主持的《京报》大篇幅地连续发表消息和评论，广泛而深入地报导惨案真相。《京报副刊》也发表了有关文章。
“黑云压城城欲摧。”而反动分子的残暴行径并未结束，北京继续笼罩在白色恐怖之中。北京大学教授朱家骅、代校长蒋梦麟等遁入六国饭店，后再秘密离京。李大钊、徐谦、鲁迅等人被迫转移，国、共两党的领导机关则迁入苏联使馆。《京报》馆和一批进步报刊被查封。张学良逮捕了共产党员刘清扬。4月26日清晨，著名民主记者邵飘萍被秘密处决。
在“三一八惨案”中，周氏兄弟（鲁迅和周作人）都站在了时代的最前列，以笔为戟，同黑暗势力作斗争。然而，比较二人同一时期的文章，不难发现，两者的态度是有所区别的。
鲁迅得知悲剧后，一时拍案而起，在文章中无所畏惧，愤怒像火一样喷涌而出。面对“血的事实”与“墨写的谎说”、正直学生的牺牲与无耻奴才文人的流言，鲁迅保持了相当清醒的认识，对于恶势力他绝不妥协，主张“血债血还”。他敢于正面黑暗现实，严词批判反动当局的无耻行径，予以沉痛的谴责。
而在周作人那里，则是不同的表现了。五四运动后一直进行反思的“知堂老人”，面对政府的暴行，虽然依然保持“火”的战斗和热情，然而变得内敛、谨慎多了，言语、撰文力求隐曲、晦涩，坚持其高明的遁世明哲保身之法。对于群众的革命运动，他有自己的看法。周氏兄弟失和之后，曾几度携手并肩战斗，但到1927年后，两人终于愈走愈远。
[附文]京畿多坟茔
今天，在北京圆明园西南面“九洲清宴”遗址，有一座“三·一八烈士公墓”，这座墓园占地约100平方米，正中修筑1米多高的石砌圆形台基，台基上竖起通高9米的六面体大理石墓碑。墓碑正南面镌刻着“三·一八烈士纪念碑”几个大字。从正南面开始，自右而左，镌刻时任北平市长何其巩所写的《三·一八烈士墓表》和39位烈士的姓名、年龄、籍贯、所在单位（学校）和职业等。墓碑四周有28位烈士的坟茔，其余烈士葬于别处。这处烈士墓是在“三一八惨案”3周年时建成的，当时北平市近万人参加了隆重的烈士公葬典礼。
在“三·一八烈士公墓”的东北角，有一座3米高的三棱形石质墓碑。这就是“三·一八惨案江禹烈、刘葆彝、陈燮烈士纪念碑”。这3位烈士生前都是北京工业大学的学生。北京工业大学师生在1926年3月21日举行了祭奠仪式，28日举行了追悼大会和纪念碑奠基礼。这座纪念碑建立在西城区端王府夹道的工业大学校园。其六角形的碑座上刻有烈士的生平。1970年代，工业大学早已迁走，当地因施工建设而将纪念碑迁到现址。
在西城区新文化街45号的鲁迅中学校园内，有一座高约2米的石碑，这是1931年北京女子师范大学师生为纪念在惨案中牺牲的本校学生刘和珍与杨德群烈士而建立的“三？一八遇难烈士刘和珍、杨德群纪念碑”。这里曾是北京女子师大的校园。在校园的西跨院内矗立着一座汉白玉纪念碑，两层方形碑座上是方锥形的碑身，碑座上刻着两位烈士的生平传略。碑身阴面镌刻着文天祥《正气歌》中的名句：“是气所磅礴，凛烈万古存，当其贯日月，生死安足论！”杨德群曾在国立武昌高师肄业，后转入北京女师大，武昌高师当时也为她举行了追悼会。
在北京西北郊北京师范大学宿舍区的楼群中，建有“三·一八殉难烈士范士融、刘和珍、杨德群纪念碑”。这是一座1985年3月建成的汉白玉方锥形纪念碑，碑座正面镌刻着著名书法家启功写的“碧血丹心”4个字，还刻有3位烈士的生平。碑文叙述了建碑缘起。和平门外师大院内曾建有范士融纪念碑。
在北京大学西部化学南楼后面的柏林中，建有“魏士毅烈士纪念碑”。烈士牺牲1年后，燕京大学学生会建立了这座方锥形的汉白玉碑。碑下的3层基座上，刻有“魏士毅女士纪念碑铭”。与“魏士毅烈士纪念碑”并列而立的，是“三？一八遇难烈士黄克仁、李家珍、张仲超纪念碑”。1982年3月，北大团委从原北大三院（在东城区北河沿）将其迁移来此。碑座高3尺，碑腰高1尺，碑身高8尺，暗喻“三·一八”惨案。纪念碑为方锥形，上面用篆书刻写着“中华民国十有八年五月卅日立石”。与此相对应的碑腰四面，分别刻着3位烈士的简历和铭文。
在清华大学内“水木清华”北面土山之阴，建有“三·一八烈士韦杰三纪念碑”。这是清华学生在1926年从圆明园遗址运来的一根大理石断柱，人们称之为“三·一八断碑”。碑座上刻“本校学生会同人立”。清华同学曾将烈士遗骨安葬于清华园内，3周后移至圆明园，与“三一八惨案”诸烈士合葬，于是在原墓址竖起断碑。
在崇文区幸福大街汇文中学校园内，建有“唐耀昆、谢戡烈士纪念碑”。它是从汇文中学原校址建国门船板胡同迁至此地。碑铭全文是：“举幡伏阙，自古有之。惟义与此，匪党匪私。何渎于天，市朝陈尸？！舍生报国，千古同悲！”
12、1927年：临危受命
据陈裕光回忆：
1927年，我国人民的反帝如火如荼，大革命风暴席卷全国，北伐军势如破竹，摧毁了北洋军阀吴佩孚、孙传芳的统治。“打倒列强”、“除军阀”的呼声震天动地，一向被称作“睡狮”的中国人民觉醒了。北伐军气壮山河，一举攻克南京，南京城内新旧交替，一时显得纷纷扰扰。市上盛传国共合作政府即将在南京成立，这使外国传教士心惊胆战，纷纷作离去的打算。
校长美国人包文看到中国政局动荡，形势逼人，也产生了辞职返美的念头。那时，原文理科长美国人夏伟斯已回美国，我正暂时代理文理科长职务。包文耳闻目睹，感到外国人当中国大学的校长已不合时宜，认为校长一职，还是中国人出任为好。为此，他曾多次找我谈话。他认为我出身金大，留学美国，与金大源渊较深，对教会情况比较了解，而且在北京师范大学又有过行政领导的经验。我对行政领导素无兴趣，不善于应付人事，以前所以离开北师大来宁，就是因为怕挑行政领导的担子。因此，我婉言回绝了包文的邀请。后来，局势进一步变化，包文再次对我提起此事，我的态度一如既往。
不久，金大所有美国传教士全部撤离南京，包文正式辞职。7月，国民党在南京成立政府，规定教会大学必须由中国人担任校长，始准立案。于是，先由中国籍教授、职员组成临时校务委员会维持校务。至此，金大开始在名义上由中国人领导。校务会初设委员5人，由农林科长过探先，文理科长陈裕光，教授刘靖夫、刘国钧、李德毅担任，公推过探先为召集人。后来出于需要，委员名额增加到11人。
同年11月，金大理事会在上海开会，突然作出决议，推选我为校长。电报发来，局面已成，难以推辞。就这样，我当上了金陵大学的第一任中国校长，直到新中国成立，高等院校全面调整，金大完成历史使命时为止，前后共24年。
在我还未正式担任校长之前，我曾主动向即将成立的大学院(国民党仿照法国的大学院制，实属教育部)联系有关学校前途与立案等问题。担任校长后，我第一件事就是向政府呈请立案(当时具体立案条例尚未产生)。我认为在我国办校，理应尊重我国主权，立案是刻不容缓的事情。大多数中国教职员工及学生赞成我的看法，鼓励我的行动。次年即1928年获批准，是当时国内最先立案的第一所教会大学。继金大立案之后，其他教会学校先后呈请，其中最晚的是上海圣约翰大学，该校因圣公会主教、美国传教士持怀疑态度，一直拖到1947年涂羽卿担任校长后，始向中国教育部注册立案。名义上中国人当了校长，实权，尤其是经济大权，依然掌握在美国教会手中。我这位中国校长，几乎很少过问。
立案后，我本着革新的精神，对学校的行政管理及教学进行了—些调整与改革，以适合我国国情。主要是贯彻科学精神，实行教学、研究、推广的“三一制”(即三结合)。重视发扬“共和”精神，如成立校务会常务委员会，十多位常委几乎每周有一两次集会，讨论、研究校务，并对各项重大措施制定决策。这种共和精神，体现在学校的各个方面，包括学生有自己选课方便的学分制。她是金大师生长年累月积聚起来的一种精神力量，是推动金大不断前进的主要因素。概而言之，即爱国主义思想、学术自由思想。
立案后，理事会改为校董会，增加了中国籍校董的比例，使中国人占总数的三分之二，美国人占三分之一；又将各院院长、系主任及各级领导逐步改由中国人担任。教职员工中，中国人的比例也大大增加。实行这种措施，曾遇到不少困难，但在全校师生支持下还是完成了这一改革。这在当时的教会学校中，可以说是开了风气之先。
陈裕光（1893～1989年）：化学家、教育家。字景唐，生于浙江宁波。1905 年入南京汇文书院（金大前身）附中，1911 年考入金大化学系，1916 年因成绩优异由金大选送到美国哥伦比亚大学深造，攻读有机化学，1922 年获博士学位，本着“教育救国”的抱负回国任教，曾任北京师范大学教务长、化学系主任，并两次担任代理校长职务。1925年回到金大，1927年开始长校，在学校努力发扬以“爱国主义思想、学术自由思想”为本的“共和精神”。直到建国前夕，是金大历史上在位最久、贡献最大的校长。
13、1928年：废都怪胎
1927年，北洋政府因为连年军阀征战，国库空虚；且因为各大学科系重复设置，资源重复浪费，便下令将北京9所国立大学合并为京师大学校。
年尾国民政府北伐完毕，南京教育部计划采取法国拿破仑时代的大学院制(拿破仑时代全法国只有一所帝国大学，该帝国大学除负责大学教育外，还身兼教育部功能，管理各级学校)，将全国分为数个大学区，各设一所大学，先在北平、江苏、浙江、广州试办。在北平，除先前北京9所国立大学外，天津的北洋大学、河北保定的河北大学亦在合并之列，预定组成国立中华大学。旋因北京大学抗议，改为组成国立北平大学（1928年）。
北京大学文学院、保定河北大学文科合并为“北平大学文学院”，院长陈大齐。
北京大学理学院改为“北平大学理学院”， 院长王星拱。
北京大学法学院、北京法政大学、保定河北大学法科、天津法政专门学校合并为“北平大学法学院”， 院长谢瀛洲。
北京工业大学改为“北平大学第一工学院”，院长俞同奎。
天津北洋大学、天津工业专门学校合并为“北平大学第二工学院”，院长石树德。
北京农业大学、河北大学农科合并为“北平大学农学院”，院长崔步瀛。
北京医科大学、河北大学医科合并为“北平大学医学院”，院长徐诵明。
北京师范大学改为“北平大学第一师范学院”，院长黎熙，后改张贻惠。
北京女子师范大学、北京女子大学合并为“北平大学第二师范学院”，院长徐炳昶。
北京艺术专门学校改称“北平大学艺术学院”，院长徐悲鸿。
另外，北京俄文专科学校改为“俄文专修馆”，北京大学预科改为“北平大学文理预科”。还有国学研究所，分别由段憩棠、刘复（半农）、沈兼士主持。
不过北京大学师生持续反对，经过一两年后，北京大学、北京师范大学、北京女子师范大学、天津北洋大学、北京艺术专门学校、保定河北大学、天津工业专门学校、天津法政专门学校先后退出。北京师范大学、北京女子师范大学另组国立北平师范大学，保定河北大学农科改为河北省立农学院、保定河北大学医科改为河北省立医学院，天津工业专门学校改为河北省立工学院，天津法政专门学校改为河北省立法商学院（后于1938年被废）。至此，国立北平大学只剩下医、农、工、法、女子文理5个学院，国立北京大学则拥有文、理、法3个学院。
抗战时期，国立北平大学、国立北平师范大学、国立北洋大学3所学校内迁，合办西北联合大学。伪政权在北平开设伪北京大学(有文、理、法3个学院)及伪北平大学(有医、农、工3个学院)。之后，伪政权将伪北京大学及伪北平大学合并为伪北京大学(有文、理、法、医、农、工6个学院)，抗战胜利后，伪北京大学被改组为北平临时大学补习班，理学院为第一分班，文学院为第二分班，法学院为第三分班，农学院为第四分班，工学院为第五分班，医学院为第六分班 (第七分班是伪北平师范大学，第八分班是伪北京艺术专门学校) 。
1946年国立北京大学复校，接收北平临时大学补习班第一、二、三、四、六分班，第五分班改为国立北洋大学北平部；1947年国立北洋大学北平部亦并入国立北京大学。
另外，1949年以后，国立北平师范大学演变为北京师范大学，河北省立农学院演变为河北农业大学，河北省立医学院演变为河北医科大学(迁石家庄)，河北省立工学院演变为河北工业大学。