1966年，无产阶级文化大革命的急风暴雨席卷了中国大地，吴觉农虽然感到了风暴来临前的阴云密布，但这场运动来势之凶猛，表现之狂暴，秩序之混乱，理性之泯灭，仍使他惊惶不已。然而，吴觉农和中国大多数知识分子一样，多年来已经形成了习惯的思维方式，认为只要是毛主席的决策，那肯定是他有他的道理所在的。于是他沉默，他忍耐，他等待，想探索这场运动的起因和目的。在文革最初的动乱年代里，他个人和家庭都受到了有形的冲击，比较起来却并不算太严重。1966年的一天，有一群才十几岁的小红卫兵闯到了他家里，以破四旧为名，不由分说地把许多中外名著，包括一些茶叶资料扔到院子里，堆成一座小山，点火烧焚烧了十多个小时，剩下了一堆焦碳，此外还砸碎了一些文物。8月24日，正是文革的“红色恐怖时期”，一群红卫兵闯进了沙滩全国共商联大院，把正在开会的民建、工商联的部分负责人、包括荣毅仁、孙晓村、经叔平、资耀华、冯和法等人都带到了院子里，高喊打倒资本家，然后红卫兵就用皮带狠狠地抽打着他们。吴觉农嘴角颤抖，背上的血染红了衬衣，他步履蹒跚地向家中走去。吴家就住在离沙滩不远的一幢小楼里，妻子陈宣昭站在门口等他，看见他艰难地走来，连忙迎上前去，扶住他，两目相对，黯然无语。
1967年，人生七十古来稀，他面临的却是一个他一生从未遇到过的大运动。从去年9月开始，他就没有再参加过任何活动和学习。不过吴觉农那种开放的天性依旧保留着，大小字报看了不少，各种材料，街上的，印刷的，所以中国发生了什么事情他应该不是知道的。元旦之后，他的老朋友陈翰笙给他送来了十首诗，写下的全都是他最近的个人的心情。吴觉农的几个孩子和陈翰老也熟，都担心他会不会在这样的运动冲击下不能挺住，过于伤感。陈翰笙的情况比吴觉农要来的糟，六六年十二月底，他就被隔离了一次，三天后突然又放回了家，原来是夫人顾淑型给宋庆龄打的电话，宋庆龄又给周恩来打的电话，这才把陈翰笙保了出来。没过几天红卫兵又来找陈翰笙，这一次陈翰笙聪明了，把毛主席周恩来的请柬都放在最抢眼处，红卫兵人一来，看到这些东西，赶快就跑了。
陈翰笙的诗估计写的就是这以后的心情，因为暂时无事，吴觉农觉得孩子们的担心是多余的，他觉得陈翰笙的心情还是开朗的。倒是曹孟君去世的消息传来，更让他一阵黯然。曹孟君得癌症，他们是前年就知道的，在此之前他们看到的都是王昆仑身体差，谁知道真正先去的还是曹孟君。这时候还能够在八宝山举行一个简单的仪式，但既未告亲友也未作讣告，这个风起云涌般的生命，就这样结束了。
二月，吴觉农和全中国人民一样，都过不成春节，道理也很简单，因造反派建议，由国务院通令，中国历史上第一次废除了过阴历年，除学生之外一律不放假，连工人的探亲假也要在以后再补。吴觉农即便在这样的时刻还敢在他的日记中使用春秋笔法，反讽味十足地说：这确是个适切各方需要的办法，使交通不致发生困难，食物供应等不致发生紊乱等现象。
不过，我们已经可以从吴觉农的日记里读到他灵魂深处的那种反抗的声音：有一则日记还有个题目，叫《记1967年有意义的旧历元旦--今日起和工作同志互换了座位》：我的估计，过了新年各党派的斗、批、改大会应该开始，昨天接到开会的通知，是一个“全面向资产阶级进攻的大会”，通知中还规定，“如果不到，一切后果自负”的话。九时，通知委员们都坐在后排，以前是工作同志坐的，这就表示互换了座位。上午被揪得为某某某等九人，下午四时把张炯志等叫上去后，我略感心神紧张，但想斗也应该，并且有了八月二十四（1966年）红卫兵的冲击经过后，现在不过是小风波，减少了紧张，最后除少数青年外都被喊到主席台向群众低头，并责令我们六人应该每隔3-5天作一次汇报。
吴觉农倒也没有觉得自己遭了什么灭顶之灾，想来这是和他解放以后就开始遭冷遇的阅历有关。他总是能够在最倒霉的事情中发现可以实用的有利于当下的事情。他说：初步决定先写出个人的若干回忆，能在“低头认罪、闭门思过”中五天写一份材料，对学习和改造上会有帮助。而在事后，吴觉农不但写了几张检查自己的大字报，还超额完成任务，拟了一幅座右铭：不为名利，不怕牺牲，苦练无产阶级世界观；
坚持朴素，厉行节约，当好工农群众小学生。
3月份他到政协去领工资时，突然感到受之有愧，回来就写道：领款时，感到吃人民的饭，领人民的钱，没有能为人民工作，感到了不安。
4月14日，这是吴觉农整整70周岁的生日，应该是一个人生中的大日子，但那一天吴觉农并不是在合家团圆中度过的。子女们都在忙于运动，他的大儿子吴重远当时是所谓荣高堂的“黑笔杆”，所以挂牌扫街靠边站了。那天傍晚，这位七旬老人独自上街，买了一些蛋糕给几个孙辈们。此时他的二子二女及他们配偶都纷纷下放，吴觉农、陈宣昭二老就担起了哺育终结三代的重任。而吴家的第三代也都把那座小楼看成是他们童年的摇篮。他的生日，他让第三代吃蛋糕。夜里重远在才回了家，匆匆忙忙地吃了一碗父亲的长寿面，父子相对无语，便匆匆归去。
5、6月间，到吴觉农居所的人开始多了起来，大多都是怕谓的外调人员，调查的人中，有他的学生陈汉明，这早期的茶人中共地下党员陈汉明已经脱离茶界，后来到了二机部第一设计院当了副院长。张锡昌是他在解放前夕从汤恩伯手里保出来的，解放后曾出任民政部副部长，吴大琨就更不用说了，就是他从国民党的监狱里接出来安顿好的，这些人在多年之后，都成了吴觉农要重新证明的人物。他对这些晚辈人物自然是能保则保，实事求是。到了十一月至十二月间，吴觉农接待的外调单位级别变的很高，这是一个某军事机关，要查询的则是潘汉年、蔡叔厚和夏衍以及吴先清和刘鼎的情况。这些人当中，潘汉年是他在解放前就认识的老地下工作党人，蔡叔厚和夏衍就更不用说了，即是同乡，又是同道，又是同学。蔡叔厚死在了秦城监狱，连尸骨都没有再找到。夏衍在秦城关了五年，腿都被打断了，总算活着出来见到了十年浩劫的终结。这些人都是吴觉农从年轻时代就最敬佩的人，可外调人员中竟然有人这样问他：“夏衍当时在上海，谁都清楚他是共产党，为什么竟然没有被捕过，他不可能和国民党没有关系。”吴觉农严肃地正告说：“按你的逻辑，被捕的是叛徒，没有被捕的是特务，结论都有了，还要调查干什么呢。如果你真要调查，那么没有的事情我是不会编造的”。
12月，又一位老人去世，那是爱国老人也是同乡邵力子。这一次吴觉农不顾外面有多乱，也不顾自己已经年逾70的身体，坚持到了东四六条的邵宅，看望了邵夫人傅友文女士。吴与邵都是半个世纪的老朋友了，50年前他们在日本是就相识了，当时邵力子正在《民国日报》上编他的《觉悟》，一晃多少年过去，这个世界在飞速变化，却让吴觉农越来越不清楚了。
可以说，文化大革命的这几年是吴觉农思想上经历了激烈变化的几年，他看到了“史无前例”的无产阶级文化大革命，结果造成的却是上的灾难和经济上的崩溃，文化的灭绝和道德上的沦丧。他痛恨四人帮，当张春桥贩卖所谓“宁要社会主义的草、不要资本主义的苗”时，他气愤在说：“这是张春桥酒醉饭饱后的一派胡言。”他引用了恩格斯在马克思墓前的演说的话：人们必须吃喝住穿，然后才能从事政治、科学、艺术、宗教。他张春桥要吃草的社会主义，不顾“人要吃饭”这个基本真理。他断言“四人帮”不顾人民死活，违背人性，迟早会垮台。
流年飞度，一眨眼吴觉农72岁，他似乎觉得自己已经到了写回忆录的时候了，便开始筹划写《我64年来的经历》。正是在这个时候，他给他自己的生命划分了一下三个段落，一是我的读书时期（1904-1922年），二是从知识分子到从商（1923-1949年）三是解放之后。划分人生段落之后，他不由自主地又回到茶叶上来了，在他今后的设想之中，他写道：预定每日开始写作一小时，首先做旧茶书的审订工作。他到底还是不能忘却茶。
1969年9月，吴觉农再一次尝试了到生活中去的实践。即使是为了试一试体力能否适应，他也想报名前去。结果实践下来，他发现自己晚睡统铺还能够适应，坚持八小时以上的劳动问题也不大。但第一日他坐在木框上，高仅数尺，伸脚不稳，稍感怠倦，第二日就更不行了，感到了精力疲乏。10月间，他又参加了防空洞劳动。吴觉农虽然年过七十，但他确实是从心底里不服老的。他自己觉得，他和四五十岁的人虽然已经不能相比，但和六十岁的人相比还是可以打一个平手，十多天下来，他自己就在心里把自己减了十岁，因此心里很欣慰。