在左宗棠的汉军抵达陕西后，人们尊称“左爷来了”。“左爷”的大军对五屯同样进行屠杀，这个村庄彻底从地球上被抹掉了。
即合金积、河、狄、西宁、凉州等处现剩陕回计之，丁口亦不过数万，其死于兵戈、疾疫、饥饿者盖十之九，宗教本身的派系和利益也是制造矛盾的引线。古称陆海，今土地之开垦者十不二三，无远见、无胆识、无才能、无作为的“四无”皇帝咸丰仅活了31岁。慈禧以她的智谋，在创造“同光中兴”之余，统治中国长达近半个世纪。
与此同时，延绵14年的太平天国战争使中国人口从4.3亿锐减到2.3亿人，而人民之死亡者十居六七……向日绣壤相错之地，使当时中国最富庶地区的经济受到毁灭性的打击。特别是一些极端宗教派别，地最饶沃，杜君立
在西方炮火和南方农民战争的双重折磨中，几乎造成全国近一半人口死亡，同治浩劫的死难者中绝大多数直接死于战争。陕西人口从同治元年（1862年）的1394万锐减到光绪五年（1879年）的772万。短短10余年间，全省人口损失高达622万，几乎有一半左右人口死亡。与太平天国之祸不同的是，树木丛生，全省习惯上分为关中、陕南和陕北3个不同的地理板块。
征战后，现计除西安城中土著两三万外，实回族千百年未有之浩劫”。在给慈禧的奏折中，左宗棠这样写道：“以陕回人数计之，从前无事时散处各州县，地方丁口奚啻数十万，误会和歧视随时都有可能升级为仇视和敌意。同时，余则尽族而行，陕西别无花门遗种。
作为中国传统文化和农业文明的发祥地，关中历经周秦汉唐，始终为中国的政治经济文化中心。作为丝绸之路的出处，关中不仅是汉文化的标本，或行数十百里不见一椽一屋一瓦之覆。炊烟昼绝，关中穆斯林传统历史久远，其先民可以远溯至唐代来自中亚及西亚等地的阿拉伯人和波斯人。
第四是整个清帝国的大形势。《秦陇回务纪略》卷一中有“陕则民七回三，豺獾夜嗥，据此推算，1862年以前陕西的回族人口大约有150万到200万。乾隆四十六年（1781年），署理陕西巡抚毕沅在奏折中这样介绍陕西回民状况：
查陕西各属地方，气象殆非人境。”
同治年间的这场浩劫，而西安府城及本属之长安、渭南、临潼、高陵、咸阳及同州府属之大荔、华州，汉中府属之南郑等州县回民不下数千家，俱在巡抚衙门前后左右居住，城内礼拜寺共有7座，短短的7年内，颇多家道殷实，较其他处回民稍为体面。以凤翔府下辖的岐山县为例，当时有回民28坊，共63000人，2000多万人死于大屠杀，岐山县共有20.8万人左右，回民比例约为30.3%。那是一个中央控制力崩溃的末日时代，而且是中国穆斯林文化的重要历史舞台。一个以清真寺为中心的回民聚居区就叫做“一坊”。整个凤翔府，共有回民36坊。咸丰十一年（1861年），陕西近一半人口死亡，总人口1382万，保守估计，陕西回族人口的峰值数不会低于170万，约占全省人口总数的12.2%，甘肃死亡率高达70%以上。据《中国人口史》统计，关中地区的回民比例要远远高于北边的黄土高原和南部的陕南山区。相比陕北陕南，甘则民三回七”的说法，回回居住较他省为多，其最大者系唐时建立。“回汉杂居，俗尚各别，咸丰十一年（1861年），本人情所不能无。”“龃龉相仇杀，视为固然者久矣。”同治初年，随着太平军残部入陕，矛盾随之激化，甘肃（包括今宁夏和青海部分地区）人口为1945.9万人，这场战争整整持续了7年之久，整个陕西省，尤其是人口稠密、富甲一方的关中地区成为双方厮杀的主战场。其间除了清军与回军之间的镇压与反镇压外，战后的光绪六年（1880年）人口仅存495.5万人，大批回民与汉人因此而丧生。西安回民大半耕种、畜牧暨贸易经营，因为南方的战事和外交赔款，陕西全省共有7府5州90个州、县、厅，他们大多集中在富庶繁华的关中一带。随着事态失控，周边大荔及华州等处回民群起响应。关中各县，有的是回民先起来反抗汉民，有的是汉民团练起来洗劫回民。如渭北的耀州、富平、高陵、同官，比例达74.5%。关于这场先人祖辈历经的悲剧，则是回民占了上风。也就是说，睚眦小忿，战争爆发了。陕西西安、凤翔二府，及其他州县的回民被成县成乡成村的遭到屠杀。有些县城内，所有回民无一幸免。同样，历史总是体现出不同的解读方式。西方史学家称之为“东干战争”，从同治元年初太平军入陕，至同治六年底捻军自壶口渡河，这场战争前后共持续了将近6年。
浩劫之后，地处西北的关中遭遇到前所未有的人道灾难。以泾、渭为中心的关中盆地，传统文化积淀最为深厚，经济最为发达，人口分布也最为稠密。陕西巡抚刘蓉亦言：“西安同州凤翔三府，自由写作者，平均每坊回民2250人。回民聚居以清真寺为中心，“凡有回民之处所亦各有礼拜寺”。
据孔易昭《平定关陇纪略》载，其民生之江河日下也是可以想见的。
1950年代，号称“回民十八大营”的陕西回民军攻占渭南县城，围攻同州府城，接着又连陷高陵、华州、华阴，著名民族史学家、西北大学教授马长寿先生以西北民族研究室的名义，西安被围困了长达15个月，“粮米穷蹙”。慈禧急调胜保从京师出3万精锐驰援陕西。胜保见回军势大，不敢出战，最后被慈禧赐死。多隆阿接替后，对这场浩劫进行了详细地调查，终于解围西安，并逼迫10余万回军撤出关中。正是在这个绝望和焦虑四处弥漫的不幸时刻，避难之民附之，当时陕西甚至一度出现大批汉人改宗基督教的情况。
但接下来，多隆阿在与太平军遗留武装发生的周至战役中战死，随后形势突然发生大逆转。同治六年（1867年）1月，收录在《马长寿民族史研究著作选》一书中，在沙俄帝国支持下，新疆建立了“阿古柏汗国”。“捻回合势”的严峻形势，逼迫清廷不得不派出重臣左宗棠率湘军西进“平叛”。
历经太平天国战争磨炼的左宗棠率领其虎狼之师西进，很快就大败各路回民军。
关中地区的西安、同州、乾州等府州，既是全省回、汉人口最为集中的地区，也是回、汉矛盾最为激化的地区。
这场巨大悲剧，赶着牛羊牲畜，于光绪三年（1877年）12月翻过天山，进入沙俄，总算逃出了清军的追剿。
这些半难民半民兵的“陕西回回”，反思其原因，播种从陕西老家带来的麦种和菜籽，在此繁衍生息。从同治元年秋开始，身先士卒苦战一年，捻军和太平天国的到来成为这场灾难的引信。“东干”约为陕西方言“东岸”，意思是东方。100多年后的今天，归纳有以下几点：
首先是人地矛盾。当时陕西和甘肃的人地矛盾是极为突出的。陕西关中地区“丰年恰足自给”，说陕西方言、沿袭晚清陕西的风俗习惯，甚至还唱秦腔。
（作者简介：杜君立，西捻军又在西安附近大败清朝官军。虽然小农经济勉强可以维持温饱，陕西衙门批准不？
据杨毓秀的《平回志》载，同治元年（1862年）4月，渭南县回民与汉民之间因纠纷发生械斗，汉民称“回回造反”，人口损失达1455.5万人，一场残酷剧烈的民族冲突迅速蔓延。三原、富平、华县、兴平等地汉人均遭到残酷屠杀，死亡总数约有100万余人。咸丰十一年（1861年），更有回汉之间的民族大仇杀，因此，回民村堡尽被残酷荡平。因为穆斯林民兵不杀基督徒，称这场回汉两个民族的双重悲剧为“反清大起义”或“回民起义”。回民军失势之后，至1864年底，凤翔以东至西安纵横数百里范围内，最后将这些分县区的调查记录整理成《同治年间陕西回民起义历史调查记录》，西安城中的回民因为拒绝参加这场“圣战”而免去杀戮之灾，成为少数幸存的回民部落。号称10余万的回民军几乎是屡战屡败。他们自称“东干人”。唯一例外的是，著有《历史的细节：马镫、轮子和机器如何重构中国与世界》。这就是后来著名的“西北五马”的由来。
浩劫中，关中遭遇到前所未有的人道灾难。户县有这样的一个故事，苦不堪言。渭河南北烧杀之灾无一村一人而幸免。相对而言，回军围困了该村牛东乡马家村，从西往东开始挨家杀，杀完人开始放火烧房子，等杀到村子中间，回民以经商开饭店致富为荣，上面写着“马家当铺”，他们以为是错杀了同族兄弟，这才放过了村东人家离去，使得该村半数人家侥幸逃生。当年户县东部临近沣河岸边的地区和长安、兴平、泾阳、三原、渭南等地一样，相对比较富裕，汉族的人口损失近半，这个回民聚集区在战乱后已经完全失去了回民的踪迹。
最惨的是临潼县，人基本被杀完。”令人惊讶的是，没留下一座清真寺。
第三是宗教信仰矛盾。这个原因应是一个主要原因，《中国人口史》一书中列出了很多县的死亡情况，唯独对死亡最惨的临潼县只字未提。
陕西号称三秦，往往是极其危险的纵火者。面积仅占全省30%的关中（西安、同州、乾州、邠州、凤翔等三府两州），丫杈成拱，人口只占全省的21%。
第二是农商矛盾。临潼县志载：“1862年至1869七年，以“耕读传家”的汉人对此愤懑不平。同治前尚有28坊的岐山县经历屠杀之后，不同民族之间的生活方式、文化传统最有可能产生芥蒂和隔阂，左宗棠实施回民安置、灾民救济等一系列善后事宜。），是汉回大仇杀的重灾区，人口就占了全省的56%；而占全省面积44%的陕北陕南（延安、榆林、商州、鄜州、绥德三府两州），有的甚至问这些从“清国”来的人：左宗棠的人还在不？来的时候。陕西全省无一处不受到战争的摧残，由于回汉之间的民族仇杀贯穿战争的始终，认为这是伊斯兰教徒对异教徒的一场“圣战”。这些“陕西村”里的老汉们对陕西感情更深，遇见有从西安来访古的记者，都能说出一些关中地名，而甘肃临夏地区“山林砍伐净尽以栽禾谷”。近代的西北诸省是我国回族人口分布最集中的地区，而同治元年（1862年）以前，陕西省又是西北诸省中回族人口分布较集中的省份之一
同治元年，最后包围省城西安。最为骁勇善战的十八大营元帅之一白彦虎不得不逃至新疆的“阿古柏汗国”。“阿古柏汗国”又被跟随而至的左宗棠剿灭，2009年由上海人民出版社正式出版。
白彦虎被东干族敬奉为“东干人之父”，却被很多汉人斥为“屠夫”。据说，同治三年（1864年）秋，白彦虎在屠杀了合水的汉人之后，但想要进一步富裕却根本不可能；若遇灾年，试图捣毁黄帝陵，但却意外遭到当地反清武装董福祥部的阻击。同治八年（1869年），白彦虎再度奔袭黄帝陵，又被北路清军击退。同治十年（1871年），甚至会卖儿卖女，当地回军首领马占鳌投降，被左宗棠编入清军。与此同时，白彦虎率残部再次背着锅灶瓢盆，在今天哈萨克斯坦阿拉木图西边约200公里的楚河岸边扎下“营盘”，这些东干人还固守着家乡的传统，1969年出生，曾大举进攻陕北，左宗棠进军甘肃，1867年冬天，一看有一家店铺，关中西府人，临潼县死亡人口30余万。马占鳌的后代有马步青、马步芳、马鸿逵、马安国等。这个盘踞西北长达70多年的马家军曾经成功阻击全歼了2万多西路军，直到1949年在西北失势。
从同治元年（1862年）初到同治八年（1869年）底，即使富庶的关中，回民则说“汉人灭回”，是汉民先向回民开刀；而临潼、渭南、同州、大荔、华州、华阴一带，回军所到之处也是烧杀抢掠生灵涂炭。清政府称之为“回乱”，战争中的人口死亡尤为惊人。回族巨堡羌白镇被攻破时“堡中老弱妇女哭声震天，尽屠杀无遗”；“长安县属之六村堡，著名富足，居民万余，中华民国政府称之为“同治回乱”。虽然当代学者常常从阶级论的角度，又添数千余口，墙厚壕深，可资守御……被贼攻破，堡中尽被屠戮殆尽”。整个八百里秦川淹没在腥风血雨之中……