平定叛乱、收复新疆，让左宗棠步入了封疆大吏的行列。清廷随即将左宗棠调入京畿，以示嘉奖。入京辅政，可谓是莫大的殊荣。但是，入京辅政，也是左宗棠仕途波澜起伏最剧烈的日子。左宗棠的犟脾气不容许他阿谀奉承、曲意逢迎，他本人也并无借此飞黄腾达的愿想。这就与那些一心以溜须拍马为能事的官僚形成了鲜明的对比，他们容不下这样一个刚正不阿的人存在于他们身边。最终，左宗棠被迫离京，在他的古稀之年，踏上了辖管南洋的征程……
入京辅政获殊荣
左宗棠于光绪七年（1881年）正月下旬赶到北京，《中俄伊犁条约》已在彼得堡签字。他抵京时，“错将铸成”的估计果然应验，他本想利用“陛见”的机会“据所见直陈，以备圣明采择”。如今中俄伊犁交涉已成定局，虽然“紧要节目，多已就我范围”，总算“差强人意”，但是他对其结局仍然深感痛心，他函告留守新疆的刘锦棠说：“伊犁仅得一块荒土，各逆相庇以安，不料和议如此结局，言之腐心！”然而，左宗棠毕竟是一位坚强而真诚的爱国者，他仍秉其爱国宿志，继续为反抗帝国主义侵略、改变中国的屈辱地位贡献余生。
清廷于左宗棠到京后的第三天，即二月初一日下诏，以左宗棠为军机大臣并“在总理衙门上行走，管理兵部事务”，参与政治、军事、外交诸事。
在被时人称为“中兴名臣”的曾国藩、左宗棠、李鸿章三人中，曾、李虽先后在向被视为畿辅重地的直隶担任总督，且曾以一等侯爵高出左，李晋封大学士早于左，但曾、李二人终其一生也未得到入值军机、主持总署和参戎兵部而集三权于一身的殊荣。此时，曾国藩早于同治十一年（1872年）去世，左宗棠与李鸿章分别代表的湘、淮两系势力在晚清政治格局中占有举足轻重的地位，且左同李之间的矛盾在镇压捻军时已经激化，到海防与塞防之议时双方公开互相指责，尤其是在关于伊犁交涉问题上，李鸿章的态度让左宗棠感到愤愤不平，他竟然支持崇厚，反对自己。李鸿章与京师的军机大臣、总理衙门大臣们遥相呼应，十分惧怕列强的武力恫吓，主张对外妥协。因与慈禧太后争权，奕则在同治四年（1865年）被罢免议政王，此后他在主持总理衙门并任军机大臣期间，常与慈禧太后发生争执，因此他不断被慈禧寻找机会压制。
本来奕对左宗棠等人办洋务以兴办近代工业是支持的，但他对外立场的软弱却使左宗棠感到不满。这样，慈禧太后利用左宗棠和京城“清流派”的主战言论，调左进京，“以备朝廷顾问”，实则是出于牵制奕、李鸿章的目的。所以，人们对左宗棠辅佐朝政一事有如此议论：“持清议诸臣以外交事素不惬鸿章所为，知宗棠持议与鸿章左，益扬左以抑李。”左宗棠入值军机处和任总理衙门大臣，“明代沈相（指军机大臣沈桂芬），暗倾恭邸（指恭亲王奕），其势其焰，几于桓温”。
左宗棠入京辅政，并非朝廷为了表示对左宗棠收复新疆的功劳进行奖赏那么简单，除了慈禧太后有通过左宗棠来牵制奕和李鸿章的内部统治需要外，还有源于外部的压力。清廷迫于列强的压力、俄国的军事恫吓以及李鸿章等人的谗言而促使其改变了同俄国交战以收复伊犁的立场，想以调左入京之机向俄国表示一下态度，从而有助于应付已激化的中俄矛盾，且希望曾纪泽能在崇厚擅自订立的《里瓦基亚条约》的改订方面与俄国达成妥协。但左宗棠入京的最重要原因，则应该是他收复新疆的壮举轰动京城，使得一向以指陈时政、标榜风节为己任的那些多在都察院和翰林院供职的士大夫所组成的“清流派”特别看重左宗棠的德才。正是在他们的积极建议和一些王公大臣的支持及慈禧太后对左的赏识之下，左宗棠才有“入赞纶扉”的可能。
还在光绪四年（1878年），崇厚被清廷派往俄国之际，时任翰林院教习庶吉士的清流健将张之洞就代翰林院侍讲张佩纶（字幼樵，直隶丰润人）上奏，强调崇厚赴俄不应行海路，而应走陆路，途经新疆，以“身历其地，体察形势”，并“与左宗棠定议而后行”。虽这一建议未被采纳，却足见清流派已垂青左宗棠。次年崇厚擅订《里瓦基亚条约》后，已任司经局洗马的张之洞上奏列出“不可许”的10个理由和“必改此议”的“四要”，并痛切指出：
观世变日益艰难，西洋挠我榷政，东洋思启封疆，今俄人又故挑衅端，若更忍之让之，从此各国相逼而来，至于忍无可忍，让无可让，又将奈何？无论我之御俄本有胜理，即或疆场之役，利钝无常，臣判战俄人虽五战不能越嘉峪关，虽三胜不能薄宁古塔，终不至掣动全局。旷日持久，顿兵乞食，其势自穷，何畏之有。然则即今一决，乃中国强弱之机，尤人才消长之会。此时猛将谋臣，正可一战，若再阅数年，左宗棠虽在而已衰，李鸿章未衰而将老，精锐渐尽，欲战不能，而俄人已域于东，屯于西，行栈于北，不如今日捍之于藩篱，而待他日斗之于庭户，悔何及乎？
张之洞的此番论点与左宗棠以武力收复伊犁的见解可谓不谋而合。张之洞的主张代表了京师清流言战和对左宗棠予以支持的倾向。光绪六年（1880年），“清流派”更主张调左宗棠进京辅政，以改变由奕为首的军机大臣“泄泄沓沓，未能匡弼”的局面。清流要角、御史邓承修指出：“观今之大臣志虑忠纯、畅晓戎机、善谋能断者，无如督臣左宗棠”，若“委以军国之大柄，使之内修政事，外揽兵权”，就可望“拯今日之急，守宗庙社稷”，且“当今要务，莫逾于此”。光绪皇帝的父亲、醇亲王奕譞“认为左胜于李”，干脆提议让左宗棠“入赞纶扉”。于是，慈禧太后决定召左宗棠进京。由此可见，左宗棠入京辅政，并不是因为他武力抗俄的态度坚定。慈禧太后慌忙召其进京，意在削其兵权，避免他在新疆挑起战事，妨碍清政府对俄妥协投降。而实际上左宗棠如不被调往北京，即使他在新疆一再言战，也不会在没有得到清政府许可的情况下对俄开战。清廷调他入京之日，正是俄国在中国东北和西北耀武扬威之时，清政府的确需要他这样“老于兵事之大臣以备朝廷之顾问”。
左宗棠能够“入赞纶扉”，可谓是清廷对他这个功绩卓著、德高望重的老臣的倚重。他初到京城，即被召对两次，慈安太后谈及他数载“忧劳”，“声泪俱下”。清廷切望左宗棠能“襄赞”中枢。左宗棠的品性正直，决定了他既不善于而且也根本不愿意阿谀奉承、曲意为官，也并无借此飞黄腾达的愿想。当他接到清廷调他进京的命令时，即接连致书将到任的护理陕甘总督杨昌浚说：“拟遂请开阁缺，终老邪寓”，“拟于展觐时陈请以闭散长居京师备顾问，一则步履维艰，一则免入军机被人牵鼻”。他在北京，“窃见时局，亲贤在位，上下交孚，盈朝虽非尽惬时望，而奸佞贪诈之辈则罕有之”，“极知忝窃非衰朽所堪，只以慈圣（按指慈禧太后）盼待甚殷，不敢重拂，优睐■颜就列，良非得已”。
正是鉴于清朝统治中枢的腐败，人们对左宗棠“入赞纶扉”抱有很大希望，以致“人皆以司马君实目之”。左宗棠抵京不久也看到“俄事和局已成，倭奴思效西国，多方要索”。因此，他不能容忍清政府再在对待日本提出的侵略权益方面一再退让，表示“此时万无言退之理”。严重的民族危机感和试图改变军机处、总理衙门一向“积弱”的高度责任感，使左宗棠毅然走上新任。
卸任京畿督两江
左宗棠任职中枢的情况，翁同龢的日记可以作为一个佐证。翁同龢为光绪皇帝的师傅多年，且跻身清流，自然与左交往甚频。他们“初次识面”后，左就给翁留下“豪迈之气，俯视一切”的印象。左宗棠一改总理衙门对待外国公使毕恭毕敬的媚态，他召见英使威妥玛交涉鸦片加税等事宜，数议于总署，均“谈次有风棱”，使翁同龢感到左宗棠的举止确在“壮中朝之气”。翁还在记载左宗棠的一次谈话中写道：“其言以死生荣辱为不足较，并论河道必当修，洋药必当断，洋务必当振作。……余服其有经术气也。”
可见，左宗棠是把“河道必当修，洋药必当断，洋务必当振作”作为任政要纲，努力加以实施，且取得了一定的成效。
左宗棠一贯主张修治河道。此时，他把重点放在兴修京畿的永定河上。他在新疆赴京途经山西、直隶时，目睹了永定河失修所带来的严重危害。他说，“治水一事，在畿甸璈急”，“皇居附近，乃粒食维艰，民间流徙靡常，生计萧索，至此已十余年，尚无妥策以善其后。坐视神州陆沉，心何以忍？”因此，他入枢垣后就倡议治理京畿水利。治理永定河属“直境之工”，左宗棠需商之李鸿章，结果是“李相则姑漫应之而已”，对左的建议并不支持。左宗棠兴修畿辅水利，只专用亲军及王德榜所部练军，而不借助于其他营伍及户民，使“直隶十余年为之无成且群疑为不治者”的水利工程，在极短时间内大都完工，为我国水利史增添了新的篇章。醇亲王奕譞“遣人往阅，始叹为创见”。
左宗棠对外国的鸦片输入向来深恶痛绝，但第二次鸦片战争后，清政府在西方列强的坚船利炮威逼下被迫接受了鸦片贸易“合法化”。虽然对此深恶痛绝，但这也是左宗棠个人的能力所无法解决的。清政府为减少鸦片输入和白银外流所造成的经济损失，于同治七年（1868年）与英国驻华公使阿礼国协商将进口鸦片的税率由旧额增加20％，但十几年过去了，增税的问题一直受到外国鸦片贩子的阻挠而未能实现。此时的左宗棠“念正俗急务，尤在禁食鸦片，而已积重难返，唯加增洋药土烟税捐，以湮其流”。左宗棠上奏指出：
窃维鸦片产自泰西印度地方，由英国商人转贩而来，流毒中国，名为洋药。其患先中于市廛（chán）衙署，凡中人温饱之家，佚游燕僻子弟，聚处而嬉，用以遣日，比吸食有癖，积渐成稳，瘾重而形神交瘁。于是资倾家破而身命随之，内地罢民抛宜谷、宜蔬、宜瓜果腴地以种罂粟，劙（lí）果取浆，名为土药。其患先中于镇集乡村，儿食贫力作之人，游手无聊之辈，久且视为寻常，日用所需不知禁令为何事。于是吸食者多，更成积重之势。华民之吸烟者多，洋药之销路亦日益畅。从前各海口每岁进洋药三万余箱，嗣渐增至五万余箱，近闻且增至七万余箱矣。而洋药之价前时每箱百斤售银七百余两，近闻已减至五百余两，是销路之畅由于货价之减可知也。……臣前督陕甘，先以禁种罂粟为务，饬各属随时查拔以清其源。遇有洋药入境，则标识封存行栈，靳由原路折回，不准在地销售，其故违者察出焚之通衢，已著微效。唯此法行之一方为宜，若统筹全局，则令其由原路折回，于此者或销于彼，仍为不了之局。详察事宜，断非加洋药、土烟税捐不可。税捐加则洋药、土药之价必贵，价贵则瘾轻者必戒，瘾重者必减，由减吸以至断瘾，尚有可期。
对于鸦片烟毒给中国社会带来的严重危害，左宗棠进行了详细而深刻的痛陈，并提出了解决方案。左宗棠提出了以加税捐的办法来阻绝鸦片的建议，这对于解决积重难返的鸦片流毒问题具有积极意义。当然，左宗棠这种堵卮塞漏的举措已经无济于事。因为外国鸦片贩子为了攫取高额利润，对中国进行疯狂倾销，在国内，吸食鸦片已成为普遍存在的社会问题。
左宗棠关于“洋务必当振作”的主张，是针对总理各国事务衙门成立20年来在对外交涉与联系中遇事屈从、过于卑怯的外交格局而提出的。他担任总理衙门大臣后，决心一改从前的软弱格调，以“壮中朝之气”。因他任此职时间甚短，其在对外交涉中的表现仅能从与英使威妥玛谈论鸦片加税一事中体现出来。他说自己“奉命与闻各国事务，责无可辞，曾于接晤英使威妥玛时论及鸦片宜加征税厘冀可减瘾”。他以“权自我操”为谈判基点召见威妥玛，使“威妥玛无以难之”。但威妥玛为保护英国已取得的侵略权益，又在谈判中“语多反复”，“于加价一节，犹龂（yín）龂然若重有所惜者”。左宗棠认为如从其议，实与他的“期收实效本谋大相剌谬”。于是，左宗棠不仅驳回了威妥玛的无理狡辩，而且恳请清廷敕下各督抚将军对“洋药”予以加税，以行使一个国家的主权。左宗棠此举被时人称为“奇横有趣”，“可令彼族夺气”。清政府长期因“积弱”而媚于列强的习惯为之一改！所以慈禧太后对左宗棠作出了“尔向来办事认真，外国怕尔之声威”的评价，从中华民族反对外国侵略的角度观之，这无疑是对左宗棠一贯勇于维护民族尊严的爱国举止的最高褒奖。
左宗棠入政枢垣后，以身作则，反对结党营私的官场弊端和不负责任的官僚作风。他说：“自入国门以来，每闲朋侪（chái）许与之，谈辄逊谢不遑，且以党附为戒。遇言者指摘枢垣，必面陈勿予驳斥，以开言路。”“唯事有是非，人有邪正，政有利弊，谋有臧否，苟有所见不敢不言，言之亦不敢不尽也。知我者以为然否。疏稿唯关地方利害、民生疾苦者，始随时刊布。意在外闲牧令，奉有文檄，每不留心省览，付之幕吏，而文书由院行司道，司道行府厅州县，遇连篇累牍帖写，厌其冗长，随意删节，漫无文理，其报张帖日期处所，一纸塞责，上下不相检校。如是，而望草野周知政令，必达难矣。”
尽管左宗棠颇想有所作为，但业已腐败的清朝枢垣是容不下他的。人们对左宗棠的期望以及左宗棠自己“重新鼓铸”的抱负很快就因外调离京而落空。究其根本原因在于：这个时候，掌握国家政权的清朝统治集团从总体上说已十分腐朽了，表现在对外关系上，就是已经形成的一种软弱妥协的屈辱格局。这种半殖民地外交格局的形成有着深刻的社会原因，光靠一两个“司马君实”是无法逆转的。人们不久就发觉，左宗棠那种勇于抗拒外国侵略的“经术气”和“声威”是十分“不合时宜”的，为“群贤”所扼，不得其志。早在清廷内召左宗棠之初他们就散布舆论，说左宗棠“老病昏颓，不能胜此巨任”。左宗棠在总署刚提出“查禁俄人军火粮食资寇”之议，即遭到奕等同僚的反对，说是“恐多■■（ɡéjiāo），且与成局有碍”。以后双方更是话不投机，抵牾（dǐwǔ）益甚；与奕最接近的宝鋆（yún）竟辱骂左宗棠为“一团茅草”，致使翁同龢戚然慨叹“正人在位之难”。其他一些官僚“察恭王意亦不愿，遂群相侮弄之”。遇到筹商要事，故意不给左宗棠检送有关材料，致使“文襄顾此失彼，举端竟不能意委，数日茫茫失头绪”。几个别有用心的满族贵族更奏劾左宗棠“门户之见”过深等等，借此打击排挤左宗棠。也有一些关怀时局的京官、“清流”人士出面抗争，奏请慈禧训诫奕与左宗棠“同竭忠诚，和衷辅政”，对左宗棠则应训诫其“虚怀大度”，“不可矜伐而自是”，但仍无济于事。所以左宗棠与清廷统治集团中一些要人诸如恭亲王奕、直隶总督李鸿章等之间的矛盾，从根本上说，是存在着原则性的政见分歧。