朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧。
这是朱元璋当国时，恐权臣篡权，在《皇明祖训》中说的。他规定了藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利。就因为这句话，使燕王朱棣有了举兵抗击朝廷，夺取皇位的借口。
由农民起义领袖登上皇位的朱元璋，为了确保朱明王朝千秋万代地统治下去，一方面加强君主专制统治，把军政大权牢牢地掌握在皇帝一人手中；另一方面，想方设法加强皇室本身的力量，其具体的办法就是分封诸王。他把自己的24个儿子和1个从孙封为亲王，分驻全国各战略要地，想通过他们来屏藩王室。朱元璋是这样说的：
“天下之大，必建藩屏，上卫国家，下安生民，今诸子既长，宜各有爵封，分镇诸国。”
从全国来看，这些封藩主要有两类，一是腹里，二是边塞要地。受封诸王在自己的封地建立王府，设置官属，地位相当高，公侯大臣进见亲王都得伏而拜谒。如，北平的燕王朱棣拥兵10万，大宁的宁王“带甲八万，革车六千”。他们在边塞负责筑城屯田、训练将兵、巡视要害、督造军器。晋王、燕王多次出塞征战，打败元朝残余势力的军队，尤被重视，军中大将皆受其节制，甚至特诏二王军中小事自断，大事才向朝廷报告。尤其是燕王，由于功绩卓着，朱元璋令其“节制沿边士马”，地位独尊。藩王势力的膨胀，势必构成对中央政权的威胁。
在朱元璋大封诸王的时候，有个叫叶伯巨的人指出，藩王势力过重，数代之后尾大不掉，到那时再削夺诸藩，恐怕会酿成汉代“七国之叛”、西晋“八王之乱”的悲剧，提醒朱元璋“节其都邑之制，减其卫兵，限其疆土”。朱元璋不但听不进劝告，反而把叶氏抓进监牢，囚死狱中。这对朱元璋来讲也算是一种讽刺。
洪武二十五年(1392年)，太子朱标病死，朱元璋很是伤心，于是立太子的次子朱允炆(长子早亡)为皇太孙。洪武三十一年，朱元璋去世，建文帝朱允炆即帝位。朱允炆在做皇太孙时，就对诸藩王不满，曾与他的伴读黄子澄商量削藩对策。即帝位后，采纳了大臣齐泰、黄子澄的建议，决定先削几个力量较弱的亲王的爵位，然后再向力量最大的燕王朱棣开刀，并令诸亲王不得节制文武将吏。利益的纷争使皇族内部矛盾由此迅速激化，各诸侯王均对朝廷政策不满，蠢蠢欲动。为了把握燕王的动向，建文帝朱允炆命令将臣监视朱棣，并乘机逮捕之。朱棣得到这一消息，立即诱杀了前来执行监视逮捕任务的将臣。
由于朱元璋时期，恐权臣篡权，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，朱棣便以此为理由，于建文元年(1399年)七月起兵反抗朝廷。并指齐泰、黄子澄为奸臣，蒙蔽小皇帝对付皇叔，离间皇族感情，危害朝廷，须加诛讨，并称自己的举动为“靖难”。(“靖”指平息，扫平，清除。“靖难”代表平定祸乱，平息战乱，扫平奸臣的意思)“清君侧”便成为朱棣起兵反叛的借口。所以，历史上称这场朱明皇室内部的争夺战争为“靖难之役”。
在战争的前两年(1399～1401年)，燕王朱棣所率军队与朝廷军队各有胜负，但经过朱元璋大肆杀戮功臣、宿将之后，朝廷已无将可用。建文四年(1402年)正月，燕军进入山东，绕过守卫严密的济南，破东阿、汶上、邹县，直至沛县、徐州，向南直进。在灵璧大败朝廷军队后，朱棣率军突破淮河防线，渡过淮水，攻下扬州、高邮、通州(今江苏南通)、泰州等要地，于六月初三渡江，然后直趋金陵。十三日进抵金陵金川门，守卫金川门的李景隆和谷王为朱棣开门迎降。燕王进入京城，文武百官纷纷跪迎道旁，在群臣的拥戴下即皇帝位，是为明成祖，年号永乐。历时四年的“靖难之役”以燕王朱棣的胜利而告终。
战争虽结束，与此相关的历史却在发展。燕王进京后，宫中起火，建文帝下落不明。有的说建文帝于宫中自焚而死，或云建文帝由地道出亡，落发为僧，云游天下；又有一说建文帝逃至东南亚，郑和下西洋的其中一个目的就是寻找建文帝。建文帝的真正下落已不可确考，成为明史上的一大悬案。
当上皇帝的朱棣，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯迎附的文臣武将。齐泰、黄子澄、景清等被整族整族地杀掉。当时的记载是：
“命赤其族，籍其乡，转相扳染，谓之瓜蔓抄，村里为墟。”
有“读书种子”之谓的方孝孺，因不肯为朱棣撰写即位诏书，九族全诛，还将其朋友、门生作为一族全部杀掉，十族共诛873人。这次清洗极为残酷，共有数万人惨死于朱棣的屠刀之下。四年的“靖难之役”，给明初刚刚有所恢复的社会经济以较大的破坏，而直接遭到战争践踏的地区，破坏尤为严重。而带来这些灾难的仅仅就是一个“清君侧”的借口。