康熙在两次册立太子失败后，便开始考虑"秘密建储"这种方式的可能性了。第一次废太子后，康熙曾对大臣们说："立皇太子事，朕心已有成算，但不告之诸大臣，亦不令众人知，到彼时尔等只遵旨而行。"这说明，康熙对建储的原则已有考虑。第二次废太子后，康熙针对朝中大臣再次建议立储的奏章所发布的谕旨中说，必须找到一个妥善的办法，不能急于求成，重蹈覆辙。康熙五十六年（1717）十月，康熙曾谈到"二十一史朕皆披阅"。而二十一史中《旧唐书·波斯传》提到波斯王的建储之法："其王初嗣位，便密选子才堪承统者，书其名字封而藏之。王死后，大臣与王之群子发封而视之，奉所书名者为立焉。"波斯王位传承的方式必定对康熙的建储计划有所启发。经过数年的考虑，康熙秘密建储的想法已逐渐成熟，对候选人也斟酌已定，种种迹象表明康熙选择的接班人应是皇十四子允禵。
在事态尚未明朗之前，皇四子允禛以韬晦之计隐忍不发，待机而动。而皇八子允禩则因两件事失去了被立为储君的可能。先是，二废太子时，利令智昏的允禩曾向康熙密奏问询："吾今如何行走?"而且保证不会再发生众臣保奏自己，令父皇被动的事情。此事令康熙大为恼火，斥责允禩："甚是狂妄，竟不揣伊为何等人?!""以贝勒存此越分之想，试探朕躬，妄行陈奏，岂非大奸大邪乎?"允禩的愚蠢使之自取其辱，加深了康熙对他的恶劣印象。接着发生了"殆鹰事件"。康熙五十三年（1714）十一月，康熙出巡塞外，允禩因生母去世两周年祭未能从行。期间，允禩派人给皇父送去礼物以示孝敬。礼物中包括两驾猎鹰海冬青。没想到这两驾海冬青送到康熙面前时已然奄奄待毙。其隐喻之意令康熙大怒，"心悸几危"大骂："朕与允禩父子之恩绝矣!"此事事出蹊跷，但允禩百口莫辩，从此在争取储位的斗争中跌入深渊，一蹶不振。余下可供康熙选为储君的皇子中只有允禵条件最理想。首先，允禵有年龄优势。康熙五十六年（1717），诸位较成熟的皇子中，允祉41岁，允禛也已40岁，正是《黄帝内经》中所说的"五八（40岁）肾气衰，发堕齿槁"的年岁，临近迟暮之年。而允禵只有30岁，正当"四八（32岁）筋骨隆盛，肌肉满壮"之年。其次，允禵不但性格直爽，"阔达大度"，且满汉文化的修养深厚，品行、作风、文武才能均为康熙所赏识。此时正值准噶尔部攻取西藏，而清廷所派援军全军覆没之际，康熙在此刻任命允禵"大将军王"，率军出征西北。这正是康熙给允禵以建功立业、树立威信的机会，为日后允禵能顺利地继承大统铺的一条路。允禵未辜负康熙的期望，于康熙五十九年（1720）夏率师攻克拉萨，收复西藏，扶持达赖六世在拉萨举行了盛大的坐床仪式。允禵"屡建大功，众心咸属"，前途正无可限量。然而命运捉弄人，就在允禵准备胜利班师的时候，康熙帝于六十一年十一月十三日因感冒引起并发症，猝然去世。事出突然，允禵人在西北，远不济急。一直隐忍不发的皇四子允禛在其死党，步军统领隆科多的帮助下出奇制胜抢得先机，入承大统。康熙策划的秘密建储计划功亏一篑。
雍正继位后，人心不服。面对着巨大的反对势力，又鉴于康熙朝因皇位继承问题引起的混乱，雍正为防后患，一登基便在皇位继承的问题上做出了决定。雍正元年（1723），允禛以秘密建储的方式选择了时年13岁的皇四子弘历。同年八月雍正将建储密旨放在了乾清宫"正大光明"匾额之后，又另"书秘封一匣，常以随身"。雍正十三年（1735）八月二十二日子时，雍正病逝于圆明园。张廷玉等命人从宫中找出"朱笔亲书传位今上（乾隆）之密旨"，诸王大臣"同捧至今上前，廷玉于灯下宣读。上伏地大恸良久，王大臣等叩头劝再三，上始载拜受命"。当夜，雍正遗体运返紫禁城，内侍又从"正大光明"匾后取出已存放了12年的密旨。"捧至上前"，弘历命允禄、允礼、张廷玉、鄂尔泰等人"齐入始启封，跪阅亲书御名"。弘历继承帝位毋庸置疑。皇帝生前遗愿首次通过秘密建储的方式得以实现，乾隆也成了中国历史上各朝各代中以全新方式当上皇帝的第一人。秘密建储的最终制度化，是在乾隆朝完善、确立的。
从康熙五十二年到道光三十年（1713～1850），清朝先后有五位皇帝（康熙、雍正、乾隆、嘉庆、道光）采用了秘密建储的方式解决皇位继承问题，历时130余年，其中四位皇帝（乾隆、嘉庆、道光、咸丰）是通过这一方式当上皇帝的。