计福特也参过军，在保皇派的部队当过少校。1647年，当保皇派的部队和菲福斯勋爵率领的国会派部队在伦敦东南边的迈士顿交战时。计福特被俘，成为俘虏。
本仁约翰在国会派的部队中，只是一员士兵，对于计福特曾任少校，甚为敬佩。本仁约翰所想知道的，是计福特如何脱下军装，出来事奉神的。计福特就向这位来聚会不久的本仁约翰，说出自己蒙恩得救的见证。
原来计福特是保皇派中的死硬派，曾参与策划英皇查理士一世的复辟，被俘之后被菲福斯勋爵判处死刑。与计福特同时被判极刑的，还有另外的11个军官。
当计福特说到这里的时候，本仁约翰就插嘴说，计福特牧师，请你说一下究竟你是如何大难不死呢？计福特说，我避过大难的神迹，正如使徒行传中彼得经历的神迹一样。计福特于是背诵使徒行传12章7至12节：“忽然有主的一个使者，站在旁边，屋里有光照耀。天使拍彼得的肋旁，拍醒了他，说，快快起来，那铁链就从他手上脱落下来。天使对他说，束上带子，穿上鞋。他就那样作。天使又说，披上外衣跟着我来。彼得就出来跟着他，不知道天使所作是真的，只当见了异象……”
本仁约翰很佩服计福特牧师一字不漏地背诵了整段经文，就对计福特说：你这么熟悉这段经文，说明这段经文和你的遭遇有雷同的地方，可否告诉我，你是怎样幸免极刑的？
计福特牧师告诉本仁约翰说，执刑的前夕，计福特的妹妹来到牢狱，她想在计福特死前，见哥哥最后的一面。她妹妹走进牢狱时，所有的警卫不是醉倒，就是酣睡，她宛如走入无人地带。而计福特也像当年的彼得，以为自己是在梦中，计福特兄妹两人就这样毫无阻挠地走出了监牢的大门。
计福特逃出监狱后，在沟渠里匿藏了3天，没有食物可吃，只靠沟水维生，然后白天藏在田间，晚上才往北方爬行，一直逃到培得福。计福特蒙神拯救之后，就忘记了神的恩典。计福特在培得福任药剂师时，仍放荡堕落，忘记神救命的恩典。有一天，他在赌博中输了钱，在恼羞成怒时，竟亵渎侮慢神。突然间神光照了他，计福特看到自己的污秽罪恶，急忙跪在地上。他就这样悔改了。计福特牧师接着对本仁约翰说：“每当一个人寻求神，神也在寻找他。”
计福特牧师得救之后，就放弃药剂师的职业，与另外10个清心爱主的人寻求神的心意。1650年，这11个信徒在培得福成立了一间教堂，弟兄们并拥戴计福特为牧师。所谓自由教堂，乃是不受英国国教圣公会的管辖。计福特带领的教会，一开始并没有合适的会所。
在培得福有一间古老的教堂，有300多年的悠久历史。1633年丹尼斯牧师卸任后，由克劳力牧师接任。1647年，克劳力牧师突然被教堂的管理委员会辞退。辞退详情无法知道，可能是管理委员会受到国会派和清教徒的影响，不愿意与亲近英国国教的克劳力牧师续约。
1653年，计福特牧师征得圣约翰教堂管理委员会的同意，让他们教会的人可以在圣约翰教堂作礼拜，计福特也被圣约翰教堂委员会确认为继任克劳力的牧师。
这一年，本仁约翰正式提出要求，要加入计福特牧师主持的教堂。那间教堂有一个惯例，就是每个新会友要作见证，公开叙述他蒙恩得救的经过。
本仁约翰于是战战兢兢地在众信徒面前，作了长时间的、冗长的陈述。计福特牧师听完本仁约翰的见证后，对本仁约翰说，你蒙恩的经历说得很详尽，并且很令人感动。你给人一个感觉，就是你善于表达你自己，你实在有表达内心意念的恩赐。希望你的口才能用来传扬基督，用来领人归向基督。
本仁约翰心中暗暗思忖，我是一个以补锅谋生的粗人，我怎么可能有一天成为传道人呢？
在同一年（1653年），计福特牧师在奥斯河的河边，为本仁约翰施浸。借着受浸，本仁约翰见证他与世界的分别。从今以后，向着罪他是埋葬了，旧人也埋葬了，他得着了复活的永远的生命。
1654年4月14日，本仁约翰的妻子玛丽再生下一个女儿伊利沙伯，别名菩西。那段日子，本仁约翰经常到培得福找计福特牧师，向计福特讨教属灵的问题。
1655年初，本仁约翰仍然以补锅子来维持自己的生计；另一方面，他在教会的服事越来越多，成为计福特牧师的好帮手。在这一年，他被计福特牧师和弟兄姊妹们确认为教会的执事。为了在事奉上更方便，本仁约翰带着他谋生的工具，以及家里一些必需品，全家搬到培得福来。
前文说过，计福特牧师发现本仁约翰有讲道的恩赐。本仁约翰天生口齿伶俐，思路分明，说起话来，很有恩赐，得救之后，神的灵与他同在，他的心非常火热，迫切地要将福音传给未信的人。下面是本仁约翰记述自己开始讲道的过程：
“在此我要简述我讲道的经过。原来我从迷梦中醒过来已有五六年，我认识到主耶稣基督的价值，也看到我是何等的需要他。因此我愿意把我从主所领受的，与别人分享，使众人也能得着属灵的帮助。这样，弟兄姊妹知道我有负担，就请我在他们聚会的时候对他们讲道。
“起初我不敢接受邀请，可是经不起弟兄们再三的邀请，便答应他们的邀请。我到他们中间去讲了两三次道，渐渐地发现了自己讲道的恩赐，他们也都诚恳地表示他们听了我所讲的道，都受了感动，都得了安慰，并且感谢神赐下我这样的器皿。
“在弟兄们中间，有人听了我讲道以后就叫我与他们同往乡下讲道。我只习惯在家庭聚会中，对着较少的人讲道，那些乡下人听了，都表示得着益处，里面充满了喜乐。”
计福特牧师带领的聚会，属浸信会。他们敬虔爱主，常常禁食祷告。他们不像当年的英国国教，容纳还未清楚重生的人；在接纳信徒加入教会的程序上，他们采取严谨的态度。他们同时注重信徒在灵性上的操练；又经常探望信徒，并带领信徒参与教会的事奉。那教会虽是浸信会，但却接纳信主重生而没有行浸水礼的信徒。本仁约翰曾谈过：“我们绝对不会让浸礼破坏教会的合一，不会让浸礼成为教会的规条，成为拦阻人进入教会的门闩，或把浸礼作为分隔基督徒的墙垣。”
计福特牧师这时候身体欠佳，卧病在床，经常需要本仁约翰代他站讲台。本仁约翰在讲道前，总是起草一个讲道大纲，并预先请计福特过目。计福特对本仁约翰的指点很简单：“你的家里已有一位聪慧的妻子玛丽，假若你所讲的，连玛丽这么聪明的人都听不懂，遑论其它会众了。”
1655年9月，一直在灵性上帮助本仁约翰的计福特牧师突然病逝，当时本仁约翰内心的悲痛是可想而知的。
1656年1月，培得福的聚会聘请了一位新牧师伯顿。伯顿并没有进过大学，没有受过正规的教育，为人敬虔，只是身体衰弱。这样一来，本仁约翰就要在各方面帮助伯顿牧师，包括分担讲道的责任。
本仁约翰讲道时，总是感到自己是世界上最不配蒙恩的人，他常说自己好比是从死人堆中出来的一名福音使者，脚拖钌铐、手戴锁链讲道。他叫人要逃避地狱的火，逃避那永世的沉沦。
率领国会派的军队的克伦威尔于1648年得胜之后，清教徒的影响力大大增加。
原来的英国国教，在英国皇帝查理士一世的支持下，作风渐渐倾向天主教，全部抄袭中世纪罗马教廷的专制管治制度。清教徒素来反对这些中世纪罗马教廷的专横作风，坚持《圣经》的权威性。
早在1642年，即克伦威尔和英国王室爆发内战的前夕，尽管清教徒受到英国王室和英国国教的双重逼迫，各地信徒自发的聚会反而日益增加。在伦敦及中部一带，共有80处不同的家庭聚会，内中包括本仁约翰参加的计福特牧师主持的聚会。
克伦威尔得势之后，就着手消灭英国的君主制度，于1649年1月30日将查理士一世斩首。1653年，议会隆重宣告，不许以任何形式强迫人民加入英国国教，声称：“凡奉耶稣基督的名信神的，虽然在教义上，或敬拜形式上，或教会管理制度上，各持不同的意见，但不得因此受管制。在信仰和宗教奉行方面，人民一律受到保护，好叫公共治安得以维持，而公民权利得着保障。”
在宣言里，罗马教廷奉行的教皇制度，以及英国国教奉行的主教监管制度，则不在受保障之列。那时期国会的会议桌上放着一本《圣经》，以《圣经》为国家法律的基础，并为国家生命的真髓。凡作长官的都必须是敬虔的基督徒，骂人、醉酒和作一切不圣洁的事的，都一律被认定是犯法；全国赌场、酒吧、剧院都关了门。英国成为欧洲大陆受天主教迫害的人的避难所，更成为更正教的堡垒。克伦威尔执政的时期，英国大受神的祝福，出现了许多基督教杰出的传道人，内中有约翰·欧文、约翰·豪尔、巴斯特、多马·古得文；此外，还有贵格会的创始人佐治·费克斯和本文的主角本仁约翰。
在本仁约翰的著作中，对贵格会的作风和教义，甚有微言，实际上其中有某些误解。
当佐治·弗克斯刚刚出来事奉的时候，英国的浮嚣派大行其道。浮嚣派推行的学说，几乎淹没了整个英国。
有一个英国法官对佐治·费克斯说：“假使神没有兴起你去传布生命之光的道理，全英国必会为浮嚣派的主张所淹没，而英国的法律必无法制止浮嚣派，因为他们必将有和更正教相似的言行，却保持着他们偏差的学说。”现在佐治·弗克斯所传的真理，既可以更正他们的学说，也可以动摇他们的根基。“
在佐治·弗克斯的自传中，佐治·弗克斯叙述了他和浮嚣派的头目巴洛兹之间，有许多的争辩。
这些浮嚣派结果被克伦威尔的政府所取缔，而被迫蔽隐在贵格会的旗帜下。巴洛兹于是也说自己是贵格会。
1656年，巴洛兹来到培得福的高街讲道。本仁约翰也前去听道。虽然巴洛兹已从浮嚣派，摇身一变成为贵格会的信徒，但是仍不脱浮嚣派的本色。巴洛兹夸夸其谈，口若悬河，听起来很有说服力，本仁约翰却认为这些道理偏离《圣经》，若被巴洛兹说得似是而非，简直是太危险了。
当巴洛兹讲道的时候，本仁约翰当时在场，再也无法克制自己，公开驳斥巴洛兹。起初巴洛兹蔑视本仁约翰，不把本仁约翰看在眼里。到了本仁约翰引用经文逐点驳斥巴洛兹的时候，巴洛兹才暴跳如雷。巴洛兹大声喊道：“这个从地狱里跑出来的麻烦鬼是谁？”
这事之后，每当本仁约翰在教堂外进行露天布道时，浮嚣派的人就来捣乱。本仁约翰和浮嚣派的论战最后演变到一个阶段，本仁约翰觉得单是口头上的辩论还不够有力，必须采用白纸黑字的单张。在伯顿牧师的鼓励下，身为补锅匠的本仁约翰，写出了第一份单张《一些福音真理的阐明》。伯顿牧师为本仁约翰的单张写了《序言》，而本仁约翰在新港·巴奈的一位老朋友马太·高力则负责印刷。
1658年，一向支持清教徒的英国统治者克伦威尔突然逝世，英国保皇派以及一部份国会议员，群起要求英国恢复君主制度。许多独立教派的基督徒人心惶惶，深恐英国又回到英国国教的专制宗教制度的管辖下。
1659年，本仁约翰遭受到另一项沉重的打击，多年来支持他、爱护他、为他分忧的妻子玛丽病逝，遗下4个孩子给本仁约翰。
玛丽逝世之后，有一个18岁的女孩子，名叫伊利沙伯，经常到本仁约翰的家里，代他照顾4个孩子——瞎眼的大女儿玛丽、二女儿伊利沙伯、儿子小约翰和多马。4个孩子在伊利沙伯的照料下，个个都服服贴贴，显示了伊利沙伯具有母性的天分和爱心。这时本仁约翰已30岁，比伊利沙伯大12岁，他发现自己已爱上了伊利沙伯，就向伊利沙伯求婚，两人于是结为夫妇。4个孩子也很乐意接受伊利沙伯为他们的新妈妈。
1659年5月，本仁约翰应邀到剑桥以西五英里的一个小村落杜夫特讲道。讲道的地点是杜夫特村大街旁恩格先生农庄上的谷仓。那一天，本仁约翰读的经文是提摩太前书4章16节：“你要谨慎自己和自己的教训，要在这些事上恒心，因为这样行，又能救自己，又能救听你的人。”本仁约翰讲道时说，他深知那天在座听道的人绝大多数是未信主的人。
本仁约翰讲完道时，一位剑桥大学的阿拉伯文教授兼大学图书馆馆长多马·史密斯博士站起来，用很傲慢的态度诘问本仁约翰：“你根据什么，这样大胆地断定在座的大部份人仍未清楚重生得救？”
本仁约翰答说，他讲的道是根据主耶稣在马太福音13章说的撒种的比喻，种子撒下的时候，落在四种不同的地方，有落在路旁的，有落在土浅石头地上的，有落在荆棘里的，有落在好土里的。本仁约翰说，他从主耶稣的比喻，知道世间大部分人是未清楚得救的。
史密斯凭持自己具有渊博的学问，带着恃才傲物的雄辩姿态，追问本仁约翰，哪间教会差派你到杜夫特村讲道？本仁约翰答称，培得福的教会。
史密斯又不客气地说，什么培得福的教会，这是一群平信徒结合的聚会，他们根本无权力差派一个补锅匠出外讲道。由于史密斯已经对本仁约翰进行人身攻击，双方也就不欢而散。
事后，史密斯教授仍不肯善罢罢休，仍然用很尖锐的笔调发表文章攻击本仁约翰。本仁约翰对史密斯的挑战不予响应，靠主恩典，表现了基督徒忍耐的美德。
这时候，有两位剑桥大学的学者挺身而出，为本仁约翰的公开讲道辩护，一位是约翰·丹恩，另一位是威廉·丹尔牧师。威廉·丹尔更以实际的行动，来支持本仁约翰，他邀请本仁约翰到他在耶尔登的教堂讲道。
1660年5月29日，查理士王子从荷兰回到英国首都伦敦，登上王位，是为查理土二世。查理士二世巩固了权力和地位之后，就开始清算从前处死他父亲查理士一世的国会派成员。对清教徒的迫害逼在眉睫，个个岌岌可危。而英国国教的权威地位也随王朝被恢复过来。
1660年9月，培得福的聚会由于不是英国国教认可的教会，不是依照英国国教的礼拜方式，不是由英国国教的神职人员主持聚会，因此不得再借用圣约翰礼拜堂聚集崇拜。
同一时期，英国国教进行一次神职人员的过滤和清洗运动，有无数教牧人员被免去职位，不过也有一些传道人和牧师，自动和英国国教划清界限。他们不愿意依照英国国教的礼拜方式，特别是不肯依例诵读英国国教的公祷文。
本仁约翰的聚会场所被迫迁移到约翰·费恩在高街的住宅，聚会的人数约200位，内中包括那几位当初带领本仁约翰信主的姊妹。