第四，对受迫害干部的安排不公正。例如由于认为刘志丹犯有“右倾机会主义”的错误，因此刘志丹由原西北红军总指挥、红十五军团副军团长改任地方部队新组成的红二十八军军长；红四十二师政委张秀山被下放到红军大学当政治教员；高岗1936年1月被派到内蒙古三边地区，任蒙汉游击队政委；陕甘边苏维埃主席习仲勋先是安排到中央党校当教员，后来调任关中特区苏维埃政府副主席、曲环工委书记、环县县委书记；西北工委书记惠子俊到赤安县任县委组织部部长；红二十六军第二路游击队总指挥、红二十七军八十四师第一任师长杨琪到三边任独立营营长；陕甘边军委主席刘景范为三边特委军事部长；红二十六军的主要团级干部王世泰、黄罗斌、胡彦英等均为县军事部部长等。正如李维汉回忆的：“由于‘左’倾路线没有清算，陕甘边苏区的地方干部和军队干部仍然戴着机会主义的帽子，所以对他们工作的分配，特别是对一些高级干部的工作分配，一般是不公正的。”中共中央1983年的28号文件也明确指出：由于1935年《中央及党务委员会一九三五年十一月间审处错误肃反决议》存在错误，“因此，停止肃反后，对原陕甘边党、政、军干部的工作分配存在着不公平的待遇。”
这种情况，使受到肃反迫害的同志颇不满意。杨和亭回忆说：1935年11月底的肃反平反会上，“大家都很气愤。杨琪、杨森等边说边哭，大家都流了眼泪。戴季英执行‘左’倾路线，用体罚、拷打、鼻子灌辣椒面、坐老虎凳等***残酷手段迫害革命同志；尤其不能容忍的是，他还在下寺湾活埋了不少好同志。到会的很多同志都很气愤，几乎使会议开不下去。”宋任穷的回忆也证实了这种场面：1935年11月中央为陕北肃反平反的会上，“参加会议的不少受害同志发了言，有些同志很激动，甚至个别人痛哭流涕，这是完全可以理解的。”马文瑞回忆说：当时对肃反有点积怨，因此在周恩来同志找我谈工作问题时，“回想起肃反中的冤情，我的心情有些复杂。那种情绪使得我没能立即回答周副主席提出的问题，低头沉思了半晌，说：‘工作由组织确定吧’”。曾任十五军团八十一师（由原陕北红二十七军改编）政委的张达志虽未被捕，但因肃反中曾拟抓他，并对一些同志遭到活埋和迫害非常不满，在直罗镇战役前夕见到周恩来后，强烈要求调离红十五军团。张秀山回忆说：1936年2月，与东征到神木的刘志丹相逢，“这天晚上，我和志丹睡在一个炕上谈到深夜。当说到陕北的错误肃反时，我们仍然很激愤。”“噩耗撞击着我的心，他们都是经受多年战火考验，对党对革命忠心耿耿的好同志，可是他们牺牲时，身上还背着‘右倾机会主义’罪名，这对我们这些活着的人来说，很难容忍。”
对于陕北肃反的严重危害和纠正中存在的诸多问题，中共中央是逐渐了解的。1937年4月，陕甘宁苏区第一届党代会召开时，许多人对郭洪涛当选代表有意见，而当确定他为边区党委委员候选人时，意见就更大了。中央曾派朱德、林伯渠等领导出面做工作，仍然没有说服大家，许多人哭着表示自己不同意的意见。这次会议就肃反责任要郭洪涛、朱理治负的问题，“闹得很厉害。”其后，有更多的情况汇集到了中央。中共陕甘省委书记李维汉，根据习仲勋、张邦英、张策、刘景范等原陕甘边苏区领导人的介绍，认识到陕北肃反的根源和1935年《西北中央局审查肃反工作的决定》存在缺点错误，向毛泽东、张闻天作了反映。中共陕西省委书记贾拓夫也把了解的肃反情况，向中央作了汇报。1937年8月，张秀山就肃反时期的负责人还在散布刘志丹等“右倾机会主义”的问题，给党中央写信，“反映了情况，请求党中央重新审查强加在我们身上的‘反革命右派’‘右倾机会主义’的问题。”
针对这些情况，1938年1月，中共中央政治局常委会议讨论了陕北肃反问题，并首次提及朱理治、郭洪涛在陕北肃反中的责任问题，认为“煌岗（朱理治的化名——引者注）同志的小册子更得有自我批评，是应该负责的”；“洪涛对陕甘问题上面一些不正确的观念，要负主要责任的。”“洪涛等供给了一些不正确的材料”。1938年初，中共中央召开会议，严厉批评了郭洪涛，调离了他在陕甘宁边区党委的领导工作。
但是，仅只调离郭洪涛并不能平息不满和争论。错误的肃反险些葬送西北苏区，200多名党政军优秀干部冤死于肃反，但这个错误的肃反没有得到彻底的处理，被冤者没有得到公正的对待。切肤之痛使活着的同志记忆犹新，所以，当时对边区党的历史的争议一直未休，如果不作一个正确的结论将影响许多同志的工作积极性，也影响边区党政军民之间的团结。
有鉴于此，1940年中共中央政治局专门就陕北肃反问题开会，了解陕北肃反中严重刑讯逼供的事实。1941年4月27日，中共中央政治局决定成立一个委员会，由任弼时召集，李富春、王首道、陈正人、康生、陈云参加，以解决边区党内关系问题。任弼时随即就陕北肃反问题进行了深入的调查研究。1941年10月13日，中共中央书记处工作会议决定对过去被冤屈打击的干部重新作结论，决定成立“清算党的过去历史委员会”“审查过去被打击干部委员会”。1942年2月28日，中共中央政治局决定成立“内战时期肃反工作总结委员会”。针对陕北“肃反”纠正中存在的问题，中共中央政治局于1942年4月11日决定成立由任弼时负责召集的“陕北肃反总结委员会”，总结内战时期的肃反问题。张秀山回忆说：“鉴于陕北肃反存在的诸多问题，1942年4月11日，任弼时受党中央委托，负责召集陕北肃反总结委员会开会研究，由委员会代党中央起草《中央关于1935年陕北（包括陕甘边和陕北）肃反问题重新审查的决定》草案，并列入西北高干会的议事日程。以后半年，遵照毛泽东的指示，西北局在开展整风运动的同时，组织一批干部深入基层调查研究，收集整理有关材料。”“任弼时同志对这次会议十分重视，为了开好这个会，筹备了几个月时间。他亲自参加筹备工作，找了很多在西北工作过的同志谈话，找我谈过两次。”
1942年8月22日，中共中央政治局决定：准备十月中旬召开由党政军干部参加的西北局高干会，由任弼时、王稼祥负责指导。29日，中共中央政治局会议进一步明确：西北局高干会由地方县委书记以上、军队团级以上干部参加。10月9日，中央书记处工作会议决定：高干会决议草案先经高干会讨论，于会议结束前交中央讨论，再交高干会最后通过。
在认真准备的基础上，1942年10月19日，中共中央西北局高级干部会议(又称陕甘宁边区高级干部会议)在延安召开（至1943年1月14日结束，会期88天）。参加会议的正式代表266人，其中陕甘宁边区一级的党、政、军、民、学负责干部97人，分区党、政及军队旅一级的负责干部52人，县级党、政及军队团一级的负责干部117人。中共中央对这次会议非常重视，一是安排延安中央高级学习组成员及在中央党校学习的一部分干部209人旁听了会议。在会议开幕、闭幕和讨论边区财政经济问题时，还邀请了政府和财经机关的党外负责人参加会议。二是许多中央领导人与会，有毛泽东、朱德、任弼时、陈云、王稼祥、彭真、叶剑英、吴玉章、徐特立等。毛泽东在开幕和闭幕时都讲了话，参加了大会关于西北党的历史问题的讨论，并在大会发言时多次插话问及情况和发表意见。朱德、任弼时、陈云、彭真、叶剑英、吴玉章、徐特立等作了讲演。
中央召开这次会议的目的非常明确，就是通过“大检查、大整顿。要达到精简、效能、统一、节约、反官僚主义五项目的，其中尤其是达到统一最重要，一定要做到统一领导。”于是，引发争论的陕北肃反问题自然而然地成为高干会上讨论的一个重要问题。
10月21日、22日，陈正人作整党问题的报告。在报告中，他提出认真总结陕北党的历史经验，从思想上和组织上整顿边区党，达到思想上的统一。23日至31日，在围绕陈正人的报告的分组讨论中，与会同志纷纷提出西北党历史上的一些问题，特别是1935年陕北肃反中的问题，大家一致要求，要用整党整风的精神来研究和解决这些问题和教训，明确是非，总结经验，达到思想上的统一和党的团结。经过党中央研究批准，大会领导小组接受了大家的意见。这样，从11月2日开始，会议关于整党问题由分组讨论转为结合西北党的历史进行整风的大会讨论。习仲勋、张秀山、李卓然、马文瑞、张邦英、王世泰、贺晋年等46人在大会上发言，肯定了刘志丹、高岗等在创建西北革命根据地中执行的是正确路线，他们对西北革命的贡献功不可没。同时严厉批评了朱理治、郭洪涛等，认为他们在西北执行王明的“左”倾机会主义路线，进行了扩大化的疯狂的肃反，犯了严重的错误，对革命事业造成很大损害。有的发言批评的态度有些过火，不恰当的话也有，但总的来讲还是对的。朱理治、郭洪涛、聂洪钧、戴季英也有多次发言，解释问题或者检讨错误。
经过多次讨论后，11月17日、18日，高岗在会上作了《陕甘宁边区历史问题检讨》的报告，报告称：陕北肃反是“在朱理治、郭洪涛、聂洪钧、戴季英四人的主持与策动下”进行的，“朱理治、郭洪涛应负第一等的责任”，“在肃反的全部过程中，朱、郭都是主谋者”。并说朱理治、郭洪涛是“个人主义的野心家和阴谋家”，并批评了“带着张国焘错误肃反路线影响来陕北的红二十五军主要领导者”。
高岗在报告中特别指斥了朱理治、郭洪涛“不同意迎接中央红军”的问题。这是会议揭发的问题，和陕北肃反紧密联系。当时从劳山战役缴获的东北军的文电中，知道中央红军长征到达甘肃南部，在前方的红十五军团领导人决定率军前出环县，迎接中央红军。但在后方的朱理治等接到前方的报告后，严令停止这个行动计划。当时朱理治等已认定刘志丹、高岗等是“右派反革命”，“决定一定要逮捕。”因此认为他们提出的“迎接中央红军是反革命阴谋。”阻止了前方提出的迎接中央红军的行动。
会议期间，中共中央根据会议的讨论和掌握的情况，作出《关于1935年陕北（包括陕甘边和陕北）“肃反”问题重新审查的决定》，12月12日公布。
决定指出：“一九三五年九十月间朱理治、郭洪涛等同志所主持的‘肃反’将陕北苏区和红军创造者，刘志丹、高岗、张秀山、杨森等同志逮捕，并杀害了二百以上的党政军干部，这种将党的最好干部，诬认为反革命分子，加以逮捕和杀害，不仅完全是错误，而且是革命的罪恶。”《决定》具体规定：第一，“朱理治、郭洪涛两同志本应开除党籍，估计他们曾为党作过一些工作，本着中央惩前毖后治病救人的方针，各予以最后严重警告之处分，撤销朱理治同志陕甘宁边区银行行长之职务，撤销郭洪涛同志山东分局书记的职务，并限朱、郭两同志在三年以内不能担负重要的党的工作。由中央组织部与西北局继续收集材料，如果发现他们还继续对党欺骗，而不诚意改正他们的错误，党就必须重新讨论他们的党籍。”第二，重申对聂洪钧、戴季英两同志的原处分有效，“程子华同志在这一错误肃反中，也应该负一些责任。”第三，撤销1935年中央党务委员会的决议，肯定刘志丹、高岗等同志“一贯的把握了应有的布尔什维克的立场和态度，这是值得我党同志学习和效法的”。
会议后期，1943年1月8日至11日，任弼时同志代表党中央作了《关于几个问题意见》的总结报告，其中关于陕北肃反的表述，和《关于1935年陕北（包括陕甘边和陕北）“肃反”问题重新审查的决定》基本相同。值得注意的是，任弼时强调这是中央的认识：中央认为原陕甘特区和陕甘晋省委领导人在陕北“肃反”中执行了“左”倾机会主义路线。中央重新审查一九三五年十一月党务委员会对陕北“肃反”问题的决议后，认为中共陕甘特区和陕甘晋省委领导人对错误的“肃反”应负最主要的责任。任弼时并强调了这次肃反的严重危害性：“如果是遵义会议以前的中央来到陕北的话，那么，全国仅仅剩下的十分之一的苏区——陕北苏区，恐怕也是会损失掉的。”
三、西北历史问题的反复争论和基本解决