张堂恒去安徽前先到了温州，他在旅馆里专门等候吴觉农的到来。吴觉农一到就安排了浙江的工作，然后又安排张堂恒到安徽屯溪联系筹建安徽茶叶管理处。当时的贸易委员会在屯溪设有着皖赣办事处，还有着以省方为主的皖赣红茶运销委员会。中国茶叶公司和茶商们都在争购茶叶，情况比较复杂，吴觉农给他带上了一叠子亲笔信，全是爱国的进步人士，还有一些地下共产党员，也有国民党的场面上的人物。为了抗战，吴觉农可以说是把他可以运用的所有力量都运用起来了。
就在这时候，他再次遇到了他的学生陈汉明（原名庄世杰）。
陈汉明是吴觉农在一九三六年时上海商品检验局招收工作人员时作为练习生招进来的，抗战初期，他就转到了贸易委员会的的浙江平水茶区，担任评茶工作。也就是在一九三九年初，陈汉明开始接触马克思主义的进步思想，并开始热烈想往去延安革命。就这样，五月分，他在浙江找到了正在永康出差的吴觉农。吴觉农赞成他去延安，并且立刻就介绍了当时在茶叶部任科长的施平。在浙江建设厅工作的地下党员张锡昌的具体指导下，办起了图书馆用茶叶部编辑出版的《茶人通讯》，这是个进步杂志，所以最终还是国民党禁止了。陈汉民就在茶叶部的图书馆里读到不少进步读物的，最终陈汉民终于去了延安。
1938年底和1939年初，类似浙江油茶棉丝管理处的机构在安徽、江西、福建等省和茶叶处也都相应建立。
贸易委员会的吴觉农具体实施下，进行的战时茶叶的购销工作，成绩是骄人的。比如福建省在陈仪和徐学禹的协助下，收购业务颇见成效。跟着，吴觉农又亲自前往浙、皖、赣等地，组织茶商，劝导他们奉行统购统销政策，与政府合作。当时的茶商正苦于定务难以经营，得此良策，当然愿意接受吴觉农的建议，纷纷下乡采购，积存在农民手里的茶叶，几乎全部购进，茶叶出口一时就激增起来。
各产茶省的业务管理部门同香港的出口机构也相互呼应，利用用福州、温州、宁波等港口尚未沦陷、美英等国轮船还能自由出入之际，内地茶叶源源不断地送到香港、重庆和内地之间。
1938年夏天，吴觉农的家已经从上虞回到上海，又从上海迁到香港，住在愉园跑马地。他的家又成为新老茶人经常聚会的地方。吴觉农自己每两三个月自重庆飞香港，他的家立刻又成了一个中心。夏衍、吴愈之这些老朋友只要到了香港，大多就住在他的家中。这段时间夏衍与吴觉农的关系尤其密切，在上海时夏衍家的房主名字长期写的就是陈宣昭，到了香港，夏衍住在吴觉农家里，完成了《一年间》《水乡吟》和《***细菌》等重要的剧作。
在重庆，吴觉农具体的业务并不多，但陪都重庆是国民党中央机构的所在地，财政部、贸易委员会、中茶公司等都在那里办公，吴觉农需要长住重庆应付各方面的关系，他和刘庆云、冯和法、钱梁等住在重庆的贸易委员会高层官员的住宅大溪别墅。那时的钱俊瑞也是重庆文化界的活跃人物，同吴觉农来往也颇多。吴觉农住的地方安静，他就常到吴觉农处写文章。农村经济委员会的梁希也常到这里来。
这一时期，贸易委员会的工作是骄人的。
在吴觉农等茶人的努力之下，中国的茶叶，不但没有因为战争而受影响，而且还有较大幅度的增加。其中皖、浙两省的绿茶的出口额增加十万箱，茶价提高了35%，祁门红茶增加了20%，茶价提高了58%，宁红茶价提高了63%。
当时贸易委员会所属的的三个公司1939年的对外贸易总值是三千余万元，其中茶叶一项就占了二千万元，占总值的三分之二。
据贸易委员会1938年和1939年的统计，外销茶平均售价比前两年红茶提高了19-96%，而绿茶则提高了12-13%。收购于外销的工作都十分出色，可以说那个特殊的时代，真正是华茶的黄金时代。
可以毫不夸张地说，这些成绩的取得是与吴觉农及他带领下的茶业工作者奋不顾身的努力工作是分不开的，吴觉农经年累月地奔波在西南和东南各省，要躲避故机的轰炸，在一些临时修筑的公路上行车很不安全，在盘山道上或是悬崖陡壁上翻车事故可以说是层出不穷。吴觉农曾经有过好几次的历险，怎么能不让远在千山万水之外的妻儿们揪心。陈宣昭想到这些，夜里都担心地睡不着觉。
有一次，吴觉农的汽车在贵阳与重庆的行车途中，在名叫“吊死岩”的盘山道上翻车受伤，幸亏被一大块岩石挡住，才没有被翻到深渊里去，可谓九死一生，脱险之后，他从重庆写信给陈宣昭说：这次体会到了生与死本来就在一线之间，只能泰然处之。如果过多考虑生死，就只好什么都不干，那样活着也失去了意义，不知你以为然否。
茶叶购销的出色成绩和争取到的大量外汇，引起了各方的垂涎，在地方上也引起了一些即得利益者的竭力反对。当时的茶叶统购，在地方上也是一场复杂的斗争，主要是敌伪利用土豪劣绅抢夺茶叶，再由钱塘江等处走私到敌占区。同时，原来的一些商业高利贷者失去了盘剥茶农的机会，也经常制造借口，破坏统购。例如有人就向国民党政府告状，说吴觉农组织茶农发放贷款是组织农民暴动，结果国民党下令追查，引起一场不小的风波，虽然查无实据，也引起了一场不小的风波。
就在这时候，时任中央信托局长的孙祥熙的儿子孔令侃，也把茶叶完全看成了他自己眼中的一块肥肉，极力地想来争抢。老子孔祥熙当然支持儿子，但却遭到了陈光甫和邹秉文的抵制。陈光甫是社会贤达，名望很高，而邹秉文是一个有名的硬汉，他怒骂“老子是老混蛋，儿子是小混蛋”，老孔小孔拿他们一时也没有办法。
虽然派系复杂，但对吴觉农的人格，大家都没有话说。他在检验局时，就有过明文规定，检余的茶叶，决不轻易地拿出来或私用，公私分得很清楚。到了贸易委员会，办理茶叶统购统销，更是一丝不苟，公正严格。这种作风深深感动了茶商茶农，面对的是这样一些不怕死不怕要钱的人，我们的华茶必定会振兴。
吴觉农时常对他的手下人说：中国长期以来受家庭制度和人治的习惯势力影响，种种事情便演变成使团体公私不分，或只顾自己，不爱团体并随便浪费，简直就是一种罪过。
吴觉农在与人合作的时候，也有着替人着想的茶人品格。抗战初期他代表贸易委员会和各省鉴定合同，由于处处为各省和地方着想，当时的中央和地方都对这合同表示满意。替人着想还是吴觉农当时从卡乃基的《处世哲学》的第一章标题中得来的思想，他即知即行地运用到现实生活中去，发挥了极大的作用。
此时的中国茶叶公司改变了起初不屑于易货的态度，也拼命地抢起这块肥肉来。当时号称“智多星”的中茶公司秘书长骆清华已经看到了中央信托局和贸易委员会之间的矛盾，就给总经理出了一个主意，让他去走小孔的路子，去告贸易委员会的状，说贸易委员会统销工作犯了错误，引起公愤等等，现在应该划归中茶公司管。小孔果然跳出来说话，结果与贸易委员会弄得剑拔弩张，一时不好收拾。
争论良久之后，双方还是没有一个结果，最后有关部分只好决定由双方组织一个考察团，到主要产茶省份去考察，看看到底情况怎么样，再决定由谁来管理。这样，中茶公司派出了经理寿毅成，贸易委员会则派出了邹秉文和吴觉农，到浙江江西等地跑了一圈之后，大家摆摆形式，走走过场，好话坏话各说各的，最后孔祥熙一纸文件下来，搞了一个所谓的折中方案，把茶叶外销经营权划归中国茶叶公司，受贸易委员会的领导，贸易委员会增添了茶叶处，由吴觉农来任处长，并兼任茶叶公司协理和总技师之职。而中国茶叶公司经理一职，不久后则由孔令侃的亲信李泰初接任。这个家伙上任之后，除了大肆贪污之外，什么好事也干不了，最后竟然挟资潜逃到了美国，而经理，则依旧由寿毅成继任。
吴觉农就这样被官僚资本架空起来，处于有职无权的地步。
在国民党的贸易委员会里，看样子是很难再发挥作用了，吴觉农立刻要发挥他那社会活动家的能力，来开垦茶学高等教育的处女地，吴觉农的又一个伟大的茶学实践，开始了。