一到喀什，布素鲁克和阿古柏便组织兵变，将司迪尔逐出喀什。3月，司迪尔率7000余柯尔克孜兵回袭喀什。阿古柏此时显露出了超群的军事指挥能力，仅率100名骑兵夜袭敌军，击溃了司迪尔。接收了司迪尔势力的阿古柏迅速组建了有数千名士兵组成的军队，4月11日，他攻克了英吉沙，并将司迪尔残部彻底逐出新疆。
在阿古柏扶持下，布素鲁克于1865年4月建立了哲德沙尔汗国，意即七城汗国，表明了一统南疆七大城（一般认为是喀什、英吉沙、叶尔羌、和田、阿克苏、库车、乌什）的野心。
4月下旬，阿古柏约叶尔羌阿奇木伯克尼亚孜为内应，偷袭叶尔羌，在巷战中失利。回军途中，又遭遇库车和卓热西丁的军队，在罕南力克战役中复大败，逃回喀什。阿古柏于是调整战略重点，转而攻击仍在清军守备下的喀什汉城。9月1日，清军守备何步云投降献城，清喀什噶尔办事大臣奎英举家自杀，残部被迫皈依伊斯兰教。
1865年秋，浩罕被俄国支持的布哈拉汗国再次战败，丢失塔什干，约7000名残部在玉努斯江率领下，逃入新疆投奔同族阿古柏。得到这支生力军的阿古柏实力大增，连克叶尔羌、和田。就在此时，布素鲁克在喀什发动兵变，希望摆脱阿古柏，坚守41天后失败，被逐回浩罕。阿古柏立布素鲁克堂兄卡塔尔勒即位。第二年，由于卡塔尔勒也不安心做傀儡，阿古柏将其毒死。同时，经过反复争夺，阿古柏终于击败了热西丁，夺取了阿克苏，侵占了除库车之外的南疆。
1867年，随着阿古柏的不断胜利，他觉得不再需要傀儡了，于是他宣布取消哲德沙尔汗国，建立洪福汗国，自称“毕杜勒特”（即“洪福无量的人”）。5月，他攻占库车、库尔勒，一统南疆。
洪福汗国以伊斯兰教法典“沙里阿特”作为最高法律，在各地设立宗教法庭，强迫异教徒改信伊斯兰教。其所占各地分别设立伯克作为当地军政长官，该政权对农民采取重税政策。
1868年，英国派遣特使会晤阿古柏，承认其政权。次年，阿古柏也派亲信米尔扎·沙迪赴印度会见英国总督，争取英国支持。英国决定向其赠送大批军火，并允许其在印度招募工匠回喀什设立军工厂。1870年，俄国也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其政权。不过总体来说，在这一时期，英国仍然是阿古柏的主要支持者，并期望能够通过支援阿古柏将俄国的扩张阻止在天山以北。
在得到大批先进装备后，阿古柏于1870年5月攻占了吐鲁番，切断了北疆和河西走廊的联系，并收降了以白彦虎为首的陕甘回民起义军残部，实力进一步增强。到1871年底为止，迪化、玛纳斯、鄯善先后被阿古柏攻克，同时俄国为阻止阿古柏进一步扩张，出兵占领伊犁，这样，清军除塔城、乌苏等少数据点外，已经全部从新疆消失。阿古柏成为了全新疆的主人。
在这种情况下，英国加大了对阿古柏的援助，维多利亚女王甚至亲笔致信阿古柏，与其修好。1874年2月2日，《英阿条约》签订，除了和《俄阿条约》类似的条款外，还规定双方互派大使。
内忧外患搞串联
从浩罕出发的阿古柏凭借一支只有50人的队伍拿下一座城，并如此迅速的扩展起来，盘踞天山南北达12年之久，除了新疆当时混乱的形势外，还有两个重要原因：其一，他利用宗教和民族意识。新疆和中亚地域相连，这一带的人民虽属不同的国籍，但因同属一个语系，基本上有着相同的宗教信仰和文化类型，而且一些民族本来就是互相交错而居的，历史上有着传统的商业贸易交往和宗教联系。由于这些历史和宗教的原因，在当时的条件下，人民的国籍概念在一些人心中并不十分明确。相反，民族感情或民族意识往往成为彼此沟通的纽带。当阿古柏侵入我国境内时，当地一些群众在不了解其野心的情况下，被其“语言、冠服、习尚与己同”所蒙骗。而语言、冠服、习尚，均属民族文化特点，民族文化特点正是构成共同民族心理状态的基本因素。可见这种民族意识（也即民族心理状态）在当时起了不可忽视的作用，何况阿古柏又是一个“多权诈”的阴谋家。阿古柏之所以在侵入喀什噶尔之后，急忙把布素鲁克扶上王位，正是为了利用大、小和卓作为伊斯兰教白山派首领在这一带的宗教地位和影响。如前所述，布素鲁克是30多年前叛乱南疆的魁首张格尔之子，张格尔则是大和卓波罗尼都的次孙。大、小和卓都是南疆有着雄厚势力的伊斯兰教白山派的首领，而喀什噶尔一带正是崇奉白山宗的主要地区。这是阿古柏用来欺骗伊斯兰教教徒，增加号召力，使自己势力得以迅速扩展的重要手段。他在当上洪福之王以后，又被阿谀他的“示教职业者”授予“阿大勒克加查”（大教主）的头衔，集政权于一身，具有更大的实力。
阿古柏之所以能在新疆猖獗12年之久，还有一个重要原因，即他得到了英、俄两个帝国主义国家的支持。英国竭力扶植阿古柏，企图把他作为阻隔沙俄南下的藩篱；沙俄鲸吞中亚两个汗国得手后，加紧了侵占我国新疆的步伐，它也极力笼络阿古柏，以供自己驱使。于是，英俄两国竞相争夺阿古柏为各自的侵略政策服务。不过，由于俄国占有地理位置的优势，采取了更为逼人的进攻姿态，1866年，俄国与阿古柏签订非正式协定，规定双方互不干涉对方的行动，双方有权进入对方境内追捕逃犯。1867年，俄国要求阿古柏同意在纳伦河上架设桥梁，并建筑一条通过天山喀什噶尔的军用公路，这样“就会把喀什噶尔完全置于俄国人的控制之下”。但阿古柏并未同意这一要求。而俄国并未死心，他们在1868年占领撒马尔罕后，就开始在与阿古柏毗邻的纳伦河上构筑碉堡，这是企图“占领喀什噶尔的明言不讳的措施”。阿古柏此时心怀疑惧，他马上遣使赴俄。在这一年，阿古柏把自己的侄子派往阿拉木图、塔什干和彼得堡，寻求与俄国达成谅解的途径，由于阿古柏不满沙俄在“承认”问题上的暧昧态度，双方未能成交。俄国为什么不承认阿古柏政权为独立国家呢？这其中，最主要的原因就是，俄国仍然“以上国自居，欲阿称藩”，沙皇力图将阿古柏变成俄国统治下的所谓“东土耳其斯坦”（指我国新疆）的代理人。俄国的这个意图由土耳其斯坦总督考夫曼讲得很清楚，他写信警告阿古柏说：
如果不愿意同俄国建立像浩罕、布哈拉（均已经属于俄国）一样的关系，将要受到严厉的惩罚。
这其实是在威胁阿古柏。俄国的行径使阿古柏既恐惧又不满。
英国对阿古柏实行的政策则与俄国恰恰相反，它用的是以柔克刚，对阿古柏极力拉拢。1865年，有经过和田前来的准孙和艾斯台尔·萨依甫二人同阿古柏进行了接触。
英国通过这次与阿古柏的勾结，了解到这样一个情况：完全可以控制阿古柏政权，进而使扩张势力伸入南疆。英国还通过它的附庸土耳其苏丹来拉拢阿古柏。因为，19世纪末，土耳其成为伊斯兰主义的中心，土耳其苏丹对于信奉伊斯兰教的中亚各统治阶级在宗教上和政治上具有相当大的影响。
英阿关系在1869年以后迅速发展。英国通过土耳其苏丹进一步拉拢了阿古柏，俄阿条约签订后，阿古柏派其侄赴俄回访，亚历山大二世亲自接见。代表团回来时朝见了土耳其苏丹，表示愿意尊奉土耳其为上国，土耳其苏丹在英国的策划下，隆重地接待了他们，封阿古柏为天山南路一带的“米拉胡尔巴什”（即“艾米尔”，意为统治者、国王），并派去军官、顾问20多人，送给大批武器。
1865年，沙皇俄国占领塔什干的前夕，曾经有一个名叫喀孜汗土烈的有声望的人逃往土耳其，土耳其苏丹阿布杜艾则孜便派他来见阿古柏，宣传和动员阿古柏归属土耳其。阿古柏便派遣以喀孜汗土烈为首的代表团回访土耳其苏丹，表示愿意附属于土耳其。这个代表团给土耳其苏丹带去了蒙古、哈萨克的好马各九匹，还有从各处抢来的童男、童女各九名，此外，并有许多绸缎等礼物。土耳其苏丹为此很高兴，隆重地接待了阿古柏派去的代表团，并赏给阿古柏“半拉胡尔巴升”（即艾米尔，国王的意思）的职衔。之后，土耳其苏丹给阿古柏派遣了20多名高级军事人员和政治顾问，并带来了许多武器和礼品。在这次派来的顾问中，有七人留在阿古柏身边常任参谋职务。阿古柏在新疆发行的货币上也用了土耳其苏丹阿布杜艾则孜的名字。
阿古柏为了维持自己在新疆的统治地位，用出卖中国领土主权作为交易，争取沙俄和英国的支持。当时，英、俄两国正在激烈争夺中亚地区：俄国想南下波斯湾，控制印度洋；英国想维护既得的殖民利益，不许别国插手。
新疆成为它们争夺的重要战略目标。英、俄两国争相表示支持阿古柏，力图控制他，以达到侵占新疆的目的。
1869年，英俄在彼得堡达成了划分中亚势力范围的协定。俄国提议把阿富汗作为英俄两国在中亚的势力范围之间的“缓冲地带”，英国则要求把这个地带的界限大大向北延伸。其实，也就是要把浩罕和布哈拉作为缓冲地带。当然英国的要求也被俄国拒绝。同年秋，英国派遣道格拉斯·福西特赴俄谈判中亚问题，两国协定：
（1）以现时施尔·阿里汗实际所管辖的地方，作为阿富汗的界限，英国利用一切办法，防止阿富汗王把自己的边界向北伸张；
（2）俄国方面利用自己的势力，阻止布哈拉向阿富汗扩张；
（3）如果以后俄国迫不得已对布哈拉采取敌对行动，以及并非出于本意而占领这个汗国的全部或一部分时，俄国不得利用占领区向阿富汗扩张，而英国则不让阿富汗惊扰其北方的邻国（即是占领布哈拉的俄国）。
英俄之间之所以能达成这一协议，并非因为双方都不再想往对方的势力范围扩张，而是英俄双方都认为，他们与其在布哈拉、阿富汗一带相争，不如向东扩张更为有利，更少风险，“那里有双方足够用的地盘”。他们双方意中的那块“足够用的地盘”，正是贫弱而幅员辽阔的中国。因此英俄协定表明：
（1）英俄在中亚腹地的争夺将趋于缓和，中国的新疆将成为双方争夺的新目标；
（2）英俄两国在新疆的角逐将会仍然遵循双方已经协定的避免“违背双方利益”的“竞争”原则。
那么，两国在中亚的势力范围的界限布哈拉——阿富汗一线将自然向东延伸到新疆境内、把新疆分为南疆与北疆的天山山脉。从此英国便把我国的南疆视为自己的势力范围了。
阿古柏的哲德沙尔政权，是外国侵略者在我国新疆建立的殖民政权。阿古柏对南疆的统治完全是一幅血泪斑斑的图画。俄国间谍普瓦热瓦尔斯基曾经到过阿古柏占领区，认为在“现今的南疆是很难生活的。无论是人身安全，还是财产，都没有保障”。
1870年，英国派遣赴俄谈判中亚问题的代表道格拉斯·福西特从彼得堡回到印度后，英国女王维多利亚又派他率代表团去喀什噶尔。英国通过这个代表团给阿古柏送来了陆军专用的大炮若干门和一万支步枪，作为他的礼物。福西特是“最先创议利用阿古柏把英国势力渗入新疆”的英国政界人物。英国派他出使俄国谈判势力范围的划分，又派他赴喀什噶尔活动，这表明英国力图把阿古柏政权作为它在南疆的代理人。阿古柏则两次派遣代表团前往伦敦，英国女王都热情地接见了他们，并送给阿古柏步枪六万支和一个修理厂的设备。
阿古柏得到英国的支持，军事发展很快，1859年，攻克库尔勒和喀喇沙尔。1870年，越过天山攻克乌鲁木齐，消灭了以乌鲁木齐为中心的“清真王”妥明的封建神权割据政权。地理位置优越的沙俄以先下手为强的姿态，采取了蛮横的武力侵略政策。1870年，沙俄派兵强占了中国的穆札尔特山口，扼住了伊犁通往南疆的咽喉。1871年夏天，当阿古柏势力伸入北疆时，沙俄出兵强占伊犁，当地各族人民英勇抗击沙俄侵略者，与敌人拼死战斗达50多天。最后，侵略军占领了伊犁地区九城（宁远、惠远、惠宁、绥定、广仁、熙春、拱宸、瞻德、塔尔奇），消灭了以伊犁为中心的塔兰奇苏丹封建君主割据政权，并悍然宣布“伊犁永归俄辖”。这样，俄国就依托伊犁这一战略要地以遏制阿古柏和英国势力的向北扩张，并妄图进而逐步兼并我全疆。而英国对俄国侵占伊犁不置一喙（huì），这就等于向俄国表示，英国承认俄国侵占伊犁等地的既成事实，承认北疆属于俄国的势力范围。
紧接着沙俄又展开外交攻势，一个以总参谋部大尉考利·巴尔斯为首的代表团于同治十一年五月（1872年6月）到达喀什噶尔，与阿古柏签订了通商条约。该约规定：沙俄承认阿古柏为“哲德沙尔首领”，阿古柏允许俄国人在南疆通商和通行，在南疆各城设商务代表和建立“商馆”，俄货入口税为值百抽二点五。沙俄通过这个通商条约把自己的侵略魔爪伸进了南疆。同时它也表明，在《英俄协定》之后，沙俄对阿古柏政权的策略有所变化，由不承认其独立国家的立场转而予以正式的外交承认。但它也并不完全受《英俄协定》的制约，其对新疆的总政策没有变，那即是把它从中国的版图肢解出去，以便在时机成熟时将它一口吞并。英国为了与沙俄抗衡，加紧了对南疆的渗透。
1873年，阿古柏的代表团又由土耳其去印度，英印政府总督再次派遣上校福西特率300人的特别使团在喀什噶尔逗留了四个月。他们给阿古柏带来了大批枪炮弹药，并表示“如果需要的话，还可以派一个领事和一两万名武装军队驻扎在喀什噶尔保护你”。这批使团还给阿古柏带来了英国女王维多利亚的一封亲笔信，信里承认“哲德沙尔”政权为“合法的独立王国”，福西特承认阿古柏是“喀什噶尔和叶尔羌地区元首”。阿古柏因对沙俄充满恐惧，因而也极力寻求英国的庇护。他卑躬屈节地对福西特表示：“女王就和太阳一样，在她的温和的阳光里，像我这样可怜的人才能够很好地滋长繁荣，我特别希望获得英国人的友谊，这对我是不可少的。”