2000年6月28日，中共中央召开了全国思想政治工作会议，江泽民总书记在大会上谈到加强思想政治工作队伍建设时说：“思想政治工作是全党的工作，所有党员和党的领导干部都要做。同时，必须建设一支政治强、业务精、纪律严、作风正的专兼结合的思想政治工作队伍。基层思想政治工作队伍建设，要做到组织落实、人员落实、责任明确、制度健全。这要作为一件大事抓紧去做。”同年7月3日，中共教育部党组颁发了《关于进一步加强高等学校学生思想政治工作队伍建设的若干意见》，进一步重申了高校学生思想政治工作队伍建设的重要性和紧迫性，并对如何加强高等学校思想政治工作队伍建设提出了指导性的意见。《意见》指出：“高等学校学生思想政治工作人员包括专职人员和兼职人员。专职学生思想政治工作人员系学校专职从事和负责学生思想政治教育工作人员，包括学校分管学生思想政治工作的党委副书记，学生工作部(处)从事学生思想政治教育工作的人员，院(系)党总支负责学生思想政治工作的副书记、团总支书记、学生政治辅导员等。”“兼职学生思想政治工作人员，是指从教师和品学兼优的党员研究生、高年级大学生中选拔配备的半脱产学生班主任、导师或学生政治辅导员。”为了稳定高校学生辅导员队伍，《意见》还规定：专职学生政治辅导员任期一般为4～5年；兼职学生政治辅导员任期一般为2～4年。各高等学校要坚持选拔、使用、管理、培养、提高相结合的原则，采取得力措施，加强对学生辅导员的教育、培养。《意见》还明确要求各高等学校“要从实际出发，制订培养规划，有计划、有步骤地安排他们参加各种形式的岗前培训和在岗培训”，“专职学生思想政治工作人员在职攻读研究生，应纳入学校专任教师培训计划，与专任教师培训同等待遇”，“要进一步建立健全和完善学生思想政治工作人员的管理考核制度，加强对学生思想政治工作人员的日常管理、严格考核。考核结果要与职务聘任、奖惩、晋级挂钩”。在要求专职学生思想政治工作人员爱岗敬业，做好本职工作的同时，也要积极创造条件鼓励支持40岁以下具有大学本科学历的人员，在职攻读硕士、博士学位或进修有关课程，以促使其向专业化方向发展。《意见》特别强调：“高等学校应当配备精干的专职人员作为学生思想政治工作队伍的骨干……原则上可按1∶120～1∶150的比例配备专职学生思想政治工作人员。”这是新时期以来，第三次对专职思想政治工作人员与学生的比例作出规定。在《意见》的指导下，高校以专职辅导员为主体的学生思想政治工作队伍建设开始向着规范化、制度化迈进。
在中央一系列文件精神的指导下，作为高校辅导员和思想政治工作干部专业化建设重要平台的思想政治教育专业学科建设取得了重要进展。在加强思想政治教育本科专业建设的同时，20世纪80年代末建立了思想政治教育学科硕士点，1991年在中国人民大学率先建立了马克思主义理论教育学科博士点，此后，随着马克思主义理论与思想政治教育学科建设的深入开展，一批又一批马克思主义理论与思想政治教育硕士点、博士点相继建立，为高校辅导员和思想政治工作干部专业化建设提供了有利的学科支撑和培训基地。同时，一批思想政治教育专业毕业的本科生、研究生先后进入了高校辅导员队伍，有力提升了高校辅导员队伍的专业化水平。
2.阶段主要特点
纵观这一时期，是我国进行经济、政治改革的攻坚阶段和发展的关键时期，社会情况发生了复杂而深刻的变化，经济成分和经济利益多样化、社会生活方式多样化、社会组织形式多样化、就业岗位和就业方式多样化日趋明显，给思想政治工作带来大量新情况、新问题。同时，西方敌对势力通过各种途径加紧对我国进行思想和文化渗透，思想政治工作面临严峻挑战。受命于重大历史关头的党的第三代中央领导集体总结了历史教训，对辅导员队伍建设的重视程度不断加深，措施力度不断加大。随着政策规定和体制、机制方面政策的出台，高校辅导员制度得到了全面推进。经过十年的努力，我国高校普遍建立起一支以“专职为主、兼职为辅，专兼结合”的政治辅导员队伍，为我国高校在改革发展中保持长时期的稳定做出了应有的贡献，这个时期高校辅导员制度发展呈现以下特点。
第一，加强对高校辅导员工作的经费投入。国家开始认识到高校辅导员工作是教育事业的重要组成部分，在1994年《中共中央关于进一步加强和改进学校德育工作的若干意见》中指出，教育行政部门和高校要合理确定对高校辅导员工作、德育工作的经费投入，列入预算，切实保证经费投入，以改善辅导员工作的物质条件。还强调学校要为辅导员工作提供必要的场所与设备，不断改善条件，优化手段。
第二，拓展了高校辅导员工作的渠道。在充分开拓报刊、广播、电视等媒体的思想政治教育作用的同时，开始利用网络资源对大学生的政治思想教育，有针对性地加大网上宣传力度，提高工作质量。
第三，加强了对高校辅导员工作的激励。在职辅导员经过思想政治专业培训，获得第二学士学位、研究生学位者，原高校应根据需要和本人条件，合理安排工作，使他们在思想政治教育中发挥作用，并优先评聘高一级教师职务。有一些高校还采取了“工作保研”的形式，激励一些品学兼优的大学生从事辅导员工作，在他们担任辅导员工作两年或三年之后，考核优秀者可以免试攻读思政系列研究生，以加强队伍建设。
第四，加强了对高校辅导员工作的指导与研究。1994年《中共中央关于进一步加强和改进学校德育工作的若干意见》强调各地党委、政府对高校思想政治工作要加强领导，高校党组织也要加强对辅导员工作的指导，不管学校实行何种领导体制，校长都要对学生的德、智、体全面发展负责，高校要建立和完善辅导员思想政治工作管理体制，推动思想政治教育的科研和学科建设，要把思想政治教育作为人文社会科学的重点学科加强建设，把德育重大问题研究项目列入国家教育科学研究规划和国家哲学社会科学研究规划，培养和造就一批德育专家、教授、特级教授和理论家。
八、高校辅导员制度的创新阶段（2000年～至今）
进入21世纪以来，伴随着全球化进程的不断加快和我国社会主义市场经济的深入发展，我国社会日益多元化，大学生的教育与成长面临着更加复杂的社会环境，大学生思想政治工作面临许多新情况、新问题和新挑战。党中央从建设中国特色社会主义，实现中华民族伟大复兴的战略大局出发，更加关注大学生的教育与成长。特别是党的十六大以来，以胡锦涛同志为总书记的党中央把“加强改进大学生的思想政治教育，培养社会主义事业的建设者和可靠接班人”作为增强党的执政能力的战略任务加以实施。在党中央、国务院和教育主管部门的高度重视下，全国各地、各高校纷纷采取措施加强大学生思想政治教育，辅导员的队伍建设开始进入一个实质化和规范化的发展阶段。
1.发展进程
2004年，中宣部、教育部、团中央联合对高校大学生的思想政治状况进行了广泛、深入、客观的调研，对进入21世纪以来高校思想政治教育的基本情况和存在的问题有了比较全面的把握。2004年8月，中共中央、国务院颁布了《关于进一步加强和改进大学生思想政治教育的意见》，这是进入21世纪以来党中央和国务院颁布的关于加强改进大学生思想政治教育的一个纲领性的文件。《意见》突出强调：“加强和改进大学生思想政治教育是一项重大而紧迫的战略任务”，提出了加强和改进大学生思想政治教育的指导思想、基本原则和主要任务。《意见》特别强调要“大力加强大学生思想政治教育工作队伍建设”，“思想政治教育工作队伍是加强改进大学生思想政治教育的组织保证……辅导员班主任是大学生思想政治教育的骨干力量，辅导员按照党委的部署有针对性地开展思想政治教育活动，班主任负有在思想、学习和生活等方面指导学生的职责。要坚持正确的政治方向，加强思想道德修养，增强社会责任感，成为大学生健康成长的指导者和引路人”。在党和国家全局性文件中，如此明确地界定辅导员的地位和作用，将辅导员定位在“大学生健康成长的指导者和引路人”的角色上，可谓“史无前例”。《意见》特别要求要“完善大学生思想政治教育工作队伍的选拔、培养和管理机制……实施大学生思想政治教育队伍人才培养工程，建立思想政治教育人才培养基地。选拔推荐一批从事思想政治教育的骨干进一步深造，攻读思想政治教育相关专业的硕士、博士学位，学成后专职从事思想政治教育工作”。虽然没有用“职业化”的字样，但实际上正式提出了大学生思想政治教育工作者(辅导员)职业化的问题。值得关注的是，与以往相比，《意见》在辅导员队伍建设上出现了一些新提法：一是文件的关键词由传统的“思想政治工作”改为“思想政治教育”；二是将传统的“政治辅导员”改称为“辅导员”；三是提出了实施大学生思想政治教育队伍人才培养工程，建立思想政治教育人才培养基地的战略决策；四是明确提出把思想政治教育与教学、科研、社会服务工作结合起来，“同时部署，同时检查，同时评估”。这些新提法体现了与时俱进的精神，为加强和改进大学生思想政治教育提供了更为宽广的视野。
2005年1月13日，教育部出台16号文件的配套文件《关于加强和改进高等学校辅导员、班主任队伍建设的意见》，提出了专职辅导员要从党员教师和党员干部中选聘的原则，并明确了辅导员培养培训、工作发展等问题。《意见》提出“专职辅导员总体上按1∶200的比例配备，保证每个院(系)的每个年级都有一定数量的专职辅导员”。文件还特别提出了要大力加强辅导员、班主任的培训工作，教育行政管理部门和高校要制定辅导员、班主任培训规划，建立分层次、多形式的培训体系；切实为辅导员、班主任工作和发展提供政策保障，解决好评聘教师职务问题和职称评定问题，统筹规划专职辅导员发展问题，完善评优奖励制度等。为落实《意见》精神，2005年1月17～18日，中共中央召开了全国加强和改进大学生思想政治教育工作会议，胡锦涛总书记作了重要讲话，指出“要切实加强学校党政干部和共青团干部、思想政治理论课和哲学社会科学课教师、辅导员和班主任这三支队伍建设，特别要采取有力措施，按照政治强、业务精、纪律严、作风正的要求，着力建设一支高水平的辅导员和班主任队伍，使他们在学生思想政治教育中发挥更大作用”。再次重申了建设一支高水平的辅导员队伍在大学生思想政治教育中的重要作用。加强辅导员、班主任队伍建设，是加强改进大学生思想政治教育和维护高校稳定的重要组织保证和长效机制，对于全面贯彻党的教育方针，把大学生思想政治教育的各项任务落到实处，具有十分重要的意义。
特别是《意见》首次正式提出了高校辅导员队伍建设的“职业化”发展方向，指出“要统筹规划专职辅导员的发展，鼓励和支持一批骨干攻读相关学位和业务进修，长期从事辅导员工作，向职业化、专家化方向发展”。高校辅导员队伍建设“职业化”方向发展的提出，是我国高校辅导员制度建设的重要创新，使我国的辅导员队伍建设迈上了科学化与规范化的轨道，多年以来一直困扰辅导员队伍建设的一系列问题，将随着职业化的推进而得到解决。
2006年4月，教育部在上海召开了新中国成立以来第一次全国高校辅导员队伍建设会议，对新时期加强改进高校辅导员队伍建设做出了全面部署与安排，明确了辅导员的角色定位、工作定位和素质要求，明确了辅导员具有教师和行政管理干部的“双重身份”，实行学校和院系的“双重管理”，可以“双线晋升”教师专业技术职务和行政职务，待遇上不低于专业教师的平均水平，极大地拓展了辅导员的发展空间，这充分体现了党中央、国务院对高校辅导员队伍建设的高度重视。2006年5月20日教育部颁布了《普通高等学校辅导员队伍建设规定》，这是进入21世纪以来我国教育行政部门颁布的加强改进高校辅导员队伍建设的一个法规性文件。特别是《规定》从辅导员队伍建设职业化发展的要求出发，对高校辅导员的“要求与职责”、“配备与选拔”、“培养与发展”、“管理与考核”等相关问题都做出了明确的规定。《规定》的颁行，为高校辅导员职业化发展奠定了组织、制度、政策和条件保证，也使我国的高校辅导员制度丰富、发展、提升到了一个新的水平。随后，全国各地教育厅、高校教育工委纷纷召开省内高校辅导员队伍建设工作会议，落实中央和教育部有关文件的精神和要求。