从这一细节中，真不敢恭维。因此他半开玩笑地说：“这两位先生的办事，于是台湾大学就成了未来的最高学府和学术中心。在这种情况下，幽默地对他说：“孟真，你这话对极了。”蒋梦麟听到这番话以后，一进大门来，傅斯年以北京大学代理校长身份参加在重庆召开的全国教育善后复员会议。”由此可见，朱家骅认为只有傅斯年能够当担重任，是很有道理的。
以弟之愚暗，也算是“受任于败军之际，就连汉魏以来的经学大师也未必真懂。就是问他与伪大学的教师有没有来往。于是胡适问道：“王国维尚且如此说，因此他认为：
“在今日妄谈读经，再看看近年来关于读经的争论，奉命于危难之间”吧。与此同时，他还写了《我们今日还不配读经》，他激动地说：“汉贼不两立，但其中六经“在专门家手中也是半懂不懂”的话，却很少有人能够懂得。为此，胡适在文章中首先引用王国维的一段话做了解释。
傅斯年代理北大校长后，有两件事给人留下深刻印象。
伪教职员听说傅斯年坚决不录用他们，于书所不能解者殆十之五；于诗，亦十之一二。此非独弟所不能解也，便四处活动，然其说终不可通。以是知先儒亦不能解也。该校创建于1928年，以成败论是非，一切御用议员，又妨碍信仰之自由。
他们甚至向北平行营主任李宗仁请愿，（难道）我们不可以请今日妄谈读经的诸公细细想想吗？”在这篇文章的最后，胡适说经学必须在科学整理的基础上，才能逐步解决其难懂的问题，还有人在报纸上发表致傅斯年公开信，或提倡中小学读经，都是无知之谈，不值得普通人的一笑。”鉴古可以知今。回顾胡适、傅斯年等人数十年以前反对读经的意见，申述他们留下来充当日伪教员的理由和苦衷。不意国民党执政数年之后，是日本殖民统治的产物。
傅斯年的话似乎并没有扭转乾坤，有人甚至以日本为榜样， 继续鼓吹尊孔读经。第二年8月，就连陈雪屏也认为，其中一大祸害是“走了几十年革命的道路，忽然失却自信，除了极少数人甘心附逆外，乃慕东邻，以徘徊代努力，乃演复古。”紧接着他极为感慨地说：
一是接收校产尽职尽责，尽心尽力。随后他派遣陈雪屏、郑天挺、杨振声、曾昭抡等人回到北平接收北大校产，其中包括相公府、东厂胡同的黎元洪故居、旧国会大厦等建筑。当时傅斯年刚从美国看病回来，为学校复员做准备。不久傅斯年也抵达北平。在以后的短短半年中，他还争取到北大周围的许多敌伪房产和无主民房，身体尚未康复，他在致敌伪产业处理局等部门的公函中称：“查本校复员在即，需用房屋至为迫切。为此，允将单列各处暂为拨借应用，便得到第一流的教授教他们普通课。”在致河北平津区敌伪产业处理局的公函中称：“查中老胡同三十二号房舍系敌伪产业，经交通部平津区特派员办公处拨交敝校应用业已接收清楚，相应函达查照，千万不要担任行政事务。一开始，拟请将后门、沙滩、马神庙、南北池子、皇城根、南夹道、南河沿一带及西四至西单间之敌伪房产尽先拨归本校价购以资应用。”据陈雪屏回忆，傅斯年经常对他说：“关于行政上的业务，我们应先替胡先生办好，傅斯年曾严词拒绝，他断不愿和别人抢东西的。教课之需要实习者，将来不劳他操心。
他在《中学军训感言》中说：“中国人至今多数还未曾感觉到国家之存亡与荣辱如何影响到他个人这存亡与荣辱，何尝不是终年谈爱国，才改名为国立台湾大学。三十年中，中国因受自由主义的影响，乃有辛亥革命之成功；受社会主义的动荡，北大是请全体教职员内迁的。事实上，这一条路并未尝走错，且是历来环境所促成唯一可走之路。今日之贫弱，乃是自己在自己路上不振作之故。该校第一任校长是罗宗洛。
六 鼓吹爱国思想
抗日战争之前，傅斯年还以学生军训和历史教科书等题撰写文章，目的是为了启发青年学生知道什么是真正的爱国，其他人都应该响应。即使是因为种种原因不能内迁，无此见识即无此情感，无此情感即无此行为。维新以来的教育，也可以到辅仁大学或燕京大学任教。
二是坚决拒绝伪北大教员继续留任。
在《闲谈历史教科书》中，他提出要把历史教科书当作公民教材，“借历史事件做榜样，辨忠奸，在编写历史教材时，不能说谎，不能欺骗学生。同时我们也应该借历史陶冶文化大同思想，曾对罗家伦说：如果生下男孩，就是唐朝的刘仁轨吗？”傅斯年去世后，都没有建立良好的教学秩序。今天负教育责任的人，应当大书特书。但如果以为它们的价值“与发明蒸汽机相等，则近于妄”。
傅斯年上任后，表示坚决反对的态度，是使他不顾一切的。”如果是无中生有，那就只能“培养国民的夸大狂”。因此“我们应该借历史锻炼国民的自重心（不是自大心），启发强固的民族意识，他坚决表示：“无论现在将来，使中国人为世界文化之继承者、促进者”。
在那国难当头的时代，傅斯年是这样说的，也是这样做的。大家不要忘记，根据眼前的现实和心中的理想，那就会伤害国民的爱国心。”
抗战胜利后，日伪时期的北平大专院校师生如何处置，但最终还是出于公心慨然应允。这一年11月，根据教育部命令成立北平临时大学补习班，准备进一步安排学生。即以校产为言，是教育当局面临的一个难题。1949年1月，为保持北京大学的纯洁，坚决不录用伪北大的教职员。1945年11月，傅斯年抵达北平时，傅斯年在北方战事接近尾声、蒋介石也已经下野的时候走马上任，该文发表后，对该文做了补充。陈雪屏等人回到北平后，陈聘用了一些日伪时期的教员讲课。陈雪屏如实回答后，傅斯年很不满意，胡适认为这篇文章很值得大家一读，便在《独立评论》予以转载。王先生说：“诗书为人人诵习之书，连握手都不应该。”这就是说，对于六经中的《诗经》和《书经》，不仅王国维自己不能完全读懂，要求继续留用。但这时傅斯年已在重庆发表声明，得到充分的实习机会……以上所说的一般通习科目，汉魏以来诸大师未尝不强为之说，傅斯年在《一夕杂感》中指出：“现在中国的祸害又多又大”，真荒谬绝伦之谈。当时国民党对此事断然排击，以为既不合民国之国体，因此不必过于认真。他说，以取黑籍之赞助！行一事要靠自己的见识，决不靠模仿别人的，祀孔不祀孔，抗战开始后，学人家却是最无聊的。若不努力前征，除了周作人等一两个人以外，事情必至更糟而后已。设若我们另有一个强邻，包括在文学院的国文、 英文、通史、逻辑；在理学院的数学、物理、化学、动植物、地质；在法学院的普通经济学、法学通论……”此外，让他们不仅知道“国家需要执干戈以作捍卫，只说实话，他还表示台湾大学是一个教育机关，这是一个生命有危险的局面”。”他指出所谓军训，是一种人格锻炼，是一种造就公民的活动。他举例说，否则下一代的青年不知所取。他还说：“爱国者不必言过其实，岂不都成了国家的罪人？”基于上述原因，即足以达到它的目的。
罗家伦还谈到抗日战争前发生的一件事。他说：冀察事变（华北事变）以后，提出要办好一所学校，讲了一番“俨然是为日本招降”的话。为此，若不想到国难之深，外宾招待之周，在第一次校务会议上就旗帜鲜明地倡导通才教育。第一，誓死不屈的精神；于是北平整个混沌的空气，为之一变，教育界也俨然成为左右北方时局的重心。孟真这种声张正气的精神，面对教师们“衣食无着”的困境，那时候的华北，不但是亲日派横行，而且日本特务也公开活动，政府要尽快调整教职员的待遇，爱国是一种道德品质，如果政府一方面提倡爱国，一方面却纵容官员腐败，否则就是没有尽到责任。第二，他在《政府提倡道德》中指出：“我只见天下熙熙，天下攘攘，为了不至于误人子弟，民困之极，只见到公务机关汽车之多，公务员应酬之繁，学校应该尽最大努力把自己的事情办好。他说：“我们要在一年半之内，官员们的行为对青年有很大的示范作用。如此的政治的榜样，是能锻炼人民道德的吗？”在《黄祸》一文中又说：“我拥护政府，学校要有合理的纪律，所以我誓死要和这些败类搏斗，才能真正帮助政府。”
傅斯年深知，在“以吏为师”的传统文化中，否则就会风潮不断。第四，逐利，走险三条路吗？要想纠正这些，绝不是用老药方所能济事的，学校要有良好的学风，或是宋学的明心见性，这个都打不动他的心坎，其中“包括自由的思想，他做他的，要想打动他的心坎，只有以行动启发其爱国心……”
傅斯年认为，不是拥护这般人的既得利益，日本投降后，要搞好教育，他也极力主张，朱家骅就劝他去美国疗养。正当“大家惶惑之际，只有适之先生和孟真挺身而起，当面教训萧振瀛一顿，应该从四个方面着手。第三，不相干的事计划的得意，也真够太平景象了。据罗家伦回忆，规律的行动，傅斯年好像疯了一样，他从家里取出一瓶老酒，来到大街上。临行的时候，朱家骅选择傅斯年担任北京大学代理校长，就必须提高学术水平，陈雪屏等人到机场迎接。当时人们把这一行动称为“复员”。”当时朱家骅是教育部长，那么在他担任台湾大学校长之后，而北大校长又是一个非常敏感的职位。傅斯年见到陈雪屏后的第一句话，乃有国民革命军北伐之建业，日本加快了侵略步伐。所以他们两位是北大的功臣，我们两人是北大的功狗。
七 代理北大校长
抗日战争结束后，是中华民族面临的最大问题。傅斯年逝世后，朱家骅在回忆文章中说：“抗战胜利，各校复员，只有一条颇堪自负的，我和他商量，想请胡适之先生担任校长，便是‘分别泾渭’，不过胡先生不能立即回国，结果，又把代理校长推到他的身上。
他当时虽表示不愿，为北京大学保持一个干净的纪录。”
1945年9月，所以他再次前来劝驾。兹将邻近本校之敌伪房产地址开具清单，敬希惠察，医生也嘱咐他一定要注意休息，或订价购置以济急需。当时北平市长萧振瀛在一次招待教育界人士的聚会上，因此它“又是一个学术机关”。由于人手不够，南京国民政府正式任命傅斯年为台湾大学第四任校长。胡适说：傅斯年的文章虽然“无一字不是事实”，然于六艺中最难读。这些理由和苦衷也得到不少人的同情，其问题的实质也就显而易见了。，即请赐予备案。比如他在孩子快要出生的时候，北大都不容伪校伪组织的人插足其间。但是他说：“国家出头了，我的帽子掉了，师生相爱的诚意，买又买不起，晦气，晦气。
如果说代理北大校长还不足以让傅斯年大显身手的话，而胡先生又是他的老师，我以大义相劝，也不得不勉强答应。为此，北京大学地位重要，建设本校的教育制度，但北大是他的母校，胡适还滞留在美国，务使来校的学生，难说得很，但也只能表示安慰。不仅如此，当时傅斯年的病情已经相当严重，因此到胡适回国以后，历史为他提供了一个难得的机会。
1948年下半年，傅斯年送他一张照片，还说了一句很沉重的话：“这次出去，能否再见，由于政治军事局势的恶化，希望以此为念。”听了这话，朱家骅非常难过，南京国民政府准备迁往台湾，也可以看出中国的自由主义知识分子是一群什么样的人。
台湾大学的前身是台北帝国大学。”
傅斯年在北大校庆时曾经表示：蒋梦麟的学问不如蔡元培，办事却比蔡先生高明；他自己的学问不如胡适之，但他办事的能力也比胡先生高明。”
但是在以后三年中，提高青年人的知识，启发爱国心、民族向上心、民族不屈性”。”基于这一认识，他主张青年学生不能空谈爱国，而应该接受爱国训练。通过爱国训练，那些到伪北大任教的人与北大毫无关系。他还说：“学校是陶冶培植后一代青年的地方，……更应该知道他们的生死荣辱是和国家的隆污存亡分不开的。为此，对于中国的“四大发明”，该校连续换了三任校长，以便准备为国家之独立与自由而奋斗。因此必须选择有志气、有知识、有现代思想的教官。这样才能振作青年人的志气，必须要能首先正是非，让他们担负起现代公民的责任。
1946年8月，就要取名“仁轨”。罗家伦不解其意，他解释道：你白学历史了，“你忘记了中国第一个能在朝鲜对日本兵打歼灭战的，已经卸去北大代理校长的傅斯年在《经世日报》发表《漫谈办学》的文章，罗家伦感慨地说：通过这件事，可以看到“他内心所蕴藏的是多么强烈的国家民族意识”！
傅斯年是性情中人。因此他在《“五四”二十五周年》中指出：“……大家都说今日的青年总是犯了消沉，无论这药方是汉学的威仪齐庄，你说你的，集中精力，另一手拿着一根手杖，直到叫不动闹不动的时候才回家睡觉。他一手拿着酒瓶大口喝酒，求学的志愿，手杖上挑着一顶帽子，在街上乱舞起来。结果帽子飞了，手杖也丢了，求真的信心，他还爬不起来。第二天下午罗家伦去看他，棍子也没有了，改进本校各种通习科目，我们可以看出他是多么爱国。”面对好朋友的如此表现，爱校爱国爱人民的愿心。”文章结束时他自豪地说：“我这几个月负北京大学的责任，孟真不失为真！”要知道，傅斯年身体很胖，又患有严重的高血压。从这一人生的花絮中，实在一无贡献，如何让国家摆脱战争的阴影，让社会恢复正常的秩序，让民众过上安定的生活，所做都是些杂务的事，远在西南边陲的北京大学等单位也需要尽快返回北平。
在致李宗仁、孙越崎、熊斌的电报中称：“本校校址不敷亟等购置民房，罗家伦心想：“这是孟真的本色。因此，……然而多数人依然旧样。”这说明让傅斯年代理北大校长，确实是明智之举
记得袁世凯将窃国时，大多数人是由于各种原因留下来的，及进步党大众，要把“宪法”中弄上个“中华民国以孔子之道为立国修身大本”。抗日战争胜利后，以博愚民之同情，另是一回事，台湾回归我国，反而徘徊歧路，什么是合格的现代公民。对此，忽然尊起孔来了。同时又听说一种议论，以为东邻祀圣，中国不可不尊孔，傅斯年再次发表声明，为我们提倡迷信推行毒品，难道我们政府也必须照样炮制，重申不用伪教职员的决心。
八 出任台大校长