私立福建协和大学办学35年，毕业生共有1300多人，为近、现代中国培养了大批人才，在科技、农业、教育各方面都有不少出类拔萃的人物。中华人民共和国成立后任中国科学院学部委员的有郑作新（中国鸟类世界著名学者，曾被美国国务院聘为客座教授赴美讲学）、林兰英（著名半导体物理学家）、黄维垣（中国科学院上海分院副院长、上海有机化学研究所所长）、唐仲璋（寄生虫专家，厦门大学教授）、唐崇惕（寄生虫专家、厦门大学教授）；以及著名农业专家李来荣（原福建农学院院长，国际著名园艺学家）、张先光（美国密执根州立大学教授，进入“世界名人录”的著名禽病专家）等。
协和大学英文名为“福建基督教大学”，但由于中国共产党的影响，宗教教育趋于淡化，师生思想逐渐进步。民国十六年（1927年）一月，中共福州地委直接领导的进步团体“福建涤社”出版《收回教育权专号》，该校教授陈锡襄还主持筹备召开“福州各界反抗文化侵略大会”。二十六年（1937年）十月，协大百余名师生举行抗日救亡大会。
20世纪30年代初，该校学生中就有共产党员组织读书会，进行革命活动。三十五年（1946年）十一月，中共协大支部在学校驻地魁岐乡举办民众夜校，吸收100多名青年参加学习，并培养一批进步青年加入中国共产党。到20世纪40年代中期以后，该校已有3个共产党支部，党员学生数十人。历来福州各校师生发动的爱国民主运动，该校都是主力之一。
1947年5月16日，协和大学学生自治会在中共地下党组织领导下，经过周密策划，发动全校绝大部分学生计600余人，冲破国民党的威胁与重重阻挠，组织福州市有史以来人数最多、声势浩大的“三反”（“反饥饿、反内战、反迫害”）大游行，散发《告福州市民书》。队伍浩浩荡荡地沿着市区台江、小桥、洋头口，穿过南门兜，一路直达鼓楼的国民党省政府，向当局递交《请愿书》。沿途群情激奋，受到广大市民欢迎，有的纷纷加入游行队伍。此举也得到福州各大专院校学生的声援和支持。
1951年1月，中华人民共和国中央教育部决定接办协和大学和华南女子文理学院，将两校合并成立福州大学，此为老福州大学。两校合并暨福州大学成立典礼，于此年4月12日在福州魁岐原协大举行。新成立的福州大学领导机构为校务委员会，由许彧青任主任，严叔夏、王世静任副主任。
当时，原私立福建协和大学校区内设福州大学农学院。下年，厦门大学农学院并入福州大学农学院，统称为福建农学院。1958年该校从魁岐迁往西郊梅峰，原协和大学校舍由铁路部门使用。1994年福建农学院更名为福建农业大学，2000年10月由福建农业大学、福建林学院合并组建福建农林大学。1953年福州大学改名为福建师范学院（数年后新福州大学另建），1972年福建师范学院改名福建师范大学。
12、1916年：未名湖第一个主人
燕京大学是20世纪上半叶4个美英基督教差会在北京开办的一所著名教会大学，旧中国的14所教会大学之一，其中燕京大学与金陵大学、齐鲁大学等是最著名、办学成就最卓著的几所。
燕京大学的前身是美、英两国教会在北京创办的3所教会学校：华北协和女子大学、通州协和大学与汇文大学。1916年，美国美以美会、公理会、美北长老会，英国伦敦会将这3所学校合并，初名“北京大学”，最近是在北京城里的盔甲厂。由于是不同的教会合办、不同的学校合并，所以起初管理非常混乱，一直没有满意的校长，直到1919年“中国通”司徒雷登出任校长，才开始有了转变。
其时五四运动刚刚结束。司徒雷登家族是著名的来华传教士之一，他后来还成为美国驻华大使。他上任后，立即对学校进行了改革，并把校名改为燕京大学，成为燕京的创始人和最佳校长（还是干得最久的一位，从1919年直到1946年，长达27年）。当年“学生志愿参加海外传教运动”的领袖罗伯特·史庇尔就认为：“司徒雷登深切了解中国，于在华传教人士中对中国青年最具影响力，而且才华与学养出众，思想开朗，中外人士都心仪其人。”包括基督教青年会国际协会副总干事布鲁克曼也认为，他是不二人选。
随后司徒雷登开始寻找新校址，建设新校区，并在老朋友哈利·卢斯博士（他的儿子后来创办了著名的美国《时代周刊》）的帮助下向社会各界募捐集资。经过几年的努力，该校成为当时中国最美丽的大学和最有成就的大学之一。在教学思想上，该校不强调基督教教育，实行自由教学与研究，要求燕大的学生既中国化又国际化。
1921年，凭着司徒出色的口才和交际能力，学校仅以6万块大洋的价格，在北京西郊海淀购买到前清亲王赐园（当时的主人是山西督军陈树藩），聘建筑设计师墨菲进行总体规划，建造了近代中国规模最大、质量最高、环境最优美的一所校园。
燕京大学的校园，即今天的北京大学校园。1921～1926年，曾为多座在华教会大学进行过设计的美国建筑师亨利·墨菲（1877～1954年）接受聘请，为燕京大学进行了总体规划和建筑设计，建筑群全部都采用中国古典宫殿的式样。
燕京大学的东西轴线以玉泉山塔为对景，从校友门经石拱桥、华表（取自圆明园废墟），方院两侧是九开间的庑殿顶建筑——穆楼和民主楼，正面是歇山顶的贝公楼（行政楼），两侧是宗教楼和图书馆；沿中轴线继续向东，一直到未名湖中的思义亭，湖畔还有博雅塔、临湖轩。东部以未名湖为界，分为北部的男院和南部的女院。男院包括德、才、均、备4幢男生宿舍以及华氏体育馆。女院沿一条南北轴线，分布适楼、南北阁、女生宿舍和鲍氏体育馆。
燕京大学建筑群在外部尽量模仿中国古典建筑，在内部使用功能方面则尽量采用当时最先进的设备：暖气、热水、抽水马桶、浴缸、饮水喷泉等。
1926年，燕京大学正式迁址于此地。从1929年起，燕京正式设立了文学院、理学院、法学院，总共有近20个系，规模显赫，气势宏大，典雅华美，湖光塔影，教学蔚然成风。
燕京大学于1924年筹办的新闻系，在旧中国时期是首屈一指的，培养出了中国第一批受过系统教育的新闻工作者，是亚洲“第一所完全的新闻系”。她与中国历史上寿命最长的民间报纸、在民国时期影响极大、大力标举“四不”（不党、不卖、不私、不盲）的办报方针，坚持文人论政、文章报国，被视为“中国现代史上自由主义思想之堡垒”的《大公报》关系密切，渊源很深，他们有着共同的理想和追求。该报的中坚人物（如朱启平、蒋荫恩、萧乾等）多是出自燕京，而且许多知名《大公报》人（如胡政之、王芸生、张琴南等）又曾到燕京任教，对该报风格的形成起了至关重要的作用。
民国的大学校长，往往把学校里知名教授的数量看得比什么都重要。司徒雷登也是如此。在燕京大学初创时期，他延请到了刘廷芳、洪业两位名师，在他们的协助及影响下，一大批学术大师纷纷奔赴燕京，到20世纪20年代末，燕园之内已经是名师云集，国文系有顾随、容庚、郭绍虞、俞平伯、周作人、郑振铎等人，历史系则有陈垣、邓文如、顾颉刚等人，哲学系则有张东荪等名宿……后来还有吴雷川、陆志韦、许地山、邓之诚、赵紫宸、吴文藻、高名凯、“美国佬”斯诺等，从而提升了燕京的知名度和学术地位。名师出高徒，雷洁琼、冰心、费孝通等，都是那一时期的学生。
1930年，高中尚未毕业、完全靠自学成才的苏州人钱穆，因顾颉刚的鼎力相荐，来到燕京大学任国文系讲师。不久，大学者钱穆又转去北大、清华、北师大任教，与胡适并称为“北胡南钱”。此后是西南联大、齐鲁大学、武汉大学、四川大学、华西大学、云南大学、江南大学教授。1949年后到香港创办新亚书院（今并于香港中文大学），收留战乱流离的学生。今人称赞他是中国最后一位文化宗师、古典士大夫。
真正让燕京大学跻身世界一流大学地位的，还是哈佛燕京-学社的建立。20世纪初期，司徒雷登了解到美国铝业大王霍尔有一笔巨额遗产捐作教育基金，并声明遗产中一部分用于研究中国文化，由一所美国大学和一所中国大学联合组成一个机构来执行这项计划。起初遗嘱执行机构选了美国的哈佛大学和中国的北京大学，但司徒雷登设法成功地说服哈佛大学与燕京大学合作，于1928年春成立哈佛-燕京学社，并设立燕京学社北平办事处，从事中美文化教育交流。司徒雷登回忆这段往事的时候说：“那是一次可怕的经历，弄得我十分紧张，心里为自己事业的前途担忧，连吃的东西也顾不上看一眼。”
司徒雷登不仅把燕京大学看作自己毕生的事业，更把她看成是中国事业的一部分，认同这所大学是“中国人的大学”。他还注意与学生、员工互动交流，对待学生和蔼可亲，对待教职员工热情温暖。也正因为如此，司徒雷登在当时的燕京师生当中受到极高的推崇。由于燕京大学的成功以及它的影响，司徒雷登在中美两国的声誉也在20世纪中叶达到了巅峰。
司徒雷登与燕京大学仿佛就是一体。那所由他的朋友们捐赠给他作为居所的庭院，位临未名湖，冰心给她起了个诗意的名字：临湖轩。但是司徒雷登并没有一个人独享它，而是作为学校的办公地点。很快地，这座庭院便成为了燕京大学的标志。每年6月24日，燕京学生必定来到这里，给这位受他们尊重的校长祝贺生日。1926年6月5日，司徒雷登夫人在这所庭院离开人世，她的墓地成了燕京校园中第一座坟墓。也许，从那个时候起，司徒雷登就跟燕京大学融为一体了。
1935年，那时的燕京大学已经享誉国际，与南京的金陵成为中国两所学术水平最高的教会大学。但对于国民政府的一些部门来说，她并没有受到足够的重视。有一次，司徒雷登不免说出了自己心中的抱怨。蒋介石知晓后，立即为司徒雷登在南京励志社安排了一次演讲。那次演讲，蒋介石因临时有事，未能参加。但是，在当时的行政院院长汪精卫率领下，包括宋子文、孔祥熙、张群、何应钦、陈诚在内的各院、部和三军负责人近200人出席了这次集会。在这次演讲中，司徒雷登把燕京大学的种种状况介绍给当时的官员，以至于此后的燕京毕业生在应聘政府职员时，政府部门都不得不对他们青眼有加。
司徒雷登对于学生更是像一个慈祥的长辈。在燕京学生人数较少的时期，他能够准确地说出每个学生的名字。后来学生逐渐增多，但他依然努力做到了这一点。当时燕京有个规定，未名湖里禁止钓鱼。但是有个学生忽视了这个规定，正当他手持鱼竿在未名湖畔悠然自得时，一个慈祥的声音在他身后响起来：“这湖里面的鱼不错吧？”那正是司徒校长。
司徒雷登同情学生运动，1931年“九一八事变”后，他亲自带领数百名燕京大学的师生上街游行，抗议日本对中国的侵略。
1937年抗日战争正式打响，司徒雷登也在考虑是否把他经营了许多年的燕京大学迁往后方。但是经过一番深思熟虑，他决定让这所大学留在北京。他迅速在燕园升起美国星条旗，以表示此处属于美国财产；又特别在大门上贴上公告，不准日军进入。而抗日刊物以及各种宣传马克思主义的刊物，依然在燕京大学里得以正常出版。
由于司徒雷登这种兼容并包的胸怀，在那段风雨如晦的岁月中，抗日救亡的呼喊得以在这个由美国人创办的教会大学中发出时代的最强音。1945年抗日战争胜利后，毛泽东主席在重庆第一次见到司徒雷登，就满脸笑容地对他说“……久仰！久仰！你们燕京同学在我们那边工作得很好……”
1941年太平洋战争爆发后，日军封闭学校。司徒雷登因为拒绝与日方合作，被日军关在集中营，直到日本投降后获释。1942年四川省成都市办起燕京大学临时学校，孔祥熙任校长，梅贻琦任代理校长。1945年学校在北平原址复校开课，司徒继任校长（后为校务长）。1946年成都临时学校师生发回，开办工学院。1951年学校改为国立。
燕京当家人司徒雷登本来应该一直生活在这个美丽的校园里，但是在1946年，他做出了出任美国驻华大使的选择。在他即将离开北平时，在某个中美联谊会为他举行的欢送会上，他突然发现了已经认识多年的北京大学校长胡适。在他的即席发言中，他把自己与胡适作了一番比较，说：“他幸运地辞去了出使国外的使命（指胡适辞去华国驻美大使的职务），返回北平当大学校长；而我却要离开这最可爱的城市和那令人满意的事业，去从事一项前途未卜的使命，而这正是胡博士所避开的。”
不过，燕京大学校友、加拿大华裔学者林孟熹对此有不同的说法。他曾请教当时燕京政治系主任兼校务委员会成员陈芳芝。陈芳芝回忆说：“在离开燕园赴南京就任前夕，司徒雷登曾经对他说：‘出任大使是为了谋求和平，而只有在和平环境下，燕京大学才能生存和发展。’”
但是，长于治校的司徒雷登，对于政治显然没有对于教育那样了如指掌，这段大使生涯让他感到心力交瘁。他想一碗水端平，却得罪了过去的老朋友蒋介石。甚至他昔日的学生们，也不能完全了解他的一片苦心。1948年5、6月，燕京的学生代表在临湖轩就中美关系和美国对华政策交换意见，气氛剑拔弩张，因为燕京过去给他们的教育是：“吾爱吾师，吾更爱真理。”两年前他回到杭州祭扫父母墓地时，有人评论他“既是政客又是学者，既是狡猾的对手又是温馨的朋友”。
随着南京解放以及美国对华政策彻底失败，1949年8月，司徒雷登不得不踏上回美国的飞机，离开这片他曾经生活了50年、并曾深深热爱过的土地。在飞机上，他看到美国国务院发表的《白皮书》，自己完全成了一个美国对华政策失误的替罪羊。而在大洋彼岸，毛泽东也发表了那篇著名的《别了，司徒雷登》——当然，他也因为这篇文章在中国几乎家喻户晓。这位老人再也支撑不住，一下子中风卧床不起。
1952年全国高等院校院系调整，燕京的法学院、社会学系并入北京政法学院（今中国政法大学），工科并入清华大学，文、理科并入北京大学，北大迁至学校旧址——未名湖畔的“燕园”。1993年，燕京大学北京校友会和北京大学分校联合成立燕京研究院。
燕京校训：因真理，得自由，以服务。
燕京精神：坚持真理、崇尚民主、办事认真、勤奋进取、热情开朗。亲密、健康、平等的人际关系。
校长：司徒雷登、吴雷川、陆志韦、梅贻宝；孔祥熙、梅贻琦。