7月11日，华盛顿返回了费城。杰斐逊马上向他报告了“小萨拉”事件的经过，华盛顿听说后感到十分生气，他当即表明不能让法国公使这样蔑视美国的法律。同时，华盛顿还声明这是一件十分严重的政治事件，假如处理不当的话，很有可能会在国际上造成十分不好的影响。不过还好已经得到了法国公使的保证，如果没有总统的决定，此船就绝不会离开美国。次日，华盛顿主持召开了内阁会议，会议决定对停留在美国海港内的法国船进行扣押。国务院把决定通知给了热内，不成想热内竟然公然对美国政府的决定表示对抗，私自起锚开航了。华盛顿看到总统的权威已经受到了挑战，并且很多群众还站在了敌军的那一边，感到十分恼火，他的精神也受到了很大的打击。
美国的中立政策和内乱
不只是法国公开挑战了美国的中立政策，大不列颠内阁的一些不明智做法也把美国的这一政策推向了崩溃的边缘。因为农业歉收，法国出现了十分严重的粮荒。此时，大不列颠决定利用海军的优势，截断法国的所有海上供应。1793年，英内阁指示扣留所有开往法国的商船，强迫商人卸下货物，然后进行并购收买，并补贴给他们一定的运费。大不列颠的这一行为引起了美国各界的愤慨，美国政府为此向大不列颠提出了强烈的抗议，警告说这样做的话便是违反了中立国的法律，并且还践踏了人道主义精神。面对美国的指责，大不列颠政府一意孤行，并且还扣留了美国海员为他们服务，由于美国人和大不列颠人同族同类，因此最容易遭遇英国军队的绑架。大不列颠拒不归还大湖区一带的碉堡的行为，进一步激发了美利坚合众国的反英情绪。直到此时，华盛顿还仍旧感觉不能随便采用武力，但国会内部有很多人都认为应当对大不列颠强硬一些。国内激进的亲法派基本上不考虑本国的条件，强烈要求马上使用武力夺回大湖区一带的碉堡。但是华盛顿却坚持认为不行，即使动手的理由很充分，也要首先摆平对法国和大不列颠的关系，否则一旦战争爆发，后果将会不堪设想。在俄亥俄地区，受到英国军队挑拨的印第安人也在不断进行着叛乱。由于他们拒绝进行谈判，韦恩的队伍再次转入了进攻。总统山上的总统们雕像。左为乔治·华盛顿。
1794年，新一届国会开幕了，会上有很多棘手的事情需要进行决定。热内的阴谋加上大不列颠的鼓动，令战争的阴云再次飘到了美国的上空。华盛顿首先在开幕词中对人民让他再度当选为总统表示了感激。接着他说，面对欧洲的战争，美国应当采取的办法是与各国保持和平友好的关系，只有这样，才能确保美国的利益不会受到损害。他向国会强调必须要加强国防力量，否则美国在他人的眼中只会是一个弱国。美国需要和平，但是和平却不能依靠他人来给予，它需要依靠强大的武力作保障。因此，华盛顿极力主张要采用扩军备战的办法。在他的讲演当中，华盛顿再次向议员们发出了忠告：当务之急便是要加紧偿还所欠的国债，节省出宝贵的时间来发展经济。依据众议院的要求，2月23日，杰斐逊提交了一个美国和其他各国贸易往来的统计表。美国进出口商品的种类和范围在这份表格中都可以令人一目了然。杰斐逊特别说明，当前美国的商品出口存在着好多的困难，因此他建议通过制定抵消关税法和友好协商的方式，来为美国商品营造出安全、和平的出口环境。为了保障公民们的商贸以及海上交通的权利，杰斐逊建议国会尽快制定出有关这方面的法规。
美国当时的政局十分复杂，欧洲的态势也充满了变数。法国王后已经被处决了，杀人如麻的雅各宾派一直都没有停手。美国在内部开始出现不和谐因素，美国军队不止要防备来自于欧洲的危险，还要对北非沿海的海盗进行打击。形势十分糟糕，这些事情全部都压在了总统的身上。华盛顿全心全意地寻找着冲出困境的正确途径。他对世界各国出现的事情基本都了然于心，一些反对联邦群体的行动也没有逃脱出华盛顿的眼睛，当前他们使用的唯一方法就是不停地诽谤华盛顿。杰斐逊的商务报告很快便通过了众院的审议，同时，麦迪逊还提出了一些有关于加强美国商人在海上安全的议案，议员们在审议这些议案时争吵得十分厉害，甚至有人出言不逊。华盛顿认为，以上问题并不只是商业问题，它还涉及到亲法派和亲英派之间的派别之争，这就无法避免地和政治拉上了关系。在全部的辩论过程当中，部分议员甚至还建议，应当在某些议案本子上面盖上“亲法”和“亲英”的印记，以便让大家明白谁是亲法派，谁是亲英派。此次辩论持续的时间超过了半个月，从1月13日开始一直到2月3日才结束。在进行表决的时候，第一项议案以五票的微弱优势得以通过。其他那些议案却是一拖再拖，直到三月底也没有得出结果，最后不了了之了。
3月27日，有人建议将所欠大不列颠的债务扣下来，留作自己的国库基金进行使用；不但这样，美国还应当向大不列颠政府抗议，责令他们赔偿美国商船的损失。英国军队的残暴行为激起了美利坚合众国人民的极大愤慨，各州都有群众进行集会，要求严惩大不列颠的肇事者。现在，亲法派占了上风，很多人都感觉，假如在此情形下美国人仍和大不列颠保持友好的话，那么简直就是太懦弱了。为了表明他们的反英决心，很多人还联合成立了民主公社。在这一关键的时刻，美国驻英公使送来了消息说大不列颠已经撤销了过去制定的法规，严令大不列颠各舰释放被扣押的美国商船。同时，大不列颠政府还发表了声明，承认他们在对待商船的做法中有过激行为，因此特向美国人民道歉。4月4日，美国国会就大不列颠作出的新承诺开始了辩论。联邦党人认为大不列颠为美国解除了忧难，因此，他们不同意美国政府采用强硬办法；反联邦党人现在也不再像过去那样激进，他们同意观察一下事情的发展情况，然后再作决定。杰斐逊尽管是一位亲法派，可他强烈要求美国不要卷入战争，最好是通过和平谈判的方式来解决所有的纠纷。
当时美国的部分地区已经出现了叛乱，要想将叛乱平息，需要动员7000名士兵，假如任由叛军势力蔓延，局势就一定会变得更加严重。8月7日，华盛顿发出了公告，责令那些反叛者马上解散，假如在9月1日前仍旧不能解散的话，政府就要采用强硬的手段。同时，华盛顿还指示宾夕法尼亚州、新泽西州、弗吉尼亚州和马里兰州各派一支队伍组成一支讨伐大军。没过多久，这支队伍的总人数就已经达到了15万人。华盛顿认为，如果不及早铲除此次叛乱的话，就一定会酿成十分严重的后果。这些叛乱社团大多都由一些心术不正的人建立，他们首先打算毁灭的是人民对政府的信任，将人民不满政府的种子播撒出去。假如让这些种子开花结果的话，美国将无法继续进行经济建设。
反叛者拒不解散，华盛顿于9月5日再次发布了警告，声明政府将要采取强有力的手段，来对这些冥顽不化的反叛者进行讨伐。很快，华盛顿就亲率大军前往宾州西部镇压叛乱了。就当要离别费城的时候，华盛顿接到了摩根少将的来信，在信里，摩根说自己正带领着一支弗吉尼亚民兵行进在讨伐叛徒的路上，李将军是这支队伍的总指挥。华盛顿对他们的行为深表感谢，同时他和摩根约定在坎伯兰要塞地区进行会面。队伍集合完毕后，华盛顿到了贝德福德，在这里他接到了通知，然后便返回了费城参加了第三次国会。
乔治·华盛顿共济会国家纪念馆国会于11月9日开幕，华盛顿在国会上发表了演讲。谈到宾夕法尼亚州边陲出现的叛乱时，华盛顿强烈地谴责了事件的幕后“挑动者”。在讲述了这场暴乱的因果之后，华盛顿说：“出现了这样的事情，我感觉到十分遗憾。是一些人的野心导致很多人丧失了做人的权力。实践证明，现在美国的繁荣昌盛已具备了很好的基础，人民充分了解到了自由和民主的真正含义。即便是有人搞阴谋诡计，但聪明英勇的我国人民一定会将这些人的阴谋粉碎掉的。正如捍卫我们的权利不受侵害一样，美利坚合众国绝对不会允许有人对法律进行践踏。华盛顿又说：“很多反叛者被眼前一时的利益所迷惑，当他冷静下来之后，则必然会为个人的行为感觉到惭愧。追求自由和正义的美国人正在用双手建设自己幸福的家园，假如《美利坚合众国宪法》被推翻的话，那么全部美洲大陆将会再次陷入到痛苦的深渊当中。”华盛顿对那些居心叵测的人的指责，让大家看到了他的勇气和魄力。
1794年8月5日，美国驻英公使杰伊秘密向华盛顿进行报告说，大不列颠内阁正在着手用和解的态度对过去出现的种种争端进行解决。但当华盛顿问及这一宽厚态度泛指什么的时候，杰伊自己也说不清楚。华盛顿不指望此次谈判能够获得圆满的成功，但是他却认为大不列颠政府一定会作出一些让步。当时美国国内的激进分子太多，致使政府难以腾出手来处理外部的事物。因此，华盛顿迫切地希望这次谈判可以有一个明确的结果。一个时期以来，华盛顿对大不列颠不断劫持美国商船的事件感到十分恼火。国会结束后没有几天，驻英公使杰伊便送来了英国的谈判条款，和这些条款一起的还有杰伊的一封信，在信里他说，对我国而言再也没有这样好的条款了，希望华盛顿能够及早批复。华盛顿对全部条款都进行了细致的推敲，尽管部分条款还令人满意，不过却仍旧有一些条款是华盛顿无法赞成的。他自己也清楚，大不列颠不会将所有的好处全部送给美国。最后，华盛顿还是决定，一旦国会议员意见统一的话，他就准备批准该条约。许多议员由于事先就对条约怀有敌意，所以在开会时他们便进行了极力的反对。刚开始的时候，华盛顿叮嘱不要向民众公布条约的事情，后来不知什么是原因，令消息仍旧传了出去。民众在得知了这一消息后感到十分的气愤，部分激进分子甚至认为，和大不列颠之间根本不存在谈判，只需要派人去大不列颠进行索赔就可以了。
1795年5月23日，杰伊返回了美国，他惊喜地得知，在出访欧洲期间，自己已经是纽约州的州长了。这个职位完全是故乡人对他能力的认可。和杰伊一起到美国的还有艾德先生，他受法国的派遣前去接替福谢先生的职务。他随身带着一面法国国旗，并且想要把它转赠给国民议会，以此来作为两国友谊的见证。同时，他还代表法国对门罗先生赠送美国国旗一事深表感谢。
6月8日，华盛顿主持召开了国会会议，集中对过去与英国拟订的条约进行了讨论。议员们对条约当中的一些条款表示不满，尤其对第十二条的意见则更大，该条款规定：“美国可以与英属西印度群岛直接进行贸易，但是，运送西印度群岛或者美国的产品的美国商船的总吨位不能超过70吨，严禁美国商船把西印度群岛或是美国的咖啡、食糖、糖浆、可可运往世界其他地区。”说白了，此项条款的核心就是要限制美国在这个地区的贸易。杰伊对此条持有自己的意见，他提醒大家注意，南方盛产的棉花并不在条款限制之内，仅此一条，就将会给美国带来巨大的财富。有了这一条约的保证，美国的棉花销量必然会大幅度上升，从而成为南方地区的支柱产业。
6月24日，参院投票通过了杰伊带回来的条约，但同时又补充了一条新的建议，要求条约中的第十二条要暂缓执行。大不列颠人在接到了美国政府批准的条约后，不禁哭笑不得，多少年来，他们第一次领教到这样的条约。在条约获得批准之后，因为国内某些人的恶意煽动，民众对这项条约的不满情绪在不断加重。阴谋家借此进攻了共和政体，说政府全部的事情都应当对民众开放，而不应该秘密进行。就当群情激愤的时候，梅森参议员把条约的摘要交给了反对党的一家报纸。该报纸把条约刊登出来之后，美国上下一片沸腾。不只反对党成员，还有那些本来不关心政治的人也开始跟着闹了起来。纽约、费城、波士顿、巴尔的摩等地的群众纷纷举行了集会游行，强烈反对政府批准该条约。在纽约市，大家在州长府门前当场烧毁了条约，举国上下狂呼乱吼，共同来表达他们对此条约的不满。华盛顿明白，这是反对党在幕后指使的，不过从另外一个角度来看，此项条约确实有着不完善的地方。华盛顿自己也不喜欢这一条约，不过他感觉不能让事情悬而不决，所以便向参议院提交了申请，让他们有所保留地批准了这项条款。
接着又传来了坏消息，大不列颠政府再次恢复了1793年6月间制定的法案，决定扣押所有驶向法国的船只。听说了这一消息之后，华盛顿立即便表示出了强烈的抗议，不承想他的这一行为却引起了大家的误解。大家很自然地便把这件事情和不久前签订的条款联想到了一起，人们感觉大不列颠人就是在耍弄美国人，他们打算从美国捞取到更大的好处。
1795年的12月，国会再次举行了会议。华盛顿在演讲中首先向大家一年来获得的成绩表示了祝贺，并对议员们为自己国家作出的积极努力深表感谢。紧接着，华盛顿还提出了韦恩将军与印第安人签订临时条约的问题。华盛顿就此事情询问了参议院，问他们是否赞同结束这场可恶的战争。在条约的适用期内，印第安人要求美国政府奉行平等、公正的政策。演讲中，华盛顿谈到摩洛哥国王送来的一封信，在信里，这位新国王表明了保证忠实地执行家父和美国签订的条约，决定释放所有被关押的美国人，尽快在有关的海域内实现和平的态度。同时华盛顿还谈到西班牙传过来的令人满意的协议，美国今后可以和西班牙人民和平共处。当然，华盛顿也提到和大不列颠订立和约的问题，他坦言自己不清楚英皇是否会批准这个条约，但是华盛顿承诺一旦接到大不列颠传来的条约正本，他就会立即通知众位议员。