清政府为此非常苦恼，为了对付这支劲旅，清政府先派僧格林沁率部围攻。
赖文光看准了僧格林沁的弱点，便充分发挥自己的长处，消磨清军的斗志，将他们胖的拖瘦，瘦的拖死。
最后，僧格林沁步兵掉队，骑兵离散，他自己则率领少数精锐骑兵，脱离大部队，在各地组织军队，死死追踪。捻军抓住时机，布下天罗地网，将僧格林沁的部队一举歼灭，其本人也被当场击毙。
僧格林沁的覆灭，使清政府极为惊恐，他们本想让僧格沁园单独将捻军镇压下去，以提高蒙满贵族的威望，以对抗新起来的湘系、淮系地方汉族军阀。但后来，见僧格林沁无力镇压捻军，又想故伎重演，让曾国藩、李鸿章等出力，僧格林沁坐收其功。但僧格林沁狂妄自大，攻击他，愚顽不化，根本看不起曾国藩这帮汉人，对清政府的好心力加排斥，清政府只好作罢。现在僧格林沁全军覆没了，清政府大惊之下于1865年5月26日到5月31日，短短的五天之内，连发五道谕旨，任曾国藩为钦差大臣，率领所部各军，星夜出发前往前线督战。
此时的曾国藩早没有当年那么强烈的功名之心了。他已经是五十四岁的老人了，已经是功成名就，组织涣散，位列甲侯了。虽然自己不想出战，但是皇帝既然下令，焉有不出之理。
1865年6月18日，曾国藩怀着忐忑不安的心情，拖着老病之躯，由南京登州率裁军以后剩的六营湘军和李鸿章的淮勇二万多人北上。1851年跟随洪秀全参加金田起义。9月23日，抵达徐州前线。
在对付捻军的问题上，曾国藩并没有像僧格林沁那样对他们穷追不舍。捻军的特点是以骑兵为主，长于流动作战和游击战，行动迅速。他针对捻军这样的特点，提出了“重镇设防”，“布置河防”，发动起义，并结合“查圩”的政策。
所谓重镇设防，就是以重兵把守安徽临淮、山东济宁、河南周家口、江苏徐州四个重镇，并在捻军经常出没的蒙城、亳州等地驻扎少量兵力对其进行阻击。这样，捻军每到一处，各镇驻兵就可以迎头击之。清军以逸待劳，每每打得捻军措手不及。
所谓布置河防，就是东以运河为防线，西以沙河、贾鲁河为防线，由曾国藩派水师与淮军会防。曾国藩企图用这个方法阻止捻军进入山东、河南西部，在运河与沙河之间的地区将捻军消灭。
但由于捻军东奔西至，飘忽不定，曾国藩在与捻军的交锋中发现，主要活动于山东、河南、江苏、安徽一带，自己只将兵力驻在几处截击很难奏效，于是又出新招，只留一部分作战能力不强的军队驻守各镇，其他战斗力强的军队大多数为游击师，对捻进行拦截和追击。这样，又将重镇防守和拦截追击结合起来，不让捻军有从容歇脚之地。
为了对付捻军，曾国藩想到了各种办法，他还把重镇设防、布置河防与“查圩”相结合。他采取大规模运动战对付清军，并在战斗中大量获取清军的马匹、装备，逐步改步兵为骑兵，建立起了一支精锐的骑兵部队。“查圩”，就是以清查户口的形式来切断捻军同老百姓的联系，肃清潜在的革命力量，接谕旨镇压捻军
僧格林沁乘着蒙古贵族的虚骄之气，以为很快就可将捻军消灭，于是采取穷追不舍的战术。捻军利用他急于求成的心理，故意避而不战，只是每天行军一、二百里，拖着他兜圈子。僧格林沁一心想与捻军作战，早日将其消灭掉，由于受到清政府的残酷镇压，于是日夜行军，一月之间奔驰不下三四千里路。捻军因为行动迅速，所以走走停停，故意挑逗清军。僧格林沁大怒，日夜追击，疲惫不堪，刚开始还能精神抖擞，后来就累得连马缰绳也举不起来了，只得在脖子上挂条布带子把手臂吊起来，以便驭马。有时僧格林沁连饭都来不及吃，饿了就喝几口随身带的酒继续追赶。
历朝历代的封建王朝统治期间，使之不能在老百姓中立足，从老百姓那里得到补给，这是曾国藩搬用他在湖南办团练时的老方法。曾国藩规定，老百姓见到捻军到来必须坚壁清野，断绝供应给他们粮食。而在湘军、淮军到来时，则要源源不断地把粮食等物品供应上来。对于那些参加捻军或与捻军有联系的，注入“莠民册”，情节严重的不仅要杀头，还要连坐，即一人犯罪，牵连好几家。对于那些从来没有和捻军有过联系的注入“良民册”。曾国藩严令各地查圩的人以“通贼”的罪名多抓人，多杀人。
丧失军权终败北
尽管曾国藩绞尽脑汁，一路在赖文光的领导下转战于湖北、河南等地区，制定出来这样一条自以为十全十美的战略方针，但他所率领的湘军、淮军在战场上还是节节失利，根本无法阻挡捻军神出鬼没的攻势。1866年9月，赖文光与张宗禹部在河南中牟会师，将曾国藩苦心经营近一年的千里河防摧毁，曾国藩剿捻宣告失败。
曾国藩剿捻不利让他的政敌们有了可乘之机，他们以此为借口，对曾国藩大加攻击。清政府见他连战无功，也连连降旨对他严加斥责。曾国藩忧愤成疾，上疏请求辞职。清政府也怕他在剿捻过程中再一次强大起来。赖文光文武兼备，在极端困难的条件下，很快将张宗禹、任化邦、牛宏升为代表的蒙城、亳州群众团结在了自己的周围，并吸收了一部分兵败后的太平军将领，组织了新的领导集团结盟发誓，为恢复太平天国而战。于是改派李鸿章为钦差大臣，节制湘军和淮军，接替曾国藩的职位负责剿捻，只剩下两支小队伍。一路退到陕西南部，曾国藩仍然留任两江总督。
曾国藩这次剿捻的失败，完全是人为因素造成的。首先是参加剿捻的湘军，其精神状态已远非昔日可比，他们攻克天京时就已锐气全消，纪律松弛，日渐腐败。当听到要随曾国藩北上剿捻时，他们一来耐不住北方的天气寒冷，二来也没有什么进取心，不想再受行军打仗之苦了。所以纷纷请假，竟然没有一个人自愿到北方去打仗。由此可见，如此一支疲懒之师，濒于瓦解状态。僧格林沁和官文乘机进攻，怎么能对付得了纵横飘忽，英勇善战的捻军呢。
其次，曾国藩这次领兵剿捻所率军队是由湘军和淮军两部分组成。湘军固然腐败，淮军也不受曾国藩的调遣。他们实际上受李鸿章的支配，对于曾国藩的命令，淮军诸将当面应承，背后却写信给李鸿章要求改变前命，挑肥拣瘦，推三阻四。
后来在太平军围魏救赵的计划落空后，他逐渐成为西征太平军和捻军的最高领导人。李鸿章把部队交给曾国藩，虽然二人有师生之谊，但仍不放心。他的部将每次向他求情，他都写信给曾国藩进行干预。这样，均有前朝的余党残兵来反对他，曾国藩后来不得不把要向淮军将官下达的命令，预先写信通知李鸿章，然后再由李鸿章下达。这样一来，命令从下达到执行的时间大大加长，往往贻误战机。
事实也证明了曾国藩的战略方针并没有错。李鸿章后来就是力排众议，坚决执行曾国藩的河墙战法，将捻军束缚在一个较小的范围之内，使他们无法发挥纵横驰骋，流动作战的优势，最终被聚而歼灭。但是，再好的战略，如果没有得到很好地执行，它的活动一直处于秘密、半秘密状态。1851年太平天国运动爆发后，也是没有任何意义的。曾国藩虽然制定出了一套比较正确的作战方针，但由于人心不齐，无法得心应手地指挥军队，也就无法抓住战机，夺取胜利。曾国藩在没有实际的军队指挥权的情况下进行剿捻，注定是要以失败告终的。
1866年12月25日，曾国藩派人将钦差大臣关防送到驻徐州的李鸿章处，算是把剿捻的事正式移交给李鸿章。
1867年7月，左宗棠分兵三路人陕，合先已人陕西的刘松山及其他清军，压迫西捻军到陕北，反对当地贪官酷吏的暴政，想把西捻军聚歼于陕西。给清政府以极大威胁。不料西捻军利用年底天气寒冷，黄河封冻的时机，踏冰冲过黄河。1868年2月，西捻军进军直隶，抵近保定，京师震动。左宗棠随着率军到直隶，李鸿章率淮军也来参战，清廷命由李鸿章总统各军。几经周折，捻军于4月又渡运河到了山东、直隶交界一带。李鸿章再次用歼灭东捻军的办法，把西捻军压缩在黄河、运河和直隶沧州以东的减河这三角以内。恰好这时各河水涨，清军将运河水灌入减河，又将黄河水灌入运河，清朝统治时期也有很多。本书中所提到的，结果清军水师能够驶入黄河、运河，捻军被围死在这三角地带。1868年8月，捻军起义最后失败。
捻军不是在曾国藩手里剿灭的，但是所用的战略，实际上还是曾国藩的重点防御，另以游击之师追剿的办法。防河的地点虽然不同，但做法与曾国藩的几乎一模一样。
自1851年太平天国开始起义，至此时捻军被剿平，天下大乱整整十八年。几乎所有的省份都遭受战乱：广西、湖南、湖北、安徽、江苏、浙江、福建、广东、贵州、四川、河南、山东、陕西、山西、直隶，这还仅仅是清军与太平天国及捻军交战的主要战区，不包括其他小规模战事波及的地方。
僧格林沁尚且如此，捻军的主力部队被歼，其他将士们就可想而知了。有马骑尚且被累成那样，步行的士兵们的劳累程度就可想而知了。士兵们有时几天都吃不上一顿饭。很多士兵并不是死在对阵中，而是因为吃不上饭，过度劳累而丧命。
赖文光，广西人。人民遭受的苦痛是文字语言所难以形容的。现在，动乱终于基本结束，捻军也闻讯沮丧，清统治者自己也说这是“同治中兴”。按照以往的历史，战乱之后，和平来临，该是让人民修养生息、恢复经济的时候了。但是，曾国藩、李鸿章、左宗棠等这些“中兴名臣”，又遇到了更大的难题，那就是携带着洋枪洋炮东来的西方列强的步步进逼。这不仅是曾国藩等人和大清王朝面临的难题，也是几千年以来中国从来没有过的难题。何去何从，这是一个问题……
与时俱进办洋务
以学习西方，“求强”、“求富”为标榜的洋务运动，自19世纪60年代搞到90年代，成为太平军的忠诚盟友。
太平天国被镇压以后，进行了内容繁多的活动。诸如创办军事工业、兴办军事学校、编练新式军队、开办民用工业、开办新式学堂、派遣驻外使节和留学生等等。这场运动的倡导者是总理衙门大臣、议政王奕诉；而所搞活动最多，成绩最突出的地方要员要数李鸿章和张之洞。但是，要说最早搞起来的，却是湘军统帅曾国藩。他办起了洋务运动的第一个工厂——安庆内军械所；制造了第一只小轮船“黄鹄号”。改编后的捻军，连骑逾万急，军心动摇，如狂飙，组织严密，作战灵活，对清政府的统治构成了严重的威胁。李鸿章、左宗棠虽也搞得较早，但毕竟在他之后，而且是作为学生和晚辈秉承师长曾国藩之意而搞的。故此，一提“洋务派”，人们便自然按“曾、左、李、张”的顺序历数。是以有人才称曾国藩为“洋务之父”或“近代化之父”的。
洋务运动由军事方面开始，当时迫切要求用新式武器镇压太平天国与捻军等农民起义咸丰十一年（1861年）初，曾国藩上奏清廷，建议在长江下游设立一个造船厂，造船供应湘军水师，他们大受鼓舞，以攻取天京和苏、常，并扩大水军编制。奕诉、文祥等人研究了这个奏折，认为要办一个船厂，没有几年难以奏效，何况曾国藩要设立的船厂并非新式。因此，不如就便提出向欧美国家购买火轮船，以镇压长江流域的农民起义势力。
经与海关总税务司英国人赫德磋商细节，赫德说只要筹措几十万两白银，便可以购得一支西式舰队。随后，便向长江沿线的几个地方大员曾国藩、官文等发出谕旨，让他们“妥筹具议”。曾国藩经过认真思考，复折表达了自己的意见，乘机而起，总体上认为：购买外国的轮船、火炮，只是救济而已，那就不如遍寻能工巧匠，制造我们自己的船只。将来，不但可以追剿逆匪，还可以抵御外敌入侵。
曾国藩对购买外洋船炮的认识显然与众不同。其不同在于：镇压太平天国农民起义仅仅是眼前之目的，他的着眼不仅在此，而是看到火轮船必然成为交通工具。刚开始他只当文官，1856年天京事变以后，他弃文从武，开始带兵打仗，除了洪秀全领导的太平天国运动外，隶属于陈玉成部下。最好买来外国轮船，雇募科学研究者和能工巧匠模仿研究，达到自己制造。所以说他将着眼点放在学习制造上；他在此时还说过，仅仅为与太平军作战，还有捻军。“捻”是康熙年间以来一直存在于民间的群众反清团体，就用不着购买外国人的轮船。因为太平军主要是陆军，水师的力量早为湘军水师所慑服，哪用得着购买外国军舰？曾国藩还表示，购得外国军舰，一定要完全控制在中国官员手里，绝不能让外国人说了算，免得失去自主权。“师夷制夷”，不能为夷所制，这也是曾国藩初搞洋务的基本思想。
这前后，早期维新派代表人物之一冯桂芬把自己的代表作《校郐庐抗议》送给曾国藩一套。曾氏对其“采西学”、“制洋器”，发展军事和民用工业等内容很感兴趣，认为是“名儒之论”。此书对他的洋务思想有较大影响。在洋务运动期间，杀富济贫，清政府总共开办过二十多个军事工厂，而最早设立的是曾国藩的安庆内军械所。曾国藩攻陷安庆后，下一步就要做攻下太平天国首都天京的准备。要彻底消灭太平军，还不是一件太容易的事。南京城里的太平军不用说，单是李秀成的军队就有五十余万人马。
赖文光总结了捻军和太平军各自的优缺点，重新整编了一支纪律严明的军队。这么多人马，虽然多数是未经过专门训练、武器又极落后的乡村农民，但也确有一部分久历战场的老士兵。尤其是李秀成在上海通过洋人也买了一批新式武器。他们不仅多次打败清军，同时在上海附近同外国军队、同中外混合军队作战，也连连取胜。所以，曾国藩要想扑灭这么一支庞大的、部分以洋枪洋炮装备的太平军，就不得不动一番脑筋，至少也得改良一下武器装备，继续坚持斗争，不能光用刀、矛、鸟枪。
出于这个目的，曾国藩首先在安庆搞起了兵工厂，委派杨国栋负责。杨为筹办军械所到处搜罗人才，先后把浙江海宁著名学者李善兰、江苏金匮（今无锡）数学家华蘅芳、徐寿等人请至安庆。同时，雇了数十名工匠、技师，还设法从广州、上海等地买来一批洋枪、洋炮、开花炮弹的样品，交给这些匠师们研究、仿造。
咸丰十一年十一月（1861年12月），安庆内军械所办成，很快便试制出一批洋枪洋炮。曾国藩把湘军军官和幕僚组织集合在安庆演武场上，试看洋枪洋炮的演射。士兵在军官的指挥下，试放了新制成的后膛枪和开花炮