目前仍然存在的问题有：第一，土地的闲置和浪费现象严重。在土地资源紧缺和城乡争地矛盾尖锐的同时，作为城乡经济发展一项重大战略措施的“开发区热”盲目圈地，造成大量土地闲置和耕地荒芜。由于农业比较利益低，农民生产积极性受到挫伤，在乡镇企业发达或外出打工人数较多的地区，非农产业成为农民经济收入的主要来源，土地粗放经营，撂荒和半撂荒现象较多，伴随着劳动力外出打工的热潮，土地抛荒现象依然存在。据安徽省繁昌县统计，“全县30万亩耕地，抛荒1500亩，占耕地总面积的0.5%”。第二，土地作为生产要素活力不足。由于土地所有权和使用权分离，土地经营者农民对土地投入缺乏激励机制，土地所有者农村集体又缺乏投入责任约束机制，导致土地投入不足。同时，按人口或劳动力平均分配土地，土地使用权的合理流动机制尚未完全建立起来，不能形成适度规模经营，农业劳动生产率较低。第三，城乡结合部的土地非农化问题较为突出。城乡结合部的土地占用权和发展权之间的矛盾较为突出，建设用地批租转让以及环境保护等方面都存在一些亟待解决的问题。
解决上述问题需要进一步深化土地制度改革，统筹土地利用和城乡规划，按照产权明晰、节约集约、严格管理的原则，进一步完善农村土地管理制度，建立和完善土地法律法规以及加大执法力度。深化土地制度改革实质上是在保持土地国家所有和农村集体所有的前提下，如何处理土地所有权、使用权和发展权的关系问题，充分利用土地资源，增强土地生产要素的活力。第一，促进土地使用权的合理流转和土地规模经营的适度发展。完善土地承包经营权权能，依法保障农民对承包土地的占有、使用、收益等权利。按照依法、自愿、有偿原则，允许农民以转包出租互换转让股份合作等形式流转土地承包经营权，建立健全土地承包经营权流转市场，加强土地承包经营权流转管理和服务，发展多种形式的适度规模经营。城乡统一立法或制定配套政策，对进城务工经商时间较长、就业岗位和收入比较稳定的农民实行土地使用权转让，以减少土地粗放经营和撂荒现象，并使土地向农场化集中，使农业向商品化和规模化方向发展，同时促进这些农民市民化，推进城市化建设。第二，加强土地发展权的立法和建设用地的宏观调控。随着经济社会发展和城市化进程，土地的非农化是社会经济发展中不可逆转的趋势。如何正确处理城乡用地矛盾，尤其是如何保护耕地和农民利益，实现土地保值和增值，是完善土地立法的重点。由于中国人多地少的基本国情和比较效益的优劣选择，必须采取强力措施保护耕地，划定永久基本农田保护区，建立保护补偿机制，确保基本农田总量不减少、用途不改变、质量有提高。依法征收农村集体土地，按照同地同价原则及时足额给农村集体组织和农民合理补偿，解决好失地农民就业和社会保障等问题。第三，实行最严格的节约用地制度，统筹城乡土地利用总体规划。从严控制城乡建设用地总规模，提高土地综合利用效率，注重深度开发和集约利用土地资源。以提高城市容量为中心，加强城市用地的规划和管理。扩大城市规模与城市内部结构调整和挖潜相结合，旧城改造与新城开发相结合，是充分利用城市土地的必然要求和制定城市发展规划的一般原则。尤其要注意挖掘城市内部的土地潜力，提高城市整体的人口容量。例如，充分利用地下空间，提高建筑层次。提高城市土地的利用率是缓和城乡用地矛盾的重要途径，是充分利用土地资源的必然要求。
（四）强化城乡生态保护是支撑点，可持续发展是前提
城乡协调综合发展的一项重要内容是城乡生态环境的整体治理和统筹保护。实现乡村生态文明，落实可持续发展理念，“坚持生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，建设资源节约型、环境友好型社会，实现速度和结构质量效益相统一、经济发展与人口资源环境相协调”，改善城乡人居环境，是重视农业、富裕农民、振兴农村的必然前提。
1.中国城乡生态环境问题的特征
通过城乡生态环境问题构成、城乡生态环境保护等方面的对比，可以归纳出城乡之间在生态环境问题上的一些特征。
第一，城乡生态环境问题在构成上的差别。城市生态环境问题以工业污染和生活污染为主，农村生态环境问题以农业生态破坏和化肥农药污染为主，同时还有工业造成的环境污染问题。这些污染物不仅危害农民的身体健康，而且使得农田土壤的有害元素含量超标，影响了农产品的安全。
第二，城乡之间的环境保护能力不同。城市环保能力强，投入较多，“大树进城”现象即可见一斑。城市日渐注重环境绿化和生态保护，而且环境保护机构具备相当的规模，环境保护的规范性日渐增强，约束力逐渐增大。农村由于缺少经费来源，聚集地卫生厕所普及率不到10%，污水处理率不到2%，垃圾收集处理系统建成率为0。农村的环境状况数据残缺不全，环境保护的机构缺乏，规范性和约束力都较差。
第三，城乡之间的环境保护意识不同。城市环境保护宣传手段多，宣传力度大，市民普遍具有环保意识，环保意识普及率较高。相反，由于通信广播等传媒手段的限制，乡村环境保护宣传力度不够，村民环保意识较差。
从总体上看，城市环境状况呈现好转的趋势，政府已经大力开始城市环境保护和污染治理工作；但是城市高污染产业在向农村地区转移，农村环境状况则有恶化的趋势。城乡之间环境保护反差强烈：城市浊水开始变清，乡村清水开始变浊，有的地方已经变浊。
鉴于此，城乡生态环境问题的焦点在农村。另外，由于农村占据了绝大部分国土面积，在某种意义上，中国生态环境问题实质上是农村生态环境的保护问题。农村生态环境问题又突出表现在两个方面：一是水土流失，生态环境脆弱。在人口、粮食和环境破坏的多重影响下，许多地方的自然植被遭到破坏，水土流失、荒漠化和土地沙化从数量上和范围上都呈现上升和扩展的趋势。据全国第二次荒漠化、沙化土地监测，长江黄河两大流域由于上中游地区毁林开荒，成为世界上水土流失最严重的地区之一。据有关资料，长江流沙量相当于亚马逊河、密西西比河和尼罗河的总和，随水土流失的氮磷钾营养成分相当于全国每年化肥施用的总量。在北方农牧区，由于过度放牧和气候异常，沙尘暴频繁出现，生态环境系统的稳定性呈现出更多的不确定性。二是污染加重，生态环境恶化。化肥、农药及其他农用化学药品的施用失控，农业农村环境的化学污染逐渐加重，使水、土、农产品及生物体内有害物质残留增加，不仅使化学品投入效益递减，而且已经威胁到人体健康。同时，工业“三废”和城乡生活垃圾、农牧废弃物对农业农村环境的污染正在由局部向整体蔓延，使农村生态环境恶化加剧，直接威胁着农牧民的身体健康和农业农村的可持续发展。
2.中国城乡生态环境问题的成因
中国城乡生态环境问题的差异不仅是由城乡自然条件差异造成的，而且是由城乡社会经济条件差异造成的。社会经济条件由人口规模和经济技术结构组成，人口规模决定人对自然作用的强度，经济技术结构决定人对自然作用的方式。
1978年以前，中国城乡社会经济条件的差异主要表现为工业经济技术结构与农业经济技术结构的不同，正是这种分工格局造成了城乡生态环境问题的第一次分殊。1978年以后，农村工业化的迅猛推进使中国的城乡分工格局发生巨大的变化，农村工业已成为国民经济的重要组成部分、农村经济的主要支柱和农民收入的主要来源，中国城乡社会经济条件的差异不仅表现为工业经济技术结构与农业经济技术结构的不同，还表现为城市和农村的工业经济技术结构之间的不同。城市工业和农村工业的不同步和不平衡发展造成了城乡环境状态的第二次分殊。
首先，城乡工业处于同一发展过程的不同发展阶段，它们各自的环保综合能力和环境破坏综合强度也不同。当大中城市的工业发展阶段处于环保综合能力得到增强和城市环境质量逐渐好转的时候，农村工业的发展阶段处于环境破坏综合强度趋于上升和农村环境质量趋于恶化的时期，这是环境与发展第一定律直接作用的结果。环境与发展第一定律是：在发展过程中环境保护综合能力的提高必然落后于环境破坏综合强度的提高；而且必然存在一个转折点，在此后的发展阶段中，环保综合能力不断提高，环境破坏综合强度趋于下降，否则发展过程将在环境压力下中断。环境保护综合能力主要是由五个因子决定的：社会公众的环保意识水平，环保法规的完善程度，环保机构的规模与效率，环保投资的能力，环保产业的发育状态。它们都受到社会发展阶段的制约，但是在整个发展过程中，它们却始终在持续提高。换言之，“先污染、后治理”是发展与环境关系演化过程中的一种通常情形。但是，“先污染、后治理”的环保滞后定律是不是环境与发展之间关系演化所遵循的必然规律呢？这的确是值得探讨的一个重大问题。
其次，城乡工业发展阶段的相对落差，使得高污染的技术和产业将从城市向农村转移或扩散，形成低污染技术和产业集中于城市，高污染技术和产业集中于农村的城乡工业分工格局。这是环境与发展第三定律作用的结果。环境与发展第三定律是：在同一发展过程中，在空间维度上重复进行时，在区际分工的比较优势原理和不同发展阶段上的相对落差造成的环保综合能力的相对差异的支配下，在先进地区和落后地区之间会自然形成分工格局，高污染的技术和产业集中于落后地区，低污染的技术和产业集中于先进地区。“污染下乡”是这一规律发生作用的典型现象，其后果是社会生产的环境成本转嫁到农村居民头上。
就农村内部而言，生态环境恶化主要有两个方面的原因：一是重资源开发，轻资源养护。对森林资源，重木材利用，而轻森林保护和养育；对水资源，重水利采集使用，而轻水源蓄养和补给。二是重粮食目标，轻环境目标。农业生产是一个多目标的生态环境系统，实际上往往简化为一个单纯的生产系统来对待，缺乏资源高效利用和生态环境保护目标与核算体系以及相应的激励和约束机制。由于存在这两个方面的问题，农业资源的利用、农业生产力的提高、生态环境的优化、农村社会的进步之间的难以实现协调发展。
3.中国城乡生态环境问题的治理对策
第一，继续推进重点生态环境工程建设与保护。一是天然生态林保护工程。以天然林资源保护为重点，以大力恢复和增加林草植被为中心，采取封山育林等多种形式进行全面有效管护，从根本上治理水土流失，改善长江和黄河流域的生态环境。二是“三北”防护林和京津风沙源治理工程。以防沙治沙为重点，以保护和增加林草植被为核心，建设乔、灌、草相结合的防沙固沙体系，对现有沙地和退化草原进行综合治理；在沙漠和戈壁的边缘地带建设必要的防风阻沙林带，积极扩大草场植被，巩固扩大现有绿洲。三是重点地区防护林体系建设。以长江流域、珠江流域和沿海防护林体系建设工程为主体，以恢复和增加森林植被为中心，以遏制水土流失和治理石漠化为重点，通过人工造林、封山育林和低效防护林改造等措施，建立放风、防沙、防浪、护路、护岸、护堤、护田和抑螺防病等功能完备的防护林体系，为农业生产、农村发展和农民生活构筑绿色屏障，建设生态安全和生态文明的农村小康社会。四是野生动物及自然保护区建设工程。以保护生态和生物多样性为宗旨，以自然保护区和重要湿地为主体，形成一个布局合理、类型齐全、设施先进、管理高效的自然保护网络，逐步恢复退化湿地，拯救和发展珍稀物种资源。
第二，农村环境保护是城乡生态环境建设的重点。从城乡协调综合发展的要求来看，鉴于农村环境保护的自然状态，要确立农村环境保护的优先性，按照生态文明建设的要求，发展循环农业、生态农业，尽可能避免继续走“先污染、后治理”的老路，努力降低现代化建设和社会发展的成本，加强生态环境保护，促进农业可持续发展。
一是要加强农村环境保护的监管，确立农村环境保护的重要性。建立和健全乡村一级的环境保护机构和管理制度，加强农村环境监测机构建设，完善农业生态环境检测、评价及预警系统，建立最基本的农村环境监测、统计资料和工作体系。积极向农村移植成功的城市环境监管制度，尽快移植推广农村环境保护目标责任制、农村环境综合整治定量考核，限期恢复治理、排污许可证制度和污染集中控制制度。根据各地具体情况，建立健全乡村环境保护目标责任制和乡村环境综合整治定量考核制度，要把环境指标和人文指标纳入农村领导干部政绩考核指标体系。
二是要加大农村环境保护的投入，确立农村环境保护的优先性。在同步推进城乡生态建设和着力形成城乡一体化的环境保护良性机制的基础上，要把环境保护的工作重点转向乡村，改变农村环境保护的被动、从属、次要地位，改变一些职能部门只管城市不管农村的城乡分割的组织管理体制。农村环境保护建设的优先性意味着不仅要建立城市向农村、工业向农业、经济向环境的补偿机制，而且必须加大对农村环境保护的投入，至少在中国社会环境保护总投入中不低于对城市环境保护投入的比例。
三是要做好农村环境保护的整体规划，确立农村生态环境保护的参与性。把农村经济、社会和环境作为一个有机整体，在设计农村经济和社会发展方略的同时必须把环境保护同步纳入规划。尤其是在一些尚未污染和生态较好的乡村地区，一定要确立预防为主的战略思想。在地区产业结构上，一定要把绿色产业的选择和发展置于首要地位，推进农产品清洁生产。在村民价值取向和农村政策导向等方面，实施积极的环保政策，尤其是要培育村民树立生态文明的观念意识，并且启动农村小康建设环保行动，确立农业农村生态环境建设与污染防治的目标任务，鼓励村民积极参与美丽环境和美好家园建设。
四是要明确农村环境保护的政策目标，确立农村环境保护的自觉性。农村环境保护需要各级政府的高度重视，在政策措施上提出农村环境保护的指导性意见。中共十七届三中全会通过的《中共中央关于推进农村改革发展若干重大问题的决定》明确指出，按照生态文明的要求，加强生态环境保护，要继续推进林业重点工程建设，提高森林覆盖率；实施草原建设和保护工程，恢复草原生态植被；推进重点流域和区域水土流失综合防治，加强自然保护区建设；推广节能减排技术，加强农村工业、生活污染和农业面源污染防治。这为农村环境保护工作指明了方向。