由于大暴雨稳定而持续在建溪、富屯溪的中上游，且出现多个雨峰，导致各站洪水过程出现多个洪峰。建溪七里街站洪水过程出现了8个洪峰，洪水于13日2时开始上涨。13日3时超过警戒水位。此后，除19日2~8时外，一直维持高水位，直至26日18时才回落到警戒水位以下，历时长达311小时，时间之长为实测记录之首。主峰出现在22日9时30分，洪峰水位108.37毫米，相应流量21600立方米/秒。富屯溪洋口站洪水过程出现7个洪峰，洪水于14日15时超过警戒水位，直至27日21时始终维持高水位，历时长达294小时，亦为实测记录之首。主峰出现在2日23时36分，洪峰水位116.88米，相应流量13200立方米/秒。
由于建溪、富屯溪均为多峰型洪水过程，洪水汇入干流后，干流洪水也出现多个洪峰。延福门站洪水过程出现7个洪峰，洪水于12日上涨，23日3时18分出现最高洪水位为79.51米。下游控制站竹歧站洪水过程受水口水库调蓄影响，不同于天然状态，但也出现6个洪峰，主峰于23日14时出现，洪峰水位16.95米，相应流量33800立方米/秒。
本次洪水峰高量大，富屯溪洋口洪峰流量为13200立方米/秒。重现期为50年一遇。最大1~15天洪量重现期为50~70年，建溪七里街站洪峰流量21600立方米/秒，重现期约为150年。各时段洪量重现期超过230年。干流竹歧站洪峰流量为33800立方米/秒，重现期约为100年，各时段洪量重现期为60~100年。
1998年6月福建省受灾人口597.6万，死亡126人，农田受灾面积65.8万公顷，有14个县城进水，倒塌房屋67万间，直接经济损失82.8亿元。
1999年7月太湖流域特大洪水
太湖流域1999年梅雨期自6月7日入梅至7月29日出梅，历时43天。其间有3次集中降雨过程，分别为6月7~11日、6月15~17日、6月23日至7月1日，其中6月23日至7月1日降雨过程是造成太湖流域洪涝灾害的主要因素。该年梅雨量达668.5毫米，为常年的3倍。暴雨中心浙江访贤，雨量达1045毫米，雨量由南向北递减，最小点雨量镇江只有325.0毫米，空间分布极不均匀。长兴平原雨量为900~1000毫米，浙西山区雨量为750~900毫米，淀泖、上海地区雨量为700~800毫米，杭嘉湖雨量为600~750毫米，江苏的湖西、澄锡虞和阳澄地区雨量为400~600毫米。
1999年降雨强度较大，全流域最大7天、30天、90天雨量重现期在150~200年。该年暴雨期的暴雨中心自上游到下游，上游来水和暴雨中心移动一致形成洪水叠加，又恰逢下游高潮顶托，致使下游地区水位不断提高，造成最高历史水位。
1999年太湖水位由6月7日水位2.97米开始上涨，11日水位3.53米，就突破警戒水位（3.50米），6月23日以后发生长历时强降水，水位迅速上涨，27日水位突破4米，7月1日突破设计水位，达4.68米，7月3日突破历史最高纪录（1991年4.79米）达4.83米，7月8日出现年最高水位4.97米。在4.97米以上的高水位一直持续到7月15日，7月21日降至设计水位以下，8月6日水位降到4米以下。8月中旬水位再次上涨，9月2日出现第二个峰值4.27米，以后逐日下降，至9月30日，太湖水位降至警戒水位以下。
1999年太湖流域东苕溪、长兴平原、杭嘉湖区、浦西、浦东、淀泖以及太湖周边地区代表站水位普遍接近或超过历史纪录。太湖洪水涨幅达2米，最高水位4.97米，为20世纪太湖流域实测最大洪水。该年洪水最高水位持续时间长，超警戒水位112天。超过4米合计的有60天，超4.65米设计水位达21天，超历史最高水位13天。
1999年太湖洪水使江苏苏南地区、浙江省杭嘉湖地区和上海市共有49县（市、区），746万人受灾，许多县以上城镇不同程度进水受淹，倒塌房屋3.8万间；受淹农田68.73万公顷，减产粮食91万吨；17552工矿企业停产，公路中断341条次；损坏江堤8138千米，直接经济损失141.25亿元。
珠江流域重大洪水灾害
珠江支流西江、北江、东江汛期略有差别，西江、北江洪峰遭遇机会不多，但一旦两江大洪水发生遭遇则形成特大洪水。
1949年7月西江大洪水
自1949年6月22日开始，西江水系不断出现大雨或暴雨，至30日降雨基本结束，历时9天。在整个降雨过程中，暴雨比较集中的有两个阶段：6月22~23日和27~30日。
次雨量大于200毫米的雨区主要分布在桂江、柳江、红水河水系，暴雨中心位于柳江上游融江、洛清江及桂江水系，融安、灵川、昭平次雨量均超过500毫米，永福站达582.9毫米。
1949年西江干流洪水峰高量大。梧州站从6月23日开始起涨，至7月16日尚未落平又复起涨。7月5日梧州站出现最高水位25.55米（珠江基面），相应流量48900立方米／秒。主峰段峰型平缓，流量超过46000立方米／秒的历时持续7天，流量超过40000立方米／秒的历时11天。
西江上游干流红水河及支流柳江、郁江、桂江普遍发生大洪水，于6月22日前后开始涨水，柳江和红水河出现双峰过程，各支流在6月30日前后出现年最大洪峰。
20世纪90年代以前，西江梧州站近百年来最大洪水为1915年、1949年，90年代以后西江连续发生1994年、1998年大洪水，且其洪峰流量超过了1949年，1949年洪峰流量退居第4位，但其7天、15天、30天洪量在这4次大洪水中均居第1位。支流洪水洪峰流量重现期均不超过20年一遇。
1949年7月珠江洪水给广东、广西造成严重水灾。广西受灾30余县，灾民230万，淹没农田22.67万公顷，其中浔江河段灾情尤为严重，桂平、平南、藤县、苍梧4县受淹农田5.93万公顷，梧州受淹达半月之久，主要街道水深5~6米，全市90％以上的房屋被淹在洪水中。
广东省“各大基围莫不先后崩决”，据估计，淹死人口7万余。珠江三角洲受灾面积16.67万公顷，灾民140多万人。
2005年6月珠江流域特大洪水
2005年6月中下旬珠江流域普降大雨或暴雨，6月17~21日，珠江流域的广东大部、广西东部北部先后出现持续5天强降水，主要暴雨区一个位于西江的黔江和浔江，暴雨中心象州站5天雨量611毫米，另一个位于惠州、河源地区，暴雨中心5天雨量惠州龙门站1153毫米，5天雨量200毫米以上笼罩面积6.4万平方千米。与此同时，福建南平、三明和江西抚州地区也连降暴雨或大暴雨，暴雨中心5天雨量三明建宁站793毫米。本次降雨历时长，范围广，地区分布不均匀，暴雨强度大而集中，如东江龙门站最大6小时点雨量达235毫米，超过了1981年的历史最大值203.4毫米。
受降雨影响，加上西江暴雨区移动路径与河流走向相一致，珠江流域发生大洪水，西江中下游发生特大洪水，部分干支流发生超历史记录的洪水，其他河流则为常遇洪水。6月12~20日暴雨区各河相继涨水，并于19~24日出现最大洪峰。
西江干流武宣站6月22日10时洪峰水位62.85米，洪峰流量39700立方米／秒，均大于“98·6”洪水；大湟江口站6月16日8时起涨，受上下游溃堤和堤围漫顶的影响，23日5时出现洪峰水位37.54米，超过了1994年的历史最高水位0.02米，列1951年以来第1位，洪峰流量42400立方米／秒；梧州站6月23日10时洪峰水位26.75米，超过1998年而次于1915年，列1900年以来第2位，洪峰流量53900立方米／秒；高要站6月24日6时洪峰水位12.68米，洪峰流量56300立方米／秒，超过了1998年的历史最大流量52600立方米／秒，列1931年以来第1位。
受西江、北江来水及潮汐顶托的共同影响，珠江三角洲马口站6月24日17时洪峰水位8.97米，洪峰流量52100立方米／秒，超过了1994年的历史最大流量47000立方米／秒，列1915年以来第1位；三水站6月24日17时洪峰水位9.20米，洪峰流量16400立方米／秒，超过了1994年的历史最大流量16200立方米／秒，列1946年以来第1位；西江、北江洪水汇入珠江三角洲以后，与天文大潮相遭遇，致使6条入海水道部分测站超过历史最高潮位0.01~0.21米。
西江支流蒙江太平站6月21日洪峰水位43.03米，洪峰流量8620立方米／秒，超过2002年，均列1953年以来第1位。东江支流利江新源站6月23日洪峰水位85.31米，超过1983年，列1976年以来第1位；新丰江顺天站6月23日洪峰水位117.78米，超过1974年，列1957年以来第1位。
2005年6月珠江洪水造成广西境内西江沿江地区严重洪涝灾害。桂林、梧州等9个县城一度进水受淹。长塘水库（小二型）坝体过水垮坝。广西68个县共776.1万人受灾，农作物受灾面积43.4万公顷，绝收面积13.2万公顷，因灾死亡56人，倒塌房屋17.72万间，直接经济损失77亿元，其中水利工程直接经济损失11.0亿元。广东有8个县城一度进水受淹，部分地区发生了较严重的洪涝灾害。水流礤水库（小二型）溢顶垮坝。京九铁路龙川至惠州区间一度中断。广东农作物受灾面积21.7万公顷，成灾12.7万公顷，受灾人口445.97万人，因灾死亡65人，倒塌房屋5.41万间，直接经济损失47.72亿元，其中水利工程直接经济损失10.47亿元。