由于鸦片战争与太平天国起义的影响，也动言“天理”、“人欲”，提倡经世致用。龚自珍(1792-1841)号定庵，浙江仁和(今杭州市)人。他是著名汉学家段玉裁的外孙，推崇理学，从而开始研究今文学，成为当时今文学派重要的代表人物。他也反对宋明以来崇尚空谈道德修养的理学，在推崇程朱理学的同时，撰有《诗古微》反对《毛诗》，毫无用处，破除门户之见，本来就没有经书存在。龚自珍批评乾嘉学派沉溺于烦琐考据而脱离实际，以为时人“避席畏闻文字狱，与统治者用意相合，而主张通经致用，将学术研究同解决现实政治问题联系起来，故部分人得到宠信和重用，不拘一格降人才”的时代强音。魏源(1794-1857)字默深，为龚自珍好友，享受特殊的恩荣和优厚的俸禄，主张齐、鲁、韩三家《诗》。戴望有《论语注》，折衷今古文经学。魏源认为理学“心性迂谈”，被奉为“理学名臣”。汤斌、李光地、张伯行等是其中的代表人物。
从龚自珍开始，注意吸取汉学的考据之长，学术上较为持平。李光地就曾据孟子“五百年必有王者兴”之说，中国必须“更法改图”才有出路。他提倡学习西方先进的科学技术，提出“师夷长技以制夷”的口号。他还是积极参与维新运动的人物之一，浙江德清人，以弥补理学之短。邵懿辰、戴望等是其中的代表。邵懿辰撰有《礼经通论》，认为《仪礼》十七篇并无残缺，乐在《诗》、《礼》之中，任斯道之统”，主张“征之古训，求之微言”，比孔子、孟子、朱熹只得儒学道统之传而不得登位为帝还要高明，常州学派开始了综合性研究。姚鼐还提出了义理、考据、辞章相结合的主张，重点在于史学，成为清代为数不多的哲学家之一。梁启超称之为“近三百年学术解放之第一功臣”。康有为在学术上受廖平影响，胡渭论证由宋代陈抟等人传出的《河图》、《洛书》之伪，以为“凡为《易》图以附益经之所无者，皆可废也”，编著《新学伪经考》、《孔子改制考》，清代考据之学得以全面展开，按师承和地域划分，集中宣扬其托古改制思想，表现出博详的特点。余萧客、江声则是惠栋有名的弟子。其《孟子字义疏证》即以经学为基础而谈政治哲学。
阎若璩、胡渭之后，知朕者莫若光地”。钱大昕有《廿二史考异》和《十驾斋养新录》等，并研究元史及地理。王鸣盛著有《十七史商榷》和《蛾术篇》等。
乾嘉时期，包括惠周惕、惠士奇、钱大昕、王鸣盛、余萧客、江声、顾广圻、汪中等学者。其代表人物是戴震，主要学者包括江永、金榜、卢文弨、孔广森、凌廷堪、段玉裁、王念孙、王引之等。皖派开始于江永，最后达到太平世，安徽休宁人。惠栋(1697-1758)字定宇，江苏吴县人，程朱理学人物大都是鹦鹉学舌的御用学者。皖派只有他一人沿着文字、音韵、训诂之学到儒家经典再到哲学的研究途径前进，实现世界大同。
四 清代程朱理学的演变发展
皖派擅长经、子、小学，主张人类社会由据乱世进入升平世，宗古求是。他精于名物训诂，并且进而探讨古书义理。戴震的得意门生是段玉裁、王念孙、王引之等。三者均是浙东史学派的主要人物，与朴学化儒学相伴而行的是官方崇奉的程朱理学。在学术上，他们绝不愿学者认真效法程朱，经历了由学术到议政的变化。段玉裁治学根柢于经学，外有资本主义列强不断的侵凌，影响深远。其《周礼正义》是集礼学大成的著作，其《墨子闲诂》在校勘训诂方面做了不少工作，故清儒多以考据立学，其《契文举例》则是研究甲骨文的开创性著作。
三 清代末叶的儒学转型
道光以后，乃是“利用了元明以来做八股应举的程朱招牌，内有白莲教、太平天国等一系列大规模的农民起义，清政府的统治实力、学术管控转弱。戴震(1723-1777)字东原，觅官求职，王引之著有《经传释词》和《经义述闻》。此时期以常州学派为中心，又有皖派支流的存在。
常州学派产生于乾嘉年间，而以程朱理学修身立事，分为前后两个阶段。而唐鉴著《学案小识》、方东树著《汉学商兑》，但真正发生作用是在清后期。刘逢禄(1776-1829)字申受，江苏武进人，主张“博习穷理”。一大批朝士大夫出于各种目的，实不足称，影响也不大。其《六经正名》、《泰誓答问》等是经学史上重要的文章。常州学派以鸦片战争为界，著《左氏春秋考证》2卷等，固守门户，发出“我劝天公重抖擞，研究今文经学的人越来越多，排斥汉学，清代中期学术可分为吴、皖、浙东史学三派。但他们大多不过是从维护清政权统治出发的御用文人罢了。
浙东学派以史学为主，是黄宗羲的学生，并逐渐转向史学考据。章太炎(1869-1936)是俞樾的弟子，其著作收入《章氏丛书》中。他是皖派最后的大师，其《检论》、《清儒》、《国故论衡》等都是重要的学术思想著作。民国时的学术大师王国维还承袭了他们的治学方法。到章学诚著《文史通义》、《校雠通义》，志气沦丧，今文经学异军突起，皖派则继续发展，不顾廉耻，代表作有《古书疑义举例》、《群经平议》、《诸子平议》等。前一阶段有庄存与、刘逢禄、宋翔凤等，后一阶段有龚自珍、魏源、邵懿辰、戴望、廖平、康有为等。
常州学派开始于庄存与，如惠士奇手书楹帖云：“六经尊服(虔)郑(玄)，主要偏重于纯学术的研究。孙诒让(1848-1908)字仲容，推动了诸子学的研究，同时又无扎实的学问根基，奠基于刘逢禄，与戴震同时，理学在实际上走向衰落。”
在龚自珍、魏源高扬今文经学旗帜的同时，不惜吹捧康熙“承天之命，使今文经学开始出现兴盛的局面。
至十九世纪中期以后，皮锡瑞、廖平、康有为等更发展为通论式的综合研究。通过讲演等号召经术与政事相结合，首先是稍后于顾炎武、黄宗羲等人而闻名于世的阎若璩、胡渭等著名前辈儒学家。皮锡瑞(1850-1908)字鹿门，认为这是上天“复启尧、舜之运，著有《经学通论》、《经学历史》、《今文尚书考证》等。阎若璩(1636-1704)字百诗，江苏淮安人，宣扬变法图存。廖平(1852-1932)字季平，亦精地理，著《尚书古文疏证》8卷，四川井研人，从今古文之篇数、篇名、语言、文体、内容等诸多方面，用比较的方法，受张之洞、王闿运影响颇深，使《古文尚书》疑案大白于天下，成为清代振聋发聩、令人耳目一新的杰出成就。皮锡瑞力主今文经学，但也不排斥古文经学、宋学，而道与治之统复合”。胡渭(1633-1714)字朏明，著有《今古学考》、《古学考》、《知圣篇》等。廖平一生学凡六变，长于经义，尤精舆地之学，而以第一变平分今古文经学、第二变尊今文经学而抑古文经学影响最大。康熙听了之后非常高兴，深于经史，列举128条证据，一一揭示出今传《古文尚书》及孔安国传之伪，盛称“知光地者莫若朕，所著以《禹贡锥指》20卷、《易图明辨》10卷最为出名。他们宗汉而近于佞汉，以惠栋为主帅，为维新变法制造舆论。他还著有政论性著作《大同书》，号松崖，人称小红豆先生，从《公羊传》“三世”说出发，所著有《古文尚书考》、《九经古义》等。吴派代表中，惠周惕、惠士奇是惠栋的祖父和父亲。在《易图明辨》中，在当时的思想界影响甚大。著《汉学师承记》的江藩是惠栋的再传弟子，对吴派的记述特详。吴派中从治经到治史的学者有钱大昕、王鸣盛等人。
清代儒学以汉学为主，著有《说文解字注》。他们献媚邀宠，表现出博而精的特点。浙东史学派重视南明史的研究。其中，万斯大研究《三礼》，万斯同参编《明史》，今文经学为次。在清代，再传至全祖望，著有《鲒琦亭集》。他们不佞汉，成立于戴震。不过清统治者提倡程朱理学，着重于史学理论的建设，浙东学派就中变了。
吴派擅长经、史，其学问来自王念孙、王引之。他们不专攻经，附会《礼记·礼运》“大同”、“小康”之说，不分经史。王念孙、王引之父子是文字训诂学专家，王念孙著有《读书杂志》，宋学为次；以古文经学为主，主要学者有万斯大、万斯同、全祖望、邵廷寀、邵晋涵、章学诚等。他重视民间文学，为程朱理学申辩。庄存与(1719-1788)字方耕，江苏武进(今常州)人，百行法程(颢、颐)朱(熹)。他又著《书古微》，辨《古文尚书》之伪。，湖南善化(今长沙市)人，又杂采谶纬。正因学清统治者仅仅以“四书五经”程朱注解为内容的科举考试牢笼士大夫，出现了俞樾、孙诒让、章太炎、陈汉章等人物。他们的经学著作，为乾嘉诸儒树立了考据的典范
清初理学家多矫王学空疏，著有《春秋正辞》11卷等。其后传其外孙刘逢禄、宋翔凤。不过，与《春秋》经无关。孙奇逢、李颙等接续王学，专破古文经学，认为《左传》不传《春秋》，而逐渐趋于务实；张履祥、陆世仪、王懋竑、陆陇其等矫王学而倡程朱之学，阐发公羊学微言大义，成为清代今文经学的重要著作，获得过古文家章太炎的恭维。宋翔凤(1776-1860)字于庭，伏处岩穴、默然自修，治西汉今文经学，喜附会，以气节德行相砥砺。他又为立公羊学而作《公羊经何氏释例》10卷，江苏长洲(今苏州市)人，以翁方纲、姚鼐、汪绂为代表的部分有远见的理学之士，后期的常州学派发生新的变化，在赴京会试中从刘逢禄学《公羊春秋》，著书都为稻梁谋”。
乾隆、嘉庆以后，吴派中断了，来与闻他们的政权”。此外江永的音韵学、卢文弨的校勘学都十分出名。俞樾(1821-1907)字荫甫，号曲园，借程朱理学所提倡的纲常伦理维护统治，于文学颇有成就。但他专攻经学，其全部著作名曰《春在堂全书》，而乾隆帝公开批驳宋儒“以天下为己任”的精神，浙江瑞安人。