六年之后（ 257－258），另一位罗马皇帝瓦勒良（ Valerian，253－260在位）又再实施严厉的迫害基督教的政策，禁止任何教会聚会，不少长老主教被处以极刑。在这次迫害中，居普良终於殉道了。幸好瓦勒良在位的时间不长，到260年，波斯大军击败罗马军队，瓦勒良被俘虏，迫害教会的政策遂告终止。
4．丢克理田的迫害。
可是，罗马帝国对基督教最惨烈的迫害还在后头呢。284年，前又曾提及的丢克理田继任罗马皇帝，他是一位英明的君主，极欲重振帝国昔日的声威，故致力於重整一个全国性的宗教信仰，从而强化中央对地方的监控。丢克理田严格执行迫害基督教的政策，下令禁止一切教会聚会；他比德修要聪明的地方，是将屠杀的对象集中在主教及长老等领袖之上，一方面力图将教会领导层彻底摧毁，另方面也起杀鸡效猴的作用，迫令信徒叛教。由於丢克理田的政令在英国、西班牙等西方地区中执行得不大彻底（此时帝国的中央权力已大不如前），所以西欧的基督徒没有受到太严酷的迫害；但其他地方如意大利、北非及东方各地的教会，则须面对悲惨的命运，大量信徒殉道，也有大量信徒叛教。如前所述，305年丢克理田自动退位，让康士坦丢·克罗如及加利流执政，迫害遂告终止。
5．反响：多纳徒主义的出现。
德修的迫害为教会带来了诺洼天主义，这次丢克理田的迫害同样令教会产生严重分裂，甚至比上次更严重。因为这次迫害的对象既集中在主教或教士身上，那叛教者便自然大多是教会的领导阶层了（我们不会天真地认为教会领袖的叛教率会较少吧？）。例如迦太基的主教孟苏里（ Mensurius， 311逝世）便与政府合作，在迫害期间停止举行聚会；罗马主教马撒拉路（Marcellinus，304逝世）更向政府缴出《圣经》。迫害过后，曾经叛教的主教也同样要求回到教会，他们有的甚至重任主教等领导角色，例如迦太基的副主教瑟西里安（Caecilian，约345逝世），在受迫害期间充任政府的纠察，防止有人运送食物给被囚的信徒; 但在迫害结束后不独官复原职，甚至接任孟苏里而成为迦太基的主教。这当然引起信徒强烈的不满。
由於这一次叛教的主要是教会领袖，故问题的焦点就不在於叛教者能否悔改，而是那些曾叛教的教会领袖所施行的水礼是否有效，及他们一贯声称的教会代表性了；换言之，如今招人质疑的不是个别的基督徒的真实性，而是圣礼与教会的合法性。当时，在迦太基有一位信徒名叫多纳徒（Donatus，约355逝世），他宣称曾经犯罪的教士所施行的圣礼是无效的，而失却圣洁本质的教会也不复是教会了。多纳徒与一群志同道合的人离开教会，另组新的教会，形成多纳徒派（Donatists）。这是另一次严重的教会分裂，对教会造成极大的负面影响。
多纳徒派对教会造成的困扰绵延了数百年之久。而在神学上为解决多纳徒主义（Donatism）的危机，作出最大贡献的一位教父，就是著名的奥古斯丁（Augustine of Hippo，有关他的生平与神学思想，详参第三课）。他曾花了十多年时间，与多纳徒派的信徒辩论，并因此而确立了他的教会论。简单而言，奥古斯丁针对多纳徒主义信徒对教会提出的两个指控——教会是圣洁的群体及有罪的教士所行的圣礼无效——作出答辩。
首先，奥古斯丁认为教会最重要的特质是爱而非圣洁。圣洁无疑是教会的理想，但却不可能成为教会的现实；教会永远不该放弃对圣洁的追求，但它现实上却又总会存在著不洁不义的事情。倘若我们不接纳教会有任何一丝的不洁，动辄以分裂为解决方法，那我们只会将教会不断分裂下去。一些年轻的理想主义者也许对以上的论调没有好感，但我们必须承认，这是极具智慧与现实的观点。
其次，奥氏认为圣礼的有效性，端在乎设立圣礼的耶稣基督，而不在乎施行圣礼的人。水礼及圣餐礼是由耶稣基督设立的，所以，圣礼是建立在耶稣基督的权能与命令之上。说个笑话，倘若圣礼的有效性乃取决於施行圣礼的人的圣洁程度，那当信徒在受水礼时，便应该先查问一下牧师的信德，以免所受的圣礼徒然无效，而非仅是让牧师来查问他的信德了。
奥氏花了十多年的时间来应付多纳徒派的挑战，在整个过程中不能用任何暴力手段，而必须是心平气和的理性论辩：因为多纳徒派的分裂，并非由於他们犯了甚麽错误，却是因著他们认定教会容纳犯错误的人，这行动本身是错误的。他们本身是振振有辞、理直气壮的。奥氏建立了一套持平而稳健的教会论，足以回应多纳徒派的提问。
君士坦丁继位及基督教的合法化
312年，君土坦丁在麦勒危安桥之役中，获启示靠此基督的名号而得胜。他在313年凯旋归来后，随即协同理吉纽颁布米兰上谕，容许宗教自由，给予基督教合法的地位，从此结束了二百多年迫害基督教的历史。对於这个帝国的政策的重大转变，历史学家一有不同的解说，他们都有兴趣研究君士坦丁要求罗马全国皈依基督教的，真正原因；一般而言，他们所提出的解说，都是政治性而非宗教性的。
事实上，罗马帝国一直奉行君主专制（寡头政治）的政治制度，这与多神主义的宗教思想是难以协调的。专制的君主除了藉政治与军事权力敉平群雄，使自己高高在上之外；他更要为长期保有这崇高地位与绝对权力，而赋予某个超越的、神圣的理由，於此[君权神授]。正合其所用。古代近东各国的皇帝，几乎无例外地，都用君权神提的观念来拱卫他们的政权。但是，君权神授的观念又必须以一神主义作为其前提：因为天界若非仅得一位神明，或至少有一位敉平群神的至高主宰，则这位神明可以授权给这位皇帝。另一位天神也可以同时授权给另一位皇帝。天若有二神，民便可有二主，那君权是否神授便都无所谓了，反正诉诸神明亦不会为皇权是否独一无二提供甚麽有效的支持。所以，多神宗教根本不容许君权神授的观念；绝对的君权若由神授，授权的本身亦必须是一位绝对的上帝。
其实柏拉图早已确定万物的源头是一而不是多，而他所提出的绝对理型（Absolute idea）也有强烈的一神主义的色彩，并导致了日后哲学上的一神主义（所谓[中期柏拉图主义] ，Middleplatonism）。自第二世纪开始，罗马君主亦开始意识到要寻觅一位全能至高的上帝，作高人间君主的终极担保人；他们曾经多番尝试，包括提倡太阳神的崇拜，可是始终没法成功建立一神信仰，扭转希罗文化长久以来信奉的多神主义。法国一位历史学家杜思里（ Par Alain Ducelliar）指出，君士坦丁之所以接受基督教，乃是数世纪以来罗马君主寻求一神宗教的终点。君士坦丁选择了基督教，作为拱卫君主制度的神圣理论，确立『普天之下，莫非王土』的思想。以上的解说相当符合情理。
一位美国的社会学家华来士（Anthony F．C． Wallace）曾提出所谓[重振运动] Revitalization Movement)的理论，亦有助於我们解释罗马帝国将基督教奉为国教的行动。根据这个理论，我们可以说，第三世纪罗马的传统文化与宗教已疲惫不堪，无法再为罗马社会提供任何发展的动力，并因此导致许多文化与社会的危机。罗马帝国上至君主下至平民，都知道必须为社会注入新的元素，使之复苏更新，否则无法脱困；而基督教作为一种生机勃勃的新兴宗教，正好为复兴罗马文化提供所需的精神动力。
以上两种说法其实是互相呼应的，它们都显示出，世俗君王主要是基於政治的目的，才批准基督教成为合法的宗教；他们也是出於政治的考虑，而进步将基督教奉为国教，用以整合全国人民的信仰。我们不能期望世俗君王会单纯以宗教的考虑去接纳一种信仰。因为个人皈依某个宗教，可以是私人的行为，也可以是纯粹的宗教决定；但批准某个宗教成为合法宗教就一定是政治的行为，而政治行为怀有政治目的，最理所当然的事。我们毋须认同政治人物的政治动机，却也毋须因其动机之不纯正，而否定他们所带来的成果。简言之，君土坦丁不可能因著爱主缘故，而将基督教奉为国教。
君士坦丁本人对基督教信奉到甚麽程度，实在是启人疑窦的。终其一生，他仍向太阳神献祭，而在临终前才接受基督教水礼。无论如何，他将基督教定为合法的宗教，并逐渐促使其攀升至国教的地位，对基督教日后的发展形态，起了关键性的作用。
君士坦丁在位期间，已有计划地取缔异教活动，包括私人献祭，关闭一些敌对基督教的庙宇，为基督教臻受国教的位置而铺路。君士坦丁又委任基督徒为政府顾问，免去教士扪的兵役及其他政治任务，他的儿子也是接受基督教教育的。由於当时信奉传统异教的人为数甚多，所以君士坦丁也不可能一下子作出大变动；他只是逐步增加基督教的影响力，并以各样方法诱导人改信基督教。例如326年，时值君士坦丁庆祝其登位二十周年，士兵们在邱彼特（Jupiter）神庙拜祭，为皇帝祝颂。此举触怒了君士坦丁，他随即严责士兵此行动不当；但因此却惹起贵族们的哗然，他们质问皇帝是否全面背弃了罗马传统的文化和宗教。我们看到，君士坦丁在此期间采取较飘忽的做法：一方面公开反对异教，另方面又长期允准异教存在；他既推举基督教，但同时又不敢贸然将之升格为国教。
君士坦丁的儿子君士坦丢（Constantius，337－361）即位后，开始执行较激烈的压抑异教的政策，包括在357年，挪掉国会的胜利祭坛。由於君士坦丢末几逝世，帝位由君士坦丁之侄犹利安（Julian）继任（361年）他锐意要复兴传统的希罗宗教，并禁止基督徒在学校教授文学。这可以说是传统异教信仰的反弹，并妨碍罗马帝国将基督教国教化；不过，这并未对基督教的发展造成太大的妨碍，特别是在民间，基督教已逐渐普及，成了人民最主要的宗教信仁仰，而异教信仰则逃不了式微的命运。在犹利安死后，基督教迅速重夺社会上的压倒性优势。授著是格拉典（Gratian, 349-379）及提阿多修一世（Thcodosius I, 379－395）相继当政，在米兰主教安波罗修（Ambrose of Milan，参页 110－111）的大力推动下，一切异教正式被官方全面禁止。经历四个世纪的艰苦奋斗，基督教终於成为罗马帝国唯一合法的宗教。
政教关系的变化
基督教成为国教，对其存在的形态自然产生巨大的影响;简言之，教会已从小教派（Sect）一变而成为教会（Chuch）了。
初期教会活在一个不友善的政治环境之下，只能关注到如何保存及开拓其生存与传福音的空间，无法主动地为它与主流的社会和文化的关系，作出任何的界定；外在的政治与社会的限制逐渐内化为信徒的自我限制，以致他们普遍存着一种辩护及防御性的心态，对外间事物采取怀疑与排斥的态度，敌我分明，排他性极强。初期教会对现世的看法非常消极，完全否认其中有任何正面的信仰意义，遑论妄想教会可以成为社会上的主流声音，影响主流文化了。教会要在社会中寻求生存空间，这是它与社会唯一的接触点。