除了子女分掉的101幅绘画，邹佩珠托管的108幅绘画，还有一部分就是引起双方争议的作品。这部分作品包括：李可染去世后，为筹集李可染艺术基金会基金，开展基金会各种活动，为李可染办丧事等各种活动，共处理的31幅作品；1991年为建立家庭基金会，为此筹款共卖出11幅作品；1994年向徐州旧居捐献绘画作品10幅、书法作品10幅。对于这些已经处理的作品，原告认为邹佩珠的行为是擅自处分共有财产，侵犯各共有权人权益。
遗产之谜，李可染一生到底画了多少画
双方的主要分歧在于李可染的遗产中到底有多少作品。仅就绘画作品而言，原告主张有881幅，而被告主张只有317幅，双方对遗产的数量分歧较大。
对于邹佩珠在法庭上提供的李可染的遗作清单，苏娥所生子女显然不认可。他们认为，李可染13岁学画，82岁去世，根据他们的查证，应该在2000张到4000张之间。苏玉虎称：“我们以他画了40年画来算，2000张相当于每年画50张画。李可染画山水画，一张需要多少时间？万青力在书中提过，一张好的山水画，也不过是一天的时间。画牛就更快了。现在有百分之七八十的作品不知去向。即使李可染生前会赠送、卖画，也不会这么多。而且父亲生前送人的画也并不多，写生更很少出现在市场上。”
苏玉虎认为自己犯的错误，是没有在父亲去世后，对他的其他遗产进行清点。而对于这些疑问，邹佩珠在法庭上也给出了自己的答复。
邹佩珠解释说，李可染大部分的作品都是在新中国成立之后创作的。而且，李可染作画很慢，其口头禅是“废画三千”。而且，邹佩珠透露了李可染的作品许多不为人知的去向：李可染的家庭负担很重，其前妻有4个孩子，我与李可染结婚之后，都是靠卖画养活一大家子人，庞大的家庭开销都要靠卖李可染的画作来维持生计。李可染是一个生活上需要别人认真呵护的人，他经常丢失作品，比如带着很多的画去美院给学生讲课，讲完课坐公共汽车回来之后就发现画不见了，把画给丢了。在画界，自古以来有作画送人的传统，李可染送什么人、送多少幅画、送什么画，我都是不知道的。新中国成立以后，李可染遵照政府的指令，给国际友人或有关政府单位作画，该画作所有权从一开始就不属于李可染。
邹佩珠还提出，李可染去世后，为了建立基金会、修建墓地、举办画展等所需的开销，都是来自于出卖李可染的画作。李可染艺术基金会自李可染去世后开始筹建，是各方当事人都统一意见同意运作的。
现已89岁高龄的邹佩珠，曾任中央美术学院教授，在美术界颇受尊崇。在2005年李可染的遗产面临瓜分的情况下，她做出了一个令人钦佩的举动：宣布将自己继承的李可染作品全部捐赠给国家，并收藏于将落成的李可染美术馆。但这些举动却引起了更大的纠纷，最后引发了自2007年开始长达两年的遗产诉讼。
邹佩珠认定李可染现存绘画作品317幅，而除去已经捐赠、出卖的画作，邹佩珠于2007年5月向法庭提交了遗作清单，声明其保管的绘画作品为217件。而李可染前妻所生子女称李可染留下的绘画作品应比清点的500余幅还多，这是本案最大的分歧。
对于这些分歧，原被告双方都希望法院给他们一个说法。
二审裁定，终审第二天捐出作品
2008年11月7日，北京市第一中级人民法院作出一审判决。法院认为：李可染与邹佩珠结婚后共同生活了近半个世纪，经历了动乱、战争、政治运动等逆境。对李可染的生活起居悉心照料，对李可染的艺术创作也作出了巨大贡献。同时为了能完整体现李可染的绘画风格，对邹佩珠已经托管的作品判归其所有。
因李可染生前未立遗嘱，对李可染的遗产按照法定继承处理，将李可染遗产主要分为绘画作品、书法作品、收藏作品、水彩作品、印章、素描六大类进行区分。
关于绘画作品，原告主张李可染遗留绘画作品881幅，并提供了两次清点清单。法院认为：一是两次清单上都没有各方当事人的签字；二是邹佩珠、李小可等人都否认两次清点；三是两次清点清单内容不一致。法院依法确认李可染遗留绘画作品308幅，其中各子女已经分得绘画作品92幅、由邹佩珠托管绘画作品108幅、保管绘画作品108幅。
关于10幅超大型山水画作的问题，由于原告未向法院提交相关证据，且邹佩珠等人均不认可，法院不予采信。其他作品，法院核实为书法324幅，收藏91幅，水彩25幅，素描16册973幅，印章175枚。
由于每幅作品的价值难以确定，如果将李可染的遗产公平地析产分割到每个人的名下，难度太大，因此法院将李可染的遗产进行初步分割，分成三大部分：一部分由邹佩珠所有；一部分由李玉琴、李玉双、李秀彬、苏玉虎所有；一部分由李小可、李珠、李庚与邹佩珠所有。
基于上述分割原则，法院依法分割李可染遗留的绘画作品共计308幅（其中各个子女已经分得92幅、邹佩珠自己保管108幅、委托北京市文化局托管108幅）。首先，应当由邹佩珠分得154幅，其中邹佩珠托管的108幅绘画作品归邹佩珠所有。剩余的145幅绘画，李可染前妻子女共分得73幅；邹佩珠及子女共分得72幅。对于收藏、水彩、素描、书法作品，法院按照继承法的原则进行了析产。
此外，法院考虑到175枚印章具有纪念意义和史料价值，并且印章分散之后，可能会对李可染作品带来不利影响，法院将175枚印章判归邹佩珠所有。为了总体上的平衡，将邹佩珠保管的190幅书法作品判归李玉琴、李玉双、李秀彬、苏玉虎所有。
一审判决后，双方都对一审判决不服，均提起上诉。2009年5月14日，北京市高级人民法院终审维持原判。法院最终认定李可染绘画作品为308幅，以单幅作品之间相互等值进行夫妻共同财产分割，而各方当事人共有遗产为200余件。李可染先生的中国画作品108件、书法作品122件、速写9册、水彩画13件归遗孀邹佩珠所有。
2009年5月15日，在北京市高级人民法院终审判决第二天，邹佩珠与李小可将属于自己的108幅李可染的绘画精品捐赠给正在筹建中的北京画院美术馆李可染艺术馆作为藏品。
2009年6月1日，“实者慧--邹佩珠、李小可、李珠、李庚捐赠李可染作品展”在北京画院美术馆开幕，展览共展出李可染中国画作品108件、水彩画作品13件，涵盖了李可染自20世纪40年代至80年代的精品。在这次展览中，李可染的遗孀邹佩珠虽然坐在轮椅上，但她表现出了老年人少有的激情，一直向参观者介绍着这些珍贵画作的来历。她激动地说：我与李可染共同度过了45个春秋，在历经战争、迁徙、动乱、浩劫与经济大潮的冲击，保存了李可染一生各个时期较重要的作品及资料。这次展出的捐赠作品都是用李可染和我共同的劳动和生命换来的。
这次展览既有李可染早年创作的《天王送子图》、《卖唱图》等经典人物画作品，也有奠定其山水画巨匠地位的代表作品《雨中漓江》、《万山红遍》等作品。
展览名字为何定为“实者慧”？据介绍，“实者慧”是李可染多次书写的书法作品和一枚篆刻印章的印文，李可染曾解释为“天下学问唯老实而勤奋强毅力者得之，机巧不能也”。这三个字，正是李可染一生为人为艺的真实写照。
而对于李可染前妻子女的诉讼，邹佩珠与李小可都表示理解，邹佩珠说：“如果把那一部分一起捐，就更好了。不过也没关系，相信热爱李可染的朋友得到那些画后，也会陆续来丰富这个艺术馆的。”
大师远去，艺术遗产如何保管引起关注
李可染遗产纠纷案并不是个案，在此之前，著名画家王式廓、陈逸飞的后人都陷入旷日持久的遗产纠纷之中，而这些纠纷的解决，意味着艺术大师的作品将被遗产继承者“瓜分”，必然造成大师作品的支离破碎。艺术大师身后的艺术遗产到底该如何保管？成为人们普遍关注的问题。
很多遗产的矛盾和争端，首先可以从画家本人那里得到有效控制，生前订立遗嘱是一个正确的选择。但很多艺术家都觉得立遗嘱“不吉利”，而且伤及家庭和睦。这是一个需要厘清的误区。
另一个方法，是建立行之有效的收藏管理机制，如黄宾虹在生前就将大量作品捐赠给国立博物馆。此外，后代子女在继承艺术品遗产时的做法无非两种：一是由家族共同继承并组建基金会；或者由家人捐赠建设画家个人纪念馆。但这两种途径都有一定的局限：家族管理难以保证保管的连续性和稳定性，且家人想法难以统一，出现分歧容易闹上法庭；而建设纪念馆，则要面对盖馆容易养馆难等资金困难。
从艺术发展的角度来说，对于大师级艺术家，在其去世时就应该由家属子女、艺术界专业人士和政府机构三方力量组成对其文化遗产进行保护的专门机构，对遗产进行共同保护。如果艺术家的遗产上升到立法和司法层面，将是一条正确出路。
正如邹佩珠老人所说：“我心里着急啊，李可染在世时常说，到了我们这个岁数，就像树上的果子，碰不得，一碰就掉，没了。案子一结束，我想到的就是在有生之年能把可染的事情办好了。”
万幸的是，89岁的邹佩珠老人能在有生之年看到李可染遗产有了一个好的归宿，而且她的儿女也非常支持。李可染先生的儿子，同时也是著名画家的李小可说：“这些作品既是我们家的，也是属于国家的。”