在这期间谷永宁的队伍开始爆炸式的发展：一方面各地的厢军中的骨干被抽上来，一方面禁军中也有部队往谷永宁这里补充，不到半个月两千的名额也就满了。谷永宁不得不佩服周令先的调度能力，能够在这么短的时间组建一支水军也已经是难为他了。可是随之而来的问题就来了。
“你是哪的？不就是个厢军嘛，有什么好牛的？”
“厢军怎么了？别以为你们批了禁军的毛就当我们是要饭的啊，我呸！”
“你敢骂我，找打啊”两个人眼看着就要打起来了，还好旁边的人正拉开他们。
“这是怎么回事啊？”谷永宁突然之间出现在前面，“阿勇你说说这是怎么回事啊？”
船工阿勇老实的回答“他们两个想打架我是来劝架的。”
“你们干什么打啊？豆子，你好好的说怎么回事啊？”
“谷大人，是这样的。今天他们几个人吃完饭就在这边闲聊，刚聊到他们打跑海贼的时候，他们就过来，说‘打死几个海贼没什么了不起，他们岩头军还杀过强盗呢。’我见他这么狂妄，就顶了几句所以就。”
“所以就这样闹起来了是吧？”豆子点点头不做声。
谷永宁回头看看另外的那伙人他们也不做声。
“不说了是吧？好，那我说”谷永宁正言道“他们永强寨以前是打过几个海贼不假，但是不要天天在口中念到啊，现在是一家人，一家人不讲两家话，不管你们来自哪里，这里就是你们的家，忘掉你们的出身，不管是厢军还是禁军，都是水军好样的。从今天起谁还是要提他们你们的，军法处置。”
谷永宁把撂下了，他们也没有说什么，就散开了。谷永宁想这个就是他所担心的问题。在谷永宁那个时代叫做“合并综合症”。不管是大并小还是小并大都会存在这样的情况。现在最主要的就是对他们进行一次洗脑。
回去谷永宁和曹豳商量了一下。他们准备对部队进行整编，打破原来的队伍编制，各级将领的人选要从部队平衡的角度出发，保持一种相对的平衡。经过一段时间的考虑和斟选，决定将部队编成3个作战营一个后勤营和一个直属连。每个营大约400名士兵。直属连属于中军帐的卫队也配置了200人。经过推选作战营的都指挥史是韩振许俊和岩头军的胡越后勤的是魏一正，直属连的都指挥史是林景衡。在每个营下面安排三个哨长，一个都卫队长。哨长下设三个旗长。大致是这样的分配，基本上满足了各个部队的需要。争吵的事件也鲜有发生。整个军队开始走向了正常化。
对于水军来说，最主要的是在船上生活。他们的士兵从小在南方长大，对于水有一种自然的亲切感。所以很快的水军的训练就开展起来了。水军的主要训练就是在甲板上射击对抗和泅渡。这个是和当时水上船只的性能和功用决定的。当然，那时的船上也有放置抛石车的但由于那东西太大个使用不方便，在进入火药时代的海上作战的时候就被淘汰掉了。谷永宁现在没有这样的可以承载抛石车的船只，但是，火药秘密武器。谷永宁想寻思着是否要将这件武器运用到他的舰队当中来。
除了从陈耆卿那里借来的船只外，温州府还从各地的水师中抽调了一些战船补充进来这足以说明他对于瓯海水师的重视，毕竟这是一只能够打胜战的部队。到现在瓯海水师已经拥有了有刀鱼船8艘，子母船18艘，漕船3艘，车船一艘其他大小战船6艘。而水门和船坞建造好了之后都停靠在寨子边上。
为了能够真正了解这些战船的实际操作性，谷永宁还亲自到船坞去见识一下这些战船的阵容。当他走进船坞的时候，突然眼睛一亮：他看到一种船，一种已经消失了的船：此船分子母二船，母船长3丈5，前2丈，后1丈5，只有两边舷板，内空，有一小船，上有盖板，有4桨可划，用绳索与母船绑。
谷永宁问了一下船工这是什么船，他们的回答这就是子母船。他在陈耆卿的信中所提起过此船，这回还是第一次见识。听船工的介绍这种船是用于火攻的，母船有柴火猛油，火药火线。战时母船迅速抵近敌船，钉在一起，点燃母船后，人乘子船而返。这种火烧战船的打法并不新奇，当年赤壁之战也是用了这等的船。不过既然这是一种攻击性的船只那么对于破坏敌人的战船是很好的手段了。目前看来，在没有远距离杀伤武器问世之前，火攻，拍杆，冲撞就是海上作战的几种重要手段。这瓯海水军里面没有大型的战船可以应付正面的作战，那么这种子母船就是唯一的作战手段了。想到这里，他不禁的为陈耆卿的心思感到宽慰。
他将此事记在心里，继续巡视。车船只有一艘，这可是好东西啊，号称现在轮船的鼻祖。他的这艘船四百料，两边各安车二座并桨三枝，船身通长九丈二尺可装载战士七十人，踏驾兵、梢二十人。算得上是一艘很好的战舰了。看着这么好的一艘船，又想想这门技术的失传感到痛心不已。
原来谷永宁只知道轮船和螺旋桨是西方的发明，原来宋代的时候就有可能出现轮船，只是那些文人学子对于这些应用性的学科不感兴趣，却白白糟蹋了这些先进的生产技术。真是心痛不已。
看了这些船只之后我想是时候将部队和战船进行分配了，当下决定开一个会议。在会上重点讨论了战船的分配。
在会上大家热烈的讨论“谷大人，你看我们我们第一营人数最多，最少也要分给我10艘战船”韩振首先发言。
“你们人多，我们二营人少吗？我也要10艘”许俊不甘示弱。
“你们两个人吵什么啊，我们三营会水的人最多，水战成绩最好自然也要给我们最好的了我也要十艘”胡越见他们都争着要船也加进来了。
“你们都不对，我们直属连才重要，我们要最好的！”
“好啦，不要再吵了”谷永宁不得不提着嗓门喊着，这个开会怎么比菜市场还热闹。
“听我说。”他把这些人都压住后才说“我们现在的战船数量有限不可能逐一配置。我看这样好了韩振，你们一营领三艘刀鱼船和四艘子母船。三营领三艘刀鱼船和十艘子母船。后勤营领漕船三艘。其他战船归直属连节制。”
“谷统领??我们二营怎么一艘也没有分到啊”许俊急了。
“许俊你不要着急，你还有其他的任务要做的。”他微微一笑。搞的许俊摸不着头脑了。散了会之后，所有人都欢欢喜喜的去到船坞去领船去了，只留下许俊一人傻楞楞的站在那儿。
“谷大人啊，我们也算是最亲近的了吧，你怎么不给我分艘船啊，叫我们弟兄怎么做人啊，要知道对于水军来说，没有船不就跟废了有什么区别啊。”“你怎么这么说话，许俊，不得无理，大人他有自己的想法的”曹豳怒斥道。
“算了，他这是不理解，说两句没关系的等下就会开心了的”谷永宁劝起曹豳来。
“许俊你给我进来”说完就和曹豳转进屋里去了，许俊也跟着进来。
谷永宁拉着许俊说“你还记得前些日子我在平顺纸坊里鼓捣的那些药粉吗？我还叫你把他放在罐子里藏好的？”
“大人吩咐的事，小人肯定记得，只是当时也不知道这是何物而已。可这和我有关系吗？”
“当然有，”他顿了顿“我现在要你们营的士兵就去鼓捣这个粉。因为你的手下大多都是原来寨子里的老兵，我信任你才把这个东西的秘方交给你，只要你能完成的话，就是大功一件，甚至可以说将来和金国干起来还要靠这个玩意呢！”
说着我就从袖子里拿出一折纸递给他，他拿来一看大惊“原来大人所造的就是火药啊。什么，火药发作，声如雷震，热力达半亩之上，人与牛皮皆碎并无迹，甲铁皆透这么厉害这么神奇？”
“神奇的还在后头呢”谷永宁花了两个晚上的时间将火药的制作，火枪的制作甚至是捆绑火箭的制作原理都写在纸上了，他给许俊的就是火药的制作。
“谷大人，你要我怎么做吧”许俊看完之后，坚定的说，他知道这是一项很了不起的发明。